2019

Article dans une revue

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A. Belmiloudi, S. Corre. Mathematical modeling and analysis of dynamic effects of multiple time-varying delays on electrophysiological wave propagation in the heart. Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2019, 47, pp.18-44. ⟨10.1016/j.nonrwa.2018.09.025⟩. ⟨hal-02057888⟩
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Ganna Pugach, Alexandre Pitti, Olga Tolochko, Philippe Gaussier. Brain-Inspired Coding of Robot Body Schema Through Visuo-Motor Integration of Touched Events. Frontiers in Neurorobotics, Frontiers, 2019, 13, ⟨10.3389/fnbot.2019.00005⟩. ⟨hal-02073946⟩
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Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩. ⟨hal-01988699⟩
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Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret. In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans. Toxicology Letters, Elsevier, In press, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩. ⟨hal-01903264⟩
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Chiara Manfrin, Catherine Souty-Grosset, Pedro Anastácio, Julian Reynolds, Piero Giulianini. Detection and Control of Invasive Freshwater Crayfish: From Traditional to Innovative Methods. Diversity, MDPI, 2019, 11 (1), pp.5. ⟨10.3390/d11010005⟩. ⟨hal-02057080⟩
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Pauline Maurice, Vincent Padois, Yvan Measson, Philippe Bidaud. Assessing and improving human movements using sensitivity analysis and digital human simulation. International Journal of Computer Integrated Manufacturing, Taylor & Francis, In press. ⟨hal-01221647v3⟩
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Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel. Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩. ⟨hal-02018724⟩
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Communication dans un congrès

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Joshua Pickard, Juan Carretero. Appropriate Synthesis of a Crank Rocker Linkage. 15th IFToMM World Congress, Jun 2019, Krakow, Poland. ⟨hal-02081322⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Carito Guziolowski, Nathalie Théret. Hepatocellular carcinoma computational models identify key protein-complexes associated to tumor progression. 2019. ⟨hal-02095930v2⟩
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2018

Article dans une revue

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Catherine Souty-Grosset, Ariel Faberi. Effect of agricultural practices on terrestrial isopods: a review. Zookeys, Pensoft, 2018, 801, pp.63-96. ⟨hal-01976401⟩
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Ambre Ribardière, Julia Centanni, Arnaud Dano, Jérôme Coudret, Claire Daguin-Thiébaut, et al.. Female-biased sex ratios unrelated to Wolbachia infection in European species of the Jaera albifrons complex (marine isopods). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Elsevier, 2018, 509, pp.91-98. ⟨10.1016/j.jembe.2018.09.002⟩. ⟨hal-02057066⟩
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Marius Bredon, Jessica Dittmer, Cyril Noel, Bouziane Moumen, Didier Bouchon. Lignocellulose degradation at the holobiont level: teamwork in a keystone soil invertebrate. Microbiome, BioMed Central, 2018, 6 (1), ⟨10.1186/s40168-018-0536-y⟩. ⟨hal-02057071⟩
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Elodie Gaulin, Michiel Pel, Laurent Camborde, Helene San-Clemente, Sarah Courbier, et al.. Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation. BMC Biology, BioMed Central, 2018, 16 (1), ⟨10.1186/s12915-018-0508-5⟩. ⟨hal-02117315⟩
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Elodie Gaulin, Michiel Pel, Laurent Camborde, Helene San-Clemente, Sarah Courbier, et al.. Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation. BMC Biology, BioMed Central, 2018, 16 (1), ⟨10.1186/s12915-018-0508-5⟩. ⟨hal-01891875⟩
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Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko. Hybrid Metabolic Network Completion. Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩. ⟨hal-01936778⟩
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Jean Peccoud, David Pleydell, Nicolas Sauvion. A framework for estimating the effects of sequential reproductive barriers: Implementation using Bayesian models with field data from cryptic species. Evolution, Wiley, 2018, 72 (11), pp.2503-2512. ⟨hal-01976412⟩
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Benjamin Herran, Joanne Bertaux, Pierre Greve. Divergent evolution and clade-specific duplications of the Insulin-like Receptor in malacostracan crustaceans. General and Comparative Endocrinology, Elsevier, 2018, 268, pp.34-39. ⟨10.1016/j.ygcen.2018.07.013⟩. ⟨hal-02057076⟩
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Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, et al.. MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis. PLoS Genetics, Public Library of Science, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩. ⟨hal-01871468⟩
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Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel. Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩. ⟨hal-01871600⟩
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Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, et al.. Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races. Molecular Ecology, Wiley, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩. ⟨hal-01892027⟩
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Raphaël Méheust, Andrew Watson, Francois-Joseph Lapointe, R. Thane Papke, Philippe Lopez, et al.. Hundreds of novel composite genes and chimeric genes with bacterial origins contributed to haloarchaeal evolution. Genome Biology, BioMed Central, 2018, 19, pp.75. ⟨10.1186/s13059-018-1454-9⟩. ⟨hal-01830047⟩
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Myriam Badawi, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Pierre Greve, Richard Cordaux. Investigating the Molecular Genetic Basis of Cytoplasmic Sex Determination Caused by Wolbachia Endosymbionts in Terrestrial Isopods. Genes, MDPI, 2018, 9 (6), ⟨10.3390/genes9060290⟩. ⟨hal-01891929⟩
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Marco Fulle, I Bertini, V. Della Corte, C. Güttler, S. Ivanovski, et al.. The phase function and density of the dust observed at comet 67P/Churyumov–Gerasimenko. Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, Oxford University Press (OUP): Policy P - Oxford Open Option A, 2018, 476 (2), pp.2835-2839. ⟨10.1093/mnras/sty464⟩. ⟨hal-02108705⟩
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Jean-Marc Salotti. La robotique humanoïde. Questions internationales, La Documentation française, 2018, Dossier Révolutions Technologiques, pp.90-92. ⟨hal-01945712⟩
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Estelle Forey, Matthieu Chauvat, Sékou F.M. Coulibaly, Estelle Langlois, Sébastien Barot, et al.. Inoculation of an ecosystem engineer (Earthworm: Lumbricus terrestris ) during experimental grassland restoration: Consequences for above and belowground soil compartments. Applied Soil Ecology, Elsevier, 2018, 125, pp.148 - 155. ⟨10.1016/j.apsoil.2017.12.021⟩. ⟨hal-01892042⟩
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Jean-Christophe Simon, Jean Peccoud. Rapid evolution of aphid pests in agricultural environments. Current Opinion in Insect Science, Elsevier, 2018, 26, pp.17 - 24. ⟨10.1016/j.cois.2017.12.009⟩. ⟨hal-01699353⟩
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Jean Peccoud, Sebastian Lequime, Isabelle Moltini-Conclois, Isabelle Giraud, Louis Lambrechts, et al.. A Survey of Virus Recombination Uncovers Canonical Features of Artificial Chimeras Generated During Deep Sequencing Library Preparation. G3, Genetics Society of America, 2018, 8 (4), pp.1129-1138. ⟨10.1534/g3.117.300468⟩. ⟨hal-01778157⟩
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Alexandre Cormier, Rémi Wattier, Maria Teixeira, Thierry Rigaud, Richard Cordaux. The complete mitochondrial genome of Gammarus roeselii (Crustacea, Amphipoda): insights into mitogenome plasticity and evolution. Hydrobiologia, Springer, 2018, ⟨10.1007/s10750-018-3578-z⟩. ⟨hal-01737017⟩
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Sylvine Durand, Vincent Loiseau, Cybèle Prigot, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech. Producing offspring in Armadillidium vulgare : Effects of genetic diversity and inbreeding. Evolution & Development, 2018, 20 (2), pp.65 - 77. ⟨10.1111/ede.12248⟩. ⟨hal-01722962⟩
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Benoit Jaillard, Camille Richon, Philippe Deleporte, Michel Loreau, Cyrille Violle, et al.. An a posteriori species clustering for quantifying the effects of species interactions on ecosystem functioning. Methods in Ecology and Evolution, Wiley, 2018, 9 (3), pp.704 - 715. ⟨10.1111/2041-210X.12920⟩. ⟨hal-01806780⟩
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N. Attree, O. Groussin, L. Jorda, D. Nébouy, N. Thomas, et al.. Tensile strength of 67P/Churyumov–Gerasimenko nucleus material from overhangs. Astronomy and Astrophysics - A&A, EDP Sciences, 2018, 611, pp.A33. ⟨10.1051/0004-6361/201732155⟩. ⟨hal-02108713⟩
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Margot Fortin, Catherine Debenest, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard. Males prefer virgin females, even if parasitized, in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2018, 8 (6), pp.3341 - 3353. ⟨10.1002/ece3.3858⟩. ⟨hal-01891928⟩
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Jean Peccoud, Richard Cordaux, Clément Gilbert. Analyzing Horizontal Transfer of Transposable Elements on a Large Scale: Challenges and Prospects. BioEssays, Wiley-VCH Verlag, 2018, 40 (2), ⟨10.1002/bies.201700177⟩. ⟨hal-01696095⟩
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Juliette Smith-Ravin, A. Silbande, J. Cornet, M. Cardinal, F. Chevalier, et al.. Characterization of the spoilage potential of pure and mixed cultures of bacterial species isolated from tropical yellowfin tuna ( Thunnus albacares ). Journal of Applied Microbiology, Wiley, 2018, 124 (2), pp.559 - 571. ⟨10.1111/jam.13663⟩. ⟨hal-01699071⟩
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Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, et al.. Disentangling the Causes for Faster-X Evolution in Aphids. Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2018, 10 (2), pp.507-520. ⟨10.1093/gbe/evy015⟩. ⟨hal-01701165⟩
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Jean-Marc Salotti, Eric Ferreri, Olivier Ly, David Daney. Classification des Systèmes Cobotiques. Ingénierie cognitique, 2018, 1 (1). ⟨hal-01943946⟩
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Jean Marc Salotti. Bayesian network for the prediction of situation awareness errors. International Journal of Human Factors Modelling and Simulation, Inderscience, 2018, 6 (2/3), pp.119-126. ⟨10.1504/IJHFMS.2018.093174⟩. ⟨hal-01944420⟩
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Ivana Miranda, Kelly Gomes, Felipe Ribeiro, Paula Araujo, Catherine Souty-Grosset, et al.. Molecular systematics reveals multiple lineages and cryptic speciation in the freshwater crayfish Parastacus brasiliensis (von Martens, 1869) (Crustacea : Decapoda : Parastacidae). Invertebrate Systematics, CSIRO Publishing, 2018, ⟨10.1071/IS18012⟩. ⟨hal-01976392⟩
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Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, et al.. Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩. ⟨hal-01897020⟩
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Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, et al.. Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩. ⟨hal-01807842⟩
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Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, et al.. Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants. Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩. ⟨hal-01891942⟩
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Lisa Lambert, David Dubayle, Assia Fafouri, Etienne Herzog, Zsolt Csaba, et al.. Endocytosis of Activated Muscarinic m2 Receptor (m2R) in Live Mouse Hippocampal Neurons Occurs via a Clathrin-Dependent Pathway. Frontiers in Cellular Neuroscience, Frontiers, 2018, 12, pp.450. ⟨10.3389/fncel.2018.00450⟩. ⟨hal-01977271⟩
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Communication dans un congrès

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Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, et al.. Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data. DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9. ⟨hal-01917742⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01917742/file/Henry_et_al_ORCID.pdf BibTex
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Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie. JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6. ⟨hal-01912046⟩
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Jean-Marc Salotti. European Mars mission architecture using an enhanced Ariane launcher. 69th International Astronautical Congress, Oct 2018, Bremen, Germany. ⟨hal-01944356⟩
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Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, et al.. KaSa: A Static Analyzer for Kappa. CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩. ⟨hal-01888951⟩
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Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel. Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia. ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943, ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩. ⟨hal-01946860⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01946860/file/Frioux%20et%20al.%20-%202018%20-%20Scalable%20and%20exhaustive%20screening%20of%20metabolic%20functions%20carried%20out%20by%20microbial%20consortia.pdf BibTex
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François Coste, Jacques Nicolas. Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction. ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168. ⟨hal-01872266⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01872266/file/coste18.pdf BibTex
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Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka. How to measure the topological quality of protein parse trees?. ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138. ⟨hal-01938608⟩
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Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue. Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics. 28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩. ⟨hal-01826564⟩
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Lucas Bourneuf. An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA. FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12. ⟨hal-01945938⟩
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Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart. Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids. ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States. ⟨hal-01939021⟩
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Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie. Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2. ⟨hal-01834137⟩
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Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, et al.. Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease. DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-01873474⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01873474/file/DiseaseMapMeeting_2018_VHenry.pdf BibTex
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Jessica Colombel, David Daney, Baptiste Busch. ROS pour l'Analyse du Mouvement Humain et la Prévention des Risques Musculo-Squelettiques. Journées Nationales sur ROS, Jun 2018, Toulouse, France. ⟨hal-01955378⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01955378/file/Resume_ROS.pdf BibTex
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Jean-Marc Salotti. Mars sample return as a key step before manned missions. 2nd International Mars Sample Return Conference, Apr 2018, Berlin, Germany. ⟨hal-01945732⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Yannick Moret, Christine Coustau, Christine Braquart-Varnier, Benjamin Gourbal. Immune Priming and Trans-Generational Protection From Parasites. Immune Priming and Trans-Generational Protection From Parasites, Elsevier, 2018. ⟨hal-01976408⟩
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Aurélien Massein, David Daney, Yves Papegay. Robust Design of Parameter Identification. Jadran Lenarčič; Jean-Pierre Merlet. Advances in Robot Kinematics 2016, 4, Springer International Publishing AG, 2018, Springer Proceedings in Advanced Robotics, ⟨10.1007/978-3-319-56802-7_33⟩. ⟨hal-01531034⟩
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Mémoire d'étudiant

