2018

Chapitre d'ouvrage

titre
Robust Design of Parameter Identification
auteur
Aurélien Massein, David Daney, Yves Papegay
article
Jadran Lenarčič; Jean-Pierre Merlet. Advances in Robot Kinematics 2016, 4, Springer International Publishing AG, 2018, Springer Proceedings in Advanced Robotics, 〈10.1007/978-3-319-56802-7_33〉
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2017

Article dans une revue

titre
When GIS zooms in: spatio-genetic maps of multipaternity in Armadillidium vulgare
auteur
Nicolas Bech, Charlotte Depeux, Sylvine Durand, Catherine Debenest, Alexandra Lafitte, Sophie Beltran-Bech
article
Genetica, Springer Verlag, 2017, 145 (6), pp.503 - 512. 〈10.1007/s10709-017-9992-8〉
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titre
An American termite in Paris: temporal colony dynamics
auteur
Guillaume Baudouin, Franck Dedeine, Nicolas Bech, Stéphanie Bankhead-Dronnet, Simon Dupont, Anne-Geneviève Bagnères
article
Genetica, Springer Verlag, 2017, 145 (6), pp.491 - 502. 〈10.1007/s10709-017-9991-9〉
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titre
Performance analysis and design of parallel kinematic machines using interval analysis
auteur
David Daney, Carlos Viegas, Mahmoud Tavakoli, Anibal T. De Almeida
article
Mechanism and Machine Theory, Elsevier, 2017, 115, pp.218 - 236. 〈10.1016/j.mechmachtheory.2017.05.003〉
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https://hal.inria.fr/hal-01669173/file/revision2-pkm-design-2.pdf BibTex
titre
Legionella pneumophila decreases velocity of Acanthamoeba castellanii
auteur
Luce Mengue, Freddie-Jeanne Richard, Yves Caubet, Steven Rolland, Yann Héchard, Ascel Samba-Louaka
article
Experimental Parasitology, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.exppara.2017.07.013〉
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titre
Variable structure robot control systems: The RAPP approach
auteur
Cezary Zieliński, Maciej Stefańczyk, Tomasz Kornuta, Maksym Figat, Wojciech Dudek, Wojciech Szynkiewicz, Włodzimierz Kasprzak, Jan Figat, Marcin Szlenk, Tomasz Winiarski, Konrad Banachowicz, Teresa Zielińska, Emmanouil G. Tsardoulias, Andreas L. Symeonidis, Fotis E. Psomopoulos, Athanassios M. Kintsakis, Pericles A. Mitkas, Aristeidis Thallas, Sofia E. Reppou, George T. Karagiannis, Konstantinos Panayiotou, Vincent Prunet, Manuel Serrano, Jean-Pierre Merlet, Stratos Arampatzis, Alexandros Giokas, Lazaros Penteridis, Ilias Trochidis, David Daney, Miren Iturburu
article
Robotics and Autonomous Systems, Elsevier, 2017, 94, pp.18. 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0921889016306248〉. 〈10.1016/j.robot.2017.05.002〉
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titre
Phenotypic shift in Wolbachia virulence towards its native host across serial horizontal passages.
auteur
Winka Le Clec'H, Jessica Dittmer, Maryline Raimond, Didier Bouchon, Mathieu Sicard
article
Biology Letters, Royal Society, The, 2017, 284 (1859)
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titre
PLATO as it is: a legacy mission for Galactic archaeology
auteur
A. Miglio, C. Chiappini, B. Mosser, G. R. Davies, K. Freeman, L. Girardi, P. Jofre, D. Kawata, B. M. Rendle, M. Valentini, L. Casagrande, W. J. Chaplin, G. Gilmore, K. Hawkins, B. Holl, T. Appourchaux, K. Belkacem, D. Bossini, K. Brogaard, M. -J. Goupil, J. Montalban, A. Noels, F. Anders, T. Rodrigues, G. Piotto, D. Pollacco, H. Rauer, C. Allende Prieto, P. P. Avelino, C. Babusiaux, C. Barban, B. Barbuy, S. Basu, F. Baudin, O. Benomar, O. Bienayme, J. Binney, J. Bland-Hawthorn, A. Bressan, C. Cacciari, T. L. Campante, S. Cassisi, J. Christensen-Dalsgaard, F. Combes, O. Creevey, M. S. Cunha, R. S. De Jong, P. De Laverny, S. Degl'Innocenti, S. Deheuvels, E. Depagne, J. Deridder, P. Dimatteo, M. P. Di Mauro, M. -A. Dupret, P. Eggenberger, Y. Elsworth, B. Famaey, S. Feltzing, R. A. Garcia, O. Gerhard, B. K. Gibson, Laurent Gizon, M. Haywood, R. Handberg, U. Heiter, S. Hekker, D. Huber, R. Ibata, D. Katz, S. D. Kawaler, H. Kjeldsen, D. W. Kurtz, N. Lagarde, Y. Lebreton, M. N. Lund, S. R. Majewski, P. Marigo, M. Martig, S. Mathur, I. Minchev, T. Morel, S. Ortolani, M. H. Pinsonneault, B. Plez, P. G. Prada Moroni, D. Pricopi, A. Recio-Blanco, C. Reyle, A. Robin, I. W. Roxburgh, M. Salaris, B. X. Santiago, R. Schiavon, A. Serenelli, S. Sharma, V. Silva Aguirre, C. Soubiran, M. Steinmetz, D. Stello, K. G. Strassmeier, P. Ventura, R. Ventura, N. A. Walton, C. C. Worley
article
Astronomical Notes / Astronomische Nachrichten, Wiley-VCH Verlag, 2017, 338 (6), pp.644-661. 〈10.1002/asna.201713385〉
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https://arxiv.org/pdf/1706.3778 BibTex
titre
Fate of Eight Different Polymers under Uncontrolled Composting Conditions: Relationships Between Deterioration, Biofilm Formation, and the Material Surface Properties.
auteur
Anne Mercier, Kevin Gravouil, Willy Aucher, Sandra Brosset-Vincent, Linette Kadri, Jenny Colas, Didier Bouchon, Thierry Ferreira
article
Environmental Science & Technology, American Chemical Society, 2017, 51 (4), pp.1988-1997
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titre
Mycobacterium llatzerense, a waterborne Mycobacterium, that resists phagocytosis by Acanthamoeba castellanii
auteur
Vincent Delafont, Ascel Samba-Louaka, Emmanuelle Cambau, Didier Bouchon, Laurent Moulin, Yann Héchard
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, 〈10.1038/srep46270〉
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Communication dans un congrès

titre
Design of an Industrial Human-Robot System Through Participative Simulations – Tank Cleaning Case Study
auteur
David Bitonneau, Théo Moulières-Seban, Julie Dumora, Olivier Ly, Jean-François Thibault, Jean-Marc Salotti, Bernard Claverie
article
IEEE/SICE International Symposium on System Integration, Dec 2017, Taïwan, China
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2016

Article dans une revue

titre
Differential antioxidant response between two Symbiodinium species from contrasting environments
auteur
S. Roberty, P. Furla, J. -C. Plumier
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2016, 39 (12), pp.2713-2724. 〈10.1111/pce.12825〉
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titre
Resilience to ocean acidification: decreased carbonic anhydrase activity in sea anemones under high pCO(2) conditions
auteur
Patricia Ventura, Michael D. Jarrold, Pierre-Laurent Merle, Stephanie Barnay-Verdier, Thamilla Zamoum, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Piero Calosi, Paola Furla
article
Marine Ecology Progress Series, Oldendorf/Luhe 2016, 559, pp.257-263. 〈10.3354/meps11916〉
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titre
Strong genetic structuring of the cockle Cerastoderma glaucum across Europe: new insights from an intronic marker and multivariate analysis
auteur
Ludmila Sromek, Didier Forcioli, Rafal Lasota, Paola Furla, Katarzyna Tarnowska-Marini, Maciej Wolowicz, Anne Chenuil
article
Journal of Molluscan Studies, Oxford University Press (OUP), 2016, 82 (4), pp.515--524. 〈10.1093/mollus/eyw019〉
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titre
Efficacy of dental unit waterlines disinfectants on a polymicrobial biofilm.
auteur
Damien Costa, Marion Girardot, Joanne Bertaux, Julien Verdon, Christine Imbert
article
Water Research, IWA Publishing, 2016, 91, pp.38-44
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titre
Dynamics of Bacterial Community Composition in the Malaria Mosquito's Epithelia
auteur
Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Luc Abate, Sandrine E. Nsango, Albert N. Bayibeki, Parfait H. Awono-Ambene, Richard Christen, Geoffrey Gimonneau, Isabelle Morlais
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 6, pp.1500. 〈10.3389/fmicb.2015.01500〉
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titre
Differential distribution of lipids in epidermis, gastrodermis and hosted Symbiodinium in the sea anemone Anemonia viridis
auteur
Johana Revel, Lionel Massi, Mohamed Mehiri, Marc Boutoute, Patrick Mayzaud, Laure Capron, Cecile Sabourault
article
Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology, Elsevier, 2016, 191, pp.140-151. 〈10.1016/j.cbpa.2015.10.017〉
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titre
Characterization of glutathione peroxidase diversity in the symbiotic sea anemone Anemonia viridis
auteur
Alexis Pey, Thamilla Zamoum, Richard Christen, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Biochimie, Elsevier, 2016, 132, pp.94 - 101. 〈10.1016/j.biochi.2016.10.016〉
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http://hal.upmc.fr/hal-01404424/file/Pey_Characterization_of.pdf BibTex
titre
Benthic protists: the under-charted majority
auteur
Dominik Forster, Micah Dunthorn, Fréderic Mahé, John R. Dolan, Stéphane Audic, David Bass, Lucie Bittner, Christophe Boutte, Richard Christen, Jean-Michel Claverie, Johan Decelle, Bente Edvardsen, Elianne Egge, Wenche Eikrem, Angélique Gobet, Wiebe H.C.F. Kooistra, Ramiro Logares, Ramon Massana, Marina Montresor, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Jan Pawlowski, Massimo C. Pernice, Sarah Romac, Kamran Shalchian-Tabrizi, Nathalie Simon, Thomas A. Richards, Sébastien Santini, Diana Sarno, Raffaele Siano, Daniel Vaulot, Patrick Wincker, Adriana Zingone, Colomban De Vargas, Thorsten Stoeck
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2016, 92 (8), pp.fiw120. 〈10.1093/femsec/fiw120〉
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http://hal.upmc.fr/hal-01383722/file/Forster_2016_Benthic_protists.pdf BibTex
titre
Thermal and menthol stress induce different cellular events during sea anemone bleaching
auteur
Vincent Dani, Fabrice Priouzeau, Sophie Pagnotta, Diane Carette, Jean-Pierre Laugier, Cécile Sabourault
article
Symbiosis, Springer Verlag, 2016, 69 (3), pp.175 - 192. 〈10.1007/s13199-016-0406-y〉
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Chapitre d'ouvrage

titre
General Ecological Aspects of Anthozoan-Symbiodinium Interactions in the Mediterranean Sea
auteur
Pilar Casado-Amezúa, Alejandro Terrón-Sigler, Jorge H. Pinzón, Paola Furla, Didier Forcioli, Denis Allemand, Marta Ribes, Rafel Coma
article
The Cnidaria, Past, Present and Future, Springer, pp.375-386, 2016, 978-3-319-31303-0. 〈10.1007/978-3-319-31305-4_24〉
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2015

Article dans une revue

titre
ERK1 and ERK2 present functional redundancy in tetrapods despite higher evolution rate of ERK1
auteur
Roser Busca, Richard Christen, Matthew Lovern, Alexander M. Clifford, Jia-Xing Yue, Greg G. Goss, Jacques Pouyssegur, Philippe Lenormand
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2015, 15, pp.179. 〈10.1186/s12862-015-0450-x〉
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titre
Chloroplast and oxygen evolution changes in Symbiodinium sp as a response to latrunculin and butanedione monoxime treatments under various light conditions
auteur
Marco A. Villanueva, Stephanie Barnay-Verdier, Fabrice Priouzeau, Paola Furla
article
Photosynthesis Research, Springer Verlag, 2015, 124 (3), pp.305-313. 〈10.1007/s11120-015-0142-9〉
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titre
Multiple drivers of decline in the global status of freshwater crayfish (Decapoda: Astacidea)
auteur
N. Richman,, M. Bohm, S. Adams,, F. Alvarez,, E. Bergey,, J. Bunn,, Q. Burnham,, J. Cordeiro,, J. Coughran,, K. Crandall,, K. Dawkins,, R. Distefano,, N. Doran,, L. Edsman, A. Eversole,, L. Fureder,, J. Furse,, F. Gherardi, P. Hamr,, D. Holdich,, P. Horwitz,, K. Johnston,, C. Jones,, J. Jones,, R. Jones,, T. Jones,, T. Kawai,, S. Lawler,, M. Lopez-Mejia,, R. Miller,, C. Pedraza-Lara,, J. Reynolds,, A. Richardson,, M. Schultz,, G. Schuster,, P. Sibley,, C. Souty-Grosset, C. Taylor,, R. Thoma,, J. Walls,, T. Walsh,, B. Collen,
article
Archives belges de dermatologie et de syphiligraphie, 2015, 370 (1662), pp.20140060
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titre
Surfactin from Bacillus subtilis displays an unexpected anti-Legionella activity.
auteur
Clémence Loiseau, Margot Schlusselhuber, Renaud Bigot, Joanne Bertaux, Jean-Marc Berjeaud, Julien Verdon
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2015, 99 (12), pp.5083-93
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titre
MALDI-MS and NanoSIMS imaging techniques to study cnidarian?dinoflagellate symbioses
auteur
C. Kopp, M. Wisztorski, J. Revel, M. Mehiri, V. Dani, L. Capron, D. Carette, I. Fournier, L. Massi, D. Mouajjah, S. Pagnotta, F. Priouzeau, M. Salzet, A. Meibom, C. Sabourault
article
Zoology, Elsevier, 2015, 118 (2), pp.125 - 131. 〈10.1016/j.zool.2014.06.006〉
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titre
Distribution, introduction pathway, and invasion risk analysis of the North American crayfish (Decapoda: Cambaridae) in southeast Brazil
auteur
T. Loureiro,, P. Anastacio,, S. Bueno,, P.B. Araujo, C. Souty-Grosset, M.P. Almerao
article
Journal of Crustacean Biology, Brill Academic Publishers, 2015, 35 (1), pp.88-96
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2014

Article dans une revue

titre
Composition of Anopheles coluzzii and Anopheles gambiae microbiota from larval to adult stages
auteur
Geoffrey Gimonneau, Majoline T. Tchioffo, Luc Abate, Anne Boissiere, Parfait H. Awono-Ambene, Sandrine E. Nsango, Richard Christen, Isabelle Morlais
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2014, 28, pp.715-724. 〈10.1016/j.meegid.2014.09.029〉
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BibTex
titre
Are Niemann-Pick type C proteins key players in cnidarian-dinoflagellate endosymbioses?
auteur
Vincent Dani, Philippe Ganot, Fabrice Priouzeau, Paola Furla, Cecile Sabourault
article
Molecular Ecology, Wiley, 2014, 23 (18), pp.4527-4540. 〈10.1111/mec.12876〉
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titre
Genetic connectivity of the grey partridge in central northern France in a highly man dominated landscape
auteur
Nicolas Bech, Stéphanie Manel, Elisabeth Bro, Claude Novoa, Benjamin-Marc Bijaoui-Georget, Sophie Beltran-Bech, Jérôme Boissier
article
Conservation Genetics, Springer Verlag, 2014, http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10592-014-0594-z#. 〈10.1007/s10592-014-0594-z〉
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titre
Horizontal transfer of transposons between and within crustaceans and insects
auteur
M. Dupeyron, Sébastien Leclercq, Didier Bouchon, Nicolas Cerveau, Clément Gilbert
article
Mobile DNA, BioMed Central, 2014, 5 (1), pp.4. 〈10.1186/1759-8753-5-4〉
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BibTex
titre
Impact of infection on mate choice
auteur
Sophie Beltran-Bech, Freddie-Jeanne Richard
article
Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2014, 90, pp.159-170. 〈10.1016/j.anbehav.2014.01.026〉
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BibTex
titre
Community assembly effects shape the biodiversity ecosystem functioning relationships
auteur
Benoit Jaillard, Alain Rapaport, Jérôme Harmand, Alain Brauman, Naoise Nunan
article
Functional Ecology, Wiley, 2014, 28 (6), pp.1523-1533. 〈10.1111/1365-2435.12267〉
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titre
The crayfish plague pathogen can infect freshwater-inhabiting crabs
auteur
Jiří Svoboda, David A. Strand, Trude Vrålstad, F. Grandjean, Lennart Edsman, Pavel Kozák, Antonín Kouba, Rosa F. Fristad, Seval Bahadir Koca, A. Petrusek
article
Freshwater Biology, Wiley, 2014, pp.12315. 〈10.1111/fwb.12315〉
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Communication dans un congrès

titre
Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ.
auteur
Anthony Bretaudeau, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
article
Galaxy Day 2014, Dec 2014, Paris, France
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Poster

titre
e-Science in France, a Life science Western story
auteur
Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
article
Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
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2013

