2023
Journal articles
- titre
- Demographic history and genetic structure in pre-Hispanic Central Mexico
- auteur
- Viridiana Villa-Islas, Alan Izarraras-Gomez, Maximilian Larena, Elizabeth Mejía Perez Campos, Marcela Sandoval-Velasco, Juan Esteban Rodríguez-Rodríguez, Miriam Bravo-Lopez, Barbara Moguel, Rosa Fregel, Ernesto Garfias-Morales, Jazeps Medina Tretmanis, David Alberto Velázquez-Ramírez, Alberto Herrera-Muñóz, Karla Sandoval, Maria Nieves-Colón, Gabriela Zepeda García Moreno, Fernando Villanea, Eugenia Fernández Villanueva Medina, Ramiro Aguayo-Haro, Cristina Valdiosera, Alexander Ioannidis, Andrés Moreno-Estrada, Flora Jay, Emilia Huerta-Sanchez, J. Víctor Moreno-Mayar, Federico Sánchez-Quinto, María Ávila-Arcos
- article
- Science, 2023, 380 (6645), ⟨10.1126/science.add6142⟩
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-
- titre
- Deep convolutional and conditional neural networks for large-scale genomic data generation
- auteur
- Burak Yelmen, Aurélien Decelle, Leila Lea Boulos, Antoine Szatkownik, Cyril Furtlehner, Guillaume Charpiat, Flora Jay
- article
- PLoS Computational Biology, 2023, 19 (10), pp.e1011584. ⟨10.1101/2023.03.07.530442⟩
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-
- titre
- Towards a genetic theory of island biogeography: Inferring processes from multidimensional community‐scale data
- auteur
- Isaac Overcast, Guillaume Achaz, Robin Aguilée, Carmelo Andújar, Paula Arribas, Thomas J Creedy, Evan P Economo, Rampal S Etienne, Rosemary Gillespie, Claire Jacquet, Flora Jay, Susan Kennedy, Henrik Krehenwinkel, Amaury Lambert, Emmanouil Meramveliotakis, Víctor Noguerales, Benoit Perez‐lamarque, George Roderick, Haldre Rogers, Megan Ruffley, Isabel Sanmartin, Alfried P Vogler, Anna Papadopoulou, Brent C Emerson, Hélène Morlon
- article
- Global Ecology and Biogeography, 2023, 32, pp.4 - 23. ⟨10.1111/geb.13604⟩
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-
- titre
- A Quantitative Theory for Genomic Offset Statistics
- auteur
- Clément Gain, Bénédicte Rhoné, Philippe Cubry, Israfel Salazar, Florence Forbes, Yves Vigouroux, Flora Jay, Olivier François
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (6), pp.msad140. ⟨10.1093/molbev/msad140⟩
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-
- titre
- dnadna: a deep learning framework for population genetics inference
- auteur
- Théophile Sanchez, Erik Madison Bray, Pierre Jobic, Jérémy Guez, Anne-Catherine Letournel, Guillaume Charpiat, Jean Cury, Flora Jay
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (1), ⟨10.1093/bioinformatics/btac765⟩
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-
- titre
- An Overview of Deep Generative Models in Functional and Evolutionary Genomics
- auteur
- Burak Yelmen, Flora Jay
- article
- Annual Review of Biomedical Data Science, 2023, 6 (1), pp.173-189. ⟨10.1146/annurev-biodatasci-020722-115651⟩
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-
- titre
- Cultural transmission of reproductive success impacts genomic diversity, coalescent tree topologies and demographic inferences
- auteur
- Jérémy Guez, Guillaume Achaz, François Bienvenu, Jean Cury, Bruno Toupance, Évelyne Heyer, Flora Jay, Frédéric Austerlitz
- article
- Genetics, 2023, 223 (4), pp.iyad007. ⟨10.1093/genetics/iyad007⟩
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-
Conference papers
- titre
- Towards creating longer genetic sequences with GANs: Generation in principal component space
- auteur
- Antoine Szatkownik, Cyril Furtlehner, Guillaume Charpiat, Burak Yelmen, Flora Jay
- article
- MLCB 2023 - 18th Conference on Machine Learning in Computational Biology, Nov 2023, Seattle, United States
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-
Poster communications
- titre
- Inference of the Cultural Transmission of Reproductive Success from human genomic data: ABC and machine learning methods
- auteur
- Arnaud Quelin, Jérémy Guez, Ferdinand Petit, Flora Jay, Frédéric Austerlitz
- article
- Alphy/AIEM 2023 - Rencontres Alphy & AIEM, Jan 2023, Grenoble, France
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Simulation-based Benchmarking of Ancient Haplotype Inference for Detecting Population Structure
