2018

Journal articles

titre
Fast Inference of Individual Admixture Coefficients Using Geographic Data
auteur
Kevin Caye, Flora Jay, Olivier Michel, Olivier François
article
Annals of Applied Statistics, Institute of Mathematical Statistics, 2018, 12 (1), pp.586-608. ⟨http://imstat.org/aoas/⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01676712/file/AOAS1610-012R2A0.pdf BibTex

Poster communications

titre
Dimension reduction adapted to paleogenomics
auteur
Séverine Liégeois, Olivier François, Flora Jay
article
Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2018, Orsay, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01978650/file/poster.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
An ABC method for whole-­genome sequence data: inferring paleolithic and neolithic human expansions
auteur
Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz​
article
2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01896856/file/Jay2018biorxiv.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Determination of genetic relatedness from low-coverage human genome sequences using pedigree simulations
auteur
Michael Martin, Flora Jay, Sergi Castellano, Montgomery Slatkin
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (16), pp.4145 - 4157. ⟨10.1111/mec.14188⟩
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Conference papers

titre
SPI-DNA: End-to-end Deep Learning Approach for Demographic History Inference
auteur
Théophile Sanchez, Guillaume Charpiat, Flora Jay
article
Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2017, Orsay, France
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titre
Inference of past historical events using ABC and MCMC methods on population genomics data sets. Applications to human populations
auteur
Frederic Austerlitz, Carla Aimé, Flora Jay
article
ESEB 2017 - Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Aug 2017, Groningen, Netherlands
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titre
Reconstructing past history from whole-genomes: an ABC approach handling recombining data.
auteur
Flora Jay, Simon Boitard, Frederic Austerlitz
article
European Mathematical Genetics Meeting, Apr 2017, Tartu, Estonia
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Poster communications

titre
End-to-End Deep Learning Approach for Demographic History Inference
auteur
Théophile Sanchez, Guillaume Charpiat, Flora Jay
article
Human Evolution: Fossils, Ancient and Modern Genomes 2017, Nov 2017, Hinxton, Cambridge, United Kingdom
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2016

Journal articles

titre
Reconstructing Past History from Whole-Genomes: An ABC Approach Handling Recombining Data
auteur
Flora Jay, Simon Boitard, Fréderic Austerlitz
article
Human Heredity, Karger, 2016, 81 (4), pp.224-224
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titre
Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach
auteur
Simon Boitard, Willy Rodríguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frédéric Austerlitz
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2016, 12 (3), pp.e1005877. ⟨10.1371/journal.pgen.1005877⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01310742/file/journal.pgen.1005877.PDF BibTex

Conference papers

titre
Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.
auteur
Simon Boitard, Willy Rodriguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frédéric Austerlitz
article
GDR AIEM, Nov 2016, Montpellier, France
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titre
Inferring Population Size History from Large Samples of Genome-Wide Molecular Data - An Approximate Bayesian Computation Approach.
auteur
Simon Boitard, Willy Rodriguez, Flora Jay, Stefano Mona, Frederic Austerlitz
article
conférence Jaques Monod "Coalescence des approches théoriques et expérimentales en génomique évolutive et biologie des systèmes", 2016, roscoff, France
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2015

Journal articles

titre
POPS: A Software for Prediction of Population Genetic Structure Using Latent Regression Models Olivier François Eric Y. Durand
auteur
Flora Jay, Olivier François, Eric Y Durand, Michael Gb Blum
article
Journal of Statistical Software, University of California, Los Angeles, 2015, 68 (9), ⟨10.18637/jss.v068.i09⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01256474/file/JSS_online_v68i09.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Insights into Persistence Mechanisms of a Zoonotic Virus in Bat Colonies Using a Multispecies Metapopulation Model
auteur
Margarita Pons-Salort, Jordi Serra-Cobo, Flora Jay, Marc Ló Pez-Roig, Rachel Lavenir, Didier Guillemot, Véronique Letort, Hervé Bourhy, Lulla Opatowski
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (4), pp. e95610. ⟨10.1371/journal.pone.0095610⟩
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-01272324/file/Pons%202014%20rabies%20bats%20persistence.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Anisotropic Isolation by Distance: The Main Orientations of Human Genetic Differentiation.
auteur
Flora Jay, Per Sjödin, Mattias Jakobsson, Michael G B Blum
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2012, epub ahead of print. ⟨10.1093/molbev/mss259⟩
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titre
Forecasting changes in population genetic structure of alpine plants in response to global warming.
auteur
Flora Jay, Stéphanie Manel, Nadir Alvarez, Eric Y Durand, Wilfried Thuiller, Rolf Holderegger, Pierre Taberlet, Olivier François
article
Molecular Ecology, Wiley, 2012, 21 (10), pp.2354-68. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05541.x⟩
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titre
Genomic variation in seven Khoe-San groups reveals adaptation and complex African history.
auteur
Carina M Schlebusch, Pontus Skoglund, Per Sjödin, Lucie M Gattepaille, Dena Hernandez, Flora Jay, Sen Li, Michael de Jongh, Andrew Singleton, Michael G B Blum, Himla Soodyall, Mattias Jakobsson
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2012, 338 (6105), pp.374-9. ⟨10.1126/science.1227721⟩
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2011

Journal articles

titre
Modèles à variables latentes en génétique des populations
auteur
Flora Jay, Michael G B Blum, Olivier François
article
Journal de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique et Société Mathématique de France, 2011, 152, pp.3-20
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BibTex
titre
Predictions of native American population structure using linguistic covariates in a hidden regression framework.
auteur
Flora Jay, Olivier François, Michael G B Blum
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (1), pp.e16227. ⟨10.1371/journal.pone.0016227⟩
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Theses

titre
Méthodes bayésiennes en génétique des populations : relations entre structure génétique des populations et environnement
auteur
Flora Jay
article
Médecine humaine et pathologie. Université de Grenoble, 2011. Français. ⟨NNT : 2011GRENS026⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00648601/file/23326_JAY_2011_archivage.pdf BibTex