2022

Article dans une revue

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Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, et al.. The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties. BMC Genomics, 2022, 23, pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-022-08459-y⟩. ⟨hal-03612308⟩

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Communication dans un congrès

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Clara Delahaye, Jacques Nicolas. Answer Set Programming based haplotype phasing of long reads for polyploid species. 23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Villeurbanne - Lyon, France. ⟨hal-03595247⟩

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Poster de conférence

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Gouenou Coatrieux, Chloé Berton, Elsa Dupraz, Belaid Hamoum, Thomas Derrien, et al.. Storing the declaration of human rights on one data DNA molecule. CominLabs day 2022, Oct 2022, Rennes, France. pp.1-1. ⟨hal-03817852⟩

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Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, et al.. The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties. JOBIM 2022 - Les journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , pp.1-1, 2022. ⟨hal-03717986⟩

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2021

Article dans une revue

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Clara Delahaye, Jacques Nicolas. Sequencing DNA with nanopores: Troubles and biases. PLoS ONE, 2021, 16 (10), pp.e0257521. ⟨10.1371/journal.pone.0257521⟩. ⟨hal-03362956⟩

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Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Téo Lemane, Eric Guédon, Jacques Nicolas. Identification of isolated or mixed strains from long reads: a challenge met on Streptococcus thermophilus using a MinION sequencer. Microbial Genomics, 2021, 7 (11), pp.1-14. ⟨10.1099/mgen.0.000654⟩. ⟨hal-03444296⟩

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Ouvrages

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Frédéric Alexandre, Christian Bessiere, Jean-François Bonnefon, Tristan Cazenave, Raja Chatila, et al.. Artificial Intelligence. What is it, exactly?. Sébastien Konieczny; Henri Prade. College Publication, 2021, 9781848903388. ⟨hal-04270168⟩

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Poster de conférence

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Grégoire Siekaniec, Rania Ouazahrou, Gaëlle Boudry, Eric Guédon, Emeline Roux, et al.. Identification of bacterial strains using ORI (Oxford nanopore Reads Identification). Microbes 2021 - Société Française de Microbiologie, Sep 2021, Nantes, France. ⟨hal-03374572⟩

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2020

Article dans une revue

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Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, et al.. Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift. iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩. ⟨hal-01943880v2⟩

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Chapitre d'ouvrage

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Jacques Nicolas. IA et bioinformatique. Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502. ⟨hal-03127545⟩

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Jacques Nicolas. Artificial Intelligence and Bioinformatics. Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2. ⟨hal-01850570v2⟩

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Autre publication scientifique

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Clara Delahaye, Jacques Nicolas. Nanopore MinION long read sequencer: an overview of its error landscape. 2020. ⟨hal-03123133⟩

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Ouvrages

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Frédéric Alexandre, Leila Amgoud, Christian Bessiere, Jean-François Bonnefon, Tristan Cazenave, et al.. L’intelligence Artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?. Sébastien Konieczny; Henri Prade. Cepadues, 2020, 9782364938502. ⟨hal-04270163⟩

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Poster de conférence

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Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Eric Guédon, Jacques Nicolas. Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing. JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France. ⟨hal-03121440⟩

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2019

Article dans une revue

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Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel. Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks. Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩. ⟨hal-02018724⟩

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Communication dans un congrès

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Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas. Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression. ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩. ⟨hal-02399578⟩

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2018

Article dans une revue

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Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data. Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩. ⟨hal-01643156v2⟩

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Communication dans un congrès

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François Coste, Jacques Nicolas. Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction. ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168. ⟨hal-01872266⟩

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Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads. JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3. ⟨hal-01930211⟩

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Poster de conférence

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Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets. RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-04360334⟩

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Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets. RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-01929963⟩

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Lalatiana Rakotozafy, Amos Dago-Serry, Rebeca Garcia, Aline Boussard, Jacques Nicolas, et al.. Impacts de 5 ingrédients utilisés en panification étudiés par fluorescence frontale 3D au moyen de plans d'expériences. Chimiométrie 2018, Jan 2018, Paris, France. . ⟨hal-04292214⟩

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2017

Article dans une revue

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Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, Maria-Paz Cortés, et al.. Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks. PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩. ⟨hal-01635688⟩

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Communication dans un congrès

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Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas. FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression. International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩. ⟨hal-01558302⟩

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Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, et al.. Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid. 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States. ⟨hal-01566438⟩

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2016

Article dans une revue

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Rebeca Garcia, Aline Boussard, Lalatiana Rakotozafy, Jacques Nicolas, Jacques Potus, et al.. 3D-front-face fluorescence spectroscopy and independent components analysis: a new way to monitor bread dough development. Talanta, 2016, 147, pp.307-314. ⟨10.1016/j.talanta.2015.10.002⟩. ⟨hal-01250500⟩

