2018

auteur
Louis Bigo, Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé
titre
Actes des Journées d'Informatique Musicale (JIM 2018), Amiens
article
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2018), May 2018, Amiens, France. 2018, 〈http://www.algomus.fr/jim2018〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01790928/file/jim2018-amiens-actes.pdf BibTex
auteur
Louis Bigo, Laurent Feisthauer, Mathieu Giraud, Florence Levé
titre
Relevance of musical features for cadence detection
article
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2018), 2018, Paris, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01801060/file/2018-ismir-cadences.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Richard Groult, Emmanuel Leguy
titre
Dezrann, a Web Framework to Share Music Analysis
article
International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR 2018), May 2018, Montréal, Canada. Proceedings of the International Conference on Technologies for Music Notation and Representation, pp.104-110, 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01796787/file/2018-dezrann-tenor.pdf BibTex
auteur
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikaël Salson
titre
Indexing labeled sequences
article
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. 〈10.7717/peerj-cs.148〉
DOI
DOI : 10.7717/peerj-cs.148
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01743104/file/2018-Rocher-indexing-labeled-sequences.pdf BibTex

2017

auteur
Louis Bigo, Mathieu Giraud, Richard Groult, Nicolas Guiomard-Kagan, Florence Levé
titre
Sketching Sonata Form Structure in Selected Classical String Quartets
article
ISMIR 2017 - International Society for Music Information Retrieval Conference, 2017, Suzhou, China. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01568703/file/2017-ismir-sonata.pdf BibTex
auteur
Julien Debove, David Durand, Marion Giraud, Mathieu Giraud, Richard Groult, Nicolas Guiomard-Kagan, Ophélie Hérouart, Emmanuel Leguy, Florence Levé, Nathan Marécaux, Hervé Midavaine
titre
Les pierres musicales, un dispositif pédagogique interactif
article
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2017), 2017, Paris, France. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01517519/file/2017-jim-pierres-musicales.pdf BibTex
auteur
Anton W Langerak, Monika Brüggemann, Frédéric Davi, Nikos Darzentas, Jacques J M Van Dongen, David Gonzalez, Gianni Cazzaniga, Véronique Giudicelli, Marie-Paule Lefranc, Mathieu Giraud, Elizabeth A Macintyre, Michael Hummel, Christiane Pott, Patricia J T A Groenen, Kostas Stamatopoulos
titre
High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
article
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. 〈10.4049/jimmunol.1602050 〉
DOI
DOI : 10.4049/jimmunol.1602050
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auteur
Emmanuel Leguy, Richard Groult, Mathieu Giraud
titre
Une application web interactive pour l'analyse musicale
article
European Music Analysis Conference (EuroMAC 2017), 2017, Strasbourg, France. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01517517/file/2017-euromac-application-web.pdf BibTex
auteur
Mikael Salson, Mathieu Giraud, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez, Yann Ferret, Marc Duez, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Shéhérazade Sebda, Sabine Quief, Céline Villenet, Martin Figeac, Claude Preudhomme
titre
High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones
article
Leukemia Research, Elsevier, 2017, 53, pp.1-7. 〈10.1016/j.leukres.2016.11.009〉
DOI
DOI : 10.1016/j.leukres.2016.11.009
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01404817/file/2017-SalsonGiraudCaillaultGrardel-mrd-hal.pdf BibTex