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Nicolas Guillaudeux. Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018. ⟨hal-01948461⟩
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Brevet

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Ganna Pugach, David Daney. Textile intelligent adapté pour la détection de mouvement et/ou de déformation. France, N° de brevet: FR1860192. 2018. ⟨hal-01944282⟩
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Poster

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Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets. RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-01929963⟩
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Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed'Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, et al.. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France. 2018. ⟨hal-01768063⟩
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Rapport

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Augustin Chevallier, Sylvain Pion, Frédéric Cazals. Hamiltonian Monte Carlo with boundary reflections, and application to polytope volume calculations. [Research Report] RR-9222, INRIA Sophia Antipolis, France. 2018. ⟨hal-01919855⟩
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Thèse

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Aurélien Massein. Conception d’environnement instrumenté pour la veille à la personne. Vision par ordinateur et reconnaissance de formes [cs.CV]. Université Côte d'Azur, 2018. Français. ⟨NNT : 2018AZUR4096⟩. ⟨tel-02102799⟩
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Clémence Frioux. Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩. ⟨tel-01945853v2⟩
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Baptiste Busch. Optimization techniques for an ergonomic human-robot interaction. Robotique [cs.RO]. Université de Bordeaux, 2018. Français. ⟨NNT : 2018BORD0027⟩. ⟨tel-01728902v2⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Arnaud Belcour, Jean Girard, Meziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, et al.. Inferring biochemical reactions and metabolite structures to cope with metabolic pathway drift. 2018. ⟨hal-01943880⟩
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2017

Article dans une revue

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María Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, et al.. Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩. ⟨hal-01661270⟩
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Guillaume Baudouin, Franck Dedeine, Nicolas Bech, Stéphanie Bankhead-Dronnet, Simon Dupont, et al.. An American termite in Paris: temporal colony dynamics. Genetica, Springer Verlag, 2017, 145 (6), pp.491 - 502. ⟨10.1007/s10709-017-9991-9⟩. ⟨hal-01651877⟩
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Nicolas Bech, Charlotte Depeux, Sylvine Durand, Catherine Debenest, Alexandra Lafitte, et al.. When GIS zooms in: spatio-genetic maps of multipaternity in Armadillidium vulgare. Genetica, Springer Verlag, 2017, 145 (6), pp.503 - 512. ⟨10.1007/s10709-017-9992-8⟩. ⟨hal-01651886⟩
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Carlos Viegas, David Daney, Mahmoud Tavakoli, Anibal T. de Almeida. Performance analysis and design of parallel kinematic machines using interval analysis. Mechanism and Machine Theory, Elsevier, 2017, 115, pp.218 - 236. ⟨10.1016/j.mechmachtheory.2017.05.003⟩. ⟨hal-01669173⟩
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Luce Mengue, Freddie-Jeanne Richard, Yves Caubet, Steven Rolland, Yann Héchard, et al.. Legionella pneumophila decreases velocity of Acanthamoeba castellanii. Experimental Parasitology, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.exppara.2017.07.013⟩. ⟨hal-01651847⟩
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks. Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology, Mary Ann Liebert 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩. ⟨hal-01552190⟩
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Cezary Zieliński, Maciej Stefańczyk, Tomasz Kornuta, Maksym Figat, Wojciech Dudek, et al.. Variable structure robot control systems: The RAPP approach. Robotics and Autonomous Systems, Elsevier, 2017, 94, pp.18. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0921889016306248⟩. ⟨10.1016/j.robot.2017.05.002⟩. ⟨hal-01550448⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01550448/file/rapp-robotics-and-autonomous-systems.pdf BibTex
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Winka Le Clec'H, Jessica Dittmer, Maryline Raimond, Didier Bouchon, Mathieu Sicard. Phenotypic shift in Wolbachia virulence towards its native host across serial horizontal passages.. Biology Letters, Royal Society, The, 2017, 284 (1859). ⟨hal-01586941⟩
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A. Miglio, C. Chiappini, B. Mosser, G. R. Davies, K. Freeman, et al.. PLATO as it is: a legacy mission for Galactic archaeology. Astronomical Notes / Astronomische Nachrichten, Wiley-VCH Verlag, 2017, 338 (6), pp.644-661. ⟨10.1002/asna.201713385⟩. ⟨hal-01541393⟩
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https://arxiv.org/pdf/1706.3778 BibTex
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Sylvine Durand, Aurélie Cohas, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech. Paternity success depends on male genetic characteristics in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. Behavioral Ecology and Sociobiology, Springer Verlag, 2017, 71 (6), ⟨10.1007/s00265-017-2317-1⟩. ⟨hal-01695688⟩
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Anne Mercier, Kevin Gravouil, Willy Aucher, Sandra Brosset-Vincent, Linette Kadri, et al.. Fate of Eight Different Polymers under Uncontrolled Composting Conditions: Relationships Between Deterioration, Biofilm Formation, and the Material Surface Properties.. Environmental Science & Technology, American Chemical Society, 2017, 51 (4), pp.1988-1997. ⟨hal-01494437⟩
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Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, et al.. Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩. ⟨hal-01449100⟩
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Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel. caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩. ⟨hal-01426880⟩
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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs. BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩. ⟨hal-01494107⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01494107/file/Gondret_et_al-2017-BMC_Genomics_%7BF0E95270-5F39-418D-A2C8-2BDF35110611%7D.pdf BibTex
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Vincent Delafont, Ascel Samba-Louaka, Emmanuelle Cambau, Didier Bouchon, Laurent Moulin, et al.. Mycobacterium llatzerense, a waterborne Mycobacterium, that resists phagocytosis by Acanthamoeba castellanii. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, ⟨10.1038/srep46270⟩. ⟨hal-01504796⟩
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Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, María Paz Cortés, et al.. Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks. PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩. ⟨hal-01635688⟩
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Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel. A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes. PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩. ⟨hal-01575579⟩
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Communication dans un congrès

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David Bitonneau, Théo Moulières-Seban, Julie Dumora, Olivier Ly, Jean-François Thibault, et al.. Design of an Industrial Human-Robot System Through Participative Simulations – Tank Cleaning Case Study. IEEE/SICE International Symposium on System Integration, Dec 2017, Taïwan, China. ⟨hal-01667727⟩
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Jean Coquet, Nathalie Théret, Vincent Legagneux, Olivier Dameron. Identifying Functional Families of Trajectories in Biological Pathways by Soft Clustering: Application to TGF-β Signaling. CMSB 2017 - 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, France. pp.17. ⟨hal-01559249⟩
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Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, et al.. Toward a better understanding of the plant microbiota. 4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France. ⟨hal-01576743⟩
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Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, et al.. Toward the study of metabolic functions in algal holobionts. 4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France. ⟨hal-01576484⟩
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Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, et al.. Inductive learning from state transitions over continuous domains. ILP 2017 - 27th International Conference on Inductive Logic Programming, Sep 2017, Orléans, France. pp.124-139, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩. ⟨hal-01888952⟩
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David Bitonneau, Théo Moulieres-Seban, Julie Dumora, Olivier Ly, Jean-François Thibault, et al.. Human-centered Design of an Interactive Industrial Robot System Through Participative Simulations: Application to a Pyrotechnic Tank Cleaning Workstation. 26th IEEE International Symposium on Robot and Human Interactive Communication, IEEE, Aug 2017, Lisbon, Portugal. ⟨hal-01672742⟩
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Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, et al.. AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies. JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1. ⟨hal-01577425⟩
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Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko. Hybrid Metabolic Network Completion. 14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321. ⟨hal-01557347⟩
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Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau. Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics . Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. ⟨hal-01576870⟩
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Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas. FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression. International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩. ⟨hal-01558302⟩
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Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, et al.. Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid. 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States. ⟨hal-01566438⟩
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Philippe Finet, Bernard Gibaud, Olivier Dameron, Régine Le Bouquin Jeannes. Interoperable infrastructure and implementation of a health data model for remote monitoring of chronic diseases with comorbidities. Journées d'Etude sur la TéléSANté, 6ème edition, Pôle Capteurs, Université d'Orléans, May 2017, Bourges, France. ⟨hal-01565009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01565009/file/JETSAN2017PhFINET.doc https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01565009/file/JETSAN2017PhFINET.pdf BibTex
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Théo Moulières-Seban, David Bitonneau, Jean-François Thibault, Jean-Marc Salotti, Bernard Claverie. Simulation for designing industrial cobotic systems. 30th International Seminar on Ergonomics, May 2017, Tarmow, Poland. ⟨10.21008/j.0239-9415.2016.072.01⟩. ⟨hal-01670161⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse. L'écologie des systèmes. Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8. ⟨hal-01575603⟩
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

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Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron. A Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets. Annette ten Teije; Christian Popow; John H. Holmes; Lucia Sacchi. Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Jun 2017, Vienna, Austria. , 10259, Springer, pp.278-282, 2017, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-59758-4. ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_32⟩. ⟨https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-59758-4⟩. ⟨hal-01558123⟩
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Mémoire d'étudiant

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Manon Ruffini. Better scoring schemes for the recognition of functional proteins by protomata. Quantitative Methods [q-bio.QM]. 2017. ⟨hal-01557941⟩
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Poster

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Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron. Mesures de similarité entre trajectoires de soins issues de bases de données médico-administratives. 8 èmes rencontres scientifiques du réseau doctoral en santé publique, Mar 2017, Rennes, France. pp.1. ⟨hal-01915618⟩
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Thèse

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Jean Coquet. Étude exhaustive de voies de signalisation de grande taille par clustering des trajectoires et caractérisation par analyse sémantique. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩. ⟨tel-01670730v2⟩
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Cédric Mallien. Étude de la diversité neutre et adaptative chez l'anémone de mer symbiotique Anemonia viridis : apport de techniques de type Next-Generation Sequencing dans les questions de délimitation d’espèces et d’adaptation locale. Ecologie, Environnement. Université Côte d'Azur, 2017. Français. ⟨NNT : 2017AZUR4111⟩. ⟨tel-01852571⟩
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Victorien Delannée. Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques : application aux xénobiotiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S058⟩. ⟨tel-01659375v2⟩
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Julie Laniau. Structure de réseaux biologiques : rôle des nœuds internes vis-à-vis de la production de composés. Recherche opérationnelle [cs.RO]. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, 2017. Français. ⟨tel-01656474⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée. Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results. 2017. ⟨hal-01564093⟩
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Aymeric Antoine-Lorquin, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, et al.. First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines. 2017. ⟨hal-01558001⟩
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2016

Article dans une revue

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Marguerite Benony, Marianne Cardon, Arnaud Ferré, Jean Coquet, Nathan Foulquier, et al.. The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation. Human Computation - A Transdisciplinary Journal, Human Computation Institute, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩. ⟨hal-01672595⟩
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BibTex
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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location. BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩. ⟨hal-01286555⟩
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S. Roberty, P. Furla, J. -C. Plumier. Differential antioxidant response between two Symbiodinium species from contrasting environments. Plant, Cell and Environment, Wiley, 2016, 39 (12), pp.2713-2724. ⟨10.1111/pce.12825⟩. ⟨hal-01546161⟩
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BibTex
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Patricia Ventura, Michael D. Jarrold, Pierre-Laurent Merle, Stephanie Barnay-Verdier, Thamilla Zamoum, et al.. Resilience to ocean acidification: decreased carbonic anhydrase activity in sea anemones under high pCO(2) conditions. Marine Ecology Progress Series, Inter Research, 2016, 559, pp.257-263. ⟨10.3354/meps11916⟩. ⟨hal-01546163⟩
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Ludmila Sromek, Didier Forcioli, Rafal Lasota, Paola Furla, Katarzyna Tarnowska-Marini, et al.. Strong genetic structuring of the cockle Cerastoderma glaucum across Europe: new insights from an intronic marker and multivariate analysis. Journal of Molluscan Studies, Oxford University Press (OUP), 2016, 82 (4), pp.515--524. ⟨10.1093/mollus/eyw019⟩. ⟨hal-01444646⟩
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Laurent Moulin, Vincent Delafont, Didier Bouchon, Yann Héchard. Environmental factors shaping cultured free-living amoebae and their associated bacterial community within drinking water network. Water Research, IWA Publishing, 2016, 100, pp.382 - 392. ⟨10.1016/j.watres.2016.05.044⟩. ⟨hal-01845234⟩
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Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, et al.. Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors. BioSystems, Elsevier, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩. ⟨hal-01379033⟩
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Marie-Amandine Laurent, Dominique Bonnier, Nathalie Théret, Pierre Tufféry, Gautier Moroy. In silico characterization of the interaction between LSKL peptide, a LAP-TGF-beta derived peptide, and ADAMTS1.. Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2016, 61, pp.155-161. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2016.01.012⟩. ⟨hal-01401685⟩
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Damien Costa, Marion Girardot, Joanne Bertaux, Julien Verdon, Christine Imbert. Efficacy of dental unit waterlines disinfectants on a polymicrobial biofilm.. Water Research, IWA Publishing, 2016, 91, pp.38-44. ⟨hal-01427787⟩
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Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes. Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context. Healthcare Technology Letters, The Institution of Engineering and Technology, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩. ⟨hal-01301007⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01301007/file/Manuscript%20Finet%20hal.pdf BibTex
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Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, et al.. Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨hal-01260866⟩
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Johana Revel, Lionel Massi, Mohamed Mehiri, Marc Boutoute, Patrick Mayzaud, et al.. Differential distribution of lipids in epidermis, gastrodermis and hosted Symbiodinium in the sea anemone Anemonia viridis. Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology, Elsevier, 2016, 191, pp.140-151. ⟨10.1016/j.cbpa.2015.10.017⟩. ⟨hal-01546160⟩
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Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Luc Abate, Sandrine E. Nsango, Albert N. Bayibeki, et al.. Dynamics of Bacterial Community Composition in the Malaria Mosquito's Epithelia. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 6, pp.1500. ⟨10.3389/fmicb.2015.01500⟩. ⟨hal-01546162⟩
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Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal Van Hille, Olivier Dameron, et al.. Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts. Studies in Health Technology and Informatics, IOS Press, 2016, 221, pp.59--63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩. ⟨hal-01319949⟩
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Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski. Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming. BioSystems, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩. ⟨hal-01354075⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01354075/file/preprint.pdf BibTex
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Alexis Pey, Thamilla Zamoum, Richard Christen, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla. Characterization of glutathione peroxidase diversity in the symbiotic sea anemone Anemonia viridis. Biochimie, Elsevier, 2016, 132, pp.94 - 101. ⟨10.1016/j.biochi.2016.10.016⟩. ⟨hal-01404424⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01404424/file/Pey_Characterization_of.pdf BibTex
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Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, et al.. TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment. Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩. ⟨hal-01282442⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01282442/file/TGF%CE%B2%20Signaling%20Intersects%20with%20CD103-boutet2016-final.pdf BibTex
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Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, et al.. Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization. Molecular Reproduction and Development, Wiley, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩. ⟨hal-01390047⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01390047/file/Picard_2016_Model_of_the.pdf BibTex
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Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi. VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩. ⟨hal-01242251⟩
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Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet-Simon, Jacob Van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, et al.. Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal. INRA Productions Animales, INRA Editions, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨hal-01391135⟩
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Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. A combinatorial approach to products of Pisot substitutions. Ergodic Theory and Dynamical Systems, Cambridge University Press (CUP), 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩. ⟨hal-01196326⟩
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https://arxiv.org/pdf/1401.0704v2 BibTex
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Vincent Dani, Fabrice Priouzeau, Sophie Pagnotta, Diane Carette, Jean-Pierre Laugier, et al.. Thermal and menthol stress induce different cellular events during sea anemone bleaching. Symbiosis, Springer Verlag, 2016, 69 (3), pp.175 - 192. ⟨10.1007/s13199-016-0406-y⟩. ⟨hal-01546908⟩
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Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal Van Hille, Olivier Dameron, et al.. Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation. EP-Europace, Oxford University Press (OUP): Policy B, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩. ⟨hal-01331019⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01331019/file/Personalized%20and%20automated%20remote%20monitoring-accepted.pdf BibTex
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Dominik Forster, Micah Dunthorn, Fréderic Mahé, John R. Dolan, Stéphane Audic, et al.. Benthic protists: the under-charted majority. FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2016, 92 (8), pp.fiw120. ⟨10.1093/femsec/fiw120⟩. ⟨hal-01383722⟩
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Communication dans un congrès

