2014

Article dans des revues

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Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis De Corny, et al.. The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.. Plant Journal, Wiley-Blackwell, 2014, epub ahead of print. <10.1111/tpj.12627>. <hal-01057153>
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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, et al.. Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP. Journal of Theoretical Computer Science (TCS), Elsevier, 2014, <10.1016/j.tcs.2014.06.022>. <hal-01058610>
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap Van Milgen, Anne Siegel. Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.32. <10.1186/1752-0509-8-32>. <hal-00980499>
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Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, et al.. Genome and metabolic network of "Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi" Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae. Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.241. <10.3389/fgene.2014.00241>. <hal-01079739>
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Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions. RAIRO: Informatique Théorique et Applications / RAIRO: Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, 2014, 48 (3), pp.249-266. <10.1051/ita/2014008>. <hal-01079727>
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Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, et al.. Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive. Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. <10.3389/fgene.2014.00117 >. <hal-01079758>
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Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.8. <10.1186/1752-0509-8-8>. <hal-00947219>
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Communication dans un congrès

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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications. SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, Dec 2013, Munchen, Germany. <hal-01079768>
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Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel. Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach. 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, Dec 2013, San Diego, United States. Springer, 8318, pp.322-336, Lecture Notes in Computer Science; Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation. <10.1007/978-3-642-54013-4_18>. <hal-00926477>
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Chapitre d'ouvrage

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Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla. Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, <10.1002/9781119005223.ch2>. <hal-01079762>
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2013

Article dans des revues

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Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, et al.. Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP): Policy B - Oxford Open Option B, 2013, 29 (18), pp.2320-2326. <10.1093/bioinformatics/btt393>. <hal-00853704>
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Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla. Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP. Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. <10.1017/S1471068413000422>. <hal-00853747>
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Communication dans un congrès

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Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, et al.. Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. <hal-00853752>
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Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. Generating discrete planes with substitutions. WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland. <hal-00853758>
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Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele. An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. <hal-00853762>
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Anne Siegel. Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework. PRIB - Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics - 2013, Jun 2013, Nice, France. <hal-00853839>
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2012

Article dans des revues

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Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum. Uniform Distribution Theory, Mathematical Institute of the Slovak Academy of Sciences, 2012, 7 (1), pp.173-197. <http://www.boku.ac.at/MATH/udt/vol07/no1/09BertJolSieg29-11.pdf>. <hal-00750209>
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Communication dans un congrès

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Thierry Tonon, P. Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, et al.. Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology. Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France. <hal-00760640>
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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, et al.. Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming. D. Gilbert and M. Heiner. CMSB - 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, Oct 2012, London, United Kingdom. Springer, 7605, pp.342-361, CMSB 2012, LNCS. <10.1007/978-3-642-33636-2_20>. <hal-00737112v2>
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Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass. Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network. Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171. <hal-00740722>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00740722/file/jobim2012.03.15.pdf BibTex
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap Van Milgen, Anne Siegel. Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes. F. Coste et D. Tagu. JOBIM 2012, Dec 2011, Rennes, France. Inria Rennes Bretagne Atlantique, pp.123-132, JOBIM 2012. 13eme journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques. <http://jobim2012.inria.fr/jobim_actes_2012_online.pdf>. <hal-00750512>
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2011

Article dans des revues

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Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner. Fractal tiles associated with shift radix systems. Advances in Mathematics, Elsevier, 2011, 226 (1), pp.139-175. <10.1016/j.aim.2010.06.010>. <hal-00407999v2>
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Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, et al.. Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.. OMICS, Mary Ann Liebert, 2011, 15 (12), pp.883-892. <10.1089/omi.2011.0089>. <hal-00661751>
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Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel. Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2011, 7 (9), pp.e1002157. <10.1371/journal.pcbi.1002157>. <hal-00626708>
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Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, et al.. Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform, IEEE/ACM, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. <10.1109/TCBB.2010.71>. <inria-00538134>
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Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue. Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities. Transactions on Computational Systems Biology, Springer, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, pp.110-130. <10.1007/978-3-642-19748-2_6>. <inria-00538136>
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Communication dans un congrès

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Pierre Blavy, Florence Gondret, Thiele Sven, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, et al.. A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data. 4th International Symposium on Animal Functional Genomics, Oct 2011, Dublin, Ireland. <hal-00640720>
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2010

Article dans des revues

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Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, et al.. Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2010, 4 (1), pp.146. <10.1186/1752-0509-4-146>. <inserm-00984711>
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Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier. Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.. Molecular Reproduction and Development, Wiley-Blackwell, 2010, 77 (3), pp.257-64. <10.1002/mrd.21142>. <hal-00486418>
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Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner. Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion. Bulletin of the London Mathematical Society / The Bulletin of the London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. <10.1112/blms/bdq019>. <hal-00400799v2>
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Communication dans un congrès

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Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, et al.. Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming. Principles of Knowledge Representation and Reasoning, Dec 2009, Toronto, Canada. AAAI Press, Principles of Knowledge Representation and Reasoning: Proceedings of the Twelfth International Conference, KR 2010. <inria-00538137>
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Chapitre d'ouvrage

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Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap Van Milgen, et al.. A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows. D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9. <inria-00538138>
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Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Substitutions, Rauzy fractals and tilings. Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979. <inria-00538135>
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2009