2016

auteur
Marc Duez, Mathieu Giraud, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Mikael Salson, Florian Thonier
titre
Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (11), 〈10.1371/journal.pone.0166126〉
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0166126
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01397079/file/journal.pone.0166126.PDF BibTex
auteur
Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez, Céline Villenet, Martin Figeac, Claude Preudhomme, Mikaël Salson, Mathieu Giraud
titre
Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
article
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. 〈http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bjh.13981/abstract〉. 〈10.1111/bjh.13981〉
DOI
DOI : 10.1111/bjh.13981
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01279160/file/2016-FerretCaillault-multi-loci-diagnosis-hal.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé
titre
Computational Analysis of Musical Form
article
David Meredith. Computational Music Analysis, Springer, pp.113-136, 2016, 978-3-319-25929-1. 〈10.1007/978-3-319-25931-4_5〉
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-25931-4_5
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auteur
Mathieu Giraud
titre
Compter les globules blancs, analyser les partitions
article
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01577763/file/2016-hdr-giraud.pdf BibTex
auteur
Nicolas Guiomard-Kagan, Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé
titre
Improving voice separation by better connecting contigs
article
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2016), Aug 2016, New York, United States. ISMIR 2016 proceedings, 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01331551/file/2016-ismir-connecting-contigs%20%281%29.pdf BibTex
auteur
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikael Salson
titre
Indexer un ensemble de séquences ADN annotées
article
JOBIM, Jun 2016, Lyon, France
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BibTex
auteur
Mikael Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Yann Ferret, Alice Fievet, Michaela Kotrova, Florian Thonier, Patrick Villarese, Stephanie Wakeman, Gary Wright, Mathieu Giraud
titre
A dataset of sequences with manually curated V(D)J designations
article
Workshop Immune Repertoire Sequencing : Bioinformatics and Applications in Hematology and Immunol.. 2016
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2015

auteur
Guillaume Bagan, Mathieu Giraud, Richard Groult, Emmanuel Leguy
titre
Modélisation et visualisation de schémas d'analyse musicale avec music21
article
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2015), 2015, Montréal, Canada. 2015, 〈http://jim2015.oicrm.org/#actes〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01135118/file/2015-jim-schema.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Richard Groult, Emmanuel Leguy, Florence Levé
titre
Computational Fugue Analysis
article
Computer Music Journal, Massachusetts Institute of Technology Press (MIT Press): Arts & Humanities Titles etc, 2015, 39 (2), pp.77-96. 〈10.1162/COMJ_a_00300〉
DOI
DOI : 10.1162/COMJ_a_00300
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01113520/file/2015-cmj-fugues.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Sławek Staworko
titre
Modeling Musical Structure with Parametric Grammars
article
Mathematics and Computation in Music (MCM 2015), Jun 2015, London, United Kingdom. LNCS (9110), pp.85-96, 2015, 〈10.1007/978-3-319-20603-5_8〉
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-20603-5_8
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https://hal.inria.fr/hal-01205422/file/staworko-mcm15.pdf BibTex
auteur
Nicolas Guiomard-Kagan, Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé
titre
Comparing Voice and Stream Segmentation Algorithms
article
International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2015), Oct 2015, Malaga, Spain. Proceedings of the 16th ISMIR Conference, pp.493-499, 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01246693/file/2015-ismir-voices-streams.pdf BibTex
auteur
Michaela Kotrova, Katerina Muzikova, Ester Mejstrikova, Michaela Novakova, Violeta Bakardjieva-Mihaylova, Karel Fiser, Jan Stuchly, Mathieu Giraud, Mikael Salson, Christiane Pott, Monika Brüggemann, Marc Füllgrabe, Jan Stary, Jan Trka, Eva Fronkova
titre
The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL.
article
Blood, American Society of Hematology, 2015, 126 (8), pp.1045-7. 〈10.1182/blood-2015-07-655159〉
DOI
DOI : 10.1182/blood-2015-07-655159
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BibTex
auteur
Lucile Lefèvre, Hanin Omeiri, Ludivine Drougat, Constanze Hantel, Mathieu Giraud, Pierre Val, S Rodriguez, K Perlemoine, Corinne Blugeon, Felix Beuschlein, Aurélien De Reyniès, Marthe Rizk-Rabin, Jérôme Bertherat, Bruno Ragazzon
titre
Combined transcriptome studies identify AFF3 as a mediator of the oncogenic effects of β-catenin in adrenocortical carcinoma
article
Oncogenesis, Nature Publishing Group: Open Access Journals - Option C, 2015, 4 (7), pp.e161. 〈10.1038/oncsis.2015.20〉
DOI
DOI : 10.1038/oncsis.2015.20
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01182372/file/oncsis201520a.pdf BibTex
auteur
Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Hélène Touzet
titre
Modeling alternate RNA structures in genomic sequences.
article
Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2015, 22 (3), pp.190-204
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BibTex
auteur
Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré
titre
Perfect Hashing Structures for Parallel Similarity Searches
article
International Workshop on High Performance Computational Biology (HiCOMB 2015) / International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS 2015), 2015, Hyderabad, India. pp.332-341, 2015, 〈http://www.hicomb.org/〉. 〈10.1109/IPDPSW.2015.105〉
DOI
DOI : 10.1109/IPDPSW.2015.105
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2014