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Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, et al.. PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases. International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France. ⟨hal-01380939⟩
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Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek. How to measure the topological quality of protein grammars?. ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands. ⟨hal-01406331⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01406331/file/icgi16_abs_rev.pdf BibTex
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François Coste, Mikail Demirdelen. A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data. ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands. ⟨hal-01406337⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01406337/file/demirdelen.pdf BibTex
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Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, et al.. BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction. XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States. ⟨hal-01391080⟩
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Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron. Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI). Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France. ⟨hal-01389688⟩
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Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée. Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results. RCAM'16 "Recent Computational Advances in Metagenomics", Sep 2016, The Hague, Netherlands. ⟨hal-01576304⟩
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Francois Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin. An application suite based on the IFB Container as a Service platform. ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands. ⟨hal-01394295⟩
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Théo Moulières-Seban, David Bitonneau, Jean-Marc Salotti, Jean-François Thibault, Bernard Claverie. Human Factors Issues for the Design of a Cobotic System. AHFE 2016 International Conference on Human Factors in Robots and Unmanned Systems, Jul 2016, Orlando, Floride, United States. ⟨10.1007/978-3-319-41959-6_31⟩. ⟨hal-01670381⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01670381/file/AHFE%202016_Cobotic%20System.pdf BibTex
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Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou. Packing graphs with ASP for landscape simulation. IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8. ⟨hal-01327368⟩
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Marie Chevallier, Meziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, et al.. Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox. Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-01377844⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01377844/file/soumission_Jobim_106437.pdf BibTex
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Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée. Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France. ⟨hal-01343121⟩
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Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique. Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩. ⟨hal-01297389⟩
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Anne Siegel. A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks. . European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France. ⟨hal-01399456⟩
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Chapitre d'ouvrage

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François Coste. Learning the Language of Biological Sequences. Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩. ⟨http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-662-48395-4_8⟩. ⟨hal-01244770v4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01244770/file/learning_language_of_biological_sequences.pdf BibTex
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Pilar Casado-Amezúa, Alejandro Terrón-Sigler, Jorge H. Pinzón, Paola Furla, Didier Forcioli, et al.. General Ecological Aspects of Anthozoan-Symbiodinium Interactions in the Mediterranean Sea. The Cnidaria, Past, Present and Future, Springer, pp.375-386, 2016, 978-3-319-31303-0. ⟨10.1007/978-3-319-31305-4_24⟩. ⟨hal-01546929⟩
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HDR

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Olivier Dameron. Ontology-based methods for analyzing life science data. Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016. ⟨tel-01403371⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01403371/file/Dameron_Olivier_HDR_manuscript.pdf BibTex

Mémoire d'étudiant

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Sun Rémy. Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques. Apprentissage [cs.LG]. 2016. ⟨hal-01406368⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01406368/file/ENS_Rennes_DIT_Internship_L3_2016_paper_2.pdf BibTex
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Mikaïl Demirdelen. Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages. Machine Learning [cs.LG]. 2016. ⟨hal-01406352⟩
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Poster

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Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, et al.. Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family. Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia. ⟨http://brassica2016.com/⟩. ⟨hal-01391707⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01391707/file/evrard2016brassica_poster.pdf BibTex
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Fabien Cousin, S. Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, C. Brenner, E. Jouan, et al.. The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer. 4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria , Sep 2016, Cork, Ireland. 2016. ⟨hal-01372131⟩
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Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, et al.. Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-01391087⟩
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Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, et al.. The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer. International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics - IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary. 2016. ⟨hal-01286497⟩
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Thèse

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Aymeric Antoine-Lorquin. De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩. ⟨tel-01416734v2⟩
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2015

Article dans une revue

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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, et al.. Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP. Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩. ⟨hal-01058610⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01058610/file/paper.pdf BibTex
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Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, et al.. Designing experiments to discriminate families of logic models. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩. ⟨hal-01196178⟩
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Roser Busca, Richard Christen, Matthew Lovern, Alexander M. Clifford, Jia-Xing Yue, et al.. ERK1 and ERK2 present functional redundancy in tetrapods despite higher evolution rate of ERK1. BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2015, 15, pp.179. ⟨10.1186/s12862-015-0450-x⟩. ⟨hal-01546165⟩
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Illich Manfred Mombo, Nicolas Berthet, Alexander Lukashev, Tobias Bleicker, Sebastian Brünink, et al.. First Detection of an Enterovirus C99 in a Captive Chimpanzee with Acute Flaccid Paralysis, from the Tchimpounga Chimpanzee Rehabilitation Center, Republic of Congo. PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136700. ⟨10.1371/journal.pone.0136700⟩. ⟨hal-02074621⟩
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Clovis Galiez, François Coste. Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩. ⟨hal-01214482⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y.pdf https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y-s1.pdf https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y-s2.pdf BibTex
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Marco A. Villanueva, Stephanie Barnay-Verdier, Fabrice Priouzeau, Paola Furla. Chloroplast and oxygen evolution changes in Symbiodinium sp as a response to latrunculin and butanedione monoxime treatments under various light conditions. Photosynthesis Research, Springer Verlag, 2015, 124 (3), pp.305-313. ⟨10.1007/s11120-015-0142-9⟩. ⟨hal-01546164⟩
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N. Richman,, M. Bohm, S. Adams,, F. Alvarez,, E. Bergey,, et al.. Multiple drivers of decline in the global status of freshwater crayfish (Decapoda: Astacidea). Archives belges de dermatologie et de syphiligraphie, 2015, 370 (1662), pp.20140060. ⟨hal-01122635⟩
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Philippe Bordron, Mauricio Latorre, María Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, et al.. Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach. MicrobiologyOpen, Wiley, 2015, 5 (1), pp.106-117. ⟨http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mbo3.315/full⟩. ⟨10.1002/mbo3.315⟩. ⟨hal-01246173⟩
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Clémence Loiseau, Margot Schlusselhuber, Renaud Bigot, Joanne Bertaux, Jean-Marc Berjeaud, et al.. Surfactin from Bacillus subtilis displays an unexpected anti-Legionella activity.. Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2015, 99 (12), pp.5083-93. ⟨hal-01427421⟩
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Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron. Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI. PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩. ⟨hal-01184934⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01184934/file/bettembourg2015threshold_figs_201507.pdf BibTex
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Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, et al.. Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩. ⟨hal-01225228⟩
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩. ⟨hal-01196533⟩
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T. Loureiro,, P. Anastacio,, S. Bueno,, P.B. Araujo, C. Souty-Grosset, et al.. Distribution, introduction pathway, and invasion risk analysis of the North American crayfish (Decapoda: Cambaridae) in southeast Brazil. Journal of Crustacean Biology, Brill Academic Publishers, 2015, 35 (1), pp.88-96. ⟨hal-01122631⟩
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C. Kopp, M. Wisztorski, J. Revel, M. Mehiri, V. Dani, et al.. MALDI-MS and NanoSIMS imaging techniques to study cnidarian?dinoflagellate symbioses. Zoology, Elsevier, 2015, 118 (2), pp.125 - 131. ⟨10.1016/j.zool.2014.06.006⟩. ⟨hal-01546914⟩
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Communication dans un congrès

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Laurent Miclet, Jacques Nicolas. From formal concepts to analogical complexes. CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12. ⟨hal-01198943⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01198943/file/CLA2015.pdf BibTex
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Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski. Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data. CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩. ⟨hal-01164751⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01164751/file/report.pdf BibTex
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Clovis Galiez, François Coste. Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments. 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France. ⟨hal-01214506⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01214506/file/3DSIG2015_GaliezCoste.pdf BibTex
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Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée. Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR. JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-01197050⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01197050/file/JOBIM2015_Rsat_LXRE_FINALE.pdf BibTex
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Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai. AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique. IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Jun 2015, Rennes, France. pp.7. ⟨hal-01184903⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01184903/file/bettembourg2015inovive.pdf BibTex
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Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. Une infrastructure générique basée sur les apports du Web Sémantique pour l’analyse des bases médico-administratives. Plate-forme Intelligence Artificielle 2015, conférence Ingénierie des Connaissances, Jun 2015, Rennes, France. ⟨hal-01678828⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01678828/file/Le%20Web%20S%C3%A9mantique%20pour%20les%20donn%C3%A9es%20de%20sant%C3%A9.pdf BibTex
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Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel. Data integration: How unraveling the various data obtained in different tissues and possibly in different experiments on RFI lines in a comprehensive manner ?. Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives. ⟨hal-01210940⟩
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Timo Jolivet, Anne Siegel. Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution. MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩. ⟨hal-01196152⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01196152/file/report.pdf https://hal.inria.fr/hal-01196152/file/MCUSiegelJolivet.pdf BibTex
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks. IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina. ⟨hal-01196598⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01196598/file/ijcai15_picard_et_al.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

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Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel. Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes. David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩. ⟨hal-01228488⟩
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Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor. Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming. S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization. ⟨hal-01196714⟩
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S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-Y Lee, A Siegel. On the Pisot Substitution Conjecture. Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩. ⟨hal-01196318⟩
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Mémoire d'étudiant

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Maud Jusot. Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales : Etude de l’ARN-polymérase ARN-dépendante et des protéines de capside. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015. ⟨hal-01246372⟩
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Poster

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Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret. Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways. JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015. ⟨hal-01242893⟩
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Mélanie Petera, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay Franco, et al.. Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. JOBIM 2015 (16. édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015. ⟨hal-01214152v1⟩
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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, et al.. Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility. ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. 2015. ⟨hal-01210925⟩
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Thèse

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Vincent Picard. Réseaux de réactions : de l’analyse probabiliste à la réfutation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩. ⟨tel-01246180v2⟩
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Clovis Galiez. Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩. ⟨tel-01328182⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard. Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network. 2015. ⟨hal-01244179⟩
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2014

