2020

Journal articles

auteur
Patrick Amar
titre
Pandæsim: An Epidemic Spreading Stochastic Simulator
article
Biology, MDPI 2020, 9 (9), pp.299. ⟨10.3390/biology9090299⟩
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Francisco Santos Schneider, Amar Patrick, Asma Bahri, Julien Espeut, Mellis Alali, François Fages, Franck Molina
titre
Biomachines For Medical Diagnosis
article
Advanced Materials Letters, VBRI Press, 2020, 11 (4), pp.1-5. ⟨10.5185/amlett.2020.041499⟩
Accès au bibtex
BibTex

2018

Journal articles

auteur
Alexis Courbet, Patrick Amar, François Fages, Eric Renard, Franck Molina
titre
Computer‐aided biochemical programming of synthetic microreactors as diagnostic devices
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2018, 14 (4), ⟨10.15252/msb.20177845⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01779791/file/msb.20177845.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Patrick Amar
titre
Bio-calculateur booléen à base de réseaux métaboliques intégré dans une vésicule artificielle: temporisation par oscillateur enzymatique
article
Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2018, Saint Flour, France
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Attila Csikasz-Nagy, Vic Norris
titre
advances in Systems and Synthetic Biology
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris; Attila Csikasz-Nagy. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2018, Evry, France. EDP Sciences, pp.155, 2018, 978-2-7598-2266-9
Accès au bibtex
BibTex

2017

Journal articles

auteur
Vic Norris, François Képès, Patrick Amar, Ina Koch, Laurent Janniere
titre
Hypothesis: Local variations in the speed of individual DNA replication forks determine the phenotype of daughter cells
article
Medical Research Archives, KEI Journals, 2017, 5 (12), ⟨10.18103/mra.v5i12.1598⟩
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
titre
advances in Systems and Synthetic Biology
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2017, Lyon, France. EDP Sciences, pp.173, 2017, 978-2-7598-2116-7
Accès au bibtex
BibTex

2016

Journal articles

auteur
David Ellison, Andrew Mugler, Matthew D. Brennan, Sung Hoon Lee, Robert J. Huebner, Eliah R. Shamir, Laura A. Woo, Joseph Kim, Patrick Amar, Ilya Nemenman, Andrew J. Ewald, Andre Levchenko
titre
Cell-cell communication enhances the capacity of cell ensembles to sense shallow gradients during morphogenesis
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2016, 113 (6), pp.E679--E688. ⟨10.1073/pnas.1516503113⟩
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
titre
advances in Systems and Synthetic Biology
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2016, Evry, France. EDP Sciences, pp.143, 2016, 978-2-7598-1971-3
Accès au bibtex
BibTex

2015

Journal articles

auteur
Alexis Courbet, Franck Molina, Patrick Amar
titre
Computing with Synthetic Protocells
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2015, pp.15. ⟨10.1007/s10441-015-9258-8⟩
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

auteur
Marc Bouffard, Franck Molina, Patrick Amar
titre
Extracting logic gates from a metabolic network
article
advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2015, Strasbourg, France. pp.13
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, Francois Kepes, Vic Norris
titre
advances in Systems and Synthetic Biology
article
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.191, 2015, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1764-1
Accès au bibtex
BibTex

2014

Conference papers

auteur
Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
titre
Parallel biological in silico simulation
article
29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. pp.387-394, ⟨10.1007/978-3-319-09465-6_40⟩
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Patrick Amar
titre
Systèmes oscillants chaotiques en biologie
article
Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
titre
avances in Systems and Synthetic Biology
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.173, 2014, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1201-1
Accès au bibtex
BibTex

2013

Journal articles

auteur
Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
titre
Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
article
AMB Express, Springer Nature, 2013, 3 (1), pp.13. ⟨10.1186/2191-0855-3-13⟩
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
titre
Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
article
BMC Biochemistry, BioMed Central, 2013, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2091-14-3⟩
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
titre
avances in Systems and Synthetic Biology
article
Patrick Amar and François Képès andVic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
Accès au bibtex
BibTex

Habilitation à diriger des recherches

auteur
Patrick Amar
titre
Contributions à l'étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2013
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00929785/file/hdr.pdf BibTex

2012

Journal articles

auteur
Vic Norris, Patrick Amar
titre
Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
article
Life (Chicago, Ill. : 1978), Time Inc., 2012, 2 (4), pp.286-312. ⟨10.3390/life2040286⟩
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
titre
The Mimic Chain Reaction
article
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Karger, 2012, 22 (5), pp.335-343. ⟨10.1159/000345328⟩
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

auteur
Patrick Amar
titre
Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
article
Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Patrick Amar, Loïc Paulevé
titre
HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
article
The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 -- 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, Francois Kepes, Victor Norris
titre
Proceedings of The 2012 Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
article
P. Amar, F. Kepes, V. Norris. EDP Sciences, pp.159, 2012, 978-2-7598-0753-6
Accès au bibtex
BibTex