auteur
Laurent David, Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé, Corentin Louboutin
titre
Vers une analyse automatique des formes sonates
article
Journées d'Informatique Musicale (JIM 2014), 2014, Bourges, France. pp.113-118, 2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01009166/file/2014-jim-sonata.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Florence Levé, Florent Mercier, Marc Rigaudière, Donatien Thorez
titre
Towards Modeling Texture in Symbolic Data
article
International Society for Music Information Retrieval Conference - ISMIR, 2014, Taipei, Taiwan. pp.59-64, 2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01057017/file/2014-ismir-texture%20%281%29.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Christophe Roumier, Claude Preudhomme, Martin Figeac
titre
Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.409. 〈10.1186/1471-2164-15-409〉
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-15-409
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01009173/file/1471-2164-15-409.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Marc Rigaudière
titre
Algorithmes pour l’analyse de la musique tonale
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, Lavoisier, 2014, Informatique musicale, 33 (7-8), pp.567-586. 〈http://tsi.revuesonline.com/article.jsp?articleId=19956〉. 〈10.3166/tsi.33.567-586 〉
DOI
DOI : 10.3166/tsi.33.567-586
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BibTex
auteur
Nathalie Grardel, Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez
titre
Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis
article
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. 2014, 〈http://www.bloodjournal.org/content/124/21/1083〉
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BibTex
auteur
Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, Shéhérazade Sebda, Christophe Roumier, Martin Figeac, Claude Preudhomme, Mathieu Giraud
titre
Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
article
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France. 2014, 〈http://soumission.sfh.cyim.com/data/ModuleMiseEnLigne/Generation/Html/Web/evenements/8/programmes/20/sessions/571.html〉
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BibTex
auteur
Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Hélène Touzet
titre
Searching for alternate RNA structures in genomic sequences
article
Computational Methods for Structural RNAs, CMSR'14, Sep 2014, Strasbourg, France. 1, pp.13-24, 2014, 1st workshop on Computational Methods for Structural RNAs. 〈10.15455/CMSR.2014.0002〉
DOI
DOI : 10.15455/CMSR.2014.0002
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01084319/file/CMSR14-Article-Touzet.pdf BibTex

2013

auteur
Christina Anagnostopoulou, Mathieu Giraud, Nick Poulakis
titre
Melodic contour representations in the analysis of children's songs
article
Peter van Kranenburg, Christina Anagnostopoulou, Anja Volk. 3rd International Workshop on Folk Music Analysis, Jun 2013, Amsterdam, Netherlands. Meertens Institute and Utrecht University Department of Information and Computing Sciences, pp.40-43, 2013, Wiskunde en Informatica
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826427/file/melodic-contour-fma-2013.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Ken Déguernel, Emilios Cambouropoulos
titre
Fragmentations with pitch, rhythm and parallelism constraints for variation matching
article
International Symposium on Computer Music Multidisciplinary Research (CMMR), Oct 2013, Marseille, France. LNCS 8905,, pp.298-312, 2014, 〈http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-12976-1_19〉. 〈10.1007/978-3-319-12976-1_19〉
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-12976-1_19
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00906462/file/variations-cmmr-2013-lncs.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Jean-Stéphane Varré, Céline Villenet, Sabine Quief, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Christophe Roumier, Claude Preudhomme, Martin Figeac
titre
Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit
article
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
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BibTex
auteur
Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie De Quatrebarbes, Stéphane Laurent
titre
Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
article
[Interne] none. 2013, pp.34
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BibTex