Article dans une revue

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Geoffrey Gimonneau, Majoline T. Tchioffo, Luc Abate, Anne Boissiere, Parfait H. Awono-Ambene, et al.. Composition of Anopheles coluzzii and Anopheles gambiae microbiota from larval to adult stages. Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2014, 28, pp.715-724. ⟨10.1016/j.meegid.2014.09.029⟩. ⟨hal-01546167⟩
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Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis de Corny, et al.. The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.. Plant Journal, Wiley, 2014, 80 (2), pp.367-381. ⟨10.1111/tpj.12627⟩. ⟨hal-01057153⟩
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Vincent Dani, Philippe Ganot, Fabrice Priouzeau, Paola Furla, Cecile Sabourault. Are Niemann-Pick type C proteins key players in cnidarian-dinoflagellate endosymbioses?. Molecular Ecology, Wiley, 2014, 23 (18), pp.4527-4540. ⟨10.1111/mec.12876⟩. ⟨hal-01546166⟩
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Olivier Dameron, Gregory Farrant. La bioinformatique avec Biopython. GNU/Linux Magazine France, Diamond Editions, 2014, pp.13. ⟨hal-01095475⟩
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Nicolas Bech, Stéphanie Manel, Elisabeth Bro, Claude Novoa, Benjamin-Marc Bijaoui-Georget, et al.. Genetic connectivity of the grey partridge in central northern France in a highly man dominated landscape. Conservation Genetics, Springer Verlag, 2014, http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10592-014-0594-z#. ⟨10.1007/s10592-014-0594-z⟩. ⟨halsde-01007696⟩
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Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), EDP Sciences, 2014, 48 (3), pp.249-266. ⟨10.1051/ita/2014008⟩. ⟨hal-01079727⟩
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Jacques Nicolas, Catherine Belleannée, François Coste. Le langage des molécules du vivant. Bibliothèque Tangente, Editions Pôle Paris, 2014, pp.8. ⟨hal-01100051⟩
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Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. An integrative modeling framework reveals plasticity of TGF-β signaling.. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.30. ⟨10.1186/1752-0509-8-30⟩. ⟨inserm-00978313⟩
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Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap Van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩. ⟨hal-00947219⟩
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap Van Milgen, Anne Siegel. Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2014, 8 (1), pp.32. ⟨10.1186/1752-0509-8-32⟩. ⟨hal-00980499⟩
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Jiří Svoboda, David A. Strand, Trude Vrålstad, F. Grandjean, Lennart Edsman, et al.. The crayfish plague pathogen can infect freshwater-inhabiting crabs. Freshwater Biology, Wiley, 2014, pp.12315. ⟨10.1111/fwb.12315⟩. ⟨hal-00955978⟩
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Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, et al.. Genome and metabolic network of "Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi" Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae. Frontiers in Genetics, Frontiers, 2014, 5, pp.241. ⟨10.3389/fgene.2014.00241⟩. ⟨hal-01079739⟩
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Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, et al.. Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive. Frontiers in Genetics, Frontiers, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117 ⟩. ⟨hal-01079758⟩
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Sophie Beltran-Bech, Freddie-Jeanne Richard. Impact of infection on mate choice. Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2014, 90, pp.159-170. ⟨10.1016/j.anbehav.2014.01.026⟩. ⟨hal-00956254⟩
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Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron. Semantic particularity measure for functional characterization of gene sets using gene ontology. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (1), pp.e86525. ⟨10.1371/journal.pone.0086525⟩. ⟨hal-00941850⟩
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Frederic Herault, Annie Vincent, Olivier Dameron, Pascale Le Roy, Pierre Cherel, et al.. The longissimus and semimembranosus muscles display marked differences in their gene expression profiles in pig.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (5), pp.e96491. ⟨10.1371/journal.pone.0096491⟩. ⟨hal-00989635⟩
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Benoit Jaillard, Alain Rapaport, Jérôme Harmand, Alain Brauman, Naoise Nunan. Community assembly effects shape the biodiversity ecosystem functioning relationships. Functional Ecology, Wiley, 2014, 28 (6), pp.1523-1533. ⟨10.1111/1365-2435.12267⟩. ⟨hal-00937779⟩
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Pierre-Yves Le Bail, J. Bugeon, Olivier Dameron, A. Fatet, W. Golik, et al.. A controlled vocabulary for livestock phenotyping: the ATOL ontology. Productions animales, Institut National de la Recherche Agronomique, 2014, 27 (3), pp.195-207. ⟨hal-01562167⟩
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Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Wiktoria Golik, et al.. Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL. Productions animales, Institut National de la Recherche Agronomique, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨hal-01129862⟩
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M. Dupeyron, Sébastien Leclercq, Didier Bouchon, Nicolas Cerveau, Clément Gilbert. Horizontal transfer of transposons between and within crustaceans and insects. Mobile DNA, BioMed Central, 2014, 5 (1), pp.4. ⟨10.1186/1759-8753-5-4⟩. ⟨hal-00955962⟩
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Communication dans un congrès

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Anthony Bretaudeau, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Olivier Collin. Automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ.. Galaxy Day 2014, Institut Français de Bioinformatique, Dec 2014, Paris, France. ⟨hal-01102421⟩
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Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo. COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets. IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom. ⟨hal-01080050⟩
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François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas. A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples. ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49--63. ⟨hal-01080249⟩
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Hugo Bazille, Jacques Nicolas. Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem. 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France. ⟨hal-01063030⟩
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Martine Boccara, Mathilde Carpentier, Jacques Chomilier, François Coste, Clovis Galiez, et al.. Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information. ECCB'14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France. ⟨hal-01090987⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01090987/file/VAG_ECCB14.pdf BibTex
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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Santiago Videla, Torsten Schaub. Improving robustness in the study of logical model of signalling networks with answer set programming. ECCB 2014 - Workshop on Logical Modelling and Analysis of Cellular Networks, Sep 2014, Strasbourg, France. ⟨hal-01095607⟩
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Laurent Miclet, Nelly Barbot, Henri Prade. From analogical proportions in lattices to proportional analogies in formal concepts. ECAI - 21th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2014, Prague, Czech Republic. ⟨hal-01000314⟩
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Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling. PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩. ⟨hal-01059506⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01059506/file/PRIB_logol2014_FINAL_LNCS-color.pdf BibTex
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Francois Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin. Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment. Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States. ⟨hal-01093058⟩
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Anne Siegel. Using ASP to integrate large-scale heterogeneous information about the response of a biological system. 5th Workshop on Logic and Systems Biology (associated with CSL/LICS 2014), Jul 2014, VIenna, Austria. ⟨hal-01095609⟩
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Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, et al.. Long non-­‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos. Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States. ⟨hal-01091304⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01091304/file/abstract_ArthropodGenomics_final.pdf https://hal.inria.fr/hal-01091304/file/lncRNA_AG14.pdf BibTex
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François Coste, Gaëlle Garet, Agnès Groisillier, Jacques Nicolas, Thierry Tonon. Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis. ICFCA - 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania. ⟨hal-01063727⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01063727/file/main.pdf BibTex
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Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel. Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach. 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩. ⟨hal-00926477⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00926477/file/complex.pdf BibTex
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Valentin Wucher, Jacques Nicolas, Fabrice Legeai, Hervé Seitz, Denis Tagu. Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid. . 7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-01566284⟩
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications. SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany. ⟨hal-01079768⟩
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Chapitre d'ouvrage

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François Coste, Claire Nédellec, Thomas Schiex, Jean-Philippe Vert. Bioinformatique. Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 2014. ⟨hal-00857379⟩
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BibTex
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Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas. Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network. Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, 978-3-662-44982-0. ⟨hal-01093337⟩
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BibTex
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Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla. Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, ⟨10.1002/9781119005223.ch2⟩. ⟨hal-01079762⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01079762/file/SchaubSiegelVidela.pdf BibTex
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Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy. Analogical Proportions in a Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subwords in a Finite Language. Prade, Henri and Richard, Gilles. Computational Approaches to Analogical Reasoning: Current Trends, Studies in Computational Intelligence, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp.245-260, 2014, 978-3-642-54515-3. ⟨10.1007/978-3-642-54516-0_10⟩. ⟨hal-00974656⟩
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BibTex

Mémoire d'étudiant

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Léa Fléchon, Stéphanie Mottier, Aymeric Antoine-Lorquin, Catherine Belleannée. Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014. ⟨hal-01150890⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01150890/file/Rapport_final_13_06_14_LeaFlechon.pdf BibTex
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Hugo Bazille. Protein design: a NP-hard problem in bioinformatics. Computer Science [cs]. 2014. ⟨dumas-01088787⟩
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Poster

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Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino. Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry. Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014. ⟨hal-01093072⟩
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BibTex
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Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, et al.. e-Science in France, a Life science Western story. Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States. ⟨hal-01102432⟩
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Thèse

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Gaëlle Garet. Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S082⟩. ⟨tel-01096916v2⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01096916/file/These_Gaelle_Garet.pdf BibTex
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Sylvain Prigent. Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S077⟩. ⟨tel-01093287⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01093287/file/Prigent_Sylvain.pdf https://hal.inria.fr/tel-01093287/file/presentation_Sylvain_Prigent.pdf BibTex
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Valentin Wucher. Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois. Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S076⟩. ⟨tel-01135870⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01135870/file/WUCHER_Valentin.pdf BibTex
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Santiago Videla. Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2014. English. ⟨NNT : 2014REN1S035⟩. ⟨tel-01070436⟩
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2013

Article dans une revue

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Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Thomas S. Churcher, Luc Abate, Geoffrey Gimonneau, et al.. Modulation of Malaria Infection in Anopheles gambiae Mosquitoes Exposed to Natural Midgut Bacteria. PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e81663. ⟨10.1371/journal.pone.0081663⟩. ⟨hal-01546172⟩
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Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard. Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms. Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2013, ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩. ⟨hal-00880072⟩
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Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, et al.. Anemonia viridis primary cell culture: a new tool for cnidarian studies. Cytotechnology, Springer Verlag, 2013, 65 (5), pp.686. ⟨hal-01546171⟩
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Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, et al.. Establishment of primary cell culture from the temperate symbiotic cnidarian, Anemonia viridis. Cytotechnology, Springer Verlag, 2013, 65 (5), pp.697-704. ⟨10.1007/s10616-013-9566-2⟩. ⟨hal-01546173⟩
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Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla. Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP. Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. ⟨10.1017/S1471068413000422⟩. ⟨hal-00853747⟩
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Nicolas Theodorakopoulos, Dipankar Bachar, Richard Christen, Karine Alain, Virginie Chapon. Exploration of Deinococcus-Thermus molecular diversity by novel group-specific PCR primers. MicrobiologyOpen, Wiley, 2013, 2 (5), pp.862-872. ⟨http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mbo3.119/abstract⟩. ⟨10.1002/mbo3.119⟩. ⟨hal-01560945⟩
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Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, et al.. Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2013, 29 (18), pp.2320-2326. ⟨10.1093/bioinformatics/btt393⟩. ⟨hal-00853704⟩
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Alexis Pey, Jerome Cataneo, Didier Forcioli, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla. Thermal threshold and sensitivity of the only symbiotic Mediterranean gorgonian Eunicella singularis by morphometric and genotypic analyses. Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2013, 336 (7), pp.331-341. ⟨10.1016/j.crvi.2013.06.008⟩. ⟨hal-01546168⟩
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Leila Ezzat, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla, Alexandre Buttler, Christine Ferrier-Pages. The Response of the Mediterranean Gorgonian Eunicella singularis to Thermal Stress Is Independent of Its Nutritional Regime. PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (5), pp.e64370. ⟨10.1371/journal.pone.0064370⟩. ⟨hal-01546169⟩
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Melanie Messmer, Christophe Klein, Rachel Boniface, Nina F. Gnaedig, Maxime Lecerf, et al.. DsRed-mediated oligomerization stabilizes HMGB1 on chromatin in vivo and on DNA in vitro. Biochimie, Elsevier, 2013, 95 (4), pp.962-966. ⟨10.1016/j.biochi.2012.11.001⟩. ⟨hal-01546170⟩
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Clément Gilbert, Richard Cordaux. Horizontal transfer and evolution of prokaryote transposable elements in eukaryotes.. Genome Biol Evol, Oxford University Press, 2013, 5 (5), pp.822-832. ⟨10.1093/gbe/evt057⟩. ⟨hal-00821107⟩
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J. Reynolds, Catherine Souty-Grosset, A. Richardson. Ecological Roles of Crayfish in Freshwater and Terrestrial Habitats. Freshwater Crayfish, 2013, 9 (2), pp.197-218. ⟨hal-00955983⟩
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F. Gherardi, A. Coignet, C. Souty-Grosset, D. Spigoli, L. Aquiloni. Climate warming and the agonistic behaviour of invasive crayfishes in Europe. Freshwater Biology, Wiley, 2013, 58 (9), pp.1958-1967. ⟨10.1111/fwb.12183⟩. ⟨hal-00872688⟩
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Adnane Bargaz, Mohamed Lazali, Laurie Amenc, Josiane Abadie, Cherki Ghoulam, et al.. Differential expression of trehalose 6-P phosphatase and ascorbate peroxidase transcripts in nodule cortex of Phaseolus vulgaris and regulation of nodule O-2 permeability. Planta, Springer Verlag, 2013, 238 (1), pp.107 - 119. ⟨10.1007/s00425-013-1877-1⟩. ⟨hal-01268070⟩
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Keith Bradnam, Joseph Fass, Anton Alexandrov, Paul Baranay, Michael Bechner, et al.. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. GigaScience, BioMed Central, 2013, 2 (1), pp.10. ⟨http://www.gigasciencejournal.com/content/2/1/10⟩. ⟨10.1186/2047-217X-2-10 ⟩. ⟨hal-00868822⟩
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Olivier Dameron, Charles Bettembourg, Nolwenn Le Meur. Measuring the evolution of ontology complexity: the gene ontology case study. PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (10), pp.e75993. ⟨10.1371/journal.pone.0075993⟩. ⟨hal-00877378⟩
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Pierre-François Pluchon, Thomas Fouqueau, Christophe Crezé, Sébastien Laurent, Julien Briffotaux, et al.. An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs. PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩. ⟨hal-00911795⟩
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Adnane Bargaz, Mustapha Faghire, Mohamed Farissi, Jean-Jacques Drevon, Cherki Ghoulam. Oxidative stress in the root nodules of Phaseolus vulgaris is induced under conditions of phosphorus deficiency. Acta Physiologiae Plantarum, Springer Verlag, 2013, 35 (5), pp.1633 - 1644. ⟨10.1007/s11738-012-1206-5⟩. ⟨hal-01268115⟩
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Laure Mondani, Laurie Piette, Richard Christen, Dipankar Bachar, Catherine Berthomieu, et al.. Microbacterium lemovicicum sp. nov., a bacterium isolated from a natural uranium-rich soil.. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63, pp.2600-2606. ⟨10.1099/ijs.0.048454-0⟩. ⟨hal-01561095⟩
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Julie Ferreira de Carvalho, Julie Poulain, Corinne Da Silva, Patrick Wincker, Sophie Michon-Coudouel, et al.. Transcriptome de novo assembly from next-generation sequencing and comparative analyses in the hexaploid salt marsh species Spartina maritima and Spartina alterniflora (Poaceae). Heredity, Nature Publishing Group, 2013, 110 (2), pp.181-193. ⟨10.1038/hdy.2012.76⟩. ⟨hal-00797941⟩
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Annie Bézier, Faustine Louis, Séverine Jancek, Georges Periquet, Julien Thézé, et al.. Functional endogenous viral elements in the genome of the parasitoid wasp Cotesia congregata: insights into the evolutionary dynamics of bracoviruses. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), Royal Society, The, 2013, 368 (1626), pp.20130047. ⟨10.1098/rstb.2013.0047⟩. ⟨hal-00862670⟩
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Mustapha Faghire, Farissi Mohamed, Khadijattou Taoufiq, Rachid Fghire, Adnane Bargaz, et al.. Genotypic variation of nodules' enzymatic activities in symbiotic nitrogen fixation among common bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes grown under salinity constraint. Symbiosis, Springer Verlag, 2013, 60 (3), pp.115 - 122. ⟨10.1007/s13199-013-0247-x⟩. ⟨hal-01268068⟩
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Tomoo Sawabe, Yoshitoshi Ogura, Yuta Matsumura, Gao Feng, Akm Rohul Amin, et al.. Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov.. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2013, 4, pp.414. ⟨10.3389/fmicb.2013.00414⟩. ⟨hal-01546980⟩
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Communication dans un congrès

