2024

Journal articles

auteur

Philippe Dague, Laurent Muller, Loïc Paulevé, Marc Irigoin-Guichandut

titre

Towards a qualitative theory of the interruption of eating behavior change

article

Journal of Theoretical Biology, 2024, 581, pp.111731. ⟨10.1016/j.jtbi.2024.111731⟩

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Conference papers

auteur

Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé

titre

CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems

article

AAAI 2024 - The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8

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2023

Journal articles

auteur

Loïc Paulevé

titre

Marker and source-marker reprogramming of Most Permissive Boolean networks and ensembles with BoNesis

article

Peer Community Journal, 2023, 3 (e30), ⟨10.24072/pcjournal.255⟩

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Special issue

auteur

Eugenio Cinquemani, Loïc Paulevé

titre

Special Issue of the 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology

article

24 (1), 2023, BMC Bioinformatics Supplements

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Poster communications

auteur

Chabname Ghassemi Nedjad, Clémence Frioux, Loïc Paulevé

titre

Logic and linear programming for seed identification in metabolic networks

article

Biorégul 2023 - Modélisation Formelle de Réseaux de Régulation Biologique, Jun 2023, Porquerolles (Hyères), France. pp.1-1, 2023

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Preprints, Working Papers, ...

auteur

Kyungduk Moon, Kangbok Lee, Loïc Paulevé

titre

Computational Complexity of Minimal Trap Spaces in Boolean Networks

article

2023

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auteur

Gustavo Magaña López, Laurence Calzone, Andrei Zinovyev, Loïc Paulevé

titre

scBoolSeq: Linking scRNA-Seq Statistics and Boolean Dynamics

article

2023

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2022

Journal articles

auteur

Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel

titre

MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data

article

Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩

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auteur

Bilal Shaikh, Lucian Smith, Dan Vasilescu, Gnaneswara Marupilla, Michael Wilson, Eran Agmon, Henry Agnew, Steven Andrews, Azraf Anwar, Moritz Beber, Frank Bergmann, David Brooks, Lutz Brusch, Laurence Calzone, Kiri Choi, Joshua Cooper, John Detloff, Brian Drawert, Michel Dumontier, G Bard Ermentrout, James Faeder, Andrew Freiburger, Fabian Fröhlich, Akira Funahashi, Alan Garny, John Gennari, Padraig Gleeson, Anne Goelzer, Zachary Haiman, Jan Hasenauer, Joseph Hellerstein, Henning Hermjakob, Stefan Hoops, Jon Ison, Diego Jahn, Henry Jakubowski, Ryann Jordan, Matúš Kalaš, Matthias König, Rahuman Sheriff, Synchon Mandal, Robert Mcdougal, J Kyle Medley, Pedro Mendes, Robert Müller, Chris Myers, Aurélien Naldi, Tung Nguyen, David Nickerson, Brett Olivier, Drashti Patoliya, Loïc Paulevé, Linda Petzold, Ankita Priya, Anand Rampadarath, Johann Rohwer, Ali Saglam, Dilawar Singh, Ankur Sinha, Jacky Snoep, Hugh Sorby, Ryan Spangler, Jörn Starruss, Payton Thomas, David van Niekerk, Daniel Weindl, Fengkai Zhang, Anna Zhukova, Arthur Goldberg, James Schaff, Michael Blinov, Herbert Sauro, Ion Moraru, Jonathan r Karr

titre

BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools

article

Nucleic Acids Research, 2022, pp.1-7. ⟨10.1093/nar/gkac331⟩

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Conference papers

auteur

Chabname Ghassemi Nedjad, Loïc Paulevé, Clémence Frioux

titre

A logic programming exploration of metabolic networks to explain microbial community models

article

GT Bioss 2022 - Journée annuelle du Groupe de Travail sur la Biologie Systémique Symbolique, Nov 2022, Nantes, France

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auteur

Giann Karlo Aguirre-Samboní, Stefan Haar, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon, Nick Würdemann

titre

Avoid One's Doom: Finding Cliff-Edge Configurations in Petri Nets

article

GandALF 2022 - Games, Automata, Logics, and Formal Verification, Sep 2022, Madrid, Spain. ⟨10.4204/EPTCS.370.12⟩