2012

auteur
Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé
titre
Detecting Episodes with Harmonic Sequences for Fugue Analysis
article
ISMIR - International Society for Music Information Retrieval Conference - 2012, 2012, Porto, Portugal. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00712565/file/harmonic-sequences-episodes-ismir-2012-ggl.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Richard Groult, Florence Levé
titre
Subject and counter-subject detection for analysis of the Well-Tempered Clavier fugues
article
International Symposium on Computer Music Modelling and Retrieval (CMMR 2012), 2012, United Kingdom. pp.661-673, 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00712554/file/fugues-cmmr-2012-ggl.pdf BibTex
auteur
Azadeh Saffarian, Mathieu Giraud, Antoine De Monte, Hélène Touzet
titre
RNA Locally Optimal Secondary Structures
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2012, 19 (10), pp.1120-1133. 〈10.1089/cmb.2010.0178〉
DOI
DOI : 10.1089/cmb.2010.0178
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https://hal.inria.fr/hal-00756249/file/saffarian-2012-locally-optimal.pdf BibTex

2011

auteur
Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
titre
biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics
article
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
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BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
titre
Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
article
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria. 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00623390/file/bosc11.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Mikaël Salson
titre
Les séquenceurs à haut débit
article
Interstices, INRIA, 2011, 〈https://interstices.info/jcms/int_63223/les-sequenceurs-a-haut-debit〉
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BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré
titre
Parallel Position Weight Matrices Algorithms
article
Parallel Computing, Elsevier, 2011, 37, pp.466-478. 〈10.1016/j.parco.2010.10.001〉
DOI
DOI : 10.1016/j.parco.2010.10.001
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00623404/file/parallelcomputing.pdf BibTex
auteur
Florence Levé, Richard Groult, Guillaume Arnaud, Cyril Séguin, Rémi Gaymay, Mathieu Giraud
titre
Rhythm extraction from polyphonic symbolic music
article
12th International Society for Music Information Retrieval Conference (ISMIR 2011), Oct 2011, United States. pp.375-380, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00636058/file/rhythm-leve.pdf BibTex
auteur
Tuan Tu Tran, Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré
titre
Bit-Parallel Multiple Pattern Matching
article
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 11), 2011, Torun, Poland. 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00637227/file/pbc11-tran.pdf BibTex
auteur
Jean-Stéphane Varré, Bertil Schmidt, Stéphane Janot, Mathieu Giraud
titre
Manycore high-performance computing in bioinformatics
article
Laura Elnitski, Helen Piontkivska, Lonnie R Welch. Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery, World Scientific, chapter 8, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00563408/file/varre-manycore-bioinformatics.pdf BibTex

2010

auteur
Hideo Bannai, Mathieu Giraud, Kazuhiko Kusano, Wataru Matsubara, Ayumi Shinohara, Jamie Simpson
titre
The Number of Runs in a Ternary Word
article
Jan Holub and Jan Žďárek. Prague Stringology Conference 2010, Aug 2010, France. pp.178-181, 2010
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00533202/file/PSC2010_article16.pdf BibTex
auteur
Nadia Pisanti, Mathieu Giraud, Pierre Peterlongo
titre
Filters and seeds approaches for fast homology searches in large datasets
article
Mourad Elloumi and Albert Y. Zomaya. Algorithms in computational molecular biology, John Wiley & sons, 2010
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BibTex

2009

auteur
Mathieu Giraud, Jean-Stéphane Varré
titre
Parallel Position Weight Matrices Algorithms
article
International Symposium on Parallel and Distributed Computing (ISPDC 2009), Jul 2009, Lisboa, Portugal. pp.65-69, 2009, 〈10.1109/ISPDC.2009.31〉
DOI
DOI : 10.1109/ISPDC.2009.31
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https://hal.inria.fr/inria-00438215/file/ispdc09-final.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud
titre
Asymptotic behavior of the number of runs and microruns
article
Information and Computation, Elsevier, 2009, 207 (11), pp.1221-1228. 〈10.1016/j.ic.2009.02.007〉
DOI
DOI : 10.1016/j.ic.2009.02.007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00438214/file/ic.pdf BibTex
auteur
Peter Steffen, Robert Giegerich, Mathieu Giraud
titre
GPU Parallelization of Algebraic Dynamic Programming
article
Parallel Processing and Applied Mathematics / Parallel Biocomputing Conference (PPAM / PBC 09), Sep 2009, Wroclaw, Poland. 2009, LNCS
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00438219/file/CP54.pdf BibTex
auteur
Jean-Stéphane Varré, Stéphane Janot, Mathieu Giraud
titre
Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics
article
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), Jun 2009, Stockholm, Sweden. 2009
Accès au bibtex
BibTex