Article dans une revue

titre
Modulation of Malaria Infection in Anopheles gambiae Mosquitoes Exposed to Natural Midgut Bacteria
auteur
Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Thomas S. Churcher, Luc Abate, Geoffrey Gimonneau, Sandrine E. Nsango, Parfait H. Awono-Ambene, Richard Christen, Antoine Berry, Isabelle Morlais
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e81663. 〈10.1371/journal.pone.0081663〉
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titre
Anemonia viridis primary cell culture: a new tool for cnidarian studies
auteur
Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, Thamilla Zamoum, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Cytotechnology, Springer Verlag, 2013, 65 (5), pp.686
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titre
Establishment of primary cell culture from the temperate symbiotic cnidarian, Anemonia viridis
auteur
Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, Thamilla Zamoum, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Cytotechnology, Springer Verlag, 2013, 65 (5), pp.697-704. 〈10.1007/s10616-013-9566-2〉
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titre
Exploration of Deinococcus-Thermus molecular diversity by novel group-specific PCR primers
auteur
Nicolas Theodorakopoulos, Dipankar Bachar, Richard Christen, Karine Alain, Virginie Chapon
article
MicrobiologyOpen, Wiley, 2013, 2 (5), pp.862-872. 〈http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mbo3.119/abstract〉. 〈10.1002/mbo3.119〉
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01560945/file/Theodorakopoulos-2013.pdf BibTex
titre
Thermal threshold and sensitivity of the only symbiotic Mediterranean gorgonian Eunicella singularis by morphometric and genotypic analyses
auteur
Alexis Pey, Jerome Cataneo, Didier Forcioli, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla
article
Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2013, 336 (7), pp.331-341. 〈10.1016/j.crvi.2013.06.008〉
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BibTex
titre
The Response of the Mediterranean Gorgonian Eunicella singularis to Thermal Stress Is Independent of Its Nutritional Regime
auteur
Leila Ezzat, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla, Alexandre Buttler, Christine Ferrier-Pages
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (5), pp.e64370. 〈10.1371/journal.pone.0064370〉
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BibTex
titre
DsRed-mediated oligomerization stabilizes HMGB1 on chromatin in vivo and on DNA in vitro
auteur
Melanie Messmer, Christophe Klein, Rachel Boniface, Nina F. Gnaedig, Maxime Lecerf, Stephanie Barnay-Verdier, Vincent Marechal
article
Biochimie, Elsevier, 2013, 95 (4), pp.962-966. 〈10.1016/j.biochi.2012.11.001〉
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BibTex
titre
Horizontal transfer and evolution of prokaryote transposable elements in eukaryotes.
auteur
Clément Gilbert, Richard Cordaux
article
Genome Biol Evol, Oxford University Press, 2013, 5 (5), pp.822-832. 〈10.1093/gbe/evt057〉
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BibTex
titre
Genotypic variation of nodules' enzymatic activities in symbiotic nitrogen fixation among common bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes grown under salinity constraint
auteur
Mustapha Faghire, Farissi Mohamed, Khadijattou Taoufiq, Rachid Fghire, Adnane Bargaz, Btissam Mandri, Khalid Oufdou, Laurie Amenc, Jean-Jacques Drevon, Cherki Ghoulam
article
Symbiosis, Springer Verlag, 2013, 60 (3), pp.115 - 122. 〈10.1007/s13199-013-0247-x〉
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titre
Ecological Roles of Crayfish in Freshwater and Terrestrial Habitats
auteur
J. Reynolds, Catherine Souty-Grosset, A. Richardson
article
Freshwater Crayfish, 2013, 9 (2), pp.197-218
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BibTex
titre
Oxidative stress in the root nodules of Phaseolus vulgaris is induced under conditions of phosphorus deficiency
auteur
Adnane Bargaz, Mustapha Faghire, Mohamed Farissi, Jean-Jacques Drevon, Cherki Ghoulam
article
Acta Physiologiae Plantarum, Springer Verlag, 2013, 35 (5), pp.1633 - 1644. 〈10.1007/s11738-012-1206-5〉
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titre
Transcriptome de novo assembly from next-generation sequencing and comparative analyses in the hexaploid salt marsh species Spartina maritima and Spartina alterniflora (Poaceae)
auteur
Julie Ferreira de Carvalho, Julie Poulain, Corinne Da Silva, Patrick Wincker, Sophie Michon-Coudouel, Alexandra Dheilly, Delphine Naquin, Julien Boutte, Armel Salmon, Malika L. Aïnouche
article
Heredity, Nature Publishing Group, 2013, 110 (2), pp.181-193. 〈10.1038/hdy.2012.76〉
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BibTex
titre
Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species
auteur
Keith Bradnam, Joseph Fass, Anton Alexandrov, Paul Baranay, Michael Bechner, Inanç Birol, Sébastien Boisvert, Jarrod Chapman, Guillaume Chapuis, Rayan Chikhi, Hamidreza Chitsaz, Wen-Chi Chou, Jacques Corbeil, Cristian Del Fabbro, T Docking, Richard Durbin, Dent Earl, Scott Emrich, Pavel Fedotov, Nuno Fonseca, Ganeshkumar Ganapathy, Richard Gibbs, Sante Gnerre, Élénie Godzaridis, Steve Goldstein, Matthias Haimel, Giles Hall, David Haussler, Joseph Hiatt, Isaac Ho, Jason Howard, Martin Hunt, Shaun Jackman, David Jaffe, Erich Jarvis, Huaiyang Jiang, Sergey Kazakov, Paul Kersey, Jacob Kitzman, James Knight, Sergey Koren, Tak-Wah Lam, Dominique Lavenier, François Laviolette, Yingrui Li, Zhenyu Li, Binghang Liu, Yue Liu, Ruibang Luo, Iain Maccallum, Matthew Macmanes, Nicolas Maillet, Sergey Melnikov, Delphine Naquin, Zemin Ning, Thomas Otto, Benedict Paten, Octávio Paulo, Adam Phillippy, Francisco Pina-Martins, Michael Place, Dariusz Przybylski, Xiang Qin, Carson Qu, Filipe Ribeiro, Stephen Richards, Daniel Rokhsar, J Ruby, Simone Scalabrin, Michael Schatz, David Schwartz, Alexey Sergushichev, Ted Sharpe, Timothy Shaw, Jay Shendure, Yujian Shi, Jared Simpson, Henry Song, Fedor Tsarev, Francesco Vezzi, Riccardo Vicedomini, Bruno Vieira, Jun Wang, Kim Worley, Shuangye Yin, Siu-Ming Yiu, Jianying Yuan, Guojie Zhang, Hao Zhang, Shiguo Zhou, Ian Korf
article
GigaScience, BioMed Central, 2013, 2 (1), pp.10. 〈http://www.gigasciencejournal.com/content/2/1/10〉. 〈10.1186/2047-217X-2-10 〉
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https://hal.inria.fr/hal-00868822/file/2047-217X-2-10.pdf BibTex
titre
Differential expression of trehalose 6-P phosphatase and ascorbate peroxidase transcripts in nodule cortex of Phaseolus vulgaris and regulation of nodule O-2 permeability
auteur
Adnane Bargaz, Mohamed Lazali, Laurie Amenc, Josiane Abadie, Cherki Ghoulam, Mohamed Farissi, Mustapha Faghire, Jean-Jacques Drevon
article
Planta, Springer Verlag, 2013, 238 (1), pp.107 - 119. 〈10.1007/s00425-013-1877-1〉
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titre
Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov.
auteur
Tomoo Sawabe, Yoshitoshi Ogura, Yuta Matsumura, Gao Feng, Akm Rohul Amin, Sayaka Mino, Satoshi Nakagawa, Toko Sawabe, Ramesh Kumar, Yohei Fukui, Masataka Satomi, Ryoji Matsushima, Fabiano L. Thompson, Bruno Gomez-Gil, Richard Christen, Fumito Maruyama, Ken Kurokawa, Tetsuya Hayashi
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2013, 4, pp.414. 〈10.3389/fmicb.2013.00414〉
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BibTex
titre
Climate warming and the agonistic behaviour of invasive crayfishes in Europe
auteur
F. Gherardi, A. Coignet, C. Souty-Grosset, D. Spigoli, L. Aquiloni
article
Freshwater Biology, Wiley, 2013, 58 (9), pp.1958-1967. 〈10.1111/fwb.12183〉
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BibTex
titre
Functional endogenous viral elements in the genome of the parasitoid wasp Cotesia congregata: insights into the evolutionary dynamics of bracoviruses
auteur
Annie Bézier, Faustine Louis, Séverine Jancek, Georges Periquet, Julien Thézé, Gabor Gyapay, Karine Musset, Jérôme Lesobre, P. Lenoble, Catherine Dupuy, Dawn Gundersen-Rindal, Elisabeth Herniou, Jean-Michel Drezen
article
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), Royal Society, The, 2013, 368 (1626), pp.20130047. 〈10.1098/rstb.2013.0047〉
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titre
Microbacterium lemovicicum sp. nov., a bacterium isolated from a natural uranium-rich soil.
auteur
Laure Mondani, Laurie Piette, Richard Christen, Dipankar Bachar, Catherine Berthomieu, Virginie Chapon
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63, pp.2600-2606. 〈10.1099/ijs.0.048454-0〉
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Communication dans un congrès

titre
Towards a Life Sciences Virtual Research Environment
auteur
Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
JOBIM 2013, May 2013, Toulouse, France
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Autre publication

titre
LC3B Labeling on Terrestrial Isopod Adipocytes
auteur
Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Mathieu Sicard
article
http://www.bio-protocol.org/wenzhang.aspx?id=792. Protocol Online. 2013
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2012

Article dans une revue

titre
Significant and persistent impact of timber harvesting on soil microbial communities in Northern coniferous forests
auteur
Martin Hartmann, Charles G. Howes, David Vaninsberghe, Hang Yu, Dipankar Bachar, Richard Christen, Rolf Henrik Nilsson, Steven J. Hallam, William W. Mohn
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2012, 6 (12), pp.2199-2218. 〈10.1038/ismej.2012.84〉
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titre
Symbiodinium isolation by NaOH treatment
auteur
Thamilla Zamoum, Paola Furla
article
Journal of Experimental Biology, 2012, 215 (22), pp.3875-3880. 〈10.1242/jeb.074955〉
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titre
Influence of changing plant food sources on the gut microbiota of saltmarsh detritivores.
auteur
Jessica Dittmer, Jérôme Lesobre, Roland Raimond, Martin Zimmer, Didier Bouchon
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2012, 64 (3), pp.814-825. 〈10.1007/s00248-012-0056-4〉
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titre
Patho-Genes.org: a website dedicated to gene sequences of potential bioterror bacteria and PCR primers used to amplify them
auteur
Julien Gardes, Dipankar Bachar, Olivier Croce, Richard Christen
article
Microbial Biotechnology, Wiley, 2012, 5 (5, SI), pp.594-598. 〈10.1111/j.1751-7915.2012.00353.x〉
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titre
In Silico Analyses of Primers Used to Detect the Pathogenicity Genes of Vibrio cholerae
auteur
Julien Gardes, Olivier Croce, Richard Christen
article
Microbes and environments / JSME, Nakanishi Printing Co, 2012, 27 (3), pp.250-256. 〈10.1264/jsme2.ME11317〉
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titre
Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform.
auteur
Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Aurelien Roult
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.175. 〈10.1186/1471-2105-13-175〉
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titre
Midgut Microbiota of the Malaria Mosquito Vector Anopheles gambiae and Interactions with Plasmodium falciparum Infection
auteur
Anne Boissiere, Majoline T. Tchioffo, Dipankar Bachar, Luc Abate, Alexandra Marie, Sandrine E. Nsango, Hamid R. Shahbazkia, Parfait H. Awono-Ambene, Elena A. Levashina, Richard Christen, Isabelle Morlais
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2012, 8 (5), pp.e1002742. 〈10.1371/journal.ppat.1002742〉
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titre
The transcriptomic response to thermal stress is immediate, transient and potentiated by ultraviolet radiation in the sea anemone Anemonia viridis
auteur
A. Moya, P. Ganot, P. Furla, C. Sabourault
article
Molecular Ecology, Wiley, 2012, 21 (5), pp.1158-1174. 〈10.1111/j.1365-294X.2012.05458.x〉
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titre
Widespread atypical mitochondrial DNA structure in isopods (Crustacea, Peracarida) related to a constitutive heteroplasmy in terrestrial species.
auteur
Vincent Doublet, Roland Raimond, Frédéric Grandjean, Alexandra Lafitte, Catherine Souty-Grosset, Isabelle Marcadé
article
Genome, NRC Research Press, 2012, 55 (3), pp.234-44. 〈10.1139/g2012-008〉
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titre
Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866711000517〉. 〈10.1016/j.jda.2011.04.006〉
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https://hal.inria.fr/inria-00536633/file/preprint_jda.pdf BibTex
titre
Feminizing Wolbachia: a transcriptomics approach with insights on the immune response genes in Armadillidium vulgare
auteur
Frédéric Chevalier, Juline Herbinière-Gaboreau, Delphine Charif, Guillaume Mitta, Frédéric Gavory, Patrick Wincker, Pierre Grève, Christine Braquart-Varnier, Didier Bouchon
article
BMC Microbiology, BioMed Central, 2012, 12 (suppl), pp.S1. 〈10.1186/1471-2180-12-S1-S1〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00661197/file/Chevalier-2012-BMCMicrobiol-Feminizing.pdf BibTex
titre
Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure
auteur
Sebastien Terrat, Richard Christen, Samuel Dequiedt, Melanie Lelievre, Virginie Nowak, Tiffanie Regnier, Dipankar Bachar, Pierre Plassart, Patrick Wincker, Claudy Jolivet, Antonio Bispo, Philippe Lemanceau, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel, Lionel Ranjard
article
Microbial Biotechnology, Wiley, 2012, 5 (1), pp.135-141. 〈10.1111/j.1751-7915.2011.00307.x〉
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titre
Widespread Wolbachia infection in terrestrial isopods and other crustaceans.
auteur
Richard Cordaux, Samuel Pichon, Houda Ben Afia Hatira, Vincent Doublet, Pierre Grève, Isabelle Marcadé, Christine Braquart-Varnier, Catherine Souty-Grosset, Faouzia Charfi-Cheikhrouha, Didier Bouchon
article
Zookeys, 2012, pp.123-31. 〈10.3897/zookeys.176.2284〉
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titre
A preliminary study of terrestrial is opod diversit y in coastal wetlands of Tunisia
auteur
H. Khemaissia, M. Touihri, R. Jelassi, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar
article
Life and Environment, 2012, 62 (4), pp.203-211
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titre
Effects of immunostimulation on social behavior, chemical communication and genome-wide gene expression in honey bee workers (Apis mellifera)
auteur
Freddie-Jeanne Richard, Holly Holt, Christina M Grozinger
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.558
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titre
A phosphoenol pyruvate phosphatase transcript is induced in the root nodule cortex of Phaseolus vulgaris under conditions of phosphorus deficiency
auteur
Adnane Bargaz, Cherki Ghoulam, Laurie Amenc, Mohamed Lazali, M. Faghire, Josiane Abadie, Jean-Jacques Drevon
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2012, 63 (13), pp.4723 - 4730. 〈10.1093/jxb/ers151〉
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titre
High virulence of Wolbachia after host switching: when autophagy hurts.
auteur
Winka Le Clec'H, Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Jean-Baptiste Ferdy, Didier Bouchon, Mathieu Sicard
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2012, 8 (8), pp.e1002844. 〈10.1371/journal.ppat.1002844〉
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titre
MRI image artifact ontology: A Proposed Method for Improved Recognition.
auteur
Jeremy Lasbleiz, John Morelli, Nicolas Schnel, Anita Burgun, Régis Duvauferrier, Hervé Saint-Jalmes
article
Studies in Health Technology and Informatics, IOS Press, 2012, 180, pp.103-7. 〈10.3233/978-1-61499-101-4-103〉
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titre
Bird mortality related to collisions with ski-lift cables: do we estimate just the tip of the iceberg?
auteur
N. Bech, S. Beltran, J. Boissier, Jean-François Allienne, J. Resseguier, C. Novoa
article
Animal Biodiversity and Conservation, Museu de Ciències Naturals de Barcelona, 2012, 35 (1), pp.95-98
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titre
Fluctuating asymmetry analysis on Porcellio scaber (Crustacea, Isopoda) populations living under metals-contaminated woody habitats
auteur
J.P. Godet, S. Demuynck, C. Waterlot, S. Lemiere, Catherine Souty-Grosset, F. Douay, A. Lepretre, C. Pruvot
article
Ecological Indicators, Elsevier, 2012, 23, pp.130-139
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BibTex
titre
PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution
auteur
Stéphane Mahé, Marie Duhamel, Thomas Le Calvez, Laëtitia Guillot, Ludmila Sarbu, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin, Alexis Dufresne, E. Toby Kiers, Philippe Vandenkoornhuyse
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (9), pp.e43117. 〈10.1371/journal.pone.0043117〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00756250/file/Mahe_al2012Plos-One.pdf BibTex
titre
Analysis of gene expression from the Wolbachia genome of a filarial nematode supports both metabolic and defensive roles within the symbiosis
auteur
A.C. Darby, S.D. Amstrong, G.S. Bah, G. Kaur, M.A. Hughes, S.M. Kay, P. Koldkjaer, L. Rainbow, A.D. Radford, M.L. Blaxter, V.N. Tanya, A.J. Trees, R. Cordaux, J.M. Wastling, B.L. Makepeace
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, 22 (12), pp.2467-2477
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titre
Cargo capacity of phages and plasmids and other factors influencing horizontal transfers of prokaryote transposable elements
auteur
Sébastien Leclercq, C. Gilbert, Richard Cordaux
article
Mobile Genetic Elements, Taylor & Francis, 2012, 2 (2), pp.115-118
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Communication dans un congrès

titre
Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00766066/file/mesogrilles_GenOuest2012_corrections_postacceptation.pdf BibTex
titre
Local Substitutability for Sequence Generalization
auteur
François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
article
Jeffrey Heinz and Colin de la Higuera and Tim Oates. ICGI 2012, Sep 2012, Washington, United States. MIT Press, 21, pp.97-111, 2012, JMLR Workshop and Conference Proceedings. 〈http://jmlr.csail.mit.edu/proceedings/papers/v21/coste12a/coste12a.pdf〉
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titre
Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
article
ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States. 2012
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BibTex
titre
Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling
auteur
Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France. 2012
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titre
Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network
auteur
Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass
article
Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00740722/file/jobim2012.03.15.pdf BibTex
titre
Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
auteur
Thierry Tonon, P. Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
article
Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France. 2012
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Chapitre d'ouvrage

titre
Chapelle-lez-Herlaimont: inteligencia territorial, cohesión social y bien¬estar (Bélgica)
auteur
Jean-Jacques Girardot, Laurence Meire, Eric Bernard
article
Intelligentia Territorial : teoría, métodos e iniciativas en Europa y América Latina, 250-259p, 2012, 978-987-595-158-7
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BibTex
titre
Design of PCR primers for the detection of waterborne bacteria
auteur
Julien Gardes, Richard Christen
article
DETECTION OF PATHOGENS IN WATER USING MICRO AND NANO-TECHNOLOGY, IWA PUBLISHING, pp.237-254, 2012, 978-1-78040-108-9
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Poster

titre
Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery
auteur
Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
article
JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
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Thèse

titre
Régulation de la symbiose endomycorhizienne par le phosphate
auteur
Coline Balzergue
article
Biologie végétale. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2012. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00796089/file/These_Coline_Balzergue.pdf BibTex

2011

Article dans une revue

titre
Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.
auteur
Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, Catherine Boyen, Anne Siegel
article
OMICS, Mary Ann Liebert, 2011, 15 (12), pp.883-892. 〈10.1089/omi.2011.0089〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00661751/file/Tonon_et_al._OMICS_2011.pdf BibTex
titre
Do phages efficiently shuttle transposable elements among prokaryotes?
auteur
Sébastien Leclercq, Richard Cordaux
article
Evolution, Wiley, 2011, 65 (11), pp.3327-3331. 〈10.1111/j.1558-5646.2011.01395.x〉
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BibTex
titre
The Smallest Grammar Problem as Constituents Choice and Minimal Grammar Parsing
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
article
Algorithms, MDPI AG, 2011, pp.262-284. 〈http://www.mdpi.com//1999-4893/4/4/262/〉. 〈10.3390/a4040262〉
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https://hal.inria.fr/inria-00638445/file/algorithms-04-00262-v2.pdf BibTex
titre
Accelerated evolution of sex chromosomes in aphids, an X0 system.
auteur
Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Claude Rispe, Lucie Mieuzet, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, epub ahead of print. 〈10.1093/molbev/msr252〉
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BibTex
titre
BioMart Central Portal: an open database network for the biological community
auteur
Jonathan M. Guberman, J. Ai, O. Arnaiz, Baran Joachim, Andrew Blake, Richard Baldock, Claude Chelala, David Croft, Anthony Cros, Rosalind J. Cutts, A. Di Génova, Simon Forbes, T. Fujisawa, E. Gadaleta, M. Goodstein D., Gunes Gundem, Bernard Haggarty, Syed Haider, Matthew Hall, Todd Harris, Robin Haw, S. Hu, Simon Hubbard, Jack Hsu, Vivek Iyer, Philip Jones, Toshiaki Katayama, R. Kinsella, Lei Kong, Daniel Lawson, Yong Liang, Núria López-Bigas, J. Luo, Michael Lush, Jeremy Mason, Francois Moreews, Nelson Ndegwa, Darren Oakley, Christian Perez-Llamas, Michael Primig, Elena Rivkin, S. Rosanoff, Rebecca Shepherd, Reinhard Simon, B. Skarnes, Damian Smedley, Linda Sperling, William Spooner, Peter Stevenson, Kevin Stone, J. Teague, Jun Wang, Jianxin Wang, Brett Whitty, T. Wong D., Marie Wong-Erasmus, L. Yao, Ken Youens-Clark, Christina Yung, Junjun Zhang, Arek Kasprzyk
article
Database (Weston, Conn.): The Journal of Biological Database (Weston, Conn.)s and Curation, 2011, pp.bar041. 〈10.1093/database/bar041〉
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https://hal.inria.fr/inria-00638749/file/BioMart_Central_Portal-accepted.pdf BibTex
titre
Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods
auteur
Dent A. Earl, Keith Bradnam, John St. John, Aaron Darling, Dawei Lin, Joseph Faas, Hung On Ken Yu, Buffalo Vince, Daniel R. Zerbino, Mark Diekhans, Ngan Nguyen, Pramila Nuwantha, Ariyaratne Wing-Kin Sung, Zemin Ning, Matthias Haimel, Jared T. Simpson, Nuno A. Fronseca, Inanç Birol, T. Roderick Docking, Isaac Y. Ho, Daniel S Rokhsar, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Guillaume Chapuis, Delphine Naquin, Nicolas Maillet, Michael C. Schatz, David R. Kelly, Adam M. Phillippy, Sergey Koren, Shiaw-Pyng Yang, Wei Wu, Wen-Chi Chou, Anuj Srivastava, Timothy I. Shaw, J. Graham Ruby, Peter Skewes-Cox, Miguel Betegon, Michelle T. Dimon, Victor Solovyev, Petr Kosarev, Denis Vorobyev, Ricardo Ramirez-Gonzalez, Richard Leggett, Dan Maclean, Fangfang Xia, Ruibang Luo, Zhenyu Li, Yinlong Xie, Binghang Liu, Sante Gnerre, Iain Maccallum, Dariusz Przybylski, Filipe J. Ribeiro, Shuangye Yin, Ted Sharpe, Giles Hall, Paul J. Kersey, Richard Durbin, Shaun D. Jackman, Jarrod A. Chapman, Xiaoqiu Huang, Joseph L. Derisi, Mario Caccamo, Yingrui Li, David B. Jaffe, Richard Green, David Haussler, Ian Korf, Benedict Paten
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, 〈10.1101/gr.126599.111〉
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titre
Variation of parasite load and immune parameters in two species of New Zealand shore crabs.
auteur
J. Dittmer, A. V. Koehler, F.-J. Richard, R. Poulin, M. Sicard
article
Parasitology Research / Journal of Parasitology, 2011, 109 (3), pp.759-67. 〈10.1007/s00436-011-2319-2〉
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titre
Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.
auteur
Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2011, 7 (9), pp.e1002157. 〈10.1371/journal.pcbi.1002157〉
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titre
Effects of instrumental insemination and insemination quantity on Dufour's gland chemical profiles and vitellogenin expression in honey bee queens (Apis mellifera).
auteur
Freddie-Jeanne Richard, Coby Schal, David R Tarpy, Christina M Grozinger
article
Journal of Chemical Ecology, Springer Verlag, 2011, 37 (9), pp.1027-36. 〈10.1007/s10886-011-9999-z〉
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titre
Un déluge de données
auteur
Christophe Blanchet, Olivier Collin
article
Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2011
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BibTex
titre
The impact of endosymbionts on the evolution of host sex-determination mechanisms.
auteur
Richard Cordaux, Didier Bouchon, Pierre Grève
article
Trends in Genetics, Elsevier, 2011, 27 (8), pp.332-341. 〈10.1016/j.tig.2011.05.002〉
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titre
Etude quantitative dálgorithmes de stéréovision pour les systèmes embarqués d'aide à la conduite
auteur
Mehdi Darouich, Stéphane Guyetant, Dominique Lavenier
article
Techniques et Sciences Informatiquess, Editions Hermès, 2011, 30 (5), pp.539-569. 〈10.3166〉
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titre
Characterization of bacterial symbioses in Myrtea sp. (Bivalvia: Lucinidae) and Thyasira sp. (Bivalvia Thyasiridae) from a cold seep in the Eastern Mediterranean.
auteur
Terry Brissac, F. Rodrigues Clara, Olivier Gros, Sébastien Duperron
article
Marine Ecology, Wiley, 2011, 32 (2), pp.198-210. 〈10.1111/j.1439-0485.2010.00413.x〉
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BibTex
titre
AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
auteur
Frédéric Lecerc, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier Demeure
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, open access. 〈10.1093/nar/gkr361〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00597398/file/annotqtl.pdf BibTex
titre
Algorithm engineering for optimal alignment of protein structure distance matrices
auteur
Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
article
Optimization Letters, Springer Verlag, 2011, 〈http://www.springerlink.com/content/86625t062m213141/〉. 〈10.1007/s11590-011-0313-3〉
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https://hal.inria.fr/inria-00586067/file/paper.pdf BibTex
titre
Vertebrate host protective immunity drives genetic diversity and antigenic polymorphism in Schistosoma mansoni.
auteur
S. Beltran, B. Gourbal, J. Boissier, D. Duval, S. Kieffer-Jaquinod, R. J. Pierce, C. Grunau, A. Théron, G. Mitta
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2011, 24 (3), pp.554-72. 〈10.1111/j.1420-9101.2010.02190.x〉
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BibTex
titre
QTL analysis of seed germination and pre-emergence growth at extreme temperatures in Medicago truncatula.
auteur
Paula Menna Barreto Dias, Sophie Brunel-Muguet, Caroline Dürr, Thierry Huguet, Didier Demilly, Marie-Hélène Wagner, Béatrice Teulat Merah
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, Springer Verlag, 2011, 122 (2), pp.429-44. 〈10.1007/s00122-010-1458-7〉
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BibTex
titre
Fractal tiles associated with shift radix systems
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner
article
Advances in Mathematics, Elsevier, 2011, 226 (1), pp.139-175. 〈10.1016/j.aim.2010.06.010〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00407999/file/srstiling.pdf BibTex
titre
Maximum Contact Map Overlap Revisited
auteur
Rumen Andonov, Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (1), pp.1-15. 〈10.1089/cmb.2009.0196〉
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BibTex
titre
Haplotype variation in the spiny-cheek crayfish Orconectes limosus: colonization of Europe and genetic diversity of native stocks
auteur
L. Filipova, D. A. Lieb, F. Grandjean, A. Petrusek
article
Journal of the North American Benthological Society, University of Chicago Press, 2011, 30 (4), pp.871-881
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BibTex
titre
Quantitative trait loci associated with drought tolerance in the model legume Medicago truncatula
auteur
Mounawer Badri, Fabien Chardon, Thierry Huguet, Mohamed Elarbi Aouani
article
Euphytica, 2011, 181 (3), pp.415 - 428. 〈10.1007/s10681-011-0473-3〉
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titre
A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships
auteur
Claire Lemaitre, Aurélien Barré, Christine Citti, Florence Tardy, François Thiaucourt, Pascal Sirand-Pugnet, Patricia Thébault
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (1), pp.457. 〈10.1186/1471-2105-12-457〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784414/file/1471-2105-12-457.pdf BibTex
titre
Simple Shared Motifs (SSM) in conserved region of promoters: a new approach to identify co-regulation patterns.
auteur
Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12, pp.365. 〈10.1186/1471-2105-12-365〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00682075/file/Simple_Shared_Motifs-accepted.pdf BibTex
titre
QTLs mapping of morphological traits related to salt tolerance in Medicago truncatula
auteur
Soumaya Arraouadi, Fabien Chardon, Thierry Huguet, Mohamed Elarbi Aouani, Mounawer Badri
article
Acta Physiologiae Plantarum, Springer Verlag, 2011, 33 (3), pp.917-926. 〈10.1007/s11738-010-0621-8〉
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titre
An Expressed Sequence Tag collection from the male antennae of the Noctuid moth Spodoptera littoralis: a resource for olfactory and pheromone detection research.
auteur
Fabrice Legeai, Sébastien Malpel, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, François Cousserans, Christine Merlin, Marie-Christine François, Martine Maïbèche-Coisné, Frédérick Gavory, Julie Poulain, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12, pp.86. 〈10.1186/1471-2164-12-86〉
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https://hal-univ-bourgogne.archives-ouvertes.fr/hal-00723049/file/publi_4128.pdf BibTex
titre
Genomic approach to study floral development genes in Rosa sp.
auteur
Annick Dubois, Arnaud Remay, Olivier Raymond, Sandrine Balzergue, Aurélie Chauvet, Marion Maene, Yann Pécrix, Shu-Hua Yang, Julien Jeauffre, Tatiana Thouroude, Véronique Boltz, Marie-Laure Martin-Magniette, Stéphane Janczarski, Fabrice Legeai, Jean-Pierre Renou, Philippe Vergne, Manuel Le Bris, Fabrice Foucher, Mohammed Bendahmane
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (12), pp.e28455. 〈10.1371/journal.pone.0028455〉
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titre
SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.
auteur
François Moreews, Gaelle Rauffet, Patrice Dehais, Christophe Klopp
article
Database (Weston, Conn.) (Weston, Conn.), Oxford Journals, 2011, 2011, pp.bar025. 〈10.1093/database/bar025〉
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titre
Directed Binary Hierarchies and Directed Ultrametrics
auteur
Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
article
Journal of Classification, Springer Verlag, 2011, 28 (3), page 272-296
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titre
Remarkable Abundance and Evolution of Mobile Group II Introns in Wolbachia Bacterial Endosymbionts
auteur
S. Leclercq, I. Giraud, R. Cordaux
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, 28 (1), pp.685-697
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titre
Remarkable abundance and evolution of mobile group II introns in Wolbachia bacterial endosymbionts.
auteur
Sébastien Leclercq, Isabelle Giraud, Richard Cordaux
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, 28 (1), pp.685-697. 〈10.1093/molbev/msq238〉
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titre
Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
auteur
Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12 (1), pp.303. 〈10.1186/1471-2164-12-303〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784423/file/1471-2164-12-303.pdf BibTex
titre
Short- and Long-term Evolutionary Dynamics of Bacterial Insertion Sequences: Insights from Wolbachia Endosymbionts
auteur
N. Cerveau, S. Leclercq, E. Leroy, D. Bouchon, R. Cordaux
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2011, 3, pp.1175-1186
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titre
A species-specific microsatellite marker to discriminate European Atlantic salmon, brown trout, and their hybrids
auteur
Charles Perrier, Frederic Grandjean, Jérôme Le Gentil, Corinne Cherbonnel, Guillaume Evanno
article
Conservation Genetics Resources, Springer, 2011, 3 (1), pp.131-133. 〈10.1007/s12686-010-9307-1〉
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titre
Armadillidium virgo n. sp. from caves in southeastern Sicily:Is it a parthenogenetic species? (Crustacea, Isopoda, Oniscidea)
auteur
D. Caruso, D. Bouchon
article
Italian Journal of Zoology, Taylor & Francis, 2011, 78 (1), pp.96-100
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titre
Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.
auteur
Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform, IEEE/ACM, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. 〈10.1109/TCBB.2010.71〉
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titre
Growth and metal accumulation in Porcellio scaber exposed to poplar litter from Cd-, Pb-, and Zn-contaminated sites.
auteur
Jean-Philippe Godet, Sylvain Demuynck, Christophe Waterlot, Sébastien Lemière, Catherine Souty-Grosset, Renaud Scheifler, Francis Douay, Alain Leprêtre, Christelle Pruvot
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2011, 74 (3), pp.451-458. 〈10.1016/j.ecoenv.2010.09.007〉
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titre
Use of Ephemeroptera as bioindicators of the occurrence of white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes)
auteur
F. Grandjean, J. Jandry, E. Bardon, A. Coignet, M.-C. Trouilhé, B. Parinet, C. Souty-Grosset, M. Brulin
article
Hydrobiologia, Kluwer Academic Publishers, 2011, 671, pp.253-258
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titre
Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities
auteur
Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue
article
Transactions on Computational Systems Biology, Springer, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, pp.110-130. 〈10.1007/978-3-642-19748-2_6〉
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titre
The Immune Cellular Effectors of Terrestrial Isopod Armadillidium vulgare: Meeting with Their Invaders, Wolbachia
auteur
F. Chevalier, J. Herbiniere-Gaboreau, J. Bertaux, M. Raimond, F. Morel, D. Bouchon, P. Greve, C. Braquart-Varnier
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp.e18531
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BibTex
titre
Disentangling the impact of demographic factors on population differentiation of an endangered freshwater crayfish (Austropotamobius pallipes) using population density and microsatellite data
auteur
N. Gouin, C. Souty-Grosset, J. Borquez, A. Bertin, F. Grandjean
article
Freshwater Biology, Wiley, 2011, 56, pp.2105-2118
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titre
Bcl-2 inhibits nuclear homologous recombination by localizing BRCA1 to the endomembranes
auteur
C. Laulier, A. Barascu, J. Guirouilh-Barbat, G. Pennarun, C. Le Chalony, F. Chevalier, G. Palierne, P. Bertrand, Jm Verbavatz, B. S Lopez
article
Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2011, pp.3590-3602
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titre
Local protein threading by Mixed Integer Programming
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat, Nicola Yanev
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2011, 159 (16), pp.1707-1716. 〈http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6TYW-50G78H4-1&_user=6068168&_coverDate=07%2F06%2F2010&_rdoc=1&_fmt=high&_orig=search&_origin=search&_sort=d&_docanchor=&view=c&_searchStrId=1559844235&_rerunOrigin=google&_acct=C000016487&_version〉. 〈10.1016/j.dam.2010.05.024〉
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titre
Identification of exotic North American crayfish in Europe by DNA barcoding
auteur
L. Filipova, F. Grandjean, C. Chucholl, D.M. Soes, A. Petrusek
article
Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, EDP sciences/ONEMA, 2011, 11p14. 〈10.1051/kmae/2011025〉
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titre
Current conservation strategies for European crayfish
auteur
P. Kozak, L. Füreder, J. Reynolds, C. Souty-Grosset, A. Kouba
article
Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, EDP sciences/ONEMA, 2011, pp.1-8
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Communication dans un congrès

titre
A symmetry-driven BP algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
auteur
Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
article
IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Nov 2011, Atlanta, United States. IEEE, 2011
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titre
A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Thiele Sven, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, Jaap Van Milgen, Anne Siegel
article
4th International Symposium on Animal Functional Genomics, Oct 2011, Dublin, Ireland. 2011
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titre
Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS (New Generation Sequencing)
auteur
Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurélien Roult, Clément Gauthey, Christophe Blanchet, Tiphaine Martin
article
Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653023/file/rencontres_scientifiques_France_Grilles_GRISBI_NGS_TMartin.pdf BibTex
titre
Importance de l'impulsion de pouvoirs locaux dans la dynamique partenariale transversale. Le Plan de Cohésion Sociale et la méthode ouverte de coordination
auteur
Laurence Meire
article
/www.territorial-intelligence.eu. International Conference "Sustainable economics within the new culture of development". ENTI. September 12th-14th 2011, Sep 2011, Liège, Belgique. 2011, INTI-International Network of Territorial Intelligence
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titre
Parallel and memory-efficient reads indexing for genome assembly
auteur
Rayan Chikhi, Guillaume Chapuis, Dominique Lavenier
article
Parallel Bio-Computing 2011, Sep 2011, torun, Poland. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00637536/file/CP144.pdf BibTex
titre
Localized genome assembly from reads to scaffolds: practical traversal of the paired string graph
auteur
Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
article
Springer. WABI 2011, Sep 2011, Sarrebruck, Germany. 2011, Algorithms in Bioinformatics 11th International Workshop, WABI 2011, Saarbrücken, Germany, September 5-7, 2011. Proceedings. 〈10.1007/978-3-642-23038-7_4〉
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https://hal.inria.fr/inria-00637535/file/wabi11_camera.pdf BibTex
titre
Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem
auteur
Noël Malod-Dognin, Mathilde Le Boudic-Jamin, Pritish Kamath, Rumen Andonov
article
Przytycka, Teresa and Sagot, Marie-France. 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Sep 2011, Saarbrücken, Germany. Springer Berlin / Heidelberg, 6833, pp.201-212, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-23038-7_18〉
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https://hal.inria.fr/inria-00609432/file/RR-7688.pdf BibTex
titre
Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic. 2011
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BibTex
titre
biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics
auteur
Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
article
JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
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titre
OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment
auteur
Francois Moreews, Jonathan Piat, Olivier Sallou
article
BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria. 2011
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BibTex
titre
SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation
auteur
Jonathan Piat, Francois Moreews, Olivier Collin, Dominique Lavenier, Alexandre Cornu
article
IEEE. SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00638694/file/SLICEE-SERVICES-FINAL_em.pdf BibTex
titre
Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS
auteur
Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurelien Roult, Clement Gauthier, Christophe Blanchet, Tiphaine Martin
article
JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. 2011
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titre
RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique
auteur
Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Christophe Caron, Olivier Collin, Stephane Delmotte, Tiphaine Martin, Aurelien Roult, Franck Samson, Bruno Spataro
article
JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France. 2011
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titre
Sparsifying Distance Matrices for Protein-Protein Structure Alignments
auteur
Antonio Mucherino, Inken Wohlers, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
article
CTW2011, Jun 2011, Rome, Italy. 2011
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BibTex
titre
Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO
auteur
Tiphaine Martin, Christophe Caron, Olivier Collin
article
Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, May 2011, Lyon, France. 2011
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titre
GPU Accelerted QTLMap
auteur
Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Pascale Leroy, Jean-Michel Elsen, Dominique Lavenier
article
The 15th QTL-MAS workshop, May 2011, France
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BibTex
titre
Development of a new magnetocaloric material used in a magnetic refrigeration device
auteur
Frédéric Guilloud, Ulrich Legait, Afef Kedous-Lebouc, Vincent Hardy
article
First Euro Mediterranean Meeting on Functionalized Materials EMM-FM, Mar 2011, Sousse, Tunisia. 2011
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titre
Froid magnétique
auteur
Vincent Hardy, B. Chevalier, Daniel Fruchart, Afef Kedous-Lebouc, Cyrille Train
article
Colloque PIE CNRS, Mar 2011, Montpellier, France. 2011
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titre
Two types of transcriptional repression in living cells of [i]Bacillus subtilis[/i] characterized by number and brightness analysis
auteur
Matthew L. Ferguson, Dominique Le Coq, Matthieu Jules, Bryan Chun, Stephane Aymerich, Ovidiu Radulescu, Nathalie Declerck, Catherine A. Royer
article
55. Annual Meeting of the Biophysical-Society, Mar 2011, Baltimore, Maryland, United States. Cell Press, 100 (3, suppl. 1), 2011, Biophysical Journal. 〈10.1016/j.bpj.2010.12.1179〉
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BibTex
titre
Identification rapide de familles protéiques par dominance
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov
article
12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), Mar 2011, Saint-Étienne, France. 2, pp.791-792, 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00611457/file/RR-7696.pdf BibTex
titre
HLS Tools for FPGA : faster development with better performances
auteur
Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier
article
Proceeding of the 7th International Symposium on Applied Reconfigurable Computing, Feb 2011, Belfast, United Kingdom. 6578, pp.67-78, 2011
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00637830/file/Lav11ca.pdf BibTex
titre
Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
auteur
Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
article
Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00623390/file/bosc11.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
GPU accelerated RNA folding algorithm
auteur
Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Sanjay Rajopadhye
article
Wen-mei W. Hwu. GPU Computing Gems, ELSEVIER, pp.560, 2011, 〈10.0123849888〉
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BibTex
titre
Probabilistic Approaches for Investigating Biological Networks
auteur
Jérémie Bourdon, Damien Eveillard
article
Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp.1066, 2011
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BibTex
titre
Evolutionary Dynamics and Genomic Impact of Prokaryote Transposable Elements
auteur
N. Cerveau, S. Leclercq, D. Bouchon, R. Cordaux
article
Evolutionary Biology: Concepts, Biodiversity, Macroevolution and Genome Evolution, Pontarotti, P., pp.291-312, 2011
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Mémoire d'étudiant

titre
Apprentissage de grammaires algébriques par alignement multiple de séquences protéiques
auteur
Gaelle Garet
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2011
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Autre publication

titre
How to accelerate genomic sequence alignment 4X using half an FPGA
auteur
Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier
article
http://www.eetimes.com/design/programmable-logic/4217568/How-to-accelerate-genomic-sequence-align.. 2011
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Poster

titre
AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
auteur
Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier Demeure
article
12è Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011
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Rapport

titre
kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
auteur
Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
article
[Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
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https://hal.inria.fr/hal-00654249/file/RR-7852.pdf BibTex
titre
Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes
auteur
Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas
article
[Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24
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https://hal.inria.fr/hal-00643408/file/PI1986total.pdf BibTex
titre
Mapsembler, targeted assembly of larges genomes on a desktop computer
auteur
Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
article
[Research Report] RR-7565, INRIA. 2011, pp.17
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https://hal.inria.fr/inria-00577218/file/RR-7565.pdf BibTex

Thèse

titre
Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem
auteur
Matthias Gallé
article
Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2011. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00595494/file/thesis.pdf BibTex
titre
Parallelization on graphic hardware : contributions to RNA folding and sequence alignment
auteur
Guillaume Rizk
article
Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2011. English. 〈NNT : 2011REN1S021〉
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00634901/file/RIZK_Guillaume.pdf BibTex

2010

Article dans une revue

titre
GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle
auteur
Aurélie Lardenois, Alexandre Gattiker, Olivier Collin, Frédéric Chalmel, Michael Primig
article
Database -Weston-, Online Inc., 2010, pp.baq030. 〈10.1093/database/baq030〉
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BibTex
titre
Statistical Properties of Factor Oracles
auteur
Jérémie Bourdon, Irena Rusu
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2010, LNCS, 9 (2011), pp.59-66. 〈10.1007/978-3-642-02441-2〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00415952/file/BourdonRusu.pdf BibTex
titre
GASSST: Global Alignment Short Sequence Search Tool
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (20), pp 2534-2540
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BibTex
titre
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
auteur
Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (15), pp.1897-8. 〈10.1093/bioinformatics/btq301〉
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titre
Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum.
auteur
Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Thomas Walsh, Owain Edwards, Karl Gordon, Dominique Lavenier, Nathalie Leterme, Agnès Méreau, Jacques Nicolas, Denis Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11 (1), pp.281. 〈10.1186/1471-2164-11-281〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00482283/file/1471-2164-11-281.pdf BibTex
titre
Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome.
auteur
Anne-Nathalie Volkoff, Véronique Jouan, Serge Urbach, Sylvie Samain, Max Bergoin, Patrick Wincker, Edith Demettre, François Cousserans, Bertille Provost, Fasseli Coulibaly, Fabrice Legeai, Catherine Béliveau, Michel Cusson, Gabor Gyapay, Jean-Michel Drezen
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2010, 6 (5), pp.e1000923. 〈10.1371/journal.ppat.1000923〉
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BibTex
titre
Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements.
auteur
E. D'Alençon, H. Sezutsu, Fabrice Legeai, E. Permal, S. Bernard-Samain, S. Gimenez, C. Gagneur, F. Cousserans, M. Shimomura, A. Brun-Barale, T. Flutre, A. Couloux, P. East, K. Gordon, K. Mita, H. Quesneville, P. Fournier, R. Feyereisen
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2010, 107 (17), pp.7680-5. 〈10.1073/pnas.0910413107〉
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BibTex
titre
A parallel scheme for comparing transcription factor binding sites matrices
auteur
Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2010, 8 (3), pp.18
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BibTex
titre
Décoder le vivant
auteur
Jacques Nicolas
article
Interstices, INRIA, 2010, 〈https://interstices.info/jcms/n_50779/decoder-le-vivant〉
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BibTex
titre
Comparative analysis of the Acyrthosiphon pisum genome and expressed sequence tag-based gene sets from other aphid species.
auteur
Morgane Ollivier, Fabrice Legeai, Claude Rispe
article
Insect Molecular Biology, Wiley, 2010, 19 Suppl 2, pp.33-45. 〈10.1111/j.1365-2583.2009.00976.x〉
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BibTex
titre
Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.
auteur
Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier
article
Molecular Reproduction and Development, Wiley, 2010, 77 (3), pp.257-64. 〈10.1002/mrd.21142〉
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BibTex
titre
AphidBase: a centralized bioinformatic resource for annotation of the pea aphid genome
auteur
Fabrice Legeai, Shuji Shigenobu, Jean-Pierre Gauthier, John Colbourne, Claude Rispe, Olivier Collin, Stephen Richards, Alex Wilson, Terence Murphy, Denis Tagu
article
Insect Molecular Biology, Wiley, 2010
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BibTex
titre
Terrestrial Isopods Diversity Related to Irrigation and Agricultural Practices in Norht-East of Tunisia
auteur
M. Fraj, F.C. Cheikhrouha, C. Souty-Grosset
article
Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-3), pp.217-223
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BibTex
titre
ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements.
auteur
Sebastien Tempel, Christine Rousseau, Fariza Tahi, Jacques Nicolas
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2010, 11, pp.474. 〈10.1186/1471-2105-11-474〉
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BibTex
titre
Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.
auteur
Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2010, 4 (1), pp.146. 〈10.1186/1752-0509-4-146〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00984711/file/1752-0509-4-146.pdf BibTex
titre
Land-use in headwaters and distribution of the native white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes (Lereboullet) in a stream from the Poitou-Charentes region
auteur
C. Souty-Grosset, Vincent Hardy, R. Raimond, L. Ollivier
article
Freshwater Crayfish, 2010, 17, pp.129-134
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titre
Impact of Soil Quality On The Distribution of Terrestrial Isopods in some Tunisian Wetlands
auteur
H. Khemaissia, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar
article
Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-2), pp.131-136
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titre
Variations of immune parameters in terrestrial isopods: a matter of gender, aging and Wolbachia
auteur
M. Sicard, F. Chevalier, M. De Vlechouver, D. Bouchon, P. Greve, C. Braquart-Varnier
article
Die Naturwissenschaften, 2010, 97 (9), pp.819-826
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titre
Genetic variability of Austropotamobius italicus in the Marches region: implications for conservation
auteur
R. Cataudella, M. Paolucci, C. Delaunay, A. Ropiquet, A. Hassanin, M. Balsamo, F. Grandjean
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, Wiley, 2010, 20 (3), pp.261-268
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titre
Computational methods for the analysis of primate mobile elements.
auteur
Richard Cordaux, Shurjo K Sen, Miriam K Konkel, Mark A Batzer
article
Methods in Molecular Biology -Clifton then Totowa-, Humana Press (Springer Imprint), 2010, 628, pp.137-151. 〈10.1007/978-1-60327-367-1_8〉
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titre
Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
Serdica Journal of Computing, Institute of Mathematics and Informatics Bulgarian Academy of Sciences, 2010, 4 (1), pp.93--100. 〈http://sci-gems.math.bas.bg/jspui/handle/10525/1583〉
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titre
DNA Slippage Occurs at Microsatellite Loci without Minimal Threshold Length in Humans: A Comparative Genomic Approach
auteur
Sébastien Leclercq, Eric Rivals, Philippe Jarne
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2010, 2, pp.325-335. 〈10.1093/gbe/evq023〉
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titre
Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion
auteur
Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner
article
Bulletin of the London Mathematical Society / The Bulletin of the London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. 〈10.1112/blms/bdq019〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00400799/file/AFSS.pdf BibTex
titre
Sex and stripping: The key to the intimate relationship between Wolbachia and host?
auteur
L. Negri, M. Pellecchia, P. Greve, Daniele Daffonchio, C. Bandi, A. Alma
article
Communicative & Integrative Biology, 2010, 3 (2), pp.110-115
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titre
Effects of queen mandibular pheromone on nestmate recognition in worker honeybees, Apis mellifera
auteur
Y.L. Fan, F.-J. Richard, N. Rouf, C. M. Grozinger
article
Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2010, 79 (3), pp.649-656
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titre
Insertion Sequence Inversions Mediated by Ectopic Recombination between Terminal Inverted Repeats
auteur
A. Ling, R. Cordaux
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (12), pp.e15654
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titre
Female-extended control over their reproductive investment: the role of early mating interactions on oocyte maturation in the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare (Latreille, 1804)
auteur
F. Lefebvre, Y. Caubet
article
Invertebrate Reproduction and Development, Taylor & Francis, 2010, 54 (4), pp.177-186
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titre
Cryptic diversity within the invasive virile crayfish Orconectes virilis (Hagen, 1870) species complex: new lineages recorded in both native and introduced ranges
auteur
L. Filipova, D. Holdich, J. Lesobre, F. Grandjean, A. Petrusek
article
Biological Invasions, Springer Verlag, 2010, 12, pp.983-989
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Communication dans un congrès

titre
Observa, an observatory for social innovation in Chapelle-lez-Herlaimont.
auteur
Laurence Meire, Eric Bernard
article
9th International Conference of Territorial Intelligence of ENTI "Ecological and Social Innovation", Nov 2010, Strasbourg, France
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titre
Oocyte-Somatic Cells Interactions, Lessons from Evolution
auteur
Cathy Charlier, Jerome Montfort, Olivier Chabrol, Francois Moreews, M. Salhab, Laurent Richard-Parpaillon, Rozen Dalbies-Tran, Christelle Hennequet-Antier, Franck Chesnel, Svetlana Uzbekova, Pierre Pontarotti, Julien Bobe
article
VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France. 2010
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titre
Using Semantic Web Technologies for Clinical Trial Recruitment
auteur
Paolo Besana, Marc Cuggia, Oussama Zekri, Annabel Bourdé, Anita Burgun
article
9th International Semantic Web Conference, ISWC 2010, Nov 2010, Shangai, China. Springer Berlin Heidelberg, 6497, pp.34-49, 2010, 〈10.1007/978-3-642-17749-1_3〉
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titre
Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
auteur
Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. 2010, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.inria.fr/inria-00514887/file/kisSnp_spire_reviewed.pdf BibTex
titre
Modelling Biological Sequences by Grammatical Inference
auteur
François Coste
article
ICGI 2010 Tutorial Day, Sep 2010, Valencia, Spain. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00531552/file/tutoICGI2010_coste_biblio.pdf BibTex
titre
ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique
auteur
C. Blanchet, Clément Gauthey, Olivier Collin, Tiphaine Martin, Nouredine Melab, Frederic Plewniak, Franck Samson, Bruno Spataro, Christophe Caron
article
JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. 2010
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titre
BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques
auteur
Philippe Picouet, Z. Doughi, Loraine Brillet, Erwan Corre, Christophe Caron, Olivier Collin, Francois Moreews, Xavier Bailly
article
JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France. 2010
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titre
Complex update strategies for Probabilistic Boolean Networks
auteur
Théo Merle, Jérémie Bourdon
article
TISCP. 7th Workshop on Computational Systems Biology, Jun 2010, Luxembourg, France. pp.4, 2010
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BibTex
titre
Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome
auteur
Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, T. Walsh, Owain Edwards, Jacques Nicolas, D. Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai
article
Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States. 2010
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BibTex
titre
A New Tree Distance Metric for Structural Comparison of Sequences
auteur
Matthias Gallé
article
Dagstuhl Seminar: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Jun 2010, Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00559265/file/dagstuhl2010.pdf BibTex
titre
Choosing Word Occurrences for the Smallest Grammar Problem
auteur
Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, G. Infante-Lopez
article
LATA, May 2010, Trier, Germany. 2010
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BibTex
titre
An optimized filter for finding multiple repeats in DNA sequences
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti
article
2010 ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications, May 2010, HAMMAMET, Tunisia. 2010
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BibTex
titre
SHREC'10 Track: Protein Models
auteur
Lazaros Mavridis, Vishwesh Venkatraman, David Ritchie, H. Morikawa, Rumen Andonov, Alexandre Cornu, Noël Malod-Dognin, Jacques Nicolas, M. Temerinac-Ott, M. Reisert, H. Burkhardt, A. Axenopoulos, P. Daras
article
Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden. 2010
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BibTex
titre
Maximum Cliques in Protein Structure Comparison
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
Paola Festa. SEA 2010 9th International Symposium on Experimental Algorithms, May 2010, Naples, Italy. Springer, 6049, pp.106-117, 2010, 〈http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-13193-6_10〉. 〈10.1007/978-3-642-13193-6_10〉
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https://hal.inria.fr/inria-00536700/file/Cliques_2010.pdf BibTex
titre
Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming
auteur
Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, Philippe Veber, Sven Thiele
article
Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada. AAAI Press, 2010, Principles of Knowledge Representation and Reasoning: Proceedings of the Twelfth International Conference, KR 2010
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BibTex
titre
MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes
auteur
Aurélien Barré, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Antoine De Daruvar, Alain Blanchard, Pascal Sirand-Pugnet
article
Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy
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Chapitre d'ouvrage

titre
Seed-Based Parallel Protein SequenceComparison Combining Multithreading, GPU, and FPGA technologies
auteur
Dominique Lavenier, Van Hoa Nguyen
article
Bioinformatics: High Performance Parallel Computer Architectures, Taylor & Francis Group / CRC Press, pp.181-202, 2010
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BibTex
titre
Parallel Genomic Sequence Comparison
auteur
Dominique Lavenier
article
Parallel and Distributed Computing, INTECH, pp.273-290, 2010
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BibTex
titre
Substitutions, Rauzy fractals and tilings
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
article
Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979
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BibTex
titre
Infraorder astacidea Latreille, 1802 P.O. : The freshwater crayfish
auteur
F. Gherardi, C. Souty-Grosset, G. Vogt, J. Dieguez-Uribeondo, K. A. Crandall
article
The Crustacea Part A+B, Decapoda, BRILL, pp.269-423, 2010
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BibTex
titre
A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows
auteur
Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Flament, Jaap Van Milgen, Jérémie Bourdon
article
D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9
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BibTex
titre
Filters and seeds approaches for fast homology searches in large datasets
auteur
Nadia Pisanti, Mathieu Giraud, Pierre Peterlongo
article
Mourad Elloumi and Albert Y. Zomaya. Algorithms in computational molecular biology, John Wiley & sons, 2010
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BibTex

Poster

titre
A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
auteur
Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, Patrice Bâa-Puyoulet, Marie-France Sagot, Toni Gabaldon, Olivier Collin, Hubert Charles, Denis Tagu
article
10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01231276/file/Legeai_2010_1063-Hinxton_GenInfo_09_2010_%7B06805077-A6F5-4940-9649-A6D8FAA9200E%7D.pdf BibTex

Rapport

titre
Comparing Protein 3D Structures Using A_purva
auteur
Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
[Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9
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https://hal.inria.fr/inria-00539939/file/RR-7464.pdf BibTex
titre
Compression de séquences d'A.D.N. à base de grammaires minimales
auteur
Perrin Matthieu
article
[Stage] 2010, pp.14
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BibTex
titre
Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation
auteur
Geoffroy Andrieux, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
[Stage] 2010
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BibTex
titre
Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries
auteur
Sevellec Maelle
article
[Stage] 2010, pp.71
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BibTex
titre
Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fond´es sur une échelle de probabilité
auteur
Israël-César Lerman, Sylvie Guillaume
article
[Rapport de recherche] RR-7187, INRIA. 2010, pp.88
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https://hal.inria.fr/inria-00451952/file/RR-7187.pdf BibTex

Thèse

titre
Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers
auteur
Guillaume Collet
article
Modélisation et simulation. Université Rennes 1, 2010. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00512725/file/manuscrit_GC.pdf BibTex
titre
Identification des éléments clefs du métabolisme des lipides et de leurs régulateurs
auteur
Pierre Blavy
article
Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2010. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00541207/file/These.pdf BibTex
titre
Protein Structure Comparison: From Contact Map Overlap Maximisation to Distance-based Alignment Search Tool
auteur
Noël Malod-Dognin
article
Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2010. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00509142/file/these.pdf BibTex
titre
Analysis of Large-Scale Biological Networks with Constraint-Based Approaches over Static Models
auteur
Carito Guziolowski
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2010. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00541903/file/PhD_thesis.pdf BibTex

2009

Article dans une revue

titre
Décoder le vivant
auteur
Jacques Nicolas
article
Doc Sciences, Édition du CRDP de l'académie de Versailles, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, pp.26-33
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BibTex
titre
Paired-end read length lower bounds for genome re-sequencing
auteur
Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 〈10.1186/1471-2105-10-S13-O2〉
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https://hal.inria.fr/inria-00426856/file/1471-2105-10-S13-O2.pdf BibTex
titre
PLAST: parallel local alignment search tool for database comparison
auteur
Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.24
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https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/plast_revu.pdf https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/additional_file1.pdf https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/additional_file3.pdf https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/additional_file2.pdf BibTex
titre
A minimal model for hepatic fatty acid balance during fasting: Application to PPAR alpha-deficient mice
auteur
Pierre Blavy, F. Gondret, Hervé Guillou, S. Lagarrigue, P.G.P. Martin, J. Van Milgen, Ovidiu Radulescu, A. Siegel
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2009, 261 (2), pp.266. 〈10.1016/j.jtbi.2009.07.025〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00559147/file/PEER_stage2_10.1016%252Fj.jtbi.2009.07.025.pdf BibTex
titre
Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase
auteur
Elodie Fleury, Arnaud Huvet, Christophe Lelong, Julien De Lorgeril, Viviane Boulo, Yannick Gueguen, Evelyne Bachère, Arnaud Tanguy, Dario Moraga, Caroline Fabioux, Penelope Lindeque, Jenny Shaw, Richard Reinhardt, Patrick Prunet, Grace Davey, Sylvie Lapegue, Christopher Sauvage, Charlotte Corporeau, Jeanne Moal, Frederick Gavory, Patrick Wincker, Francois Moreews, Christophe Klopp, Michel Mathieu, Pierre Boudry, Pascal Favrel
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 10, pp.341. 〈10.1186/1471-2164-10-341〉
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https://hal.inria.fr/inria-00435769/file/art_10.1186_1471-2164-10-341.pdf BibTex
titre
sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.
auteur
Casel Pierrot, Francois Moreews, Christophe Klopp
article
BMC Proceedings, BioMed Central, 2009
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BibTex
titre
GPU-based Parallel SVM Algorithm
auteur
Thanh-Nghi Do, Van-Hoa Nguyen, François Poulet
article
Journal of Frontiers of Computer Science and Technology, North China Institute of Computing Technology, 2009, 3 (4), pp.368-377
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BibTex
titre
Temporal constraints of a gene regulatory network: refining a qualitative simulation
auteur
Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
article
BioSystems, Special Issue on Gene Regulatory Networks, 2009, pp.10.1016/j.biosystems.2009.05.002. 〈10.1016/j.biosystems.2009.05.002〉
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BibTex
titre
In-place update of suffix array while recoding words
auteur
Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste
article
International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2009, 20 (6), pp.1025-1045. 〈10.1142/S0129054109007029〉
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https://hal.inria.fr/inria-00471599/file/SAupdate_ijfcs_2008.pdf BibTex
titre
Knowledge based identification of essential signaling from genome-scale siRNA experiments.
auteur
Armand Bankhead, Iliana Sach, Chester Ni, Nolwenn Lemeur, Mark Kruger, Marc Ferrer, Robert Gentleman, Carol Rohl
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2009, 3 (1), pp.80. 〈10.1186/1752-0509-3-80〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00663618/file/1752-0509-3-80.pdf BibTex
titre
Hybrid stochastic simplifications for multiscale gene networks
auteur
Alina Crudu, Arnaud Debussche, Ovidiu Radulescu
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2009, 3 (1), pp.89. 〈10.1186/1752-0509-3-89〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784449/file/1752-0509-3-89.pdf BibTex
titre
BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks
auteur
Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, Francois Moreews, Anne Siegel
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 26 (10), pp.244. 〈http://www.biomedcentral.com/1471-2164/10/244〉. 〈10.1186/1471-2164-10-244〉
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BibTex
titre
flowCore: a Bioconductor package for high throughput flow cytometry.
auteur
Florian Hahne, Nolwenn Le Meur, Ryan R Brinkman, Byron Ellis, Perry Haaland, Deepayan Sarkar, Josef Spidlen, Errol Strain, Robert Gentleman
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.106. 〈10.1186/1471-2105-10-106〉
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BibTex
titre
Transcriptomic and proteomic analyses of seasonal photoperiodism in the pea aphid.
auteur
G. Le Trionnaire, F. Francis, S. Jaubert-Possamai, J. Bonhomme, E. De Pauw, J.-P. Gauthier, E. Haubruge, Fabrice Legeai, N. Prunier-Leterme, J.-C. Simon, S. Tanguy, D. Tagu
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 10, pp.456. 〈10.1186/1471-2164-10-456〉
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BibTex
titre
MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.
auteur
Alexandre Gattiker, Leandro Hermida, Robin Liechti, Ioannis Xenarios, Olivier Collin, Jacques Rougemont, Michael Primig
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.151. 〈10.1186/1471-2105-10-151〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00516451/file/1471-2105-10-151.pdf BibTex
titre
Life history comparison of two terrestrial isopods in relation to habitat specialization
auteur
A. Ferreira Quadros, Y. Caubet, P. B. Araujo
article
Acta Oecologica, Elsevier, 2009, 35 (2), pp.243-249
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BibTex
titre
Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses
auteur
Yves Bigot, Sylvaine Renault, Jacques Nicolas, Corinne Moundras, Marie-Véronique Demattei, Sylvie Samain, Dennis K. Bideshi, Brian A. Federici
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2009, 4 (7), pp.e6397. 〈10.1371/journal.pone.0006397〉
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BibTex
titre
In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking.
auteur
Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret
article
BMC Research Notes, BioMed Central, 2009, 2 (1), pp.193. 〈10.1186/1756-0500-2-193〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-00663589/file/1756-0500-2-193.pdf BibTex
titre
Conservation of the Type IV Secretion System throughout Wolbachia evolution
auteur
S. Pichon, D. Bouchon, R. Cordaux, L. Chen, R. A. Garrett, P. Greve
article
Biochemical and Biophysical Research Communications, Elsevier, 2009, 4, pp.557-562
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BibTex
titre
Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
auteur
Pierre Peterlongo, Gustavo Sacomoto, Alair Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2009, 4 (1), pp.3. 〈10.1186/1748-7188-4-3〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784457/file/1748-7188-4-3.pdf BibTex
titre
Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie implicative ; niveaux et noeuds significatifs
auteur
Israël-César Lerman
article
Mathématiques et Sciences Humaines, Centre de Mathématique Sociale et de statistique, EPHE, 2009
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BibTex
titre
Manifold aspects of specificity in a nematode-bacterium mutualism
auteur
E. Chapuis, V. Emelianoff, V. Paulmier, N. Le Brun, S. Pages, M. Sicard, F.-B. Ferdy
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2009, 22 (10), pp.1-14
Accès au bibtex
BibTex
titre
The plant pathogenic fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici improves bacterial growth and triggers early gene regulations in the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens Pf29Arp
auteur
Matthieu Barret, P. Frey-Klett, M. Boutin, A.-Y. Guillerm-Erckelboudt, Frédérique Martin, Laëtitia Guillot, Alain Sarniguet
article
New Phytologist, Wiley, 2009, 181 (2), pp.435-447. 〈10.1111/j.1469-8137.2008.02675.x〉
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BibTex
titre
Canalization of gene expression in the Drosophila blastoderm by gap genes cross regulation
auteur
Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, Ah-Ram Kim, Carlos E. Vanario-Alonso, Ovidiu Radulescu, David H. Sharp, Maria Samsonova, John Reinitz
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2009, 7, pp.3
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titre
Canalization of gene expression and domain shifts in the Drosophila blastoderm by dynamical attractors
auteur
Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, Ah-Ram Kim, Ovidiu Radulescu, Carlos E. Vanario-Alonso, D.H. Sharp, Maria Samsonova, John Reinitz
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2009, 5, pp.3
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titre
Gene conversion maintains nonfunctional transposable elements in an obligate mutualistic endosymbiont
auteur
R. Cordaux
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2009, 26 (8), pp.1679-1682. 〈10.1093/molbev/msp093〉
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titre
Size Regulation in the Segmentation of Drosophila: Interacting Interfaces between Localized Domains of Gene Expression Ensure Robust Spatial Patterning
auteur
S.A. Vakulenko, Manu Manu, John Reinitz, Ovidiu Radulescu
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2009, 103, pp.168102
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titre
Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009)
auteur
Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner
article
Actes des rencontres du CIRM, Société mathématique de France, 2009, 1 (1), pp.1-2. 〈http://acirm.cedram.org/acirm-bin/fget?id=ACIRM_2009〉
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titre
Queen reproductive state modulates pheromone production and queen-worker interactions in honeybees
auteur
S.D. Kocher, F.J. Richard, D.R. Tarpy, C.M. Grozinger
article
Behavioral Ecology / Behavioural Ecology, 2009, pp.1-8. 〈10.1093/beheco/arp090〉
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titre
The "soil microbial loop" is not always needed to explain protozoan stimulation of plants
auteur
F. Ekelund, S. Saj, M. Vestergard, J. Bertaux, J. Mikola
article
Soil Biology and Biochemistry, Elsevier, 2009, 41 (11), pp.2336-2342
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titre
CRISPI: a CRISPR Interactive database
auteur
Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (24), pp.3317-3318. 〈http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btp586〉. 〈10.1093/bioinformatics/btp586〉
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https://hal.inria.fr/inria-00438512/file/crispri.pdf BibTex
titre
Steinernema boemarei n. sp. (Nematoda: Steinernematidae), a new entomopathogenic nematode from southern France
auteur
M.-M. Lee, M. Sicard, S. P. Stock
article
Systematic Parasitology, Springer Verlag (Germany), 2009, 72, pp.127-141. 〈10.1007/s11230-008-9166-2〉
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titre
Molecular Phylogeny of Wolbachia Strains in Arthropod Hosts Based on groE-Homologous Gene Sequences
auteur
I. Wiwatanaratanabutr, P. Kittayapong, Y. Caubet, D. Bouchon
article
Zoological science, BioOne(Zoological Society of Japan), 2009, 26, pp.171-177
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titre
Hybienic behavior, liquid-foraging, and trophallaxis in the leafcutting ants, Acromyrmex subterraneus and Acromyrmex
auteur
F.-J. Richard, C. Errard
article
Journal of Insect Science, Journal of Insect Science, 2009, 9 (63), pp.1-9
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titre
Soil amoebae rapidly change bacterial community composition in the rhizosphere of Arabidopsis thaliana
auteur
K. Rosenberg, J. Bertaux, K. Krome, A. Hartmann, S. Scheu, M. Bonkowski
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2009, 3 (6), pp.675-684. 〈10.1038/ismej.2009.11〉
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titre
Asymptotology of Chemical Reaction Networks
auteur
Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev
article
Chemical Engineering Science, Elsevier, 2009
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titre
A Hybrid Algorithm for the Unbounded Knapsack Problem
auteur
Vincent Poirriez, Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
Discrete Optimization, Elsevier, 2009, 6, pp.110-124. 〈10.1016/j.disopt.2008.09.004〉
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https://hal.inria.fr/inria-00335065/file/jvers08.pdf BibTex
titre
The impact of retrotransposons on human genome evolution.
auteur
R. Cordaux, M.A. Batzer
article
Nature Reviews Genetics, Nature Publishing Group, 2009, 10, pp.691-703
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Communication dans un congrès

titre
From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.
auteur
Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, François Cousserans, Emmanuelle D'Alençon, Olivier Collin, Jacques Nicolas, Philippe Fournier, Denis Tagu
article
1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France. 2009
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titre
Asymptotology of Chemical Reaction Networks
auteur
Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev
article
International Symposium on Mathematics in Chemical Kinetics and Engineering (MACKIE-2009), Nov 2009, Ghent, Belgium. 2010
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titre
High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor
auteur
Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, Ryan R Brinkman, Robert Gentleman
article
Advanced Flow Cytometry Analysis 2009, Nov 2009, Marseille, France. 2009
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titre
New experiment of Catalyse research-action method in Chapelle-lez-Herlaimont
auteur
Laurence Meire
article
8th International Conference of Territorial Intelligence "Territorial intelligence and culture of development", Nov 2009, Salerno, Italy
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titre
Multiclock discrete models of biological systems
auteur
Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Théret
article
European Conference on Complex Systems 2009 (ECCS), Sep 2009, Warwick, United Kingdom
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titre
A Generic Stochiometric Model to Analyse the Metabolic Flexibility of the Mammary Gland in Lactating Dairy Cows
auteur
Sophie Lemosquet, Jérémie Bourdon, Jocelyne Flament, Anne Siegel, Jaap Van Milgen
article
INRA. 7th Workshop Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals, Sep 2009, Paris, France. pp.52, 2009
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titre
c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers
auteur
Pierre Peterlongo, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Raoul Vorc'H, Joël Querellou
article
LNCS. Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. SpringerLink, 5780/2009, pp.255-269, 2009, Pattern Recognition in Bioinformatics. 〈10.1007/978-3-642-04031-3_23〉
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https://hal.inria.fr/inria-00425373/file/prib_irisa_reviewed.pdf BibTex
titre
From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles
auteur
Anne Siegel
article
Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom. 2009
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titre
Lepido-DB, a new bioinformatic resource for the annotation and cross-comparisons of lepidopteran genomes.
auteur
Fabrice Legeai, Emmanuelle D'Alençon, François Cousserans, Hideki Sezutsu, Emmanuelle Permal, Karl Gordon, Hadi Quesneville, René Feyereisen, Philippe Fournier
article
The Eighth International Workshop on MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS OF THE LEPIDOPTERA, Aug 2009, Kolimpari, Greece. 2009
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titre
A statistical method for PWM clustering
auteur
Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
article
Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60, 2009
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titre
High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor.
auteur
Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, Ryan R Brinkman, Robert Gentleman
article
useR! 2009, Jul 2009, Rennes, France
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titre
A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories
auteur
Francois Moreews
article
ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. 2009
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titre
Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract.
auteur
Frédéric Bourgeon, Jacques Nicolas, Nathalie Melaine, Charles Pineau
article
34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic
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titre
Rational numbers with purely periodic beta-expansions
auteur
Anne Siegel
article
Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria. 2009
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titre
QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure
auteur
Francois Moreews
article
ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden. 2009
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titre
Multiclock discrete approach to model the influence of EGF and TGFß pathways on cell proliferation
auteur
Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Theret
article
JOBIM 2009 satellite meeting : Dynamical modelling and simulation of biological networks, Jun 2009, Nantes, France
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titre
Multiclock discrete models of the eukaryotic cell cycle.
auteur
Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques., Jun 2009, Nantes, France
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titre
Protein Threading
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
8th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2009, Paris, France. 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00412642/file/ctw09.pdf BibTex
titre
Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform
auteur
Van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
article
Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy. 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00425237/file/raw_2009.pdf BibTex
titre
GPU accelerated Rna folding algorithm
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
article
Allen, G.; Nabrzyski, J.; Seidel, E.; Albada, G.D. van; Dongarra, J.; Sloot, P.M.A. 9th International Conference on Computational Science, May 2009, Baton Rouge, United States. Springer., 5544, pp.1031, 2009, LNCS. 〈10.1000.ISBN: 978-3-642-01969-2〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00425543/file/gpufold_ICCS.pdf BibTex
titre
Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks
auteur
Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, Anne Siegel, Ovidiu Radulescu
article
AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. 475, pp.72-87, 2009, CEUR Workshop proceedings
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titre
Modeling the influence of EGF and TGF-b pathways in tumor progression of hepatocellular carcinoma.
auteur
Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
Asian Pacific Association for Study of the Liver, Feb 2009, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. Springer, 3 (1), pp.64, FP107, 2009
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titre
SVM incrémental et parallèle sur GPU
auteur
François Poulet, Thanh-Nghi Do, Van Hoa Nguyen
article
9èmes Journées Francophones "Extraction et Gestion des Connaissances", Jan 2009, Strasbourg, France. Cépaduès, E (15), pp.103-114, 2009, Revue des Nouvelles Technologies de l'Information
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titre
Graph and hierarchical-based approaches for structuring association rule sets
auteur
Pascale Kuntz, Israël-César Lerman
article
Graph theoretical methods for clustering at International Federation of Classification Societies (IFCS), 2009, Dresde, Germany. 2009
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Chapitre d'ouvrage

titre
Die europäischen Flusskrebsarten-characterisierung and generelles verbreitungsmuster
auteur
M. Pöckl, C. Souty-Grosset
article
Flusskrebse : Biologie-Ökologie-Gefährdung, L. Fuereder, pp.14-22, 2009
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Topological properties of Rauzy fractals
auteur
Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
article
Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF
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Rapport

titre
Pondération d'automates modélisant des familles de protéines et significativité des scores
auteur
Vincent Picard
article
[Stage] 2009
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titre
Identification in silico d'un nouveau gène de la famille des TNF (tumor necrosis factor)
auteur
Fanny Colombel
article
[Stage] 2009
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titre
Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
auteur
Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
article
[Research Report] PI 1922, 2009, pp.21
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https://hal.inria.fr/inria-00357532/file/PI-1922.pdf BibTex
titre
Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
auteur
Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
article
[Research Report] RR-6815, INRIA. 2009, pp.27
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https://hal.inria.fr/inria-00361727/file/RR-6815-v2.pdf BibTex
titre
Flexible Alignments for Protein Threading
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
[Research Report] RR-6808, INRIA. 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00355546/file/RR-6808.pdf BibTex
titre
Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.
auteur
Tristan Bitard Feildel
article
[Stage] 2009
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titre
Local Protein Threading by Mixed Integer Programming
auteur
Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
[Research Report] RR-7122, INRIA. 2009, pp.17
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https://hal.inria.fr/inria-00436335/file/RR-7122.pdf BibTex
titre
Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
[Research Report] RR-6818, INRIA. 2009, pp.12
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00356816/file/RR_6818.pdf BibTex
titre
Maximum Cliques in Protein Structure Comparison
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
article
[Research Report] RR-7053, INRIA. 2009, pp.19
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https://hal.inria.fr/inria-00422198/file/RR-7053.pdf BibTex
titre
Solving loosely coupled constraints
auteur
Michel Le Borgne
article
[Research Report] RR-6958, INRIA. 2009, pp.19
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https://hal.inria.fr/inria-00397098/file/RR-6958.pdf BibTex
titre
Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fondés sur une échelle de probabilité.
auteur
Israël-César Lerman, Sylvie Guillaume
article
[Rapport de recherche] PI 1942, 2009, pp.72
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https://hal.inria.fr/inria-00450129/file/PI-1942.pdf BibTex

Thèse

titre
Système de sécrétion de type IV et protéines à domaines ankyrines dans les interactions Wolbachia-arthropodes
auteur
S. Pichon
article
Ecologie, Environnement. Université de Poitiers, 2009. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00551985/file/These.pdf BibTex
titre
Traitement parallèle des comparaisons intensives de séquences génomiques
auteur
Van Hoa Nguyen
article
Informatique [cs]. Université Rennes 1, 2009. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00435792/file/these.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Qualitative modelling and analysis of gene regulatory networks: application to the adaptation of Escherichia coli bacterium to carbon availability
auteur
Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
article
first submitted under the present form to obtain a HAL number for the cover page. 2009
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00359530/file/research_report_ahmad_bourdon_eveillard_fromentin_roux_sinoquet_mon_09_02_09.pdf BibTex

2008

Article dans une revue

titre
Combining flash memory and FPGAs to efficiently implement a massively parallel algorithm for content-based image retrieval
auteur
Chikhi Rayan, Steven Derrien, Noumsi Auguste, Patrice Quinton
article
International Journal of Electronics, Taylor & Francis, 2008, 95 (7), pp.621-635(15)
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BibTex
titre
Modulation of social interactions by immune stimulation in honey bee, Apis mellifera, workers
auteur
F.-J. Richard, A. Aubert, Cm Grozinger
article
BMC Biology, BioMed Central, 2008, 6, pp.50. 〈10.1186/1741-7007-6-50〉
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BibTex
titre
The diversity of reproductive parasites among arthropods: Wolbachia do not walk alone
auteur
O. Duron, D. Bouchon, S. Boutin, L. Bellamy, L. Zhou, J. Engelstadter, G. D. Hurst
article
BMC Biology, BioMed Central, 2008, pp.6-27. 〈10.1186/1741-7007-6-27〉
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BibTex
titre
Homology modelling of protein-protein complexes: a simple method and its possibilities and limitations
auteur
Guillaume Launay, Thomas Simonson
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9, pp.427
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BibTex
titre
Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (534), 〈10.1186/1471-2105-9-534〉
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https://hal.inria.fr/inria-00340510/file/journal2.pdf BibTex
titre
Viral cystatin evolution and three-dimensional structure modelling: a case of directional selection acting on a viral protein involved in a host-parasitoid interaction
auteur
S. Serbielle, S. Chowdhury, S. Pichon, S. Dupas, J. Lesobre, E. O. Purisima, J.-M. Drezen, E. Huguet
article
BMC Biology, BioMed Central, 2008, 6 (1), pp.38
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BibTex
titre
Robust simplifications of multiscale biochemical networks
auteur
Ovidiu Radulescu, Alexander Gorban, Andrei Zinovyev, Alain Lilienbaum
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2008, 2:86
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BibTex
titre
Inferring the role of transcription factors in regulatory networks
auteur
Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9, 〈10.1186/1471-2105-9-228〉
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BibTex
titre
Geographical variability of aggregation in terrestrial isopods: What is the actual significance of such behaviour?
auteur
Y. Caubet, G. O'Farrell, F. Lefebvre
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.137-148
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BibTex
titre
Wolbachia in terrestrial isopods in Tunisia
auteur
H. Ben Afia Hatira, F. Charfi-Cheikhrouha, D. Bouchon
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.116-123
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BibTex
titre
Intense transpositional activity of insertion sequences in an ancient obligate endosymbiont
auteur
R. Cordaux, S. Pichon, A. Ling, P. Perez, C. Delaunay, F. Vavre, D. Bouchon, P. Greve
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2008, 25 (9), pp.1889-1896. 〈10.1093/molbev/msn134〉
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BibTex
titre
Low migration decreases interference competition among parasites and increases virulence
auteur
F. Vigneux, F. Bashey, M. Sicard, C.M. Lively
article
Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2008, 21 (5), pp.1245-1251
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BibTex
titre
Pathogenic effect of entomopathogenic nematode-bacterium complexes on terrestrial isopods
auteur
M. Sicard, M. Raimond, O. Prats, A. Lafitte, C. Braquart-Varnier
article
Journal of Invertebrate Pathology, Elsevier, 2008, 99, pp.20-27
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BibTex
titre
Physical mapping in large genomes: accelerating anchoring of BAC contigs to genetic maps through in silico analysis.
auteur
Fabrice Legeai, E. Paux, Nicolas Guilhot, Anne-Françoise Adam-Blondon, Michaël Alaux, Jérôme Salse, Pierre Sourdille, Philippe Leroy, Catherine Feuillet
article
Funct Integr Genomics., SpringerLink, 2008, Funct Integr Genomics., 8 (1), pp.29-32
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BibTex
titre
Low genetic variability of the white-clawed crayfish in the Iberian Peninsula : its origin and management implications
auteur
J. Dieguez-Uribeondo, F. Royo, C. Souty-Grosset, A. Ropiquet, F. Grandjean
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, Wiley, 2008, 18, pp.19-31
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BibTex
titre
Conserving indigenous crayfish: stock assessment and habitat requirements in the threatened Austropotamobius italicus
auteur
S. Brusconi, S. Bertocchi, B. Renai, M. Scalici, C. Souty-Grosset, F. Gherardi
article
Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, Wiley, 2008, 18 (7), pp.1227-1239. 〈10.1002/aqc.935〉
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titre
A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance
auteur
Marco Moroldo, Sophie Paillard, Raffaella Marconi, Fabrice Legeai, Aurélie Canaguier, Corinne Cruaud, Véronique De Berardinis, Cécile Guichard, Véronique Brunaud, Isabelle Le Clainche, Simone Scalabrin, Raffaele Testolini, Gabriele Di Gaspero, Michele Morgante, Anne-Françoise Adam-Blondon
article
BMC Plant Biology, BioMed Central, 2008, 8 (66), 〈10.1186/1471-2229-8-66〉
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BibTex
titre
Modeling synthetic lethality
auteur
Nolwenn Le Meur, Robert Gentleman
article
Genome Biology, BioMed Central, 2008, 9 (9), pp.R135. 〈10.1186/gb-2008-9-9-r135〉
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titre
Iron Dynamics in the Rhizosphere : Consequences for Plant Health and Nutrition
auteur
Agnès Robin, Gérard Vansuyt, Philippe Hinsinger, Jean Marie Meyer, Jean-François Briat, Philippe Lemamnceau
article
Advances in Agronomy, Elsevier, 2008, 99, pp.183-225. 〈10.1016/S0065-2113(08)00404-5〉
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titre
Comparaison de deux critères en classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté, Application en imagerie numérique
auteur
Israël-César Lerman, Kaddour Bachar
article
Journal de la Société Française de Statistique & Revue de Statistique Appliquée, Société Française de Statistique, 2008, 149 (2), pp.45-74
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titre
RDISK : une architecture reconfigurable pour l'exploration des banques génomiques
auteur
Dominique Lavenier
article
Techniques de l'Ingenieur, Techniques de l'ingénieur, 2008, November (IN89)
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BibTex
titre
Isolation and identification of entomopathogenic nematodes and their symbiotic bacteria from Hérault and Gard (Southern France)
auteur
V. Emelianoff, N. Le Brun, S. Pages, P. Stock, P. Tailliez, C. Moulia, M. Sicard
article
Journal of Invertebrate Pathology, Elsevier, 2008, pp.211-217
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BibTex
titre
Plants may alter competition by modifying nutrient bioavailability in rhizosphere: a modeling approach
auteur
Xavier Raynaud, Benoit Jaillard, Paul Leadley
article
The American Naturalist, The American Society of Naturalists, 2008, 171 (1), pp.44-58
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https://hal-bioemco.ccsd.cnrs.fr/bioemco-00167407/file/RJL08.pdf BibTex
titre
ISWpi1 from Wolbachia pipientis defines a novel group of insertion sequences within the IS5 family
auteur
R. Cordaux
article
Gene, Elsevier, 2008, 409, pp.20-27
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BibTex
titre
Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions
auteur
Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Monatshefte für Mathematik, Springer Verlag, 2008, 155 (3-4), pp.377-419. 〈10.1007/s00605-008-0009-7〉
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titre
Lossless filter for multiple repetitions with Hamming distance
auteur
Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frédéric Boyer, Alair Pereira Do Lago, Marie-France Sagot
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2008, 6 (3), pp.497-509. 〈10.1016/j.jda.2007.03.003〉
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https://hal.inria.fr/inria-00179731/file/jdaNimbus2.pdf BibTex
titre
Diversity of terrestrial isopods and habitats in Poitou-Charentes (western France)
auteur
C. Souty-Grosset, S. Corre, G. Freyssinel, V. Aubert, V. Donque, R. Raimond
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology (ISTIB07), 2008, pp.21-37
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titre
Does Wolbachia influence survival in starved Armadillidium vulgare?
auteur
M. Lachat, Y. Caubet, D. Bouchon
article
Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.125-130
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titre
The human genome in the LINE of fire
auteur
R. Cordaux
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2008, 105, pp.19033-19034
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titre
Characterization and transcriptional analysis of two gene clusters for type IV secretion machinery in Wolbachia of Armadillidium vulgare
auteur
C. Felix, S. Pichon, C. Braquart-Varnier, H. Braig, L. Chen, R. A. Garrett, G. Martin, P. Greve
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2008, 159 (6), pp.481-485
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titre
BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing
auteur
Olivier Filangi, Yoann Beausse, Anthony Assi, Ludovic Legrand, Jean-Marc Larré, Véronique Martin, Olivier Collin, Christophe Caron, Hugues Leroy, David Allouche
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2008, 24 (16), pp.1823-1825. 〈10.1093/bioinformatics/btn325〉
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titre
Reorganization and monophyly of the genus Rickettsiella: All in good time - Authors' reply
auteur
R. Cordaux, D. Bouchon
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2008, 74 (16), pp.5264
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titre
Genetic variability of the threatened crayfish Austropotamobius italicus in Tuscany (Italy): implications for its management
auteur
S. Bertocchi, S. Brusconi, F. Gherardi, F. Grandjean, C. Souty-Grosset
article
Fundamental and Applied Limnology, E Schweizerbart Science Publishers, 2008, 173, pp.153-164
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titre
Breeding system, pollinator choice and variation in pollen quality in British herbaceous plants
auteur
M. E. Hanley, M. Franco, S. Pichon, B. Darvill, D. Goulson
article
Functional Ecology, Wiley, 2008, 22, pp.592-598. 〈10.1111/j.1365-2435.2008.01415.x〉
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titre
A dynamic programming based procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem
auteur
Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov
article
European Journal of Operational Research, Elsevier, 2008, 186 (1), pp.63-76
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BibTex
titre
A dynamic programming based reduction procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem
auteur
Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov
article
European Journal of Operational Research, Elsevier, 2008, 186 (1), pp.63-76. 〈10.1016/j.ejor.2006.02.058〉
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titre
Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
article
Computers and Mathematics with Applications, Elsevier, 2008, 55 (Issue 5 (March 2008)), pp.1054-1067. 〈10.1016/j.camwa.2006.12.103〉
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titre
Impact of heat wave on brooks harbouring the white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) in western France (Deux-Sèvres)
auteur
B. Renai, M.C. Trouilhe, B. Bourdon, E. Bachelier, B. Parinet, F. Grandjean, C. Souty-Grosset
article
Freshwater Crayfish, 2008, 16, pp.57-69
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titre
Zinc distribution and speciation in roots of various genotypes of tobacco exposed to Zn
auteur
Anne Straczek, Geraldine Sarret, Alain Manceau, Philippe Hinsinger, Nicolas Geoffroy, Benoit Jaillard
article
Environmental and Experimental Botany, Elsevier, 2008, 63, pp.80-90
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00311796/file/straczek_HAL.pdf BibTex
titre
A Thirty Million Year-Old Inherited Heteroplasmy
auteur
V. Doublet, C. Souty-Grosset, D. Bouchon, R. Cordaux, I. Marcade
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (8), pp.e2938
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titre
Wolbachia Mediate Variation of Host Immunocompetence
auteur
C. Braquart-Varnier, M. Lachat, J. Herbiniere, M. Johnson, Y. Caubet, D. Bouchon, M. Sicard
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (9), pp.e3286
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titre
Fine-scale genetic structure of Atlantic salmon (Salmo salar) using microsatellite markers: effects of restocking and natural recolonization
auteur
F. Grandjean, S. Verne, C. Cherbonnel, A. Richard
article
Freshwater Biology, Wiley, 2008, 54, pp.417-433. 〈10.1111/j.1365-2427.2008.02116.x〉
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titre
Dynamic and static limitation in multiscale reaction networks, revisited
auteur
Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu
article
Chemical Engineering Science, Elsevier, 2008, Advances in Chemical Engineering, 34, pp.103-173
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BibTex
titre
From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems
auteur
Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoi Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu, Adrien Six, Véronique Thomas-Vaslin, Paul Bourgine
article
Theoretical Biology Insights, Libertas Academica, 2008, 1, pp.13-22
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titre
Coding Region Prediction Based on a Universal DNA Sequence Representation Method
auteur
Dominique Lavenier, Xianyang Jiang, Stephen Yau
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (10), pp.1237-1256. 〈10.1089/cmb.2008.0041〉
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titre
Protein profiling of hemocytes from the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare
auteur
J. Herbiniere, P. Greve, J.-M. Strub, D. Thierse, Frelon Raimond M., A. V. Dorsselaer, G. Martin, C. Braquart-Varnier
article
Developmental and Comparative Immunology, Elsevier, 2008, 32, pp.875-882
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Communication dans un congrès

titre
Efficient Parallelization of a Protein Sequence Comparison Algorithm on Manycore Architecture
auteur
Xioachun Ye, Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier, Dongrui Fan
article
Ninth International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies, Dec 2008, France. online proceedings: http://www.cs.otago.ac.nz/pdcat08/, 2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00322732/file/PDCAT-final-correction.pdf BibTex
titre
In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking
auteur
Jérémy Gruel, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
article
IPG 2008, Nov 2008, Lyon, France. 2008
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titre
Transfert d'une observation exploratoire à partir du guide européen : l'expérimentation de Chapelle-lez-Herlaimont
auteur
Laurence Meire, Carine De Noose, Jean-Marie Delvoye
article
In International Conference of Territorial Intelligence, Besançon 2008., Oct 2008, Besançon, France. pp.10, 2009, 〈10.1000〉
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00516495/file/INTI-2008-Besancon-Meire.pdf https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00516495/file/INTI-2008-Besancon-Meire-diapo.pdf BibTex
titre
Speed up SVM Algorithms for Massive Classification Tasks
auteur
Thanh-Nghi Do, Van Hoa Nguyen, François Poulet
article
Changjie Tang, Charles X. Ling, Xiaofang Zhou, Nick Cercone, Xue Li. Advanced Data Mining and Applications - 4th International Conference, ADMA'08, Oct 2008, Chengdu, China. Springer-Verlag, 5139, pp.147-157, 2008, Lecture Notes in Computer Science
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titre
CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS
auteur
Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. 5488, pp.144-155, 2009, Lecture Notes in Computer Sciences LNCS. 〈http://www.springerlink.com/content/r058r17l84778kg9/?p=74d54a52824142029829f687fb65a4d3&pi=12〉
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https://hal.inria.fr/inria-00331385/file/cibb.pdf BibTex
titre
Parallelizing the ACGT OncoSimulator
auteur
Dominique Lavenier, Julien Jacques
article
3rd International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology, Sep 2008, Istanbul, Turkey. online proceedings: http://www.3rd-iarwiso.iccs.ntua.gr/, 2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00322703/file/final.pdf BibTex
titre
GPU Accelerated RNA-RNA Interaction Algorithm
auteur
Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
article
EMBnet, Sep 2008, Martina Franca, Italy. 2008
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BibTex
titre
An Efficient Lagrangian Relaxation for the Contact Map Overlap Problem
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
article
WABI 2008 (8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics), Sep 2008, Karlsruhe, Germany. Springer-Verlag, 5251, pp.162-173, 2008, Lecture Notes in Bioinformatics. 〈10.1007/978-3-540-87361-7_14〉
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https://hal.inria.fr/inria-00327135/file/wabi_08.pdf BibTex
titre
A Fast Parallel SVM Algorithm for Massive Classification Tasks
auteur
Thanh-Nghi Do, Van Hoa Nguyen, François Poulet
article
Hoai An Le Thi, Pascal Bouvry, Tao Pham Dinh. Modelling, Computation and Optimization, 2nd International Conference, MCO 2008, Sep 2008, Metz, France. Springer, 14, pp.419-428, 2008, Communications in Computer and Information Science
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titre
In-place Update of Suffix Array while Recoding Words
auteur
Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste
article
Jan Holub and Jan }}}rek. Prague Stringology Conference 2008, Sep 2008, Prague, Czech Republic. pp.54--67, 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00327582/file/PSC2008_article06.pdf BibTex
titre
Timescales and instabilities of shear thinning solutions of wormlike micelles
auteur
Benoit Lasne, Ovidiu Radulescu, Sandra Lerouge
article
International Congress on Rheology 2008, Aug 2008, Monterey, United States. 2008
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BibTex
titre
GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus
auteur
Francois Moreews
article
ISCB. ISMB 2008, Jul 2008, Toronto, Canada. 2008
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BibTex
titre
Speeding up Subset Seed Algorithm for Intensive Protein Sequence Comparison
auteur
Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
6th IEEE International Conference on research, innovation & vision for the future, Jul 2008, Ho Chi Minh Ville, Vietnam. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00321457/file/rivf08.pdf BibTex
titre
Apollo: a tool for the manual annotation of the pea aphid genome
auteur
Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, Denis Tagu
article
Pea Aphid Genome Annotation Workshop, Jul 2008, Princeton, United States. 2008
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BibTex
titre
BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network
auteur
Marc Wessner, Martin Senger, Franck Samson, Philippe Picouet, François Moreews, Hervé Ménager, Véronique Martin, Sébastien Letort, Catherine Letondal, Mark Hoebeke, Jérome Gouzy, Jean-François Gibrat, Erwan Corre, Olivier Collin, Sébastien Carrere, Christophe Caron, Pierre Tufféry, Bertrand Néron
article
Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France. 2008
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BibTex
titre
Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs
auteur
Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00325020/file/plast_simd.pdf BibTex
titre
A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver
auteur
Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal Martin, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Jean Van Milgen
article
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00729742/file/BLAVY_version2.pdf BibTex
titre
Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
auteur
Pascale Kuntz, Israël-César Lerman
article
Université de Naples. First joint meeting of the French and Italian Classification Societies, Jun 2008, Caserte, Italy. pp.337-340, 2008
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BibTex
titre
Ordered Index Seed Algorithm for Intensive DNA Sequence Comparison
auteur
Dominique Lavenier
article
HiCOMB 2008 : Seventh IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, Apr 2008, Miami, United States. online proceeding : http://www.hicomb.org/HiCOMB2008/, 2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00322696/file/lavenier_1569087275.pdf BibTex
titre
Analyse de la Vraisemblance des Liens Relationnels
auteur
Israël-César Lerman
article
3èmes Journées Thématiques Apprentissage Artificiel et Fouille des Données, Apr 2008, Paris, France. 2008
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BibTex
titre
Modèle de PLNE pour la recherche de cliques de poids maximal
auteur
Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
article
ROADEF 2008, Feb 2008, Clermont-Ferrand, France. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00327118/file/roadef08.pdf BibTex
titre
Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU
auteur
Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00321456/file/renpar_08.pdf BibTex
titre
Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray
auteur
Colette Désert, Pierre Blavy, Francois Moreews, Michel Duclos, Pascale Leroy, Madeleine Douaire, Christian Diot
article
International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. 2008
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BibTex
titre
Contribution To The Annotations Of The Chicken 20K Oligo Microarray Of ARK-Genomics
auteur
Christophe Klopp, Francois Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue
article
International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. 2008
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BibTex
titre
Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics
auteur
C. Klopp, F. Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue
article
Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States
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BibTex
titre
Topological properties of central tiles and boundary graphs
auteur
Anne Siegel
article
Number Theory and Ergodic Theory, 2008, Kanazawa, Japan. 2008
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Chapitre d'ouvrage

titre
Feminizing / Wolbachia/ and the evolution of sex determination in isopods
auteur
D. Bouchon, R. Cordaux, P. Greve
article
K. Bourtzis and T. Miller. Insect Symbiosis, Taylor and Francis Group LLC, pp.273-294, 2008
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BibTex
titre
Evolutionary emergence of genes through retrotransposition
auteur
R. Cordaux, M.A. Batzer
article
Encyclopedia of Life Sciences: Handbook of Human Molecular Evolution, D.N. Cooper & H. Kehrer-Sawatzki Eds., pp.1-8, 2008, 〈10.1002/9780470015902.a0020783〉
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006)
auteur
Didier Caucal, Anne Siegel
article
Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, pp.240, 2008
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HDR

titre
Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire
auteur
Anne Siegel
article
Mathématiques [math]. Université Rennes 1, 2008
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00358996/file/HDR.pdf BibTex
titre
Syntaxe, raisonnement et génomes
auteur
Jacques Nicolas
article
Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00355156/file/jnicolas.pdf BibTex

Autre publication

titre
Architecture flexible pour la stéréovision embarquée
auteur
Mehdi Darouich, Stephane Guyetant, Dominique Lavenier
article
Court article pour le colloque national du GdR Soc-Sip. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00329460/file/poster_GDR_darouich.pdf BibTex

Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

titre
Grammatical Inference: Algorithms and Applications 9th International Colloquium, ICGI 2008 Saint-Malo, France, September 22-24, 2008 Proceedings
auteur
François Coste, Laurent Miclet, Alexander Clark
article
Alexander Clark and François Coste and Laurent Miclet. Springer, 5278, pp.305, 2008, Lecture Notes in Artificial Intelligence, R. Goebel and J. Siekmann and W. Wahlster, 978-3-540-88008-0. 〈10.1007/978-3-540-88009-7〉
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BibTex

Rapport

titre
Modeling local repeats on genomic sequences
auteur
Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, Patrick Durand, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin, Frédéric Mahé
article
[Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00353690/file/RR-6802.pdf BibTex
titre
bioperl : Bibliothèque perl pour la modélisation et le traitement de données issues de la biologie
auteur
Fabrice Legeai
article
[Technical Report] 2008
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titre
Alignements multiples locaux et partiels de séquences protéiques à partir de paires de fragments alignables
auteur
Olivier Baldellon
article
[Stage] 2008, pp.17
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https://hal.inria.fr/inria-00327591/file/rapport.pdf BibTex
titre
Parallel Reconfigurable Operator for Genomic Sequence Comparison: Architecture and Performance Analyses
auteur
Alexandre Cornu, Francois Dussaugey, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-6776, INRIA. 2008
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00348482/file/RR-6776.pdf BibTex
titre
Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences
auteur
Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40
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https://hal.inria.fr/inria-00275250/file/RR-6513.pdf BibTex

Thèse

titre
Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques
auteur
Goulven Kerbellec
article
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Rennes 1, 2008. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00327938/file/these_goulven_kerbellec_2008_09_19.pdf BibTex

2007

Article dans une revue

titre
Molecular and Functional Characterization of a Na+-K+ Transporter from the Trk Family in the Ectomycorrhizal Fungus Hebeloma cylindrosporum.
auteur
Claire Corratgé, Sabine Zimmermann, Raphaël Lambilliotte, Claude Plassard, Roland Marmeisse, Jean-Baptiste Thibaud, Benoît Lacombe, Hervé Sentenac
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2007, 282 (36), pp.26057-26066. 〈10.1074/jbc.M611613200〉
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BibTex
titre
Characterization of the Interaction Between the Bacterial Wilt Pathogen Ralstonia solanacearum and the Model Legume Plant Medicago truncatula
auteur
Fabienne Vailleau, Elodie Sartorel, Marie-Françoise Jardinaud, Fabien Chardon, Stéphane Genin, Thierry Huguet, Laurent Gentzbittel, Michel Petitprez
article
Molecular Plant-Microbe Interactions, American Phytopathological Society, 2007, vol. 20 n° 2., pp.159-167
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BibTex
titre
How does a symbiotic fungus modulate expression of its host-plant nitrite reductase?
auteur
Julie Bailly, Jean-Claude Debaud, Marie-Christine Verner, Claude Plassard, Michel Chalot, Roland Marmeisse, Laurence Fraissinet-Tachet
article
New Phytologist, Wiley, 2007, 175, pp.155-165. 〈10.1111/j.1469-8137.2007.02066.x〉
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BibTex
titre
Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
auteur
Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2007, 7, pp.37-43
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00178914/file/jbpc_article.pdf BibTex
titre
Intracellular bacteria in mushrooms, the hidden face of mycology
auteur
J. Bertaux, J. Garbaye Klett, P. Frey
article
Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2007, 283, pp.35-38
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BibTex
titre
Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?
auteur
Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne
article
Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2007, 275, pp.27-31
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00178791/file/SiegelFinal.pdf BibTex
titre
A Reconfigurable Index FLASH Memory tailored to Seed-Based Genomic Sequence Comparison Algorithms
auteur
Dominique Lavenier, Gilles Georges, Xinchun Liu
article
The Journal of VLSI Signal, Springer Verlag, 2007, 48 (3), pp.255-269. 〈10.1007/s11265-007-0073-6〉
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BibTex
titre
Doc'UMVF: Two search tools to provide quality-controlled teaching resources in French to students and teachers
auteur
Marc Cuggia, Stéfan Darmoni, Nicolas Garcelon, Lina Soualmia, Annabel Bourdé
article
International Journal of Medical Informatics, Elsevier, 2007, 6 (5), pp.357-362. 〈10.1016/j.ijmedinf.2007.01.001〉
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BibTex
titre
An Internet supported workflow for the publication process in UMVF (French Virtual Medical University)
auteur
Jean-Marie Renard, Annabel Bourdé, Marc Cuggia, Nicolas Garcelon, Nathalie Souf, Stéfan Darmoni, Régis Beuscart, Jean-Marc Brunetaud
article
International Journal of Medical Informatics, Elsevier, 2007, 76 (5), pp.363-368
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BibTex
titre
Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana
auteur
Sébastien Tempel, Jacques Nicolas, Abdelhak El Amrani, Ivan Couée
article
Gene, Elsevier, 2007, 403 (1-2), 〈10.1016/j.gene.2007.06.030〉
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https://hal.inria.fr/inria-00180376/file/GENE.pdf BibTex
titre
Large Gene Family Expansion and Variable Selective Pressures for Cathepsin B in Aphids
auteur
Claude Rispe, Mayako Kutsukabe, Vincent Doublet, Sylvie Hudaverdian, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, Denis Tagu, Takema Fukatsu
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2007, 〈10.1093/molbev/msm222〉
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titre
Théorèmes limites pour des processus de Markov à sauts. Synthèse des résultats et applications en biologie moleculaire
auteur
Ovidiu Radulescu, Aurélie Muller, Alina Crudu
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, Lavoisier, 2007, 26 (3-4), pp.443-469. 〈10.3166/tsi.26.443-469〉
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titre
Assessing the quality of dissolved organic matter in forest soils using ultraviolet absorption spectrophotometry
auteur
Jérôme Jaffrain, F. Gérard, Michel Meyer, J. Ranger
article
Soil Science Society of America Journal, Soil Science Society of America, 2007, 71 (6), pp.1851-1858. 〈10.2136/sssaj2006.0202〉
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titre
Dynamical robustness of biological networks with hierarchical distribution of time scales
auteur
Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu
article
IET Systems Biology, Institution of Engineering and Technology, 2007
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titre
Path-equivalent developments in acyclic weighted automata
auteur
Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier
article
International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2007, 18 (4), pp.799-812. 〈10.1142/S012905410700498X〉
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https://hal.inria.fr/inria-00271646/file/gvl-ijfcs-07-preprint.pdf BibTex
titre
Indexing gapped-factors using a tree
auteur
Pierre Peterlongo, Julien Allali, Marie-France Sagot
article
International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00179719/file/biFactorTree_IJFCS_erratum.pdf BibTex
titre
Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Journal of Number Theory, Elsevier, 2007, 127 (2), pp.153-172
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https://hal.inria.fr/inria-00181997/file/shift.pdf BibTex
titre
Purely Periodic Beta-Expansions in the Non-Unit Case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Journal of Number Theory, Elsevier, 2007, 127, pp.153-172
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titre
Mapping sequences by parts
auteur
Gilles Didier, Carito Guziolowski
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2007, 2, pp.11. 〈10.1186/1748-7188-2-11〉
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Communication dans un congrès