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Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade. Analogical proportions and the factorization of information in distributive lattices. 10th International Conference on Concept Lattices and Their Applications (CLA), Oct 2013, La Rochelle, France. ⟨hal-00908005⟩
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Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé. AphidAtlas : avancées récentes. BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France. ⟨hal-00913155⟩
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Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, et al.. Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. ⟨hal-00853752⟩
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Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. Generating discrete planes with substitutions. WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland. ⟨hal-00853758⟩
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Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele. An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. ⟨hal-00853762⟩
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Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl. Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks. 25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩. ⟨hal-00769447v3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00769447/file/main.pdf BibTex
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Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas. Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network. ECDA - European Conference on Data Analysis - 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg. ⟨hal-00924413⟩
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Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, et al.. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment. JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-01102438⟩
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Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade. Proportions analogiques et factorisation de l'information dans les treillis distributifs. Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF), Jun 2013, Aix en Provence, France. ⟨hal-00908020⟩
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Anne Siegel. Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework. PRIB - Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics - 2013, Jun 2013, Nice, France. ⟨hal-00853839⟩
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Alexandre Rollet, Gautier Defossez, Olivier Dameron, Poitou-Charentes Corim, Poitou-Charentes Crisap, et al.. Développement et évaluation d'un algorithme de représentation des parcours de soins de patientes atteintes d'un cancer du sein à partir des données d'un système d'information régional. Proceedings of the conference Évaluation Management Organisation Information Santé (EMOIS2013, Nancy, France), 2013, Nancy, France. ⟨hal-00913172⟩
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Autre publication

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Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Mathieu Sicard. LC3B Labeling on Terrestrial Isopod Adipocytes. 2013. ⟨hal-00836507⟩
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Poster

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Sophie Lemosquet-Simon, O. Abdou Arbi, Jacob Van Milgen, Anne Siegel, J. Bourdon. Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis. Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science. ⟨hal-01210552⟩
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Document associé à des manifestations scientifiques

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Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier. MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer. JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013. ⟨hal-00842027⟩
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Thèse

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Charles Bettembourg. Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨tel-00926498⟩
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Andrés Octavio Aravena Duarte. Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data. Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. English. ⟨NNT : 2013REN1S151⟩. ⟨tel-00988255⟩
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Oumarou Abdou Arbi. Étude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition. Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S119⟩. ⟨tel-01128059⟩
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Geoffroy Andrieux. Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨tel-00926487⟩
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2012

Article dans une revue

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Martin Hartmann, Charles G. Howes, David Vaninsberghe, Hang Yu, Dipankar Bachar, et al.. Significant and persistent impact of timber harvesting on soil microbial communities in Northern coniferous forests. ISME Journal, Nature Publishing Group, 2012, 6 (12), pp.2199-2218. ⟨10.1038/ismej.2012.84⟩. ⟨hal-01546179⟩
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Anthony Bretaudeau, François Coste, Florian Humily, Laurence Garczarek, Gildas Le Corguillé, et al.. CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, pp.6. ⟨10.1093/nar/gks1091⟩. ⟨hal-01094087⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01094087/file/Nucl.%20Acids%20Res.-2013-Bretaudeau-D396-401.pdf BibTex
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Thamilla Zamoum, Paola Furla. Symbiodinium isolation by NaOH treatment. Journal of Experimental Biology, Cambridge University Press, 2012, 215 (22), pp.3875-3880. ⟨10.1242/jeb.074955⟩. ⟨hal-01546180⟩
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Jessica Dittmer, Jérôme Lesobre, Roland Raimond, Martin Zimmer, Didier Bouchon. Influence of changing plant food sources on the gut microbiota of saltmarsh detritivores.. Microbial Ecology, Springer Verlag, 2012, 64 (3), pp.814-825. ⟨10.1007/s00248-012-0056-4⟩. ⟨hal-00708668⟩
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Julien Gardes, Olivier Croce, Richard Christen. In Silico Analyses of Primers Used to Detect the Pathogenicity Genes of Vibrio cholerae. Microbes and environments / JSME, Nakanishi Printing Co, 2012, 27 (3), pp.250-256. ⟨10.1264/jsme2.ME11317⟩. ⟨hal-01546178⟩
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Julien Gardes, Dipankar Bachar, Olivier Croce, Richard Christen. Patho-Genes.org: a website dedicated to gene sequences of potential bioterror bacteria and PCR primers used to amplify them. Microbial Biotechnology, Wiley, 2012, 5 (5, SI), pp.594-598. ⟨10.1111/j.1751-7915.2012.00353.x⟩. ⟨hal-01546181⟩
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Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Aurelien Roult. Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform.. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.175. ⟨10.1186/1471-2105-13-175⟩. ⟨hal-00728279⟩
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Anne Boissiere, Majoline T. Tchioffo, Dipankar Bachar, Luc Abate, Alexandra Marie, et al.. Midgut Microbiota of the Malaria Mosquito Vector Anopheles gambiae and Interactions with Plasmodium falciparum Infection. PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2012, 8 (5), pp.e1002742. ⟨10.1371/journal.ppat.1002742⟩. ⟨hal-01546176⟩
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A. Moya, P. Ganot, P. Furla, C. Sabourault. The transcriptomic response to thermal stress is immediate, transient and potentiated by ultraviolet radiation in the sea anemone Anemonia viridis. Molecular Ecology, Wiley, 2012, 21 (5), pp.1158-1174. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05458.x⟩. ⟨hal-01546174⟩
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Vincent Doublet, Roland Raimond, Frédéric Grandjean, Alexandra Lafitte, Catherine Souty-Grosset, et al.. Widespread atypical mitochondrial DNA structure in isopods (Crustacea, Peracarida) related to a constitutive heteroplasmy in terrestrial species.. Genome, NRC Research Press, 2012, 55 (3), pp.234-44. ⟨10.1139/g2012-008⟩. ⟨hal-00708667⟩
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Nicholas J Bouskill, Damien Eveillard, Diana Chien, Amal Jayakumar, Bess B Ward. Environmental factors determining ammonia-oxidizing organism distribution and diversity in marine environments.. Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2012, 14 (3), pp.714-729. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02623.x⟩. ⟨hal-00661746⟩
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Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez. Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA. Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570866711000517⟩. ⟨10.1016/j.jda.2011.04.006⟩. ⟨inria-00536633⟩
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Frédéric Chevalier, Juline Herbinière-Gaboreau, Delphine Charif, Guillaume Mitta, Frédéric Gavory, et al.. Feminizing Wolbachia: a transcriptomics approach with insights on the immune response genes in Armadillidium vulgare. BMC Microbiology, BioMed Central, 2012, 12 (suppl), pp.S1. ⟨10.1186/1471-2180-12-S1-S1⟩. ⟨halsde-00661197⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/halsde-00661197/file/Chevalier-2012-BMCMicrobiol-Feminizing.pdf BibTex
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Sebastien Terrat, Richard Christen, Samuel Dequiedt, Mélanie Lelievre, Virginie Nowak, et al.. Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure. Microbial Biotechnology, Wiley, 2012, 5 (1), pp.135-141. ⟨10.1111/j.1751-7915.2011.00307.x⟩. ⟨hal-01546177⟩
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Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum. Uniform Distribution Theory, Mathematical Institute of the Slovak Academy of Sciences, 2012, 7 (1), pp.173-197. ⟨http://www.boku.ac.at/MATH/udt/vol07/no1/09BertJolSieg29-11.pdf⟩. ⟨hal-00750209⟩
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Jeremy Lasbleiz, John Morelli, Nicolas Schnel, Anita Burgun, Régis Duvauferrier, et al.. MRI image artifact ontology: A Proposed Method for Improved Recognition.. Studies in Health Technology and Informatics, IOS Press, 2012, 180, pp.103-7. ⟨10.3233/978-1-61499-101-4-103⟩. ⟨inserm-00748002⟩
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A.C. Darby, S.D. Amstrong, G.S. Bah, G. Kaur, M.A. Hughes, et al.. Analysis of gene expression from the Wolbachia genome of a filarial nematode supports both metabolic and defensive roles within the symbiosis. Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, 22 (12), pp.2467-2477. ⟨hal-00771127⟩
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N. Bech, S. Beltran, J. Boissier, Jean-François Allienne, J. Resseguier, et al.. Bird mortality related to collisions with ski-lift cables: do we estimate just the tip of the iceberg?. Animal Biodiversity and Conservation, Museu de Ciències Naturals de Barcelona, 2012, 35 (1), pp.95-98. ⟨hal-00743680⟩
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Geoffroy Andrieux, Laurent Fattet, Michel Le Borgne, Ruth Rimokh, Nathalie Théret. Dynamic regulation of Tgf-B signaling by Tif1γ: a computational approach.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (3), pp.e33761. ⟨10.1371/journal.pone.0033761⟩. ⟨hal-00851483⟩
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Stéphane Mahé, Marie Duhamel, Thomas Le Calvez, Laëtitia Guillot, Ludmila Sarbu, et al.. PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution. PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩. ⟨hal-00756250⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00756250/file/Mahe_al2012Plos-One.pdf BibTex
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H. Khemaissia, M. Touihri, R. Jelassi, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar. A preliminary study of terrestrial is opod diversit y in coastal wetlands of Tunisia. Life and Environment, 2012, 62 (4), pp.203-211. ⟨hal-00814602⟩
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Freddie-Jeanne Richard, Holly Holt, Christina M Grozinger. Effects of immunostimulation on social behavior, chemical communication and genome-wide gene expression in honey bee workers (Apis mellifera). BMC Genomics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.558. ⟨hal-00872884⟩
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Richard Cordaux, Samuel Pichon, Houda Ben Afia Hatira, Vincent Doublet, Pierre Grève, et al.. Widespread Wolbachia infection in terrestrial isopods and other crustaceans.. Zookeys, Pensoft, 2012, pp.123-31. ⟨10.3897/zookeys.176.2284⟩. ⟨hal-00708671⟩
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J.P. Godet, S. Demuynck, C. Waterlot, S. Lemiere, Catherine Souty-Grosset, et al.. Fluctuating asymmetry analysis on Porcellio scaber (Crustacea, Isopoda) populations living under metals-contaminated woody habitats. Ecological Indicators, Elsevier, 2012, 23, pp.130-139. ⟨hal-00743685⟩
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Winka Le Clec'H, Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Jean-Baptiste Ferdy, Didier Bouchon, et al.. High virulence of Wolbachia after host switching: when autophagy hurts.. PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2012, 8 (8), pp.e1002844. ⟨10.1371/journal.ppat.1002844⟩. ⟨hal-00743657⟩
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Sébastien Leclercq, C. Gilbert, Richard Cordaux. Cargo capacity of phages and plasmids and other factors influencing horizontal transfers of prokaryote transposable elements. Mobile Genetic Elements, Taylor & Francis, 2012, 2 (2), pp.115-118. ⟨hal-00743674⟩
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Adnane Bargaz, Cherki Ghoulam, Laurie Amenc, Mohamed Lazali, M. Faghire, et al.. A phosphoenol pyruvate phosphatase transcript is induced in the root nodule cortex of Phaseolus vulgaris under conditions of phosphorus deficiency. Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2012, 63 (13), pp.4723 - 4730. ⟨10.1093/jxb/ers151⟩. ⟨hal-01268309⟩
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Communication dans un congrès

