2020
Journal articles
- auteur
- Francisco Santos Schneider, Amar Patrick, Asma Bahri, Julien Espeut, Mellis Alali, François Fages, Franck Molina
- titre
- Biomachines For Medical Diagnosis
- article
- Advanced Materials Letters, 2020, 11 (4), pp.1-5. ⟨10.5185/amlett.2020.041499⟩
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-
- auteur
- Patrick Amar
- titre
- Pandæsim: An Epidemic Spreading Stochastic Simulator
- article
- Biology, 2020, 9 (9), pp.299. ⟨10.3390/biology9090299⟩
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-
2018
Journal articles
- auteur
- Alexis Courbet, Patrick Amar, François Fages, Eric Renard, Franck Molina
- titre
- Computer‐aided biochemical programming of synthetic microreactors as diagnostic devices
- article
- Molecular Systems Biology, 2018, 14 (4), ⟨10.15252/msb.20177845⟩
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-
Conference papers
- auteur
- Patrick Amar
- titre
- Bio-calculateur booléen à base de réseaux métaboliques intégré dans une vésicule artificielle: temporisation par oscillateur enzymatique
- article
- Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2018, Saint Flour, France
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-
Proceedings
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Attila Csikasz-Nagy, Vic Norris
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris; Attila Csikasz-Nagy. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2018, Evry, France. EDP Sciences, pp.155, 2018, 978-2-7598-2266-9
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-
2017
Journal articles
- auteur
- Vic Norris, François Képès, Patrick Amar, Ina Koch, Laurent Janniere
- titre
- Hypothesis: Local variations in the speed of individual DNA replication forks determine the phenotype of daughter cells
- article
- Medical Research Archives, 2017, 5 (12), ⟨10.18103/mra.v5i12.1598⟩
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-
Proceedings
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2017, Lyon, France. EDP Sciences, pp.173, 2017, 978-2-7598-2116-7
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-
2016
Journal articles
- auteur
- David Ellison, Andrew Mugler, Matthew D. Brennan, Sung Hoon Lee, Robert J. Huebner, Eliah R. Shamir, Laura A. Woo, Joseph Kim, Patrick Amar, Ilya Nemenman, Andrew J. Ewald, Andre Levchenko
- titre
- Cell-cell communication enhances the capacity of cell ensembles to sense shallow gradients during morphogenesis
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (6), pp.E679--E688. ⟨10.1073/pnas.1516503113⟩
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-
Proceedings
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2016, Evry, France. EDP Sciences, pp.143, 2016, 978-2-7598-1971-3
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-
2015
Journal articles
- auteur
- Alexis Courbet, Franck Molina, Patrick Amar
- titre
- Computing with Synthetic Protocells
- article
- Acta Biotheoretica, 2015, pp.15. ⟨10.1007/s10441-015-9258-8⟩
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-
Conference papers
- auteur
- Marc Bouffard, Franck Molina, Patrick Amar
- titre
- Extracting logic gates from a metabolic network
- article
- advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2015, Strasbourg, France. pp.13
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-
Proceedings
- auteur
- Patrick Amar, Francois Kepes, Vic Norris
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- article
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.191, 2015, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1764-1
- Accès au bibtex
-
2014
Conference papers
- auteur
- Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
- titre
- Parallel biological in silico simulation
- article
- 29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. pp.387-394, ⟨10.1007/978-3-319-09465-6_40⟩
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Patrick Amar
- titre
- Systèmes oscillants chaotiques en biologie
- article
- Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- titre
- avances in Systems and Synthetic Biology
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.173, 2014, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1201-1
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-
2013
Journal articles
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
- titre
- Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
- article
- BMC Biochemistry, 2013, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2091-14-3⟩
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-
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
- titre
- Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
- article
- AMB Express, 2013, 3 (1), pp.13. ⟨10.1186/2191-0855-3-13⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- auteur
- Patrick Amar
- titre
- Contributions à l'étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2013
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-
Proceedings
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- titre
- Proceedings of The Evry Spring School on advances in Systems and Synthetic Biology
- article
- EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar
- titre
- Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
- article
- Life (Chicago, Ill. : 1978), 2012, 2 (4), pp.286-312. ⟨10.3390/life2040286⟩
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
- titre
- The Mimic Chain Reaction
- article
- Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 2012, 22 (5), pp.335-343. ⟨10.1159/000345328⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Patrick Amar
- titre
- Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
- article
- Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Patrick Amar, Loïc Paulevé
- titre
- HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
- article
- The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 -- 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩
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-
Books
- auteur
- Patrick Amar, Francois Kepes, Victor Norris
- titre
- Proceedings of The 2012 Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
- article
- P. Amar, F. Kepes, V. Norris. EDP Sciences, pp.159, 2012, 978-2-7598-0753-6
- Accès au bibtex
-
2011
Journal articles
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
- titre
- The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
- article
- Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 90 (2), pp.615-23. ⟨10.1007/s00253-010-3018-0⟩
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin-Flaman, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, François Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R. Thierry
- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- article
- Theory in Biosciences, 2011
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- article
- Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Kepes, Victor Norris
- titre
- Proceedings of the Sophia-Antipolis Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, 2011, 978-2-7598-0644-7
- Accès au bibtex
-
2010
Journal articles
- auteur
- Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
- titre
- Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2010, 10, pp.16--23
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
- titre
- Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, 2010, 978-2-7598-0445-7
- Accès au bibtex
-
2009
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
- titre
- Proceedings of the Nice 2009 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, pp.154, 2009, 978-2-7598-0437-5
- Accès au bibtex
-
2008
Journal articles
- auteur
- Patrick Amar, Guillaume Legent, Michel Thellier, Camille Ripoll, Gilles Bernot, Thomas Nystrom, Milton H Saier, Vic Norris
- titre
- A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency.