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Communication dans un congrès

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Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou. Packing graphs with ASP for landscape simulation. IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8. ⟨hal-01327368⟩

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Poster de conférence

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Aline Boussard, Rebeca Garcia, Jacques Nicolas, Lalatiana Rakotozafy, Jacques Potus, et al.. Spectroscopie de Fluorescence Frontale et Analyse en Composantes Indépendantes : une nouvelle façon de suivre la structuration de la pâte à pain. Chimiométrie 2016, Jan 2016, Namur, France. ⟨hal-04292268⟩

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2015

Article dans une revue

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J.B. Stielow, C.A. Lévesque, K.A. Seifert, Wieland Meyer, L. Irinyi, et al.. One fungus, which genes? Development and assessment of universal primers for potential secondary fungal DNA barcodes. Persoonia, 2015, 35 (1), pp.242-263. ⟨10.3767/003158515X689135⟩. ⟨hal-01594853⟩

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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, et al.. Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP. Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩. ⟨hal-01058610⟩

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Stéphanie Brandicourt Goujon, Jacques Nicolas, Aline Boussard, Anne-Marie Riquet-Motchidlover. Use of ESR and HPLC to follow the anaerobic reaction catalysed by lipoxygenases. Food Chemistry, 2015, 168, pp.311-320. ⟨10.1016/j.foodchem.2014.07.034⟩. ⟨hal-01123396⟩

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Laure Bertrand, Lalatiana Rakotozafy, Jacques Nicolas. Activity of carbohydrate oxidases as influenced by wheat flour dough components. Food Chemistry, 2015, 181, pp.333-338. ⟨10.1016/j.foodchem.2015.02.062⟩. ⟨hal-01269433⟩

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Christophe Cordella, Rebeca Garcia, Aline Boussard, Lalatiana Rakotozafy, Douglas Rutledge, et al.. Suivi de la structuration de la pâte à pain grâce au couplage entre spectroscopie de fluorescence frontale et analyse en composantes indépendantes.. Annales des falsifications, de l'expertise chimique et toxicologique, 2015, 983, pp.38-48. ⟨hal-01300196⟩

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Communication dans un congrès

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Laurent Miclet, Jacques Nicolas. From formal concepts to analogical complexes. CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12. ⟨hal-01198943⟩

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Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée. Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR. JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-01197050⟩

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Chapitre d'ouvrage

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Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel. Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes. David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩. ⟨hal-01228488⟩

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Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor. Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming. S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization. ⟨hal-01196714⟩

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Poster de conférence

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Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret. Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways. JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015. ⟨hal-01242893⟩

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2014

Article dans une revue

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François Buche, Sylvie Davidou, F Verté, J Rouillé, Jacques Potus, et al.. Influence of oxygen content of kneading atmosphere on oxygen uptake and relaxation index of bread dough with various additives. Journal of Cereal Science, 2014, 60 (2), pp.282-288. ⟨10.1016/j.jcs.2014.06.007⟩. ⟨hal-01173911⟩

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Jacques Nicolas, Catherine Belleannée, François Coste. Le langage des molécules du vivant. Bibliothèque Tangente, 2014, 52, pp.8. ⟨hal-01100051⟩

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Communication dans un congrès

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François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas. A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples. ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49--63. ⟨hal-01080249⟩

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Hugo Bazille, Jacques Nicolas. Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem. 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France. ⟨hal-01063030⟩

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Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling. PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩. ⟨hal-01059506⟩

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François Coste, Gaëlle Garet, Agnès Groisillier, Jacques Nicolas, Thierry Tonon. Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis. ICFCA - 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania. ⟨hal-01063727⟩

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Valentin Wucher, Jacques Nicolas, Fabrice F. Legeai, Hervé Seitz, Denis Tagu. Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid. . 7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-01566284⟩

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Chapitre d'ouvrage

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Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas. Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network. Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, 978-3-662-44982-0. ⟨10.1007/978-3-662-44983-7_31⟩. ⟨hal-01093337⟩

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Poster de conférence

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Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino. Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry. Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014. ⟨hal-01093072⟩

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Aline Boussard, Stéphanie Brandicourt Goujon, Jacques Nicolas, Anne-Marie A.-M. Riquet-Motchidlover. Use of ESR and HPLC to identify and quantify free radicals generated during the anaerobic reaction catalyzed by LOX. 12. Euro Fed Lipid Congress – Oils, Fats and Lipids: from Lipidomics to Industrial Innovation, Sep 2014, Montpellier, France. , 2014. ⟨hal-02795662⟩