2011

Journal articles

auteur
Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
titre
Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
article
Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, Springer Verlag, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
titre
The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2011, 90 (2), pp.615-23. ⟨10.1007/s00253-010-3018-0⟩
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Kepes, Victor Norris
titre
Proceedings of the Sophia-Antipolis Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, 2011, 978-2-7598-0644-7
Accès au bibtex
BibTex

2010

Journal articles

auteur
Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
titre
Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2010, 10, pp.16--23
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00644627/file/MoncionAmarHutzler.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
titre
Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, 2010, 978-2-7598-0445-7
Accès au bibtex
BibTex

2009

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
titre
Proceedings of the Nice 2009 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, pp.154, 2009, 978-2-7598-0437-5
Accès au bibtex
BibTex

2008

Journal articles

auteur
Patrick Amar, Guillaume Legent, Michel Thellier, Camille Ripoll, Gilles Bernot, Thomas Nystrom, Milton H Saier, Vic Norris
titre
A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency.
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2008, 2, pp.27. ⟨10.1186/1752-0509-2-27⟩
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

auteur
Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A. Foster, Guillaume Hutzler, François Képès, Olivier Michel, Gradimir Misevic, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain Thierry
titre
From bioputing to bactoputing: computing with bacteria
article
Proceedings of the Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2008, Paris, France
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Bernard Vandenbunder
titre
Proceedings of the Lille 2008 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, pp.197, 2008, 978-2-7598-0075-9
Accès au bibtex
BibTex

2007

Conference papers

auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
titre
Detection of emergent phenomena in multi-agent systems
article
Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2007, Evry, France
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
titre
Proceedings of the Evry 2007 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, pp.134, 2007, 978-2-7598-0019-3
Accès au bibtex
BibTex

2006

Journal articles

auteur
Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
titre
Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103-107
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00830064/file/thierry06.pdf BibTex
auteur
Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Victor Norris, Vincent Schächter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
titre
Modelling of biological complex systems in the context of genomics. An account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2006, 6, pp.103--107
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Michel Thellier, Guillaume Legent, Patrick Amar, Vic Norris, Camille Ripoll
titre
Steady-state kinetic behaviour of functioning-dependent structures
article
FEBS Journal, Wiley, 2006, 273 (18), pp.4287-4299. ⟨10.1111/j.1742-4658.2006.05425.x⟩
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
titre
Verification of Biochemical Agent-Based Models Using Petri Nets
article
International Symposium on Agent Based Modeling and Simulation (ABModSim 2006), 2006, Vianna, Austria. pp.695--700
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Marie Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
titre
Proceedings of the Bordeaux spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, pp.111, 2006, 978-2-7598-0014-8
Accès au bibtex
BibTex

2005

Conference papers

auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
titre
Validation d'une simulation à base d'agents par l'utilisation d'un réseau de Petri
article
Systèmes multi-agents vers la conception de systèmes artificiels socio-mimétiques (JFSMA 2005), 2005, France. pp.187--190
Accès au bibtex
BibTex
auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
titre
Validation of an Agent Based System Using Petri Nets
article
Proceedings of the fourth international joint conference on Autonomous agents and multiagent systems, 2005, Netherlands. pp.1365--1366, ⟨10.1145/1082473.1082775⟩
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Franck Molina, Victor Norris
titre
Proceedings of the Montpellier spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
article
France. EDP Sciences, pp.176, 2005, 2-86883-947-9
Accès au bibtex
BibTex

2004

Journal articles

auteur
Patrick Amar, Gilles Bernot, Victor Norris
titre
HSIM: a simulation programme to study large assemblies of proteins
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2004, 4, pp.124--130
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, Jean-Paul Comet, François Képès, Victor Norris
titre
Proceedings of the EVRY spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
article
France. Platypus Press, pp.210, 2004, 2-84704-0374
Accès au bibtex
BibTex

2003

Journal articles

auteur
Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
titre
Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2003, 3, pp.106-110
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
titre
Proceedings of the DIEPPE spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
article
France. Platypus Press, pp.272, 2003, 2-84704-036-6
Accès au bibtex
BibTex

2002

Journal articles

auteur
Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Olivier Michel, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline
titre
Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

auteur
Abdallah Zemirline, Pascal Ballet, Lionel Marcé, Patrick Amar, Gilles Bernot, Franck Delaplace, Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, Jean-Marc Delosme, Roberto Incitti, Paul Bourgine, Christophe Godin, François Képès, Philippe Tracqui, Victor Norris, Janine Guespin, Maurice Demarty, Camille Ripoll
titre
Cellular automata, reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modelling
article
Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.257-280
Accès au bibtex
BibTex

Directions of work or proceedings

auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
titre
Proceedings of the AUTRANS spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
article
France. pp.294, 2002
Accès au bibtex
BibTex