2021

Journal articles

titre
Simulation of bacterial populations with SLiM
auteur
Jean Cury, Benjamin Haller, Guillaume Achaz, Flora Jay
article
Peer Community in Evolutionary Biology, Peer Community in, 2021, ⟨10.1101/2020.09.28.316869⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03152153/file/PCI_style_simulation_of_bacterial_population_with_SLiM.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
dnadna: DEEP NEURAL ARCHITECTURES FOR DNA - A DEEP LEARNING FRAMEWORK FOR POPULATION GENETIC INFERENCE
auteur
Théophile Sanchez, Erik Madison Bray, Pierre Jobic, Jérémy Guez, Guillaume Charpiat, Jean Cury, Flora Jay
article
2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352910/file/DNADNA_software_arxiv_submission.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Differences in local population history at the finest level: the case of the Estonian population
auteur
Vasili Pankratov, Francesco Montinaro, Alena Kushniarevich, Georgi Hudjashov, Flora Jay, Lauri Saag, Rodrigo Flores, Davide Marnetto, Marten Seppel, Mart Kals, Urmo Võsa, Cristian Taccioli, Märt Möls, Lili Milani, Anto Aasa, Daniel John Lawson, Tõnu Esko, Reedik Mägi, Luca Pagani, Andres Metspalu, Mait Metspalu
article
European Journal of Human Genetics, Nature Publishing Group, 2020, ⟨10.1038/s41431-020-0699-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02942330/file/Pankratov_et_al._reviewed_figures_FINAL_with_header.pdf BibTex
titre
Deep learning for population size history inference: Design, comparison and combination with approximate Bayesian computation
auteur
Théophile Sanchez, Jean Cury, Guillaume Charpiat, Flora Jay
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2020, ⟨10.1111/1755-0998.13224⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02942328/file/Sanchez_2020_final_overleaf.pdf BibTex
titre
Factor analysis of ancient population genomic samples
auteur
Olivier François, Flora Jay
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41467-020-18335-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02942333/file/Francois_Jay_2020_NatComm.pdf BibTex

Conference papers

titre
Combiner arbres phylogénétiques et visualisation d'ensembles
auteur
Jean-Baptiste Lamy, Flora Jay
article
Atelier Visualisation d'informations, interaction et fouille de données, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02968296/file/egcvif2020.pdf BibTex

2019

Preprints, Working Papers, ...

titre
Creating Artificial Human Genomes Using Generative Models
auteur
Burak Yelmen, Aurelien Decelle, Linda Ongaro, Davide Marnetto, Francesco Montinaro, Cyril Furtlehner, Luca Pagani, Flora Jay
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02413942/file/bioarxiv_769091v2.full.pdf BibTex
titre
Inference of population genetic structure from temporal samples of DNA
auteur
Olivier François, Séverine Liégeois, Benjamin Demaille, Flora Jay
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02413974/file/bioarxiv_801324v3.full.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Fast Inference of Individual Admixture Coefficients Using Geographic Data
auteur
Kevin Caye, Flora Jay, Olivier Michel, Olivier François
article
Annals of Applied Statistics, Institute of Mathematical Statistics, 2018, 12 (1), pp.586-608. ⟨10.1214/17-AOAS1106⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01676712/file/AOAS1610-012R2A0.pdf BibTex

Poster communications

titre
Dimension reduction adapted to paleogenomics
auteur
Séverine Liégeois, Olivier François, Flora Jay
article
Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2018, Orsay, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01978650/file/poster.pdf BibTex

2017

Conference papers

titre
Inference of past historical events using ABC and MCMC methods on population genomics data sets. Applications to human populations
auteur
Frederic Austerlitz, Carla Aimé, Flora Jay
article
ESEB 2017 - Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Aug 2017, Groningen, Netherlands
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BibTex
titre
SPI-DNA: End-to-end Deep Learning Approach for Demographic History Inference
auteur
Théophile Sanchez, Guillaume Charpiat, Flora Jay
article
Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2017, Orsay, France
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BibTex
titre
Reconstructing past history from whole-genomes: an ABC approach handling recombining data.
auteur
Flora Jay, Simon Boitard, Frederic Austerlitz
article
European Mathematical Genetics Meeting, Apr 2017, Tartu, Estonia
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Poster communications

titre
End-to-End Deep Learning Approach for Demographic History Inference
auteur
Théophile Sanchez, Guillaume Charpiat, Flora Jay
article
Human Evolution: Fossils, Ancient and Modern Genomes 2017, Nov 2017, Hinxton, Cambridge, United Kingdom
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