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auteur

Théo Roncalli, Loïc Paulevé

titre

Variable-Depth Simulation of Most Permissive Boolean Networks

article

20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2022), 2022, Bucharest, Romania. ⟨10.1007/978-3-031-15034-0_7⟩

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Book sections

auteur

Loïc Paulevé

titre

Réseaux booléens : formalisme, sémantiques, et complexité

article

Cédric Lhoussaine; Élisabeth Remy. Approches symboliques de la modélisation et de l'analyse des systèmes biologiques, ISTE Editions, 2022, 9781789490299

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auteur

Loïc Paulevé, Sylvain Sené

titre

Boolean networks and their dynamics: the impact of updates

article

Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, 2022, 978-1-119-71658-7

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Preprints, Working Papers, ...

auteur

Bilal Shaikh, Lucian Smith, Dan Vasilescu, Gnaneswara Marupilla, Michael Wilson, Eran Agmon, Henry Agnew, Steven Andrews, Azraf Anwar, Moritz Beber, Frank Bergmann, David Brooks, Lutz Brusch, Laurence Calzone, Kiri Choi, Joshua Cooper, John Detloff, Brian Drawert, Michel Dumontier, G Ermentrout, James Faeder, Andrew Freiburger, Fabian Fröhlich, Akira Funahashi, Alan Garny, John Gennari, Padraig Gleeson, Anne Goelzer, Zachary Haiman, Joseph Hellerstein, Stefan Hoops, Jon Ison, Diego Jahn, Henry Jakubowski, Ryann Jordan, Matúš Kalaš, Matthias König, Wolfram Liebermeister, Synchon Mandal, Robert Mcdougal, J Medley, Pedro Mendes, Robert Müller, Chris Myers, Aurélien Naldi, Tung Nguyen, David Nickerson, Brett Olivier, Drashti Patoliya, Loïc Paulevé, Linda Petzold, Ankita Priya, Anand Rampadarath, Johann Rohwer, Ali Saglam, Dilawar Singh, Ankur Sinha, Jacky Snoep, Hugh Sorby, Ryan Spangler, Jörn Starruss, Payton Thomas, David van Niekerk, Daniel Weindl, Fengkai Zhang, Anna Zhukova, Arthur Goldberg, Michael Blinov, Herbert Sauro, Ion Moraru, Jonathan Karr

titre

BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools

article

2022

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2021

Journal articles

auteur

Loïc Paulevé

titre

Prédire le comportement des cellules avec la modélisation booléenne

article

Interstices, 2021

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auteur

Adrien Rougny, Loïc Paulevé, Michèle Teboul, Franck Delaunay

titre

A detailed map of coupled circadian clock and cell cycle with qualitative dynamics validation

article

BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.240. ⟨10.1186/s12859-021-04158-9⟩

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Conference papers

auteur

Loïc Paulevé, Sylvain Sené

titre

Non-deterministic updates of Boolean networks

article

27th IFIP WG 1.5 International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems (AUTOMATA 2021), 2021, Marseille, France. pp.10:1--10:16, ⟨10.4230/OASIcs.AUTOMATA.2021.10⟩

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auteur

Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel

titre

Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study

article

CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩

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Proceedings

auteur

Eugenio Cinquemani, Loïc Paulevé

titre

Computational Methods in Systems Biology

article

CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. 12881, Springer International Publishing, pp.1-281, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5⟩

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2020

Journal articles

auteur

Thomas Chatain, Stefan Haar, Juraj Kolčák, Loïc Paulevé, Aalok Thakkar

titre

Concurrency in Boolean networks

article

Natural Computing, 2020, 19 (1), pp.91--109. ⟨10.1007/s11047-019-09748-4⟩

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auteur

Loïc Paulevé, Juraj Kolčák, Thomas Chatain, Stefan Haar

titre

Reconciling Qualitative, Abstract, and Scalable Modeling of Biological Networks

article

Nature Communications, 2020, 11, ⟨10.1038/s41467-020-18112-5⟩

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Conference papers

auteur

Stéphanie Chevalier, Vincent Noël, Laurence Calzone, Andrei Zinovyev, Loïc Paulevé

titre

Synthesis and Simulation of Ensembles of Boolean Networks for Cell Fate Decision

article

18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB), 2020, Online, Germany. pp.193--209, ⟨10.1007/978-3-030-60327-4_11⟩