- auteur
- Jazeps Medina Tretmanis, Flora Jay, María Ávila-Arcos, Emilia Huerta-Sanchez
- article
- 2023
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-
- titre
- The MUC19 gene in Denisovans, Neanderthals, and Modern Humans: An Evolutionary History of Recurrent Introgression and Natural Selection
- auteur
- Fernando Villanea, David Peede, Eli Kaufman, Valeria Añorve-Garibay, Kelsey Witt, Viridiana Villa-Islas, Roberta Zeloni, Davide Marnetto, Priya Moorjani, Flora Jay, Paul Valdmanis, María Ávila-Arcos, Emilia Huerta-Sánchez
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- Simulation of bacterial populations with SLiM
- auteur
- Jean Cury, Benjamin C Haller, Guillaume Achaz, Flora Jay
- article
- Peer Community Journal, 2022, ⟨10.24072/pcjournal.72⟩
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-
Conference papers
- titre
- Topological comparison of coalescent tree inference tools.
- auteur
- Ferdinand Petit, Jérémy Guez, Fanny Pouyet, Bruno Toupance, Evelyne Heyer, Flora Jay, Frederic Austerlitz
- article
- Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Aug 2022, Prague (Czech Republic), Czech Republic
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-
Poster communications
- titre
- Inference of the Cultural Transmission of Reproductive Success from human genomic data: ABC and machine learning methods
- auteur
- Arnaud Quelin, Jérémy Guez, Ferdinand Petit, Flora Jay, Frederic Austerlitz
- article
- Junior Conference on DataScience and Engeneering 2022, Sep 2022, Palaiseau, France
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-
- titre
- Impact of Cultural Transmission of Reproductive Success on whole-genome data: simulation study and ABC inference
- auteur
- Ferdinand Petit, Jérémy Guez, Fanny Pouyet, Evelyne Heyer, Bruno Toupance, Flora Jay, Frédéric Austerlitz
- article
- Probabilistic Modelling in Genomics 2022, Mar 2022, Oxford, United Kingdom
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-
- titre
- Impact of yeast cell cycle specificity on demography inference
- auteur
- Louis Ollivier, Flora Jay, Fanny Pouyet
- article
- JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ) 2022, Jul 2022, Rennes, France
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-
- titre
- Understanding and inferring cultural transmission of reproductive success
- auteur
- Jérémy Guez, Guillaume Achaz, François Bienvenu, Jean Cury, Bruno Toupance, Evelyne Heyer, Flora Jay, Frederic Austerlitz
- article
- Probabilistic Modeling in Genomics, Mar 2022, Oxford, United Kingdom
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-
2021
Journal articles
- titre
- Creating artificial human genomes using generative neural networks
- auteur
- Burak Yelmen, Aurélien Decelle, Linda Ongaro, Davide Marnetto, Corentin Tallec, Francesco Montinaro, Cyril Furtlehner, Luca Pagani, Flora Jay
- article
- PLoS Genetics, 2021, ⟨10.1371/journal.pgen.1009303⟩
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-
2020
Journal articles
- titre
- Deep learning for population size history inference: Design, comparison and combination with approximate Bayesian computation
- auteur
- Théophile Sanchez, Jean Cury, Guillaume Charpiat, Flora Jay
- article
- Molecular Ecology Resources, 2020, ⟨10.1111/1755-0998.13224⟩
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-
- titre
- Differences in local population history at the finest level: the case of the Estonian population
- auteur
- Vasili Pankratov, Francesco Montinaro, Alena Kushniarevich, Georgi Hudjashov, Flora Jay, Lauri Saag, Rodrigo Flores, Davide Marnetto, Marten Seppel, Mart Kals, Urmo Võsa, Cristian Taccioli, Märt Möls, Lili Milani, Anto Aasa, Daniel John Lawson, Tõnu Esko, Reedik Mägi, Luca Pagani, Andres Metspalu, Mait Metspalu
- article
- European Journal of Human Genetics, 2020, ⟨10.1038/s41431-020-0699-4⟩
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-
- titre
- Factor analysis of ancient population genomic samples
- auteur
- Olivier François, Flora Jay
- article
- Nature Communications, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41467-020-18335-6⟩