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2013

Article dans une revue

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Jean-Pierre Aka, Francis Courtois, Loic Louarme, Jacques Nicolas, Catherine Billaud. Modelling the interactions between free phenols, L-ascorbic acid, apple polyphenoloxidase and oxygen during a thermal treatment. Food Chemistry, 2013, 138 (2-3), pp.1289-1297. ⟨10.1016/j.foodchem.2012.10.083⟩. ⟨hal-01011117⟩

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Pierre-François Pluchon, Thomas Fouqueau, Christophe Crezé, Sébastien Laurent, Julien Briffotaux, et al.. An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs. PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩. ⟨hal-00911795⟩

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Communication dans un congrès

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Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas. Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network. ECDA - European Conference on Data Analysis - 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg. ⟨hal-00924413⟩

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2012

Communication dans un congrès

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François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas. Local Substitutability for Sequence Generalization. ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111. ⟨hal-00730553⟩

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Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1. JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14. ⟨hal-00726791⟩

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Chapitre d'ouvrage

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Jacques Nicolas. To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin. Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩. ⟨hal-00730207⟩

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2011

Article dans une revue

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François Buche, Sylvie Davidou, Marion Pommet, Jacques Potus, Jocelyn Rouillé, et al.. Competition for oxygen among oxidative systems during bread dough mixing: consequences of addition of glucose oxidase and lipoxygenase on yeasted dough rheology. Cereal Chemistry, 2011, 88 (5), pp.518-524. ⟨10.1094/CCHEM-07-10-0106⟩. ⟨hal-02651931⟩

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Yin Nai Chow, Loïc Louarme, Catherine Bonazzi, Jacques Nicolas, Catherine Billaud. Apple polyphenoloxidase inactivation during heating in the presence of ascorbic acid and chlorogenic acid. Food Chemistry, 2011, 129 (3), pp.761 - 767. ⟨10.1016/j.foodchem.2011.05.017⟩. ⟨hal-01003265⟩

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Communication dans un congrès

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Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov. Identification rapide de familles protéiques par dominance. 12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne, Mar 2011, Saint-Étienne, France. pp.791-792. ⟨inria-00611457⟩

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Rapport

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Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes. [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24. ⟨hal-00643408⟩

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2010

Article dans une revue

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Klau Gunnar, Jacques Nicolas. Introduction Special Theme Computational Biology. ERCIM News, 2010, Special Theme Computational Biology, 82. ⟨inria-00537580⟩

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Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Thomas Walsh, Owain Edwards, Karl Gordon, et al.. Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum.. BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.281. ⟨10.1186/1471-2164-11-281⟩. ⟨inserm-00482283⟩

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Jacques Nicolas. Décoder le vivant. Interstices, 2010. ⟨hal-01350190⟩

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Sebastien Tempel, Christine Rousseau, Fariza Tahi, Jacques Nicolas. ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements.. BMC Bioinformatics, 2010, 11, pp.474. ⟨10.1186/1471-2105-11-474⟩. ⟨inria-00536742⟩

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Communication dans un congrès

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Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, T. Walsh, Owain Edwards, Jacques Nicolas, et al.. Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome. Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States. ⟨inria-00537927⟩

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Lazaros Mavridis, Vishwesh Venkatraman, David Ritchie, Naoto Morikawa, Rumen Andonov, et al.. SHREC'10 Track: Protein Models. Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden. ⟨inria-00536680⟩

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2009

Article dans une revue

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Jacques Nicolas. Décoder le vivant. DocSciences, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, 8, pp.26-33. ⟨inria-00438517⟩

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Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas. CRISPI: a CRISPR Interactive database. Bioinformatics, 2009, 25 (24), pp.3317-3318. ⟨10.1093/bioinformatics/btp586⟩. ⟨inria-00438512⟩

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Yves Bigot, Sylvaine Renault, Jacques Nicolas, Corinne Moundras, Marie-Véronique Demattei, et al.. Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses. PLoS ONE, 2009, 4 (7), pp.e6397. ⟨10.1371/journal.pone.0006397⟩. ⟨inria-00448730⟩

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Communication dans un congrès

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Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, François Cousserans, Emmanuelle d'Alençon, Olivier Collin, et al.. From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.. 1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France. ⟨inria-00435823⟩

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Pierre Peterlongo, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Raoul Vorc'H, Joël Querellou. c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers. Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩. ⟨inria-00425373⟩

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Frédéric Bourgeon, Jacques Nicolas, Nathalie Melaine, Charles Pineau. Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract.. 34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic. ⟨hal-00667141⟩

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2008

Article dans une revue

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Christelle Maraschin, Hughes Robert, Aline Boussard, Jacques Potus, Jean-Luc Baret, et al.. Effect of storage temperature and flour water content on lipids, lipoxygenase activity, and oxygen uptake during dough mixing. Cereal Chemistry, 2008, 85 (3), pp.372-378. ⟨10.1094/CCHEM-85-3-0372⟩. ⟨hal-02662735⟩

