Publications HAL de Cédric, Lhoussaine

2024

Conference papers

titre: Modeling Intestinal Glucose Absorption from D-xylose Data
auteur: Danilo Dursoniah, Maxime Folschette, Rebecca Goutchtat, Violeta Raverdy, François Pattou, Cédric Lhoussaine
article: 15th International Conference on Bioinformatics, Models, Methods and Algorithms, Feb 2024, Rome, Italy
Accès au texte intégral et bibtex

2023

Conference papers

titre: Core SBML and its Formal Semantics
auteur: Joachim Niehren, Cédric Lhoussaine, Athénaïs Vaginay
article: CMSB 2023 - 21th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2023, Luxembourg, Luxembourg
Accès au texte intégral et bibtex

Books

titre: Symbolic Approaches to Modeling and Analysis of Biological Systems
auteur: Cédric Lhoussaine, Élisabeth Remy
article: Wiley; Wiley; ISTE, 1, 2023, SCIENCES - Bioinformatics, 9781789450293. ⟨10.1002/9781394229086⟩
Accès au bibtex

2021

Conference papers

titre: Limits of a Glucose-Insulin Model to Investigate Intestinal Absorption in Type 2 Diabetes
auteur: Danilo Dursoniah, Maxime Folschette, Cédric Lhoussaine, Rebecca Goutchtat, François Pattou, Violeta Raverdy
article: BIOTECHNO 2021 : The Thirteenth International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies, Birgit Gersbeck-Schierholz; Hesham H. Ali, May 2021, Valencia, Spain. pp.4-7
Accès au texte intégral et bibtex

Books

titre: Special issue "Formal Method for Biological Systems Modelling
auteur: Cédric Lhoussaine, Jérôme Feret
article: Cedric Lhoussaine; Jérôme Feret. MDPI, 9, 2021, Section Computational Biology, 2079-3197
Accès au bibtex

2017

Journal articles

titre: Simplification of Reaction Networks, Confluence and Elementary Modes
auteur: Guillaume Madelaine, Elisa Tonello, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren
article: Computation, 2017, Multiscale and Hybrid Modeling of the Living Systems
Accès au texte intégral et bibtex

titre: Long-term tracking of budding yeast cells in brightfield microscopy: CellStar and the Evaluation Platform
auteur: Cristian Versari, Szymon Stoma, Kirill Batmanov, Artémis Llamosi, Filip Mroz, Adam Kaczmarek, Matt Deyell, Cédric Lhoussaine, Pascal Hersen, Gregory Batt
article: Journal of the Royal Society Interface, 2017, 14 (127), pp.32. ⟨10.1098/rsif.2016.0705⟩
Accès au texte intégral et bibtex

2016

Journal articles

titre: Structural simplification of chemical reaction networks in partial steady states
auteur: Guillaume Madelaine, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren, Elisa Tonello
article: BioSystems, 2016, Special Issue of CMSB'2015, 149, pp.34--49. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.08.003⟩
Accès au texte intégral et bibtex

Conference papers

titre: Normalizing Chemical Reaction Networks by Confluent Structural Simplification
auteur: Guillaume Madelaine, Elisa Tonello, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren
article: 14th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2016), Ezio Bartocci; Pietro Lio; Nicola Paoletti, Sep 2016, Cambridge, United Kingdom
Accès au texte intégral et bibtex

2015

Conference papers

titre: Structural simplification of chemical reaction networks preserving deterministic semantics
auteur: Guillaume Madelaine, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren
article: Computational Methods in Systems Biology (CMSB), Jérémie BOURDON; Olivier ROUX, Sep 2015, Nantes, France. pp.133-144
Accès au texte intégral et bibtex

2014

Conference papers

titre: Attractor Equivalence: An Observational Semantics for Reaction Networks
auteur: Guillaume Madelaine, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren
article: First International Conference on Formal Methods in Macro-Biology, Sep 2014, Nouméa, New Caledonia. pp.82-101
Accès au texte intégral et bibtex

