2016
Journal articles
- titre
- Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization
- auteur
- Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne Siegel, Robert Bellé
- article
- Molecular Reproduction and Development, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩
- Resume_court
- Sea urchin eggs exhibit a cap-dependent increase in protein synthesis within minutes after fertiliza .....
- DOI
- DOI : 10.1002/mrd.22746
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-
- titre
- A combinatorial approach to products of Pisot substitutions
- auteur
- Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
- Resume_court
- We define a generic algorithmic framework to prove a pure discrete spectrum for the substitutive sym .....
- DOI
- DOI : 10.1017/etds.2014.141
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-
Book sections
- titre
- Modeling and predicting behaviors and dynamics of ecosystems
- auteur
- Damien Eveillard, Xavier Raynaud, Jérémie Bourdon, Alain Franc, Frédéric Plewniak
- article
- Insight on environmental genomics, the high-throughput sequencing revolution, 2016
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-
Special issue
- titre
- Selected papers from the Computational Methods in Systems Biology 2015 conference
- auteur
- Jérémie Bourdon, Olivier Roux
- article
- BioSystems, 149, pp.1-2, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.10.006⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biosystems.2016.10.006
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-
2015
Journal articles
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.entcs.2015.06.011
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-
Conference papers
- titre
- OPINION PAPER Evolutionary Constraint-Based Formulation Requires New Bi-level Solving Techniques
- auteur
- Marko Budinich, Jérémie Bourdon, Abdelhalim Larhlimi, Damien Eveillard
- article
- 13th International Conference on Computational Methods in Systems Biology CMSB 2015, Sep 2015, Nantes, France. pp.279-281, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_23⟩
- Resume_court
- Constraint Based Methods had been successfully used to simulate genome-scale metabolic behaviors ove .....
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-23401-4_23
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-
- titre
- A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina
- Resume_court
- Designing probabilistic reaction models and determining their stochastic kinetic parameters are majo .....
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-
Books
- titre
- Computational Methods in Systems Biology - 13th International Conference, CMSB 2015, Nantes, France, September 16-18, 2015, Proceedings
- auteur
- Olivier F. Roux, Jérémie Bourdon
- article
- Olivier F. Roux and Jérémie Bourdon. Springer, 9308, 2015, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-23400-7. ⟨10.1007/978-3-319-23401-4⟩
- Resume_court
- no abstract
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-23401-4
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Impact of the species compartment definition on quantitative modeling of microbial communities
- auteur
- Marko Budinich, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard
- article
- 2015
- Resume_court
- Recent advances in genome-scale metabolic network reconstruction paved the way to the use of quantit .....
- DOI
- DOI : 10.1101/018010
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-
2014
Journal articles
- titre
- Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive
- auteur
- Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, Virginie Glippa, Jérémie Bourdon, Pauline Gosselin, Anne Siegel, Patrick Cormier, Robert Bellé
- article
- Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fgene.2014.00117
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-
- titre
- Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs
- auteur
- Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩
- Resume_court
- Background When studying metabolism at the organ level, a major challenge is to understand the matte .....
- DOI
- DOI : 10.1186/1752-0509-8-8
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-
Conference papers
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany
- Resume_court
- Stochastic approaches in systems biology are being used increasingly to model the heterogeneity and .....
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-
2013
Journal articles
- titre
- Large deviation properties for patterns
- auteur
- Mireille Regnier, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2013, ⟨10.1016/j.jda.2013.09.004⟩
- Resume_court
- Deciding whether a given pattern is over- or under-represented according to a given background model .....
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jda.2013.09.004
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-
Conference papers
- titre
- Generating discrete planes with substitutions
- auteur
- Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland
- Resume_court
- Given a finite set S of unimodular Pisot substitutions, we provide a method for characterizing the i .....
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-
Book sections
- titre
- XII Des données haut-débit à la modélisation des écosystèmes
- auteur
- Damien Eveillard, Xavier Raynaud, Jérémie Bourdon, Alain Franc, Frederic Plewniak
- article
- Prospective Génomique Environnementale, , pp.83-89, 2013
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-
Reports
- titre
- MeDUSA: a sage-based tool for computing the stoichiometric capacitance of a metabolic network
- auteur
- Marko Budinich, Damien Eveillard, Jérémie Bourdon, Abdelhalim Larhlimi
- article
- 2013
- Resume_court
- Optimization-based analysis of metabolic networks have been used to design metabolic engineering str .....