Article dans des revues

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Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner. Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009). Actes des rencontres du CIRM, Société mathématique de France, 2009, 1 (1), pp.1-2. <http://acirm.cedram.org/acirm-bin/fget?id=ACIRM_2009>. <inria-00429811>
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Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, Francois Moreews, Anne Siegel. BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks. BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 26 (10), pp.244. <http://www.biomedcentral.com/1471-2164/10/244>. <10.1186/1471-2164-10-244>. <inria-00429804>
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Communication dans un congrès

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Sophie Lemosquet, Jérémie Bourdon, Jocelyne Guinard-Flament, Anne Siegel, Jaap Van Milgen. A Generic Stochiometric Model to Analyse the Metabolic Flexibility of the Mammary Gland in Lactating Dairy Cows. INRA. 7th Workshop Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals, Sep 2009, Paris, France. pp.52. <hal-00416396>
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Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, et al.. Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks. AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. 475, pp.72-87, CEUR Workshop proceedings. <inria-00429801>
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Anne Siegel. From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles. Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom. <inria-00429814>
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Anne Siegel. Rational numbers with purely periodic beta-expansions. Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria. <inria-00429815>
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of Rauzy fractals. Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF. <inria-00539742>
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2008

Article dans des revues

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Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. Monatshefte für Mathematik, Springer Verlag (Germany), 2008, 155 (3-4), pp.377-419. <10.1007/s00605-008-0009-7>. <inria-00330567>
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Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9, <10.1186/1471-2105-9-228>. <inria-00330578>
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Communication dans un congrès

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Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal Martin, et al.. A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France. <hal-00729742>
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00729742/file/BLAVY_version2.pdf BibTex
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Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS. CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. 5488, pp.144-155, Lecture Notes in Computer Sciences LNCS. <http://www.springerlink.com/content/r058r17l84778kg9/?p=74d54a52824142029829f687fb65a4d3&pi=12>. <inria-00331385>
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https://hal.inria.fr/inria-00331385/file/cibb.pdf BibTex
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Anne Siegel. Topological properties of central tiles and boundary graphs. Number Theory and Ergodic Theory, Dec 2007, Kanazawa, Japan. <inria-00330588>
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Direction d'ouvrage, Proceedings

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Didier Caucal, Anne Siegel. Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006). Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, pp.240, 2008. <inria-00330569>
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HDR

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Anne Siegel. Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire. Mathematics. Université Rennes 1, 2008. <tel-00358996>
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Rapport

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Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, et al.. Modeling local repeats on genomic sequences. [Research Report] RR-6802, 2008, pp.43. <inria-00353690>
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https://hal.inria.fr/inria-00353690/file/RR-6802.pdf BibTex

2007

Article dans des revues

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Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. The Journal of Biological Physics and Chemistry, AMSI & Collegium Basilea, 2007, 7, pp.37-43. <inria-00178914>
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https://hal.inria.fr/inria-00178914/file/jbpc_article.pdf BibTex
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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?. Biofutur, Lavoisier, 2007, 275, pp.27-31. <inria-00178791>
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https://hal.inria.fr/inria-00178791/file/SiegelFinal.pdf BibTex
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. Journal of Number Theory, Elsevier, 2007, 127 (2), pp.153-172. <inria-00181997>
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https://hal.inria.fr/inria-00181997/file/shift.pdf BibTex
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic Beta-Expansions in the Non-Unit Case. Journal of Number Theory, Elsevier, 2007, 127, pp.153-172. <lirmm-00212296>
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Communication dans un congrès

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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models. 6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland. <inria-00178854>
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https://hal.inria.fr/inria-00178854/file/ICIAM.pdf BibTex
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Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of central tiles for substitutions. Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria. <inria-00180246>
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Rapport

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Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. [Research Report] 2007. <inria-00185038>
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Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. [Research Report] 2007. <inria-00180239>
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https://hal.inria.fr/inria-00180239/file/ABBS_Submitted.pdf BibTex
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Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. [Research Report] RR-6190, 2007, pp.14. <inria-00145537v2>
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https://hal.inria.fr/inria-00145537/file/RR-6190.pdf BibTex

2006

Article dans des revues

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Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne. Topology and static response of interaction networks in molecular biology. Journal of the Royal Society Interface, Royal Society, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. <10.1098/rsif.2005.0092>. <inria-00178842>
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https://hal.inria.fr/inria-00178842/file/newton2.pdf BibTex
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Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, et al.. Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks. BioSystems, Elsevier, 2006, 84, pp.153-174. <inria-00178809>
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https://hal.inria.fr/inria-00178809/file/BiosystemsSRLVOL.pdf BibTex
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Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel. Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group. Annales de l'Institut Fourier, Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212. <inria-00178799>
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https://hal.inria.fr/inria-00178799/file/ABHS.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel. Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings. Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France. <inria-00180242>
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https://hal.inria.fr/inria-00180242/file/ABS-JM.pdf BibTex

2005

Article dans des revues

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Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu. Complex Qualitative Models in Biology: a new approach. Complexus, Karger, 2005, 2, pp.140-151. <inria-00178819>
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Tilings Associated with Beta-numeration and Substitutions. Integers : Electronic Journal of Combinatorial Number Theory, State University of West Georgia, Charles University, and DIMATIA, 2005, Proceedings of the 2004 Number Theoretic Algorithms and Related Topics Workshop, 5 (3), pp.A2. <lirmm-00105299>
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http://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00105299/file/D437.PDF BibTex

2004

Pré-publication, Document de travail

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case. 2004. <hal-00002208>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00002208/file/BertheSiegel.pdf BibTex

2002

Rapport

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. [Research Report] RR-4619, 2002. <inria-00071966>
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00071966/file/RR-4619.pdf BibTex