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-
Conference papers
- titre
- Combiner arbres phylogénétiques et visualisation d'ensembles
- auteur
- Jean-Baptiste Lamy, Flora Jay
- article
- Atelier Visualisation d'informations, interaction et fouille de données, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
2019
Journal articles
- titre
- An ABC Method for Whole-Genome Sequence Data: Inferring Paleolithic and Neolithic Human Expansions
- auteur
- Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (7), pp.1565-1579. ⟨10.1093/molbev/msz038⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Inference of population genetic structure from temporal samples of DNA
- auteur
- Olivier François, Séverine Liégeois, Benjamin Demaille, Flora Jay
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Creating Artificial Human Genomes Using Generative Models
- auteur
- Burak Yelmen, Aurelien Decelle, Linda Ongaro, Davide Marnetto, Francesco Montinaro, Cyril Furtlehner, Luca Pagani, Flora Jay
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- Fast Inference of Individual Admixture Coefficients Using Geographic Data
- auteur
- Kevin Caye, Flora Jay, Olivier J.J. Michel, Olivier François
- article
- Annals of Applied Statistics, 2018, 12 (1), pp.586-608. ⟨10.1214/17-AOAS1106⟩
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-
Poster communications
- titre
- Dimension reduction adapted to paleogenomics
- auteur
- Séverine Liégeois, Olivier François, Flora Jay
- article
- Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2018, Orsay, France
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- An ABC method for whole-genome sequence data: inferring paleolithic and neolithic human expansions
- auteur
- Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz
- article
- 2018
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-
2017
Journal articles
- titre
- Determination of genetic relatedness from low-coverage human genome sequences using pedigree simulations
- auteur
- Michael Martin, Flora Jay, Sergi Castellano, Montgomery Slatkin
- article
- Molecular Ecology, 2017, 26 (16), pp.4145 - 4157. ⟨10.1111/mec.14188⟩
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-
Conference papers
- titre
- SPI-DNA: End-to-end Deep Learning Approach for Demographic History Inference
- auteur
- Théophile Sanchez, Guillaume Charpiat, Flora Jay
- article
- Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2017, Orsay, France
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-
- titre
- Inference of past historical events using ABC and MCMC methods on population genomics data sets. Applications to human populations
- auteur
- Frederic Austerlitz, Carla Aimé, Flora Jay
- article
- ESEB 2017 - Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Aug 2017, Groningen, Netherlands
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-
Poster communications
- titre
- Reconstructing past history from whole-genomes: an ABC approach handling recombining data.
- auteur
- Flora Jay, Simon S. Boitard, Frederic Austerlitz
- article
- European Mathematical Genetics Meeting, Apr 2017, Tartu, Estonia
- Accès au bibtex
-
- titre
- End-to-End Deep Learning Approach for Demographic History Inference
- auteur
- Théophile Sanchez, Guillaume Charpiat, Flora Jay
- article
- Human Evolution: Fossils, Ancient and Modern Genomes 2017, Nov 2017, Hinxton, Cambridge, United Kingdom
- Accès au bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- Reconstructing Past History from Whole-Genomes: An ABC Approach Handling Recombining Data
- auteur
- Flora Jay, Simon Boitard, Fréderic Austerlitz
- article
- Human Heredity, 2016, 81 (4), pp.224-224
- Accès au bibtex
-
- titre
- Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach
- auteur
- Simon Boitard, Willy Rodríguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frédéric Austerlitz
- article
- PLoS Genetics, 2016, 12 (3), pp.e1005877. ⟨10.1371/journal.pgen.1005877⟩
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-
Conference papers
- titre
- Variations de la taille d’une population : estimation à partir de génomes entiers.