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-
2012
Conference papers
- titre
- Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
- auteur
- Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
- article
- Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France
- Resume_court
- Application of systems biology approaches for benchmark model organisms has helped to get insights o .....
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-
- titre
- Large deviation properties for patterns
- auteur
- Jérémie Bourdon, Mireille Regnier
- article
- LSD&LAW 2012, Simon J. Puglisi and Golnaz Badkobeh, Feb 2012, Londres, United Kingdom
- Resume_court
- Deciding whether a given pattern is overrepresented or under-represented according to a given backgr .....
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Sources Probabilistes: des séquences aux systèmes
- auteur
- Jérémie Bourdon
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Nantes, 2012
- Resume_court
- Ce mémoire est un recueil et une synthèse de plusieurs études en analyse en moyenne d'algorithmes .....
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-
2011
Journal articles
- titre
- Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.
- auteur
- Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, Catherine Boyen, Anne Siegel
- article
- OMICS, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩
- Resume_court
- Brown algae belong to a phylogenetic lineage distantly related to land plants and animals. They are .....
- DOI
- DOI : 10.1089/omi.2011.0089
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-
- titre
- Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.
- auteur
- Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002157. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002157⟩
- Resume_court
- Despite recent improvements in molecular techniques, biological knowledge remains incomplete. Any th .....
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pcbi.1002157
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-
Conference papers
- titre
- Average-case analysis methods dedicated to the study of Biological Networks
- auteur
- Jérémie Bourdon
- article
- Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB) 2011, Jul 2011, Moscou, Russia
- Resume_court
- Despite recent improvements in molecular techniques, biological knowledge remains incomplete. Any th .....
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-
Book sections
- titre
- Probabilistic Approaches for Investigating Biological Networks
- auteur
- Jérémie Bourdon, Damien Eveillard
- article
- Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp.1066, 2011
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-
2010
Journal articles
- titre
- Statistical Properties of Factor Oracles
- auteur
- Jérémie Bourdon, Irena Rusu
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2010, LNCS, 9 (2011), pp.59-66. ⟨10.1007/978-3-642-02441-2⟩
- Resume_court
- Factor and suffix oracles provide an economic and efficient solution for storing all the factors and .....
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-642-02441-2
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-
- titre
- A parallel scheme for comparing transcription factor binding sites matrices
- auteur
- Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 8 (3), pp.18
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-
Conference papers
- titre
- Complex update strategies for Probabilistic Boolean Networks
- auteur
- Théo Merle, Jérémie Bourdon
- article
- 7th Workshop on Computational Systems Biology, Jun 2010, Luxembourg, France. pp.4
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-
Book sections
- titre
- A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows
- auteur
- Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap J. van Milgen, Jérémie Bourdon
- article
- D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9
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-
2009
Journal articles
- titre
- Temporal constraints of a gene regulatory network: refining a qualitative simulation
- auteur
- Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
- article
- BioSystems, 2009, pp.10.1016/j.biosystems.2009.05.002. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩
- Resume_court
- The modelling of gene regulatory networks (GRNs) has classically been addressed through very differe .....
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biosystems.2009.05.002
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-
- titre
- Temporal constraints of a gene regulatory network: Refining a qualitative simulation.
- auteur
- Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
- article
- BioSystems, 2009, 98 (3), pp.149-159. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩
- Resume_court
- The modelling of gene regulatory networks (GRNs) has classically been addressed through very differe .....
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biosystems.2009.05.002
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-
Conference papers
- titre
- A statistical method for PWM clustering
- auteur
- Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
- article
- Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Qualitative modelling and analysis of gene regulatory networks: application to the adaptation of Escherichia coli bacterium to carbon availability
- auteur
- Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
- article
- 2009
- Resume_court
- Attempts to model Gene Regulatory Networks (GRNs) have yielded very different approaches. Among othe .....
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-
2007
Journal articles
- titre
- Combinations of cytochrome P450 gene polymorphisms enhancing the risk for sporadic colorectal cancer related to red meat consumption.