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HDR

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Jacques Nicolas. Syntaxe, raisonnement et génomes. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008. ⟨tel-00355156⟩

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Rapport

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Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, et al.. Modeling local repeats on genomic sequences. [Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43. ⟨inria-00353690⟩

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2007

Article dans une revue

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Sébastien Tempel, Jacques Nicolas, Abdelhak El Amrani, Ivan Couée. Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana. Gene, 2007, 403 (1-2), ⟨10.1016/j.gene.2007.06.030⟩. ⟨inria-00180376⟩

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Communication dans un congrès

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Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas. Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale. FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France. ⟨hal-00186471⟩

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Rapport

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Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language. [Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19. ⟨inria-00186568v3⟩

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2006

Article dans une revue

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Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas. Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis.. BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.477. ⟨10.1186/1471-2105-7-477⟩. ⟨hal-00129773⟩

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Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César C. Lerman, Anne-Sophie Valin, et al.. Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.. Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954. ⟨hal-00090517⟩

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2005

Article dans une revue

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Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, et al.. The dog and rat olfactory receptor repertoires. Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩. ⟨hal-00107100⟩

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Jacques Nicolas, Patrick Durand, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin. Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes. Bioinformatics, 2005, 21(24), pp.4408-4410. ⟨hal-00015234⟩

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Communication dans un congrès

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Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César C. Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, et al.. Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana. XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France. ⟨hal-00015261⟩

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Autre publication scientifique

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Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas. Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes.. 2005. ⟨hal-00129758⟩

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Rapport

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Maximilian Häussler, Jacques Nicolas. Motif Discovery on Promotor Sequences. [Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136. ⟨inria-00070303⟩

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2003

Article dans une revue

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Emeline Roux, Catherine Billaud, Christelle Maraschin, Sophie Brun-Mérimee, Jacques Nicolas. Inhibitory effect of unheated and heated d-glucose, d-fructose and l-cysteine solutions and Maillard reaction product model systems on polyphenoloxidase from apple. II. Kinetic study and mechanism of inhibition. Food Chemistry, 2003, 81 (1), pp.51-60. ⟨10.1016/S0308-8146(02)00377-1⟩. ⟨hal-02990196⟩

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Catherine Billaud, Emeline Roux, Sophie Brun-Mérimee, Christelle Maraschin, Jacques Nicolas. Inhibitory effect of unheated and heated d-glucose, d-fructose and l-cysteine solutions and Maillard reaction product model systems on polyphenoloxidase from apple. I. Enzymatic browning and enzyme activity inhibition using spectrophotometric and polarographic methods. Food Chemistry, 2003, 81 (1), pp.35-50. ⟨10.1016/S0308-8146(02)00376-X⟩. ⟨hal-02990313⟩

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1999

Rapport

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Jacques Nicolas. Grammatical Inference as Unification. [Research Report] RR-3632, INRIA. 1999. ⟨inria-00073042⟩

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1998

Article dans une revue

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Olivier Gascuel, Bernadette Bouchon-Meunier, Gilles Caraux, Patrick Gallinari, Alain Guénoche, et al.. Twelve numerical, symbolic and hybrid supervised classification methods. International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence, 1998, 12 (5), pp.517-572. ⟨10.1142/S0218001498000336⟩. ⟨hal-01184805⟩

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1997

Rapport

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Christine Sinoquet, Jacques Nicolas. Analyse syntaxique non déterministe utilisant un modèle de n-grams. [Rapport de recherche] RR-3262, INRIA. 1997. ⟨inria-00073427⟩

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1994

Article dans une revue

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Christophe Rothan, Jacques Nicolas. High CO2 levels reduce ethylene production in kiwifruit. Physiologia Plantarum, 1994, 92 (1), pp.1-8. ⟨10.1111/j.1399-3054.1994.tb06647.x⟩. ⟨hal-03348067⟩

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1992

Communication dans un congrès

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Jean-Pierre Aka, Francis F. Courtois, Loïc Louarme, Jacques Nicolas, Catherine Billaud. Modelling the reactions between free phenols, vitamin C, apple polyphenoloxidase and oxygen during a thermal treatment. EFFOST Annual Conference, 1992, Montpellier, France. ⟨hal-01595213⟩

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1988

Article dans une revue

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Jacqueline Philouze, Michel Buret, François Duprat, Maggy Nicolas-Grotte, Jacques Nicolas. Caractéristiques agronomiques et physico-chimiques de lignées de tomate isogéniques, sauf pour le gène pat-2 de parthénocarpie, dans trois types variétaux, en culture de printemps, sous serre plastique très peu chauffée (1). Agronomie, 1988, 8 (9), pp.817-828. ⟨hal-00885166⟩

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