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auteur

Gilles Audemard, Loïc Paulevé, Laurent Simon

titre

SAT Heritage: a community-driven effort for archiving, building and running more than thousand SAT solvers

article

SAT 2020, The 23rd International Conference on Theory and Applications of Satisfiability Testing, 2020, Alghero, Italy. pp.107-113, ⟨10.1007/978-3-030-51825-7_8⟩

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auteur

Stefan Haar, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon

titre

Drawing the Line: Basin Boundaries in Safe Petri Nets

article

CMSB 2020 - 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2020, Konstanz / Online, Germany. ⟨10.1007/978-3-030-60327-4_17⟩

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Habilitation à diriger des recherches

auteur

Loïc Paulevé

titre

Réseaux booléens : méthodes formelles et outils pour la modélisation en biologie

article

Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020

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Reports

auteur

Thomas Chatain, Stefan Haar, Juraj Kolčák, Loïc Paulevé

titre

Most Permissive Semantics of Boolean Networks

article

[Research Report] Univ. Bordeaux, Bordeaux INP, CNRS, LaBRI, UMR5800, F-33400 Talence, France; LSV, ENS Cachan, CNRS, INRIA, Université Paris-Saclay, Cachan (France). 2020

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2019

Journal articles

auteur

Hugues Mandon, Cui Su, Jun Pang, Soumya Paul, Stefan Haar, Loïc Paulevé

titre

Algorithms for the Sequential Reprogramming of Boolean Networks

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, 16 (5), pp.1610-1619. ⟨10.1109/TCBB.2019.2914383⟩

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auteur

Juraj Kolčák, David Šafránek, Stefan Haar, Loïc Paulevé

titre

Parameter Space Abstraction and Unfolding Semantics of Discrete Regulatory Networks

article

Theoretical Computer Science, 2019, 765, pp.120-144. ⟨10.1016/j.tcs.2018.03.009⟩

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Conference papers

auteur

Stéphanie Chevalier, Christine Froidevaux, Loïc Paulevé, Andrei Zinovyev

titre

Synthesis of Boolean Networks from Biological Dynamical Constraints using Answer-Set Programming

article

2019 IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI), 2019, Portland, Oregon, United States. ⟨10.1109/ICTAI.2019.00014⟩

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auteur

Hugues Mandon, Cui Su, Stefan Haar, Jun Pang, Loïc Paulevé

titre

Sequential Reprogramming of Boolean Networks Made Practical

article

CMSB 2019 - 17th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2019, Trieste, France. pp.3--19, ⟨10.1007/978-3-030-31304-3_1⟩

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auteur

Stefan Haar, Juraj Kolčák, Loïc Paulevé

titre

Combining Refinement of Parametric Models with Goal-Oriented Reduction of Dynamics

article

VMCAI 2019 - 20th International Conference on Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, Jan 2019, Lisbon, Portugal. pp.555-576, ⟨10.1007/978-3-030-11245-5_26⟩

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Special issue

auteur

Jérôme Feret, Loïc Paulevé, David Šafránek

titre

Formal Verification and Static Analysis of Molecular Devices and Biological Systems

article

Jérôme Feret; Loïc Paulevé; David Šafránek. Theoretical Computer Science, 765, 2019

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2018

Journal articles

auteur

Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski

titre

Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data

article

PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩

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auteur

Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Nicolas Levy, Gautier Stoll, Pedro Monteiro, Claudine Chaouiya, Tomáš Helikar, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone, Sarah Cohen-Boulakia, Denis Thieffry, Loïc Paulevé

titre

The CoLoMoTo Interactive Notebook: Accessible and Reproducible Computational Analyses for Qualitative Biological Networks

article

Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.n°680:1-13. ⟨10.3389/fphys.2018.00680⟩