- auteur
- Sébastien Küry, Bruno Buecher, Sébastien Robiou-Du-Pont, Catherine Scoul, Véronique Sébille, Hélène Colman, Claire Le Houérou, Tanguy Le Neel, Jérémie Bourdon, Roger Faroux, Jean Ollivry, Bernard Lafraise, Louis-Dominique Chupin, Stéphane Bézieau
- article
- Cancer Epidemiology, Biomarkers and Prevention, 2007, 16 (7), pp.1460-7. ⟨10.1158/1055-9965.EPI-07-0236⟩
- Resume_court
- Susceptibility to sporadic colorectal cancers (CRC) is generally thought to be the sum of complex in .....
- DOI
- DOI : 10.1158/1055-9965.EPI-07-0236
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-
- titre
- On the Khintchine constant for centred continued fraction expansions
- auteur
- Jérémie Bourdon
- article
- Applied Mathematics E - Notes, 2007, 7, pp.167-174
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-
Conference papers
- titre
- Distribution of Solutions of Multi-objective Assignment Problem and Links with the Efficiency of Solving Methods.
- auteur
- Anthony Przybylski, Jérémie Bourdon, Xavier Gandibleux
- article
- GOR 2007, Sep 2007, Saarbrücken, Germany
- Resume_court
- In a preceeding work, a two phase method using a ranking algorithm as main routine in Phase 2 has be .....
- Accès au bibtex
-
- titre
- Distribution des solutions du problème d'affectation multi-objectif et relation avec l'efficacité des algorithmes de résolution
- auteur
- Anthony Przybylski, Jérémie Bourdon, Xavier Gandibleux
- article
- FRANCORO V / ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France
- Resume_court
- 1 Résultats expérimentaux sur le problème d'affectation multi-objectif Dans un précédent travai .....
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-
Other publications
- titre
- POGG: Integrating qualitative and quantitative data of macromolecular networks. A probabilistic toolbox
- auteur
- Etienne Giraudet, Eric Docet, Jérémie Bourdon
- article
- 2007
- Resume_court
- POGG (Probabilities On Genetic Graphs) is a software dedicated to the study of stochastic graph. It .....
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Integrating heterogeneous knowledges for understanding biological behaviors: a probabilistic approach
- auteur
- Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Samuel Gabillard, Theo Merle
- article
- 2007
- Resume_court
- Despite recent molecular technique improvements, biological knowledge remains incomplete. Reasoning .....
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Toll Based Measures for Dynamical Graphs
- auteur
- Jérémie Bourdon, Damien Eveillard
- article
- 2007
- Resume_court
- Biological networks are one of the most studied object in computational biology. Several methods hav .....
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2006
Conference papers
- titre
- Pattern Matching Statistics on Correlated sources
- auteur
- Jérémie Bourdon, Brigitte Vallée
- article
- LATIN 2006, Mar 2006, Chile. pp.224-237
- Accès au bibtex
-
- titre
- Statistical Properties of Similarity Score Functions
- auteur
- Jérémie Bourdon, Alban Mancheron
- article
- Fourth Colloquium on Mathematics and Computer Science Algorithms, Trees, Combinatorics and Probabilities, 2006, Nancy, France. pp.129-140, ⟨10.46298/dmtcs.3502⟩
- Resume_court
- In computational biology, a large amount of problems, such as pattern discovery, deals with the comp .....
- DOI
- DOI : 10.46298/dmtcs.3502
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-
2002
Journal articles
- titre
- Dynamical Analysis of alpha-Euclidean Algorithms
- auteur
- Jérémie Bourdon, Benoît Daireaux, Brigitte Vallée
- article
- Journal of Algorithms in Cognition, Informatics and Logic, 2002, 1 (44), pp.246--285
- Resume_court
- no abstract
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-
2001
Journal articles
- titre
- On The Stack-Size of General Tries
- auteur
- Jérémie Bourdon, Markus Nebel, Brigitte Vallée
- article
- RAIRO - Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), 2001, 35, pp.163--185
- Resume_court
- no abstract
- Accès au bibtex
-
- titre
- Size and Path Length in Patricia Tries: Dynamical Sources Context
- auteur
- Jérémie Bourdon
- article
- Random Structures and Algorithms, 2001, 3-4 (19), pp.289--315
- Resume_court
- no abstract
- Accès au bibtex
-
- titre
- Size and Path Length in Patricia Tries: Dynamical Sources Context
- auteur
- Jérémie Bourdon
- article
- Random Structures and Algorithms, 2001, 3-4 (19), pp.289--315
- Resume_court
- no abstract
- Accès au bibtex
-