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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, et al.. Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming. CMSB - 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, D. Gilbert and M. Heiner, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.342-361, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_20⟩. ⟨hal-00737112v2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00737112/file/paper.pdf BibTex
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Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin. Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis. journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France. ⟨hal-00766066⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00766066/file/mesogrilles_GenOuest2012_corrections_postacceptation.pdf BibTex
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François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas. Local Substitutability for Sequence Generalization. ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111. ⟨hal-00730553⟩
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Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy. A Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subword in a Finite Language. International Conference on Grammatical Inference, Sep 2012, United States. pp.164-176. ⟨hal-00726166⟩
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Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy. Analogical proportions in a lattice of sets of alignments built on the common subwords in a finite language. 1st International Workshop on Similarity and Analogy-based methods in AI (SAMAI), Aug 2012, Montpellier, France. pp.25-31. ⟨hal-00760722⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00760722/file/SAMAI.pdf BibTex
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Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret. Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition. ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States. ⟨hal-00760189⟩
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Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret. Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France. ⟨hal-00760183⟩
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Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1. JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14. ⟨hal-00726791⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00726791/file/logolPRF_jobim2012.pdf BibTex
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jacob Van Milgen, Anne Siegel. Exploitation à large échelle de bases de données de connaissance sur les réactions et régulations pour trouver des régulateurs clés de groupe de gènes. Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170. ⟨hal-01210385⟩
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Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass. Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network. Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171. ⟨hal-00740722⟩
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Thierry Tonon, P. Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, et al.. Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology. Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France. ⟨hal-00760640⟩
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap Van Milgen, Anne Siegel. Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes. JOBIM 2012, Inria, 2012, Rennes, France. pp.123-132. ⟨hal-00750512⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Jean-Jacques Girardot, Laurence Meire, Eric Bernard. Chapelle-lez-Herlaimont: inteligencia territorial, cohesión social y bien¬estar (Bélgica). Intelligentia Territorial : teoría, métodos e iniciativas en Europa y América Latina, 250-259p, 2012, 978-987-595-158-7. ⟨halshs-01146774⟩
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Jacques Nicolas. To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin. Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩. ⟨hal-00730207⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00730207/file/Chapter4.pdf BibTex
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Julien Gardes, Richard Christen. Design of PCR primers for the detection of waterborne bacteria. DETECTION OF PATHOGENS IN WATER USING MICRO AND NANO-TECHNOLOGY, IWA PUBLISHING, pp.237-254, 2012, 978-1-78040-108-9. ⟨hal-01546175⟩
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

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François Coste, Denis Tagu. Jobim 2012, 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 3-6 Juillet 2012, Rennes. François Coste and Denis Tagu. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, pp.558, 2012, 13 978-2-7261-1301-1. ⟨hal-00740287⟩
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Poster

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Anthony Bretaudeau, Olivier Collin. Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery. JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. ⟨hal-01102439⟩
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Rapport

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Antoine Rocheteau, Catherine Belleannée. Recherche d'éléments structurés dans les génomes par modèles logiques. [Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30. ⟨hal-00684388v2⟩
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Thèse

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Coline Balzergue. Régulation de la symbiose endomycorhizienne par le phosphate. Biologie végétale. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2012. Français. ⟨tel-00796089⟩
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2011

Article dans une revue

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Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, et al.. Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.. OMICS, Mary Ann Liebert, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩. ⟨hal-00661751⟩
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Sébastien Leclercq, Richard Cordaux. Do phages efficiently shuttle transposable elements among prokaryotes?. Evolution, Wiley, 2011, 65 (11), pp.3327-3331. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01395.x⟩. ⟨hal-00637838⟩
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Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez. The Smallest Grammar Problem as Constituents Choice and Minimal Grammar Parsing. Algorithms, MDPI, 2011, pp.262-284. ⟨http://www.mdpi.com//1999-4893/4/4/262/⟩. ⟨10.3390/a4040262⟩. ⟨inria-00638445⟩
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Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Claude Rispe, Lucie Mieuzet, Fabrice Legeai, et al.. Accelerated evolution of sex chromosomes in aphids, an X0 system.. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, epub ahead of print. ⟨10.1093/molbev/msr252⟩. ⟨hal-00639983⟩
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Jonathan M. Guberman, J. Ai, O. Arnaiz, Baran Joachim, Andrew Blake, et al.. BioMart Central Portal: an open database network for the biological community. Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩. ⟨inria-00638749⟩
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Dent A. Earl, Keith Bradnam, John St. John, Aaron Darling, Dawei Lin, et al.. Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods. Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2011, ⟨10.1101/gr.126599.111⟩. ⟨inria-00637571⟩
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J. Dittmer, A. V. Koehler, F.-J. Richard, R. Poulin, M. Sicard. Variation of parasite load and immune parameters in two species of New Zealand shore crabs.. Parasitology Research / Journal of Parasitology, 2011, 109 (3), pp.759-67. ⟨10.1007/s00436-011-2319-2⟩. ⟨hal-00598547⟩
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Freddie-Jeanne Richard, Coby Schal, David R Tarpy, Christina M Grozinger. Effects of instrumental insemination and insemination quantity on Dufour's gland chemical profiles and vitellogenin expression in honey bee queens (Apis mellifera).. Journal of Chemical Ecology, Springer Verlag, 2011, 37 (9), pp.1027-36. ⟨10.1007/s10886-011-9999-z⟩. ⟨hal-00679813⟩
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Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel. Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2011, 7 (9), pp.e1002157. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002157⟩. ⟨hal-00626708⟩
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Christophe Blanchet, Olivier Collin. Un déluge de données. Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2011. ⟨hal-00639962⟩
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Richard Cordaux, Didier Bouchon, Pierre Grève. The impact of endosymbionts on the evolution of host sex-determination mechanisms.. Trends in Genetics, Elsevier, 2011, 27 (8), pp.332-341. ⟨10.1016/j.tig.2011.05.002⟩. ⟨hal-00626381⟩
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Mehdi Darouich, Stéphane Guyetant, Dominique Lavenier. Etude quantitative dálgorithmes de stéréovision pour les systèmes embarqués d'aide à la conduite. Techniques et Sciences Informatiquess, Editions Hermès, 2011, 30 (5), pp.539-569. ⟨10.3166⟩. ⟨hal-00637835⟩
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Terry Brissac, F. Rodrigues Clara, Olivier Gros, Sébastien Duperron. Characterization of bacterial symbioses in Myrtea sp. (Bivalvia: Lucinidae) and Thyasira sp. (Bivalvia Thyasiridae) from a cold seep in the Eastern Mediterranean.. Marine Ecology, Wiley, 2011, 32 (2), pp.198-210. ⟨10.1111/j.1439-0485.2010.00413.x⟩. ⟨hal-00743765⟩
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Frédéric Lecerc, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, et al.. AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, open access. ⟨10.1093/nar/gkr361⟩. ⟨hal-00597398⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00597398/file/annotqtl.pdf BibTex
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Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau. Algorithm engineering for optimal alignment of protein structure distance matrices. Optimization Letters, Springer Verlag, 2011, ⟨http://www.springerlink.com/content/86625t062m213141/⟩. ⟨10.1007/s11590-011-0313-3⟩. ⟨inria-00586067⟩
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S. Beltran, B. Gourbal, J. Boissier, D. Duval, S. Kieffer-Jaquinod, et al.. Vertebrate host protective immunity drives genetic diversity and antigenic polymorphism in Schistosoma mansoni.. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2011, 24 (3), pp.554-72. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02190.x⟩. ⟨halsde-00580773⟩
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Paula Menna Barreto Dias, Sophie Brunel-Muguet, Caroline Dürr, Thierry Huguet, Didier Demilly, et al.. QTL analysis of seed germination and pre-emergence growth at extreme temperatures in Medicago truncatula.. TAG Theoretical and Applied Genetics, Springer Verlag, 2011, 122 (2), pp.429-44. ⟨10.1007/s00122-010-1458-7⟩. ⟨hal-00729328⟩
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Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner. Fractal tiles associated with shift radix systems. Advances in Mathematics, Elsevier, 2011, 226 (1), pp.139-175. ⟨10.1016/j.aim.2010.06.010⟩. ⟨hal-00407999v2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00407999/file/srstiling.pdf BibTex
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Rumen Andonov, Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev. Maximum Contact Map Overlap Revisited. Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1089/cmb.2009.0196⟩. ⟨inria-00536624⟩
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Mounawer Badri, Fabien Chardon, Thierry Huguet, Mohamed Elarbi Aouani. Quantitative trait loci associated with drought tolerance in the model legume Medicago truncatula. Euphytica, 2011, 181 (3), pp.415 - 428. ⟨10.1007/s10681-011-0473-3⟩. ⟨hal-01000981⟩
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Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, et al.. Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform, IEEE/ACM, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. ⟨10.1109/TCBB.2010.71⟩. ⟨inria-00538134⟩
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C. Laulier, A. Barascu, J. Guirouilh-Barbat, G. Pennarun, C. Le Chalony, et al.. Bcl-2 inhibits nuclear homologous recombination by localizing BRCA1 to the endomembranes. Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2011, pp.3590-3602. ⟨hal-00720358⟩
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Sébastien Leclercq, Isabelle Giraud, Richard Cordaux. Remarkable abundance and evolution of mobile group II introns in Wolbachia bacterial endosymbionts.. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, 28 (1), pp.685-697. ⟨10.1093/molbev/msq238⟩. ⟨hal-00626379⟩
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S. Leclercq, I. Giraud, R. Cordaux. Remarkable Abundance and Evolution of Mobile Group II Introns in Wolbachia Bacterial Endosymbionts. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2011, 28 (1), pp.685-697. ⟨hal-00551571⟩
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François Moreews, Gaelle Rauffet, Patrice Dehais, Christophe Klopp. SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.. Database (Weston, Conn.) (Weston, Conn.), Oxford Journals, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩. ⟨inria-00638684⟩
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F. Chevalier, J. Herbiniere-Gaboreau, J. Bertaux, M. Raimond, F. Morel, et al.. The Immune Cellular Effectors of Terrestrial Isopod Armadillidium vulgare: Meeting with Their Invaders, Wolbachia. PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (4), pp.e18531. ⟨hal-00591758⟩
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Soumaya Arraouadi, Fabien Chardon, Thierry Huguet, Mohamed Elarbi Aouani, Mounawer Badri. QTLs mapping of morphological traits related to salt tolerance in Medicago truncatula. Acta Physiologiae Plantarum, Springer Verlag, 2011, 33 (3), pp.917-926. ⟨10.1007/s11738-010-0621-8⟩. ⟨hal-01000538⟩
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Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue. Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities. Transactions on Computational Systems Biology, Springer, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, pp.110-130. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_6⟩. ⟨inria-00538136⟩
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Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot. Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny. BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12 (1), pp.303. ⟨10.1186/1471-2164-12-303⟩. ⟨hal-00784423⟩
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D. Caruso, D. Bouchon. Armadillidium virgo n. sp. from caves in southeastern Sicily:Is it a parthenogenetic species? (Crustacea, Isopoda, Oniscidea). Italian Journal of Zoology, Taylor & Francis, 2011, 78 (1), pp.96-100. ⟨hal-00578180⟩
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Claire Lemaitre, Aurélien Barré, Christine Citti, Florence Tardy, François Thiaucourt, et al.. A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12 (1), pp.457. ⟨10.1186/1471-2105-12-457⟩. ⟨hal-00784414⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00784414/file/1471-2105-12-457.pdf BibTex
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Fabrice Legeai, Sébastien Malpel, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, François Cousserans, et al.. An Expressed Sequence Tag collection from the male antennae of the Noctuid moth Spodoptera littoralis: a resource for olfactory and pheromone detection research.. BMC Genomics, BioMed Central, 2011, 12, pp.86. ⟨10.1186/1471-2164-12-86⟩. ⟨hal-00723049⟩
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Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret. Simple Shared Motifs (SSM) in conserved region of promoters: a new approach to identify co-regulation patterns.. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2011, 12, pp.365. ⟨10.1186/1471-2105-12-365⟩. ⟨hal-00682075⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00682075/file/Simple_Shared_Motifs-accepted.pdf BibTex
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L. Filipova, F. Grandjean, C. Chucholl, D.M. Soes, A. Petrusek. Identification of exotic North American crayfish in Europe by DNA barcoding. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, EDP sciences/ONEMA, 2011, 11p14. ⟨10.1051/kmae/2011025⟩. ⟨hal-00595201⟩
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P. Kozak, L. Füreder, J. Reynolds, C. Souty-Grosset, A. Kouba. Current conservation strategies for European crayfish. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, EDP sciences/ONEMA, 2011, pp.1-8. ⟨hal-00595537⟩
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Guillaume Collet, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat, Nicola Yanev. Local protein threading by Mixed Integer Programming. Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2011, 159 (16), pp.1707-1716. ⟨10.1016/j.dam.2010.05.024⟩. ⟨inria-00536537⟩
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Jean-Philippe Godet, Sylvain Demuynck, Christophe Waterlot, Sébastien Lemière, Catherine Souty-Grosset, et al.. Growth and metal accumulation in Porcellio scaber exposed to poplar litter from Cd-, Pb-, and Zn-contaminated sites.. Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2011, 74 (3), pp.451-458. ⟨10.1016/j.ecoenv.2010.09.007⟩. ⟨hal-00626392⟩
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Israël-César Lerman, Pascale Kuntz. Directed Binary Hierarchies and Directed Ultrametrics. Journal of Classification, Springer Verlag, 2011, 28 (3), page 272-296. ⟨hal-00643982⟩
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N. Gouin, C. Souty-Grosset, J. Borquez, A. Bertin, F. Grandjean. Disentangling the impact of demographic factors on population differentiation of an endangered freshwater crayfish (Austropotamobius pallipes) using population density and microsatellite data. Freshwater Biology, Wiley, 2011, 56, pp.2105-2118. ⟨hal-00636477⟩
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F. Grandjean, J. Jandry, E. Bardon, A. Coignet, M.-C. Trouilhé, et al.. Use of Ephemeroptera as bioindicators of the occurrence of white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes). Hydrobiologia, Springer, 2011, 671, pp.253-258. ⟨hal-00636467⟩
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L. Filipova, D. A. Lieb, F. Grandjean, A. Petrusek. Haplotype variation in the spiny-cheek crayfish Orconectes limosus: colonization of Europe and genetic diversity of native stocks. Journal of the North American Benthological Society, University of Chicago Press, 2011, 30 (4), pp.871-881. ⟨hal-00636514⟩
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Charles Perrier, Frederic Grandjean, Jérôme Le Gentil, Corinne Cherbonnel, Guillaume Evanno. A species-specific microsatellite marker to discriminate European Atlantic salmon, brown trout, and their hybrids. Conservation Genetics Resources, Springer, 2011, 3 (1), pp.131-133. ⟨10.1007/s12686-010-9307-1⟩. ⟨hal-01453825⟩
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N. Cerveau, S. Leclercq, E. Leroy, D. Bouchon, R. Cordaux. Short- and Long-term Evolutionary Dynamics of Bacterial Insertion Sequences: Insights from Wolbachia Endosymbionts. Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2011, 3, pp.1175-1186. ⟨hal-00637836⟩
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Communication dans un congrès