- article
- BMC Systems Biology, 2008, 2, pp.27. ⟨10.1186/1752-0509-2-27⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A. Foster, Guillaume Hutzler, François Képès, Olivier Michel, Gradimir Misevic, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain Thierry
- titre
- From bioputing to bactoputing: computing with bacteria
- article
- Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Apr 2008, Paris, France. pp.123-150
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Bernard Vandenbunder
- titre
- Proceedings of the Lille 2008 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, pp.197, 2008, 978-2-7598-0075-9
- Accès au bibtex
-
2007
Conference papers
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Michel Thellier, Guillaume Legent, Armelle Cabin-Flaman, Jean-Christophe Plaquevent, Milton H Saier, Gilles Bernot, Gradimir Misevic, Camille Ripoll
- titre
- Hybolites: novel therapeutical tools based on stochastic automata
- article
- modelling complex biological systems, 2007, Evry, France
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- titre
- Detection of emergent phenomena in multi-agent systems
- article
- Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2007, Evry, France
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
- titre
- Proceedings of the Evry 2007 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, pp.134, 2007, 978-2-7598-0019-3
- Accès au bibtex
-
2006
Journal articles
- auteur
- Michel Thellier, Guillaume Legent, Patrick Amar, Vic Norris, Camille Ripoll
- titre
- Steady-state kinetic behaviour of functioning-dependent structures
- article
- FEBS Journal, 2006, 273 (18), pp.4287-4299. ⟨10.1111/j.1742-4658.2006.05425.x⟩
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
- titre
- Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2006, 6, pp.103-107
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- titre
- Verification of Biochemical Agent-Based Models Using Petri Nets
- article
- International Symposium on Agent Based Modeling and Simulation (ABModSim 2006), 2006, Vianna, Austria. pp.695--700
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Marie M. Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
- titre
- Proceedings of the Bordeaux spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, pp.111, 2006, 978-2-7598-0014-8
- Accès au bibtex
-
2005
Conference papers
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- titre
- Validation d'une simulation à base d'agents par l'utilisation d'un réseau de Petri
- article
- Systèmes multi-agents vers la conception de systèmes artificiels socio-mimétiques (JFSMA 2005), 2005, France. pp.187--190
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- titre
- Validation of an Agent Based System Using Petri Nets
- article
- Proceedings of the fourth international joint conference on Autonomous agents and multiagent systems, 2005, Netherlands. pp.1365--1366, ⟨10.1145/1082473.1082775⟩
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Franck Molina, Victor Norris
- titre
- Proceedings of the Montpellier spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- article
- EDP Sciences, pp.176, 2005, 2-86883-947-9
- Accès au bibtex
-
2004
Journal articles
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Anthony Delaune, Cedric Dérue, Armelle Cabin-Flaman, Maurice Demarty, Yohann Grondin, Guillaume Legent, Chantal Monnier, Hélène Pollard, Derek Raine
- titre
- questions for cell cyclists
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2004
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Patrick Amar, Gilles Bernot, Victor Norris
- titre
- HSIM: a simulation programme to study large assemblies of proteins
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2004, 4, pp.124--130
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, Jean-Paul Comet, François Képès, Victor Norris
- titre
- Proceedings of the EVRY spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- article
- Platypus Press, pp.210, 2004, 2-84704-0374
- Accès au bibtex
-
2003
Journal articles
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
- titre
- Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2003, 3, pp.106-110
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
- titre
- Proceedings of the DIEPPE spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- article
- Platypus Press, pp.272, 2003, 2-84704-036-6
- Accès au bibtex
-
2002
Journal articles
- auteur
- Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline, Olivier Michel
- titre
- Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
- article
- Acta Biotheoretica, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Abdallah Zemirline, Pascal Ballet, Lionel Marcé, Patrick Amar, Gilles Bernot, Franck Delaplace, Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, Jean-Marc Delosme, Roberto Incitti, Paul Bourgine, Christophe Godin, François Képès, Philippe Tracqui, Victor Norris, Janine Guespin, Maurice Demarty, Camille Ripoll
- titre
- Cellular automata, reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modelling
- article
- Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.257-280
- Accès au bibtex
-
Books
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
- titre
- Proceedings of the AUTRANS spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- article
- , pp.294, 2002
- Accès au bibtex
-