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auteur

Loïc Paulevé

titre

Reduction of Qualitative Models of Biological Networks for Transient Dynamics Analysis

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15 (4), pp.1167-1179. ⟨10.1109/TCBB.2017.2749225⟩

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auteur

Nicolas Levy, Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Gautier Stoll, Denis Thieffry, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone, Loïc Paulevé

titre

Prediction of Mutations to Control Pathways Enabling Tumour Cell Invasion with the CoLoMoTo Interactive Notebook (Tutorial)

article

Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.787. ⟨10.1101/319780⟩

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Conference papers

auteur

Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïc Paulevé

titre

Boolean Networks: Beyond Generalized Asynchronicity

article

AUTOMATA 2018 - 24th IFIP WG 1.5 International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems, Jun 2018, Ghent, Belgium. pp.29-42, ⟨10.1007/978-3-319-92675-9_3⟩

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Book sections

auteur

Loïc Paulevé, Adrien Richard

titre

Analyse statique des réseaux booléens

article

Emmanuel Jeandel; Laurent Vigneron. Informatique Mathématique, Une photographie en 2018, CNRS Éditions, pp.157-194, 2018, 978-2-271-11974-2

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2017

Journal articles

auteur

Louis Fippo Fitime, Olivier F. Roux, Carito Guziolowski, Loïc Paulevé

titre

Identification of bifurcation transitions in biological regulatory networks using Answer-Set Programming

article

Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.19. ⟨10.1186/s13015-017-0110-3⟩

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Conference papers

auteur

Hugues Mandon, Stefan Haar, Loïc Paulevé

titre

Temporal Reprogramming of Boolean Networks

article

CMSB 2017 - 15th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.179 - 195, ⟨10.1007/978-3-319-67471-1_11⟩

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auteur

Thomas Chatain, Loïc Paulevé

titre

Goal-Driven Unfolding of Petri Nets

article

28th International Conference on Concurrency Theory (CONCUR 2017), Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.CONCUR.2017.14⟩

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auteur

Loïc Paulevé

titre

Pint: A Static Analyzer for Transient Dynamics of Qualitative Networks with IPython Interface

article

CMSB 2017 - 15th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.370 - 316, ⟨10.1007/978-3-319-67471-1_20⟩

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Other publications

auteur

Loïc Paulevé, Philippe Dague

titre

Journées BIOSS-IA 2017

article

2017

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2016

Journal articles

auteur

Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Laurence Calzone, Loïc Paulevé

titre

Qualitative dynamics semantics for SBGN process description

article

BMC Systems Biology, 2016, ⟨10.1186/s12918-016-0285-0⟩

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auteur

Jorgelindo da Veiga Moreira, Minoo Hamraz, Mohammad Abolhassani, Erwan Bigan, Sabine Pérès, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogueira, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz

titre

The Redox Status of Cancer Cells Supports Mechanisms behind the Warburg Effect

article

Metabolites, 2016, 6 (4), 12 p. ⟨10.3390/metabo6040033⟩

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auteur

Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski

titre

Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming

article

BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩

Accès au texte intégral et bibtex

auteur

Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane S. Douady

titre

Necessary and sufficient conditions for protocell growth

article

Journal of Mathematical Biology, 2016, ⟨10.1007/s00285-016-0998-0⟩

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auteur

Lirong Huang, Loïc Paulevé, Christoph Zechner, Michael Unger, Anders S. Hansen, Heinz Koeppl

titre

Reconstructing dynamic molecular states from single-cell time series

article

Journal of the Royal Society Interface, 2016, 13 (122), ⟨10.1098/rsif.2016.0533⟩

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Conference papers

auteur

Loïc Paulevé

titre

Goal-Oriented Reduction of Automata Networks

article

14th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2016), Sep 2016, Cambridge, United Kingdom. pp.252-272, ⟨10.1007/978-3-319-45177-0_16⟩