2008

auteur
Mathieu Giraud
titre
Not so many runs in strings
article
2nd International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA 2008), Mar 2008, Tarragona, Spain. 2008, LNCS
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00271630/file/giraud-lata-08.pdf BibTex
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
titre
Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (534), 〈10.1186/1471-2105-9-534〉
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-9-534
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00340510/file/journal2.pdf BibTex

2007

auteur
Jean-Eudes Duchesne, Mathieu Giraud, Nadia El-Mabrouk
titre
Seed-Based Exclusion Method for Non-coding RNA Gene Search
article
13th Annual International Computing and Combinatorics Conference (COCOON 2007), Jul 2007, Banff, Canada. 4598, pp.27-39, 2007, LNCS. 〈10.1007/978-3-540-73545-8_6〉
DOI
DOI : 10.1007/978-3-540-73545-8_6
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https://hal.inria.fr/inria-00271642/file/dgem-cocoon-07-lncs.pdf BibTex
auteur
Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier
titre
Path-equivalent developments in acyclic weighted automata
article
International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2007, 18 (4), pp.799-812. 〈10.1142/S012905410700498X〉
DOI
DOI : 10.1142/S012905410700498X
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https://hal.inria.fr/inria-00271646/file/gvl-ijfcs-07-preprint.pdf BibTex
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
titre
Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
article
Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00178325/file/Lav07cb.pdf BibTex

2006

auteur
Nicolas Deroche, Mathieu Giraud
titre
Symbiologik : jouez avec les gènes
article
Interstices, INRIA, 2006, 〈https://interstices.info/jcms/c_15964/symbiologik-jouez-avec-les-genes〉
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auteur
Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud
titre
Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions
article
2006, Springer, pp.23--33, 2006, LNCS 4094. 〈10.1007/11812128_4〉
DOI
DOI : 10.1007/11812128_4
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auteur
Sandrine Pawlicki, Anne-Sophie Valin, Mathieu Giraud, Gilles Georges, Christian Delamarche, Grégory Ranchy
titre
Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.
article
Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00456604/file/pawlicki-et-al-2006-1.pdf BibTex
auteur
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César Lerman, Anne-Sophie Valin, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
titre
Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2006, 22(16), pp.1948-1954
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2005

auteur
Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier
titre
Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles
article
Alexandre Vautier, Sylvie Saget. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37, 2005
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auteur
Dominique Lavenier, Mathieu Giraud
titre
Bioinformatics Applications
article
Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2
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auteur
Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, Emmanuelle Morin, Elodie Retout, Anne-Sophie Valin, Kerstin Lindblad-Toh, Jacques Nicolas, Francis Galibert
titre
The dog and rat olfactory receptor repertoires
article
Genome Biology, BioMed Central, 2005, 6 (10), pp.R83. 〈10.1186/gb-2005-6-10-r83〉
DOI
DOI : 10.1186/gb-2005-6-10-r83
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auteur
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
titre
Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana
article
XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France. 2005, 4-6/07/2005
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2002

auteur
Ghizlane Bana, Roman Kolpakov, Mathieu Giraud, Ralph Rabbat, Gregory Kucherov
titre
mreps: a program for exhaustive search for tandem repeats in DNA sequences
article
Sixth Annual International Conference on Research in Computational Biology - RECOMB 2002, Apr 2002, Washington, DC, US, 2002
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2000

auteur
Mathieu Giraud, Grégory Kucherov
titre
Maximal Repetitions and Application to DNA sequences
article
G. Caraux, O. Gascuel, M.-F. Sagot. Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, AGRO, pp.165--172, 2000
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https://hal.inria.fr/inria-00107854/file/A00-R-165.pdf BibTex