- auteur
- Simon Boitard, Willy Rodríguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frédéric Austerlitz
- article
- GDR AIEM, Nov 2016, Montpellier, France
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-
- titre
- Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.
- auteur
- Simon Boitard, Willy Rodríguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frederic Austerlitz
- article
- conférence Jaques Monod "Coalescence des approches théoriques et expérimentales en génomique évolutive et biologie des systèmes", 2016, Roscoff, France
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-
- titre
- Estimation de tailles efficaces variables dans le temps à partir de données génomiques actuelles
- auteur
- Flora Jay, Simon S. Boitard
- article
- Réseau Ressources Génétiques Animales - Taille efficace et dépression de consanguinité : variables essentielles de biodiversité pour la gestion des populations domestiques et sauvages, May 2016, Paris, France
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-
2015
Journal articles
- titre
- POPS: A Software for Prediction of Population Genetic Structure Using Latent Regression Models Olivier François Eric Y. Durand
- auteur
- Flora Jay, Olivier François, Eric y Durand, Michael Gb Blum
- article
- Journal of Statistical Software, 2015, 68 (9), ⟨10.18637/jss.v068.i09⟩
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-
Conference papers
- titre
- An Approximate Bayesian Computation approach to reconstruct demography from sequence data
- auteur
- Simon S. Boitard, Flora Jay, Frédéric Austerlitz
- article
- Annual Meeting Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Jul 2015, Vienne, Austria
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-
2014
Journal articles
- titre
- Insights into Persistence Mechanisms of a Zoonotic Virus in Bat Colonies Using a Multispecies Metapopulation Model
- auteur
- Margarita Pons-Salort, Jordi Serra-Cobo, Flora Jay, Marc Ló Pez-Roig, Rachel Lavenir, Didier Guillemot, Véronique Letort, Hervé Bourhy, Lulla Opatowski
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e95610. ⟨10.1371/journal.pone.0095610⟩
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-
Poster communications
- titre
- Inferring demographic history from whole genome using Approximate Bayesian Computation
- auteur
- Simon S. Boitard, Flora Jay, Frédéric Austerlitz
- article
- Annual meeting of the American Society of Human Genetics (ASHG), Oct 2014, San Diego, United States. 2014
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- Anisotropic Isolation by Distance: The Main Orientations of Human Genetic Differentiation.
- auteur
- Flora Jay, Per Sjödin, Mattias Jakobsson, Michael G B Blum
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2012, epub ahead of print. ⟨10.1093/molbev/mss259⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genomic variation in seven Khoe-San groups reveals adaptation and complex African history.
- auteur
- Carina M Schlebusch, Pontus Skoglund, Per Sjödin, Lucie M Gattepaille, Dena Hernandez, Flora Jay, Sen Li, Michael de Jongh, Andrew Singleton, Michael G B Blum, Himla Soodyall, Mattias Jakobsson
- article
- Science, 2012, 338 (6105), pp.374-9. ⟨10.1126/science.1227721⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Forecasting changes in population genetic structure of alpine plants in response to global warming.
- auteur
- Flora Jay, Stéphanie Manel, Nadir Alvarez, Eric y Durand, Wilfried Thuiller, Rolf Holderegger, Pierre Taberlet, Olivier François
- article
- Molecular Ecology, 2012, 21 (10), pp.2354-68. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05541.x⟩
- Accès au bibtex
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2011
Journal articles
- titre
- Predictions of native American population structure using linguistic covariates in a hidden regression framework.
- auteur
- Flora Jay, Olivier François, Michael G B Blum
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (1), pp.e16227. ⟨10.1371/journal.pone.0016227⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modèles à variables latentes en génétique des populations
- auteur
- Flora Jay, Michael G B Blum, Olivier François
- article
- Journal de la Société Française de Statistique, 2011, 152, pp.3-20
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Méthodes bayésiennes en génétique des populations : relations entre structure génétique des populations et environnement
- auteur
- Flora Jay
- article
- Médecine humaine et pathologie. Université de Grenoble, 2011. Français. ⟨NNT : 2011GRENS026⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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