Accès au texte intégral et bibtex

auteur

Louis Fippo Fitime, Olivier Roux, Carito Guziolowski, Loïc Paulevé

titre

Identification of Bifurcations in Biological Regulatory Networks using Answer-Set Programming

article

Constraint-Based Methods for Bioinformatics Workshop, Sep 2016, Toulouse, France

Accès au texte intégral et bibtex

auteur

Lukas Studer, Loïc Paulevé, Christoph Zechner, Matthias Reumann, Maria Rodriguez Martinez, Heinz Koeppl

titre

Marginalized Continuous Time Bayesian Networks for Network Reconstruction from Incomplete Observations

article

AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2016, Phoenix, Arizona, United States

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auteur

Juraj Kolčák, David Šafránek, Stefan Haar, Loïc Paulevé

titre

Unfolding of Parametric Boolean Networks

article

7th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2016), Sep 2016, Edimbourg, United Kingdom. pp.67-90, ⟨10.1016/j.entcs.2018.03.009⟩

Accès au texte intégral et bibtex

auteur

Hugues Mandon, Stefan Haar, Loïc Paulevé

titre

Relationship between the Reprogramming Determinants of Boolean Networks and their Interaction Graph

article

Fifth International Workshop on Hybrid Systems Biology (HSB 2016), Oct 2016, Grenoble, France. pp.113-127, ⟨10.1007/978-3-319-47151-8_8⟩

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Poster communications

auteur

Loïc Paulevé

titre

Pint, a static analyzer for dynamics of Automata Networks

article

14th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2016), Sep 2016, Cambridge, United Kingdom.

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Proceedings

auteur

Loïc Paulevé, Nathalie Théret

titre

6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2015)

article

Loïc Paulevé; Nathalie Theret. SASB, Sep 2015, Saint-Malo, France. 326, Elsevier, pp.88, 2016, Electronic Notes in Theoretical Computer Science

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2015

Journal articles

auteur

Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz

titre

Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators

article

Theoretical Biology and Medical Modelling, 2015, 12 (1), pp.10. ⟨10.1186/s12976-015-0005-2⟩

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auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models

article

Theoretical Computer Science, 2015, 568, pp.39. ⟨10.1016/j.tcs.2014.12.002⟩

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auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier F. Roux

titre

Sufficient Conditions for Reachability in Automata Networks with Priorities

article

Theoretical Computer Science, 2015, ⟨10.1016/j.tcs.2015.08.040⟩

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auteur

Loïc Paulevé, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Analyses statiques de la dynamique des réseaux d'automates indéterministes

article

Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2015, 34 (4), pp.22. ⟨10.3166/TSI.34.463-484⟩

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Conference papers

auteur

Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski

titre

Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data

article

CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩

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Poster communications

auteur

Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Loïc Paulevé

titre

Two Qualitative Dynamics Semantics for SBGN Process Description Maps

article

CMSB'15, Sep 2015, Nantes, France. 2015

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Proceedings

auteur

Loïc Paulevé, Heinz Koeppl

titre

5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014)

article

Loïc Paulevé; Heinz Koeppl. SASB, Sep 2014, Munich, Germany. 316, Elsevier, pp.97, 2015, Electronic Notes in Theoretical Computer Science

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2014

Conference papers

auteur

Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon

titre

Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings

article

CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. pp.14, ⟨10.1007/978-3-319-12982-2_10⟩

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Book sections

auteur

Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting

article

Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 - 166, 2014, 978-1-84821-680-8

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2013

Journal articles

auteur

Loïc Paulevé, Gheorghe Craciun, Heinz Koeppl

titre

Dynamical Properties of Discrete Reaction Networks

article

Journal of Mathematical Biology, 2013, pp.Online First, 1-18. ⟨10.1007/s00285-013-0686-2⟩

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Conference papers

auteur

Michael Klann, Loïc Paulevé, Tatjana Petrov, Heinz Koeppl

titre

Coarse-grained brownian dynamics simulation of rule-based models

article

The 11th Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB'13), Sep 2013, Klosterneuburg, Austria. pp.64-77, ⟨10.1007/978-3-642-40708-6_6⟩