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Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti. A symmetry-driven BP algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Nov 2011, Atlanta, United States. ⟨inria-00637771⟩
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Thiele Sven, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, et al.. A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data. 4th International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland. ⟨hal-00640720⟩
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Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurélien Roult, et al.. Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS (New Generation Sequencing). Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. ⟨hal-00653023⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00653023/file/rencontres_scientifiques_France_Grilles_GRISBI_NGS_TMartin.pdf BibTex
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Laurence Meire. Importance de l'impulsion de pouvoirs locaux dans la dynamique partenariale transversale. Le Plan de Cohésion Sociale et la méthode ouverte de coordination. International Conference "Sustainable economics within the new culture of development". ENTI. September 12th-14th 2011, Sep 2011, Liège, Belgique. ⟨halshs-00803690⟩
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Rayan Chikhi, Guillaume Chapuis, Dominique Lavenier. Parallel and memory-efficient reads indexing for genome assembly. Parallel Bio-Computing 2011, Sep 2011, torun, Poland. ⟨inria-00637536⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00637536/file/CP144.pdf BibTex
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Noël Malod-Dognin, Mathilde Le Boudic-Jamin, Pritish Kamath, Rumen Andonov. Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem. 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Max-Planck-Institute für Informatics, Sep 2011, Saarbrücken, Germany. pp.201-212, ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_18⟩. ⟨inria-00609432⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00609432/file/RR-7688.pdf BibTex
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Rayan Chikhi, Dominique Lavenier. Localized genome assembly from reads to scaffolds: practical traversal of the paired string graph. WABI 2011, Sep 2011, Sarrebruck, Germany. ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_4⟩. ⟨inria-00637535⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00637535/file/wabi11_camera.pdf BibTex
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Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot. Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance. The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic. ⟨inria-00608208⟩
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Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, et al.. biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics. JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France. ⟨hal-00637847⟩
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Francois Moreews, Jonathan Piat, Olivier Sallou. OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment. BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria. ⟨inria-00638715⟩
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Jonathan Piat, Francois Moreews, Olivier Collin, Dominique Lavenier, Alexandre Cornu. SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation. SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States. ⟨inria-00638694⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00638694/file/SLICEE-SERVICES-FINAL_em.pdf BibTex
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Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurelien Roult, et al.. Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS. JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. ⟨inria-00614489⟩
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Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Christophe Caron, Olivier Collin, Stephane Delmotte, et al.. RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique. JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France. ⟨hal-00640007⟩
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Antonio Mucherino, Inken Wohlers, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov. Sparsifying Distance Matrices for Protein-Protein Structure Alignments. CTW2011, Jun 2011, Rome, Italy. ⟨hal-00642794⟩
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Tiphaine Martin, Christophe Caron, Olivier Collin. Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO. Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, Christophe Blanchet and Christophe Caron and Olivier Collin and Stéphane Delmotte and Clément Gauthey and Tiphaine Martin and Franck Samson and Bruno Spataro, May 2011, Lyon, France. ⟨inria-00614475⟩
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Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Pascale Leroy, Jean-Michel Elsen, Dominique Lavenier. GPU Accelerted QTLMap. The 15th QTL-MAS workshop, May 2011, France. ⟨hal-00637840⟩
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Frédéric Guilloud, Ulrich Legait, Afef Kedous-Lebouc, Vincent Hardy. Development of a new magnetocaloric material used in a magnetic refrigeration device. First Euro Mediterranean Meeting on Functionalized Materials EMM-FM, Mar 2011, Sousse, Tunisia. ⟨hal-00790543⟩
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Vincent Hardy, B. Chevalier, Daniel Fruchart, Afef Kedous-Lebouc, Cyrille Train. Froid magnétique. Colloque PIE CNRS, Mar 2011, Montpellier, France. ⟨hal-00796547⟩
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Matthew L. Ferguson, Dominique Le Coq, Matthieu Jules, Bryan Chun, Stephane Aymerich, et al.. Two types of transcriptional repression in living cells of [i]Bacillus subtilis[/i] characterized by number and brightness analysis. 55. Annual Meeting of the Biophysical-Society, Mar 2011, Baltimore, Maryland, United States. ⟨10.1016/j.bpj.2010.12.1179⟩. ⟨hal-01190611⟩
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Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov. Identification rapide de familles protéiques par dominance. 12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne, Mar 2011, Saint-Étienne, France. pp.791-792. ⟨inria-00611457⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00611457/file/RR-7696.pdf BibTex
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Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier. HLS Tools for FPGA : faster development with better performances. Proceeding of the 7th International Symposium on Applied Reconfigurable Computing, Feb 2011, Belfast, United Kingdom. pp.67-78. ⟨hal-00637830⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00637830/file/Lav11ca.pdf BibTex
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Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, et al.. Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics. Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria. ⟨inria-00623390⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Sanjay Rajopadhye. GPU accelerated RNA folding algorithm. Wen-mei W. Hwu. GPU Computing Gems, ELSEVIER, pp.560, 2011, ⟨10.0123849888⟩. ⟨hal-00637827⟩
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Jérémie Bourdon, Damien Eveillard. Probabilistic Approaches for Investigating Biological Networks. Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp.1066, 2011. ⟨hal-00531568⟩
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N. Cerveau, S. Leclercq, D. Bouchon, R. Cordaux. Evolutionary Dynamics and Genomic Impact of Prokaryote Transposable Elements. Evolutionary Biology: Concepts, Biodiversity, Macroevolution and Genome Evolution, Pontarotti, P., pp.291-312, 2011. ⟨hal-00626389⟩
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Mémoire d'étudiant

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Gaelle Garet. Apprentissage de grammaires algébriques par alignement multiple de séquences protéiques. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2011. ⟨hal-00639334⟩
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Autre publication

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Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier. How to accelerate genomic sequence alignment 4X using half an FPGA. 2011. ⟨hal-00637833⟩
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Poster

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Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, et al.. AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region. 12è Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011. ⟨hal-01102407⟩
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Rapport

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Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, et al.. kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq. [Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12. 〈hal-00654249v2〉
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https://hal.inria.fr/hal-00654249/file/RR-7852.pdf BibTex
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Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes. [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24. ⟨hal-00643408⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00643408/file/PI1986total.pdf BibTex
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Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi. Mapsembler, targeted assembly of larges genomes on a desktop computer. [Research Report] RR-7565, INRIA. 2011, pp.17. ⟨inria-00577218⟩
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Thèse

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Matthias Gallé. Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem. Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨tel-00595494⟩
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Guillaume Rizk. Parallelization on graphic hardware : contributions to RNA folding and sequence alignment. Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : 2011REN1S021⟩. ⟨tel-00634901⟩
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2010

Article dans une revue

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Aurélie Lardenois, Alexandre Gattiker, Olivier Collin, Frédéric Chalmel, Michael Primig. GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle. Database -Weston-, Online Inc., 2010, pp.baq030. ⟨10.1093/database/baq030⟩. ⟨hal-00639961⟩
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Jérémie Bourdon, Irena Rusu. Statistical Properties of Factor Oracles. Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2010, LNCS, 9 (2011), pp.59-66. ⟨10.1007/978-3-642-02441-2⟩. ⟨hal-00415952⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00415952/file/BourdonRusu.pdf BibTex
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Guillaume Rizk, Dominique Lavenier. GASSST: Global Alignment Short Sequence Search Tool. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (20), pp 2534-2540. ⟨hal-00531499⟩
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Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, et al.. Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩. ⟨hal-00681095⟩
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Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Thomas Walsh, Owain Edwards, Karl Gordon, et al.. Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum.. BMC Genomics, BioMed Central, 2010, 11 (1), pp.281. ⟨10.1186/1471-2164-11-281⟩. ⟨inserm-00482283⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00482283/file/1471-2164-11-281.pdf BibTex
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Anne-Nathalie Volkoff, Véronique Jouan, Serge Urbach, Sylvie Samain, Max Bergoin, et al.. Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome.. PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2010, 6 (5), pp.e1000923. ⟨10.1371/journal.ppat.1000923⟩. ⟨inria-00537901⟩
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E. d'Alençon, H. Sezutsu, Fabrice Legeai, E. Permal, S. Bernard-Samain, et al.. Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2010, 107 (17), pp.7680-5. ⟨10.1073/pnas.0910413107⟩. ⟨inria-00537908⟩
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Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon. A parallel scheme for comparing transcription factor binding sites matrices. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2010, 8 (3), pp.18. ⟨hal-00461973⟩
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Jacques Nicolas. Décoder le vivant. Interstices, INRIA, 2010, ⟨https://interstices.info/jcms/n_50779/decoder-le-vivant⟩. ⟨hal-01350190⟩
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Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier. Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.. Molecular Reproduction and Development, Wiley, 2010, 77 (3), pp.257-64. ⟨10.1002/mrd.21142⟩. ⟨hal-00486418⟩
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Morgane Ollivier, Fabrice Legeai, Claude Rispe. Comparative analysis of the Acyrthosiphon pisum genome and expressed sequence tag-based gene sets from other aphid species.. Insect Molecular Biology, Wiley, 2010, 19 Suppl 2, pp.33-45. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00976.x⟩. ⟨inria-00537902⟩
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Fabrice Legeai, Shuji Shigenobu, Jean-Pierre Gauthier, John Colbourne, Claude Rispe, et al.. AphidBase: a centralized bioinformatic resource for annotation of the pea aphid genome. Insect Molecular Biology, Wiley, 2010. ⟨inria-00531562⟩
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M. Sicard, F. Chevalier, M. de Vlechouver, D. Bouchon, P. Greve, et al.. Variations of immune parameters in terrestrial isopods: a matter of gender, aging and Wolbachia. Die Naturwissenschaften, 2010, 97 (9), pp.819-826. ⟨hal-00550064⟩
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Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, et al.. Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2010, 4 (1), pp.146. ⟨10.1186/1752-0509-4-146⟩. ⟨inserm-00984711⟩
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C. Souty-Grosset, Vincent Hardy, R. Raimond, L. Ollivier. Land-use in headwaters and distribution of the native white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes (Lereboullet) in a stream from the Poitou-Charentes region. Freshwater Crayfish, 2010, 17, pp.129-134. ⟨hal-00565305⟩
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L. Negri, M. Pellecchia, P. Greve, Daniele Daffonchio, C. Bandi, et al.. Sex and stripping: The key to the intimate relationship between Wolbachia and host?. Communicative & Integrative Biology, 2010, 3 (2), pp.110-115. ⟨hal-00551730⟩
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M. Fraj, F.C. Cheikhrouha, C. Souty-Grosset. Terrestrial Isopods Diversity Related to Irrigation and Agricultural Practices in Norht-East of Tunisia. Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-3), pp.217-223. ⟨hal-00636483⟩
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H. Khemaissia, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar. Impact of Soil Quality On The Distribution of Terrestrial Isopods in some Tunisian Wetlands. Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-2), pp.131-136. ⟨hal-00636490⟩
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R. Cataudella, M. Paolucci, C. Delaunay, A. Ropiquet, A. Hassanin, et al.. Genetic variability of Austropotamobius italicus in the Marches region: implications for conservation. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, Wiley, 2010, 20 (3), pp.261-268. ⟨hal-00550060⟩
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L. Filipova, D. Holdich, J. Lesobre, F. Grandjean, A. Petrusek. Cryptic diversity within the invasive virile crayfish Orconectes virilis (Hagen, 1870) species complex: new lineages recorded in both native and introduced ranges. Biological Invasions, Springer Verlag, 2010, 12, pp.983-989. ⟨hal-00486161⟩
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Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity. Serdica Journal of Computing, Institute of Mathematics and Informatics Bulgarian Academy of Sciences, 2010, 4 (1), pp.93--100. ⟨http://sci-gems.math.bas.bg/jspui/handle/10525/1583⟩. ⟨hal-00849979⟩
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F. Lefebvre, Y. Caubet. Female-extended control over their reproductive investment: the role of early mating interactions on oocyte maturation in the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare (Latreille, 1804). Invertebrate Reproduction and Development, Taylor & Francis, 2010, 54 (4), pp.177-186. ⟨hal-00563349⟩
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Y.L. Fan, F.-J. Richard, N. Rouf, C. M. Grozinger. Effects of queen mandibular pheromone on nestmate recognition in worker honeybees, Apis mellifera. Animal Behaviour, Elsevier Masson, 2010, 79 (3), pp.649-656. ⟨hal-00551754⟩
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A. Ling, R. Cordaux. Insertion Sequence Inversions Mediated by Ectopic Recombination between Terminal Inverted Repeats. PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (12), pp.e15654. ⟨hal-00551569⟩
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Richard Cordaux, Shurjo K Sen, Miriam K Konkel, Mark A Batzer. Computational methods for the analysis of primate mobile elements.. Methods in Molecular Biology, Humana Press/Springer Imprint, 2010, 628, pp.137-151. ⟨10.1007/978-1-60327-367-1_8⟩. ⟨hal-00492281⟩
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Sebastien Tempel, Christine Rousseau, Fariza Tahi, Jacques Nicolas. ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements.. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2010, 11, pp.474. ⟨10.1186/1471-2105-11-474⟩. ⟨inria-00536742⟩
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Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner. Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion. Bulletin of the London Mathematical Society, London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. ⟨10.1112/blms/bdq019⟩. ⟨hal-00400799v2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00400799/file/AFSS.pdf BibTex
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Sébastien Leclercq, Eric Rivals, Philippe Jarne. DNA Slippage Occurs at Microsatellite Loci without Minimal Threshold Length in Humans: A Comparative Genomic Approach. Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2010, 2, pp.325-335. ⟨10.1093/gbe/evq023⟩. ⟨hal-00493962⟩
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Communication dans un congrès