titre
GridR: An R-based grid-enabled tool for data analysis in ACGT clinico-genomics trials
auteur
Dennis Wegener, Thierry Sengstag, Stelios Sfakianakis, Stefan Rüping, Anthony Assi
article
IEEE. 3rd IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, Dec 2007, Bangalore, India. 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00179078/file/e-science2007_v08.pdf BibTex
titre
Représentation par jeux du chaos de séquences d'ADN
auteur
Thibaut Henin
article
Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France
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titre
Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
article
Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00178325/file/Lav07cb.pdf BibTex
titre
Sur les différentes expressions formelles d'une hiérarchie binaire symétrique ou implicative
auteur
Israël-César Lerman
article
O. Hudry and I. Charon and G. Hébrail. XIV Rencontres de la Société Francophone de Classification, Sep 2007, Paris, France. École Nationale des Télécommunications de Paris, pp.139-142, 2007
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BibTex
titre
Mise à jour incrémentale de tableau des suffxes en cours de recodage
auteur
François Coste, Pierre Peterlongo, Matthias Gallé
article
Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France. 2007
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BibTex
titre
Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models
auteur
Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne
article
6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland. 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00178854/file/ICIAM.pdf BibTex
titre
Comparaison de deux critères de la CAH sous contrainte de contiguïté spatiale
auteur
Kaddour Bachar, Israël-César Lerman
article
J-M. Marion and others. 39-èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2007, Angers, France. Université d'Angers, 2007
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BibTex
titre
Topological properties of central tiles for substitutions
auteur
Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
article
Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria. 2007
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BibTex
titre
Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale
auteur
Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas
article
FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00186471/file/veber4.pdf BibTex
titre
Problème d'optimisation de recherche de cliques pour caractériser des familles de protéines
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
Jean Charles Billaut. ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France. pp.157--158, 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00180494/file/coste_kerbellec_roadef07.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Recent advances in solving the protein threading problem
auteur
Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
article
Talbi, El-Ghazali and Zomaya, Albert Y. Grid Computing for Bioinformatics and Computational Biology, Wiley, pp.325-356, 2007, 978-0-471-78409-8
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BibTex
titre
Representation of Concept Description by Multivalued Taxonomic Preordonance Variables
auteur
Israël-César Lerman, Philippe Peter
article
Brito, P. and Bertrand, P. and Cucumel, G. and de Carvalho, F. Selected Contributions in Data Analysis and Classification, Springer, pp.271-284, 2007, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge organization
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BibTex
titre
A New Probabilistic Measure of Interestingness for Association Rules, Based on the Likelihood of the Link
auteur
Israël-César Lerman, Jérôme Azé
article
Guillet, F. and Hamilton, H. Quality Measures in Data Mining. Studies in Computational Intelligence, Springer, pp.207-236, 2007
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BibTex

Autre publication

titre
BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management
auteur
David Allouche, Anthony Assi, Yoann Beausse, Christophe Caron, Olivier Filangi, Jean-Marc Larré, Hugues Leroy, Véronique Martin
article
Jobim 2007. 2007
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BibTex
titre
POGG: Integrating qualitative and quantitative data of macromolecular networks. A probabilistic toolbox
auteur
Etienne Giraudet, Eric Docet, Jérémie Bourdon
article
Research report. 2007
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BibTex

Rapport

titre
Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem
auteur
Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
article
[Research Report] RR-6253, INRIA. 2007, pp.41
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https://hal.inria.fr/inria-00165274/file/RR-6253.pdf BibTex
titre
Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem
auteur
Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
article
[Research Report] PI 1856, 2007, pp.38
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https://hal.inria.fr/inria-00170619/file/PI-1856.pdf BibTex
titre
Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions
auteur
Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel
article
[Research Report] 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00180239/file/ABBS_Submitted.pdf BibTex
titre
A Novel Algorithm for Finding Maximum Common Ordered Subgraph
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
[Research Report] RR-6287, INRIA. 2007, pp.18
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https://hal.inria.fr/inria-00171780/file/RR-6287.pdf BibTex
titre
Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
auteur
Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
[Research Report] RR-6190, INRIA. 2007, pp.14
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https://hal.inria.fr/inria-00145537/file/RR-6190.pdf BibTex
titre
Recherche de modules dans le réseau MAPK
auteur
Laurent Chamoin
article
[Intership report] 2007
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https://hal.inria.fr/inria-00185032/file/LaurentChamoinMAPK.pdf BibTex
titre
Parsing avec erreurs par un protomate
auteur
Jessie Mahé
article
[Stage] 2007, pp.45
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https://hal.inria.fr/inria-00185428/file/rapport_stage_Jessie_Mahe.pdf BibTex
titre
Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language
auteur
Catherine Belleannée, Jacques Nicolas
article
[Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00186568/file/RR-6350.pdf BibTex
titre
Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
article
[Research Report] PI 1872, 2007, pp.22
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00192316/file/PI-1872.pdf BibTex
titre
In-place updating suffix arrays for grammatical inference
auteur
Matthias Gallé
article
[Intership report] 2007
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BibTex
titre
Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
article
[Research Report] RR-6370, INRIA. 2007, pp.20
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00192206/file/RR-6370.pdf BibTex
titre
Decision Diagrams for Qualitative Biological Models
auteur
Michel Le Borgne, Philippe Veber
article
[Research Report] RR-6182, INRIA. 2007, pp.17
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00144597/file/RR-6182.pdf BibTex
titre
Inferring the role of transcription factors in regulatory networks
auteur
Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
article
[Research Report] 2007
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00185038/file/sign_inference.pdf BibTex

Thèse

titre
Modélisation grande échelle de réseaux biologiques : vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données
auteur
Philippe Veber
article
Génie logiciel [cs.SE]. Université Rennes 1, 2007. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185895/file/thesis_pveber.pdf BibTex
titre
Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables
auteur
Sébastien Tempel
article
Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2007. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185256/file/tempel.pdf BibTex

2006

Article dans une revue

titre
Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis.
auteur
Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7, 477 (17p.)
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BibTex
titre
Symbiologik : jouez avec les gènes
auteur
Nicolas Deroche, Mathieu Giraud
article
Interstices, INRIA, 2006, 〈https://interstices.info/jcms/c_15964/symbiologik-jouez-avec-les-genes〉
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BibTex
titre
Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.
auteur
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César Lerman, Anne-Sophie Valin, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2006, 22(16), pp.1948-1954
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BibTex
titre
JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow
auteur
Mariano Latorre, Herman Silva, Juan Saba, Carito Guziolowski, Paula Vizoso, Veronica Martinez, Jonathan Maldonado, Andrea Morales, Rodrigo Caroca, Veronica Cambiazo, Reinaldo Campos-Vargas, Mauricio Gonzalez, Ariel Orellana, Julio Retamales, Lee A Meisel
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7, pp.513. 〈10.1186/1471-2105-7-513〉
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BibTex
titre
GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins
auteur
Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, Jérôme Wojcik
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7 (1), pp.21. 〈10.1186/1471-2105-7-21〉
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https://hal.inria.fr/hal-00784481/file/1471-2105-7-21.pdf BibTex
titre
Coefficient numérique général de discrimination de classes d'objets par des variables de types quelconques. Application à des données génotypiques
auteur
Israël-César Lerman
article
Revue de Statisque Appliquée, CERESTA, 2006, Revue de Statistique Appliquée, LIV (2), pp.33-63
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BibTex
titre
Topology and static response of interaction networks in molecular biology
auteur
Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne
article
Journal of the Royal Society Interface, Royal Society, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. 〈10.1098/rsif.2005.0092〉
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https://hal.inria.fr/inria-00178842/file/newton2.pdf BibTex
titre
Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.
auteur
Sandrine Pawlicki, Anne-Sophie Valin, Mathieu Giraud, Gilles Georges, Christian Delamarche, Grégory Ranchy
article
Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00456604/file/pawlicki-et-al-2006-1.pdf BibTex
titre
Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group
auteur
Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel
article
Annales de l'Institut Fourier, Association des Annales de l'Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00178799/file/ABHS.pdf BibTex
titre
Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks
auteur
Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, Sandrine Lagarrigue
article
BioSystems, Elsevier, 2006, 84, pp.153-174
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https://hal.inria.fr/inria-00178809/file/BiosystemsSRLVOL.pdf BibTex
titre
Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.
auteur
Zsofia Kote-Jarai, Lucy Matthews, Ana Osorio, Susan Shanley, Ian Giddings, Francois Moreews, Imogen Locke, Gareth Evans, Diana Eccles
article
Clinical Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Seed-based Genomic Sequence Comparison using a FPGA/FLASH Accelerator
auteur
Dominique Lavenier, Liu Xinchun, Gilles Georges
article
International IEEE Conference on Field Programmable Technology, Dec 2006, Thailand. http://fpt.selfip.org/fpt06/program.php, 2006
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00179994/file/Lav06cf.pdf BibTex
titre
Remix : une architecture pour la recherche dans les masses de données indexées
auteur
Gilles Georges, Steven Derrien, Stéphane Rubini, Frédéric Raimbault, Laurent Amsaleg, Dominique Lavenier
article
Symposium en archichecture de machines (Sympa) 2006, Oct 2006, Perpignan, France. pp.142-153, 2006
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00505589/file/remix_une_architecture_pour_la_recherche_dans_les_masses_de_donnees.pdf BibTex
titre
Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings
auteur
Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel
article
Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France. 2006
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00180242/file/ABS-JM.pdf BibTex
titre
A flexible model for protein fold recognition
auteur
Guillaume Collet, Nicola Yanev, Antoine Marin, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France. 2006
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BibTex
titre
Learning Automata on Protein Sequences
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
Alain Denise and Pascal Durrens and Stéphane Robin and Eduardo Rocha and Antoine de Daruvar and Alexis Groppi. JOBIM, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.199--210, 2006
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00180429/file/coste_kerbellec_jobim06.pdf BibTex
titre
Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle
auteur
Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
article
RVIF, Feb 2006, HCM, Viêt Nam. 2006
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00180372/file/vhnguyen06.pdf BibTex
titre
Implémentation d'un algorithme d'alignement semi-global utilisant des paramètres non locaux pour la reconnaissance de repliement
auteur
Guillaume Collet, Antoine Marin, Nicola Yanev, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat
article
ROADEF, Feb 2006, Lilles, France. 2006
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BibTex
titre
Fine-Grained Parallelism for Genomic Computation
auteur
Dominique Lavenier
article
Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, Feb 2006, United States
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BibTex
titre
Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions
auteur
Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud
article
2006, Springer, pp.23--33, 2006, LNCS 4094. 〈10.1007/11812128_4〉
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BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
High-performance alignment methods for protein threading
auteur
Rumen Andonov, Stefan Balev, Nicola Yanev
article
Albert Zomaya. Parallel computing for bioinformatics and computational biology, Wiley, pp.427-457, 2006
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BibTex

Rapport

titre
Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN
auteur
Thibaut Henin
article
[Stage] 2006
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BibTex
titre
Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
article
[Research Report] RR-5973, INRIA. 2006
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https://hal.inria.fr/inria-00090635/file/RR-5973.pdf BibTex
titre
Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
article
[Research Report] PI 1814, 2006, pp.18
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https://hal.inria.fr/inria-00091944/file/PI-1814.pdf BibTex
titre
Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie binaire implicative ; niveaux et noeuds significatifs
auteur
Israël-César Lerman
article
[Research Report] PI 1827, 2006, pp.45
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https://hal.inria.fr/inria-00115826/file/PI-1827.pdf BibTex

2005

Article dans une revue

titre
Progressing the state-of-the-art in grammatical inference by competition
auteur
Starkie Bradford, François Coste, Menno Van Zaanen
article
AI Communications, IOS Press, 2005, 18 (2), pp.93-115. 〈http://iospress.metapress.com/content/2laxdtw2pu7au613〉
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BibTex
titre
Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes
auteur
Jacques Nicolas, Patrick Durand, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2005, 21(24), pp.4408-4410
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BibTex
titre
A new mechanism of action for skin whitening agents: binding to the peroxisome proliferator-activated receptor
auteur
J. W. Wiechers, A. V. Rawlings, C. Garcia, C. Chesné, P. Balaguer, J. C. Nicolas, S. Corre, M.-D. Galibert
article
International Journal of Cosmetic Science, Wiley, 2005, 27 (2), pp.123--132. 〈10.1111/j.1467-2494.2004.00256.x〉
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BibTex
titre
Accélérer l'exploration et l'analyse des textes des génomes
auteur
Dominique Lavenier
article
Interstices, INRIA, 2005
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BibTex
titre
The dog and rat olfactory receptor repertoires
auteur
Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, Emmanuelle Morin, Elodie Retout, Anne-Sophie Valin, Kerstin Lindblad-Toh, Jacques Nicolas, Francis Galibert
article
Genome Biology, BioMed Central, 2005, 6 (10), pp.R83. 〈10.1186/gb-2005-6-10-r83〉
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BibTex
titre
Complex Qualitative Models in Biology: a new approach
auteur
Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu
article
Complexus, Karger, 2005, 2, pp.140-151
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles
auteur
Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier
article
Alexandre Vautier, Sylvie Saget. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37, 2005
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https://hal.inria.fr/inria-00001036/file/120.pdf BibTex
titre
Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana
auteur
Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
article
XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France. 2005, 4-6/07/2005
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BibTex

Chapitre d'ouvrage

titre
Bioinformatics Applications
auteur
Dominique Lavenier, Mathieu Giraud
article
Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2
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BibTex

Autre publication

titre
Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes.
auteur
Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas
article
FR2116. Rapport de recherche n°5798 Projet Symbiose. 2005
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BibTex

Rapport

titre
A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
[Research Report] PI 1735, 2005
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https://hal.inria.fr/inria-00000179/file/PI-1735.pdf BibTex
titre
A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec
article
[Research Report] RR-5672, INRIA. 2005, pp.17
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00070340/file/RR-5672.pdf BibTex
titre
Motif Discovery on Promotor Sequences
auteur
Maximilian Häußler, Jacques Nicolas
article
[Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00070303/file/RR-5714.pdf BibTex

Thèse

titre
Découverte de motifs relationnels en bioinformatique: application à la prédiction de ponts disulfures
auteur
Ingrid Jacquemin
article
Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185499/file/jacquemin.pdf BibTex
titre
Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : application à la découverte de motifs dans des familles de protéines
auteur
Aurélien Leroux
article
Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185489/file/leroux.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Inventaire des crustacés de la Réserve Naturelle de Chérine (PNR Brenne, Indre)
auteur
F. Lefebvre
article
17 pages + annexes. 2005
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00355807/file/Rapport_Inventaire_Crustaces_RN_Cherine.pdf BibTex

2004

Article dans une revue

titre
GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.
auteur
Nouri Ben Zakour, Michel Gautier, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Marie-Françoise Cochet, Philippe Veber, Alexei Sorokine, Yves Le Loir
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2004, 32 (1), pp.17-24. 〈10.1093/nar/gkg928〉
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titre
Widespread vertical transmission and associated host sex-ratio distortion within the eukaryotic phylum Microspora
auteur
R.S. Terry, J.E. Smith, R.G. Sharpe, T. Rigaud, D.T.J. Littlewood, J.E. Ironside, D. Rollinson, D. Bouchon, C. Macneil, J.T.A. Dick, A.M. Dunn
article
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Royal Society, The, 2004, 271, pp.1783-1789
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Rapport

titre
Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP
auteur
François Coste, Goulven Kerbellec, Boris Idmont, Daniel Fredouille, Christian Delamarche
article
[Rapport de recherche] RR-5176, INRIA. 2004
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https://hal.inria.fr/inria-00071412/file/RR-5176.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

titre
Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
2004
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00002208/file/BertheSiegel.pdf BibTex

2003

Rapport

titre
Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes
auteur
Rumen Andonov, Nicola Yanev, Dominique Lavenier, Philippe Veber
article
[Research Report] RR-4853, INRIA. 2003
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00071730/file/RR-4853.pdf BibTex
titre
What is the Search Space for the Inference of Non Deterministic, Unambiguous and Deterministic Automata ?
auteur
François Coste, Daniel Fredouille
article
[Research Report] RR-4907, INRIA. 2003
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https://hal.inria.fr/inria-00071673/file/RR-4907.pdf BibTex

2002

Communication dans un congrès

titre
Couplage par composants logiciels de codes d'hydrogéologie
auteur
Jocelyne Erhel, Philippe Ackerer, Jean-Raynald De Dreuzy, Michel Kern, Hugues Leroy, Christian Pérez
article
École GRID 2002, 2002, Aussois, France. 2002
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https://hal.inria.fr/hal-01316192/file/ErhelAckerer_Aussois_2002.pdf BibTex
titre
Le projet GénoGRID : une grille expérimentale pour la génomique
auteur
Dominique Lavenier, Hugues Leroy, Michel Hurfin, Rumen Andonov, L. Mouchard, F. Guinand
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques, 2002, Saint Malo, France. pp.27-32, 2002
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BibTex

Rapport

titre
Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case
auteur
Valerie Berthe, Anne Siegel
article
[Research Report] RR-4619, INRIA. 2002
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https://hal.inria.fr/inria-00071966/file/RR-4619.pdf BibTex
titre
The Protein Threading Problem is in P?
auteur
Nicola Yanev, Rumen Andonov
article
[Research Report] RR-4577, INRIA. 2002
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00072011/file/RR-4577.pdf BibTex
titre
ROOM : reconfigurable object-oriented machines for specific applications
auteur
Frédéric Raimbault, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-4588, INRIA. 2002
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00071997/file/RR-4588.pdf BibTex