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auteur

Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl

titre

Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks

article

25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩

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auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Under-approximation of Reachability in Multivalued Asynchronous Networks

article

fourth International Workshop on Interactions between Computer Science and Biology (CS2Bio'13), Jun 2013, Florence, Italy. pp.33--51, ⟨10.1016/j.entcs.2013.11.004⟩

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2012

Journal articles

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation

article

Mathematical Structures in Computer Science, 2012, 22 (04), pp 651-685. ⟨10.1017/S0960129511000739⟩

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auteur

Matthew R. Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips

titre

Stochastic simulation of multiple process calculi for biology

article

Theoretical Computer Science, 2012, 431, pp.181-206. ⟨10.1016/j.tcs.2011.12.057⟩

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Conference papers

auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks

article

Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. p. 166-186, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_11⟩

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auteur

Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki

titre

Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?

article

IWBDA - 4th International Workshop on Bio-Design Automation - 2012, Jun 2012, San Francisco, United States

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auteur

Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier F. Roux

titre

Abducing Biological Regulatory Networks from Process Hitting models

article

ECML-PKDD 2012 Workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology, Sep 2012, Bristol, United Kingdom

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auteur

Patrick Amar, Loïc Paulevé

titre

HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology

article

The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 -- 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩

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Reports

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

From the Process Hitting to Petri Nets and Back

article

2012

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auteur

Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz

titre

A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH

article

[Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012

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2011

Journal articles

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Refining Dynamics of Gene Regulatory Networks in a Stochastic π-Calculus Framework

article

Transactions on Computational Systems Biology, 2011, XIII, pp.171-191. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_8⟩

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auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Tuning Temporal Features within the Stochastic π-Calculus

article

IEEE Transactions on Software Engineering, 2011, 37 (6), pp.858-871. ⟨10.1109/TSE.2010.95⟩

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Conference papers

auteur

Loïc Paulevé, Adrien Richard

titre

Static Analysis of Boolean Networks Based on Interaction Graphs: A Survey

article

2nd International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2011), Sep 2011, Venice, Italy. pp.93-104, ⟨10.1016/j.entcs.2012.05.017⟩

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Reports

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Static Analysis by Abstract Interpretation of Biological Regulatory Networks Dynamics

article

2011

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Theses

auteur

Loïc Paulevé

titre

Modélisation, Simulation et Vérification des Grands Réseaux de Régulation Biologique

article

Réseaux et télécommunications [cs.NI]. Ecole Centrale de Nantes (ECN), 2011. Français. ⟨NNT : ⟩

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2010

Journal articles

auteur

Loïc Paulevé, Hervé Jégou, Laurent Amsaleg

titre

Locality sensitive hashing: a comparison of hash function types and querying mechanisms

article

Pattern Recognition Letters, 2010, 31 (11), pp.1348-1358. ⟨10.1016/j.patrec.2010.04.004⟩

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auteur

Loïc Paulevé, Adrien Richard

titre

Topological fixed points in Boolean networks

article

Comptes rendus de l'Académie des sciences. Série I, Mathématique, 2010, 348 (15-16), pp.825-828. ⟨10.1016/j.crma.2010.07.014⟩

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Conference papers

auteur

Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux

titre

Abstract Interpretation of Dynamics of Biological Regulatory Networks

article

1st International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2010), Sep 2010, Perpignan, France. pp.43-56, ⟨10.1016/j.entcs.2011.04.004⟩

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auteur

Loïc Paulevé, Simon Youssef, Matthew R. Lakin, Andrew Phillips

titre

A generic abstract machine for stochastic process calculi

article

CMSB '10: The 8th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2010, Trento, Italy. pp.43--54, ⟨10.1145/1839764.1839771⟩

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auteur

Andrew Phillips, Matthew R. Lakin, Loïc Paulevé

titre

Stochastic simulation of process calculi for biology

article

Proceedings Fourth Workshop on Membrane Computing and Biologically Inspired Process Calculi 2010, Aug 2010, Jena, Germany. ⟨10.4204/EPTCS.40.1⟩

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2008

Reports

auteur

Loïc Paulevé

titre

Euclidean lattices for high dimensional indexing and searching

article

[Research Report] PI 1903, 2008, pp.57

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