2012

Journal articles

titre: Self-organized patterning by diffusible factors: roles of a community effect
auteur: Kirill Batmanov, Celine Kuttler, Cédric Lhoussaine, Yasushi Saka
article: Fundamenta Informaticae, 2012, 118 (4), pp.419-461. ⟨10.3233/FI-2012-723⟩
Accès au texte intégral et bibtex

Conference papers

titre: Models of Tet-On System with Epigenetic Effects
auteur: Russ Harmer, Jean Krivine, Élise Laruelle, Cédric Lhoussaine, Guillaume Madelaine, Mirabelle Nebut
article: Computational Methods in Systems Biology 2012 (CMSB 2012, Flashposter), Oct 2012, London, United Kingdom. pp.378
Accès au texte intégral et bibtex

titre: Symmetry-based model reduction for approximate stochastic analysis
auteur: Kirill Batmanov, Celine Kuttler, François Lemaire, Cédric Lhoussaine, Cristian Versari
article: Computational Methods in Systems Biology 2012 (CMSB 2012), Oct 2012, London, United Kingdom. pp.49-68
Accès au texte intégral et bibtex

2011

Journal articles

titre: Theoretical basis of the community effect in development
auteur: Yasushi Saka, Cédric Lhoussaine, Celine Kuttler, Ekkehard Ullner, Marco Thiel
article: BMC Systems Biology, 2011, 5, pp.54. ⟨10.1186/1752-0509-5-54⟩
Accès au texte intégral et bibtex

Conference papers

titre: Biochemical Reaction Rules with Constraints
auteur: Mathias John, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren, Cristian Versari
article: 20th European Symposium on Programming Languages, Mar 2011, Saarbrücken, Germany. pp.338-357
Accès au texte intégral et bibtex

2010

Journal articles

titre: Rule-based modeling of transcriptional attenuation at the tryptophan operon
auteur: Celine Kuttler, Cédric Lhoussaine, Mirabelle Nebut
article: Transactions on Computational Systems Biology, 2010, XII, pp.199-228
Accès au texte intégral et bibtex

Book sections

titre: The Attributed Pi Calculus with Priorities
auteur: Mathias John, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren, Adelinde Uhrmacher
article: Corrado Priami; Rainer Breitling; David Gilbert; Monika Heiner; Adelinde M. Uhrmacher. Transactions on Computational Systems Biology XII: Special Issue on Modeling Methodologies, LNBI-5945, Springer, pp.13-76, 2010, Lecture Notes in Bioinformatics (Journal Subline), 978-3-642-11712-1. ⟨10.1007/978-3-642-11712-1_2⟩
Accès au texte intégral et bibtex

2009

Conference papers

titre: Rule-based modeling of transcriptional attenuation at the tryptophan operon
auteur: Celine Kuttler, Cédric Lhoussaine, Mirabelle Nebut
article: Winter Simulation Conference, Dec 2009, Austin, Texas, USA, United States. pp.920-931
Accès au texte intégral et bibtex

titre: Dynamic Compartments in the Imperative Pi Calculus
auteur: Mathias John, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren
article: Computational Methods in Systems Biology, 7th International Conference, Aug 2009, Bologna, Italy. pp.235-250, ⟨10.1007/978-3-642-03845-7⟩
Accès au texte intégral et bibtex

2008

Conference papers

titre: The Attributed Pi Calculus
auteur: Mathias John, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren, Adelinde Uhrmacher
article: Computational Methods in Systems Biology, 6th International Conference CMSB, Oct 2008, Rostock, Germany. pp.83-102
Accès au texte intégral et bibtex

2007

Conference papers

titre: A Stochastic Pi Calculus for Concurrent Objects
auteur: Céline Kuttler, Cédric Lhoussaine, Joachim Niehren
article: Second International Conference on Algebraic Biology, Jul 2007, Linz, Austria. pp.232-246
Accès au texte intégral et bibtex

2003

Journal articles

titre: The receptive distributed pi-calculus
auteur: Roberto Amadio, Gérard Boudol, Cédric Lhoussaine
article: ACM Transactions on Programming Languages and Systems (TOPLAS), 2003, 25 (5), pp.549-577
Accès au bibtex