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Laurence Meire, Eric Bernard. Observa, an observatory for social innovation in Chapelle-lez-Herlaimont.. 9th International Conference of Territorial Intelligence of ENTI "Ecological and Social Innovation", Nov 2010, Strasbourg, France. ⟨halshs-00947960⟩
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Cathy Charlier, Jerome Montfort, Olivier Chabrol, Francois Moreews, M. Salhab, et al.. Oocyte-Somatic Cells Interactions, Lessons from Evolution. VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France. ⟨inria-00540830⟩
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Paolo Besana, Marc Cuggia, Oussama Zekri, Annabel Bourdé, Anita Burgun. Using Semantic Web Technologies for Clinical Trial Recruitment. 9th International Semantic Web Conference, ISWC 2010, Nov 2010, Shangai, China. pp.34-49, ⟨10.1007/978-3-642-17749-1_3⟩. ⟨hal-00748985⟩
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Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix. Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads. String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. pp.147-158, ⟨10.1007/978-3-642-16321-0_14⟩. ⟨inria-00514887⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00514887/file/kisSnp_spire_reviewed.pdf BibTex
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François Coste. Modelling Biological Sequences by Grammatical Inference. ICGI 2010 Tutorial Day, José M. Sempere and Pedro Garcias, Sep 2010, Valencia, Spain. ⟨inria-00531552⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00531552/file/tutoICGI2010_coste_biblio.pdf BibTex
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C. Blanchet, Clément Gauthey, Olivier Collin, Tiphaine Martin, Nouredine Melab, et al.. ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique. JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. ⟨inria-00540940⟩
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Philippe Picouet, Z. Doughi, Loraine Brillet, Erwan Corre, Christophe Caron, et al.. BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques. JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France. ⟨inria-00540815⟩
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Théo Merle, Jérémie Bourdon. Complex update strategies for Probabilistic Boolean Networks. 7th Workshop on Computational Systems Biology, Jun 2010, Luxembourg, France. pp.4. ⟨hal-00480366⟩
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Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, T. Walsh, Owain Edwards, Jacques Nicolas, et al.. Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome. Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States. ⟨inria-00537927⟩
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Matthias Gallé. A New Tree Distance Metric for Structural Comparison of Sequences. Dagstuhl Seminar: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Jun 2010, Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany. ⟨inria-00559265⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00559265/file/dagstuhl2010.pdf BibTex
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Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, G. Infante-Lopez. Choosing Word Occurrences for the Smallest Grammar Problem. LATA, May 2010, Trier, Germany. ⟨inria-00476840⟩
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Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti. An optimized filter for finding multiple repeats in DNA sequences. 2010 ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications, May 2010, HAMMAMET, Tunisia. ⟨inria-00480001⟩
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Lazaros Mavridis, Vishwesh Venkatraman, David Ritchie, H. Morikawa, Rumen Andonov, et al.. SHREC'10 Track: Protein Models. Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden. ⟨inria-00536680⟩
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Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Maximum Cliques in Protein Structure Comparison. SEA 2010 9th International Symposium on Experimental Algorithms, May 2010, Naples, Italy. pp.106-117, ⟨10.1007/978-3-642-13193-6_10⟩. ⟨inria-00536700⟩
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Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, et al.. Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming. Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada. ⟨inria-00538137⟩
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Aurélien Barré, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Antoine de Daruvar, Alain Blanchard, et al.. MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes. Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy. ⟨hal-00649151⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Dominique Lavenier, Van Hoa Nguyen. Seed-Based Parallel Protein SequenceComparison Combining Multithreading, GPU, and FPGA technologies. Bioinformatics: High Performance Parallel Computer Architectures, Taylor & Francis Group / CRC Press, pp.181-202, 2010. ⟨hal-00531507⟩
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Dominique Lavenier. Parallel Genomic Sequence Comparison. Parallel and Distributed Computing, INTECH, pp.273-290, 2010. ⟨hal-00531505⟩
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F. Gherardi, C. Souty-Grosset, G. Vogt, J. Dieguez-Uribeondo, K. A. Crandall. Infraorder astacidea Latreille, 1802 P.O. : The freshwater crayfish. The Crustacea Part A+B, Decapoda, BRILL, pp.269-423, 2010. ⟨hal-00565332⟩
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Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap Van Milgen, et al.. A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows. D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9. ⟨inria-00538138⟩
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Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Substitutions, Rauzy fractals and tilings. Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979. ⟨inria-00538135⟩
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Nadia Pisanti, Mathieu Giraud, Pierre Peterlongo. Filters and seeds approaches for fast homology searches in large datasets. Mourad Elloumi and Albert Y. Zomaya. Algorithms in computational molecular biology, John Wiley & sons, 2010. ⟨inria-00425370⟩
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Poster

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Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, et al.. A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources. 10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010. ⟨hal-01231276⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01231276/file/Legeai_2010_1063-Hinxton_GenInfo_09_2010_%7B06805077-A6F5-4940-9649-A6D8FAA9200E%7D.pdf BibTex

Rapport

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Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev, Rumen Andonov. Comparing Protein 3D Structures Using A_purva. [Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9. ⟨inria-00539939⟩
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Perrin Matthieu. Compression de séquences d'A.D.N. à base de grammaires minimales. [Stage] 2010, pp.14. ⟨inria-00536655⟩
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Geoffroy Andrieux, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation. [Stage] 2010. 〈inria-00544414〉
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Sevellec Maelle. Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries. [Stage] 2010, pp.71. ⟨inria-00536643⟩
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Israël-César Lerman, Sylvie Guillaume. Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fond´es sur une échelle de probabilité. [Rapport de recherche] RR-7187, INRIA. 2010, pp.88. ⟨inria-00451952⟩
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Thèse

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Guillaume Collet. Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers. Modélisation et simulation. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨tel-00512725⟩
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Pierre Blavy. Identification des éléments clefs du métabolisme des lipides et de leurs régulateurs. Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨tel-00541207⟩
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Noël Malod-Dognin. Protein Structure Comparison: From Contact Map Overlap Maximisation to Distance-based Alignment Search Tool. Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨tel-00509142⟩
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Carito Guziolowski. Analysis of Large-Scale Biological Networks with Constraint-Based Approaches over Static Models. Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨tel-00541903⟩
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2009

Article dans une revue

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Jacques Nicolas. Décoder le vivant. Doc Sciences, Édition du CRDP de l'académie de Versailles, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, pp.26-33. ⟨inria-00438517⟩
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Rayan Chikhi, Dominique Lavenier. Paired-end read length lower bounds for genome re-sequencing. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, ⟨10.1186/1471-2105-10-S13-O2⟩. ⟨inria-00426856⟩
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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. PLAST: parallel local alignment search tool for database comparison. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.24. ⟨inria-00425301⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/plast_revu.pdf https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/additional_file1.pdf https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/additional_file2.pdf https://hal.inria.fr/inria-00425301/file/additional_file3.pdf BibTex
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Pierre Blavy, F. Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, P.G.P. Martin, et al.. A minimal model for hepatic fatty acid balance during fasting: Application to PPAR alpha-deficient mice. Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2009, 261 (2), pp.266. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.07.025⟩. ⟨hal-00559147⟩
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Elodie Fleury, Arnaud Huvet, Christophe Lelong, Julien de Lorgeril, Viviane Boulo, et al.. Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase. BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 10, pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩. ⟨inria-00435769⟩
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Casel Pierrot, Francois Moreews, Christophe Klopp. sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.. BMC Proceedings, BioMed Central, 2009. ⟨inria-00435746⟩
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Thanh-Nghi Do, Van-Hoa Nguyen, François Poulet. GPU-based Parallel SVM Algorithm. Journal of Frontiers of Computer Science and Technology, North China Institute of Computing Technology, 2009, 3 (4), pp.368-377. ⟨hal-00652463⟩
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Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, et al.. Temporal constraints of a gene regulatory network: refining a qualitative simulation. BioSystems, Special Issue on Gene Regulatory Networks, 2009, pp.10.1016/j.biosystems.2009.05.002. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩. ⟨hal-00423353⟩
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Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste. In-place update of suffix array while recoding words. International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2009, 20 (6), pp.1025-1045. ⟨10.1142/S0129054109007029⟩. ⟨inria-00471599⟩
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S.D. Kocher, F.J. Richard, D.R. Tarpy, C.M. Grozinger. Queen reproductive state modulates pheromone production and queen-worker interactions in honeybees. Behavioral Ecology / Behavioural Ecology, 2009, pp.1-8. ⟨10.1093/beheco/arp090⟩. ⟨hal-00402322⟩
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E. Chapuis, V. Emelianoff, V. Paulmier, N. Le Brun, S. Pages, et al.. Manifold aspects of specificity in a nematode-bacterium mutualism. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2009, 22 (10), pp.1-14. ⟨hal-00444250⟩
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Israël-César Lerman. Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie implicative ; niveaux et noeuds significatifs. Mathématiques et Sciences Humaines, Centre de Mathématique Sociale et de statistique, EPHE, 2009. ⟨inria-00323840⟩
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S.A. Vakulenko, Manu Manu, John Reinitz, Ovidiu Radulescu. Size Regulation in the Segmentation of Drosophila: Interacting Interfaces between Localized Domains of Gene Expression Ensure Robust Spatial Patterning. Physical Review Letters, American Physical Society, 2009, 103, pp.168102. ⟨inria-00431224⟩
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Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev. Asymptotology of Chemical Reaction Networks. Chemical Engineering Science, Elsevier, 2009. ⟨inria-00431225⟩
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R. Cordaux. Gene conversion maintains nonfunctional transposable elements in an obligate mutualistic endosymbiont. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2009, 26 (8), pp.1679-1682. ⟨10.1093/molbev/msp093⟩. ⟨hal-00406481⟩
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Armand Bankhead, Iliana Sach, Chester Ni, Nolwenn Lemeur, Mark Kruger, et al.. Knowledge based identification of essential signaling from genome-scale siRNA experiments.. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2009, 3 (1), pp.80. ⟨10.1186/1752-0509-3-80⟩. ⟨inserm-00663618⟩
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Alina Crudu, Arnaud Debussche, Ovidiu Radulescu. Hybrid stochastic simplifications for multiscale gene networks. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2009, 3 (1), pp.89. ⟨10.1186/1752-0509-3-89⟩. ⟨hal-00784449⟩
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F.-J. Richard, C. Errard. Hybienic behavior, liquid-foraging, and trophallaxis in the leafcutting ants, Acromyrmex subterraneus and Acromyrmex. Journal of Insect Science, Oxford University Press, 2009, 9 (63), pp.1-9. ⟨hal-00442950⟩
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Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner. Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009). Actes des rencontres du CIRM, Société mathématique de France, 2009, 1 (1), pp.1-2. ⟨http://acirm.cedram.org/acirm-bin/fget?id=ACIRM_2009⟩. ⟨inria-00429811⟩
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F. Ekelund, S. Saj, M. Vestergard, J. Bertaux, J. Mikola. The "soil microbial loop" is not always needed to explain protozoan stimulation of plants. Soil Biology and Biochemistry, Elsevier, 2009, 41 (11), pp.2336-2342. ⟨hal-00445265⟩
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Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret. In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking.. BMC Research Notes, BioMed Central, 2009, 2 (1), pp.193. ⟨10.1186/1756-0500-2-193⟩. ⟨inserm-00663589⟩
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Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas. CRISPI: a CRISPR Interactive database. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (24), pp.3317-3318. ⟨http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btp586⟩. ⟨10.1093/bioinformatics/btp586⟩. ⟨inria-00438512⟩
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Yves Bigot, Sylvaine Renault, Jacques Nicolas, Corinne Moundras, Marie-Véronique Demattei, et al.. Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses. PLoS ONE, Public Library of Science, 2009, 4 (7), pp.e6397. ⟨10.1371/journal.pone.0006397⟩. ⟨inria-00448730⟩
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A. Ferreira Quadros, Y. Caubet, P. B. Araujo. Life history comparison of two terrestrial isopods in relation to habitat specialization. Acta Oecologica, Elsevier, 2009, 35 (2), pp.243-249. ⟨hal-00383223⟩
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Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, Francois Moreews, Anne Siegel. BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks. BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨http://www.biomedcentral.com/1471-2164/10/244⟩. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩. ⟨inria-00429804⟩
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G. Le Trionnaire, F. Francis, S. Jaubert-Possamai, J. Bonhomme, E. de Pauw, et al.. Transcriptomic and proteomic analyses of seasonal photoperiodism in the pea aphid.. BMC Genomics, BioMed Central, 2009, 10, pp.456. ⟨10.1186/1471-2164-10-456⟩. ⟨inria-00435791⟩
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Florian Hahne, Nolwenn Le Meur, Ryan R Brinkman, Byron Ellis, Perry Haaland, et al.. flowCore: a Bioconductor package for high throughput flow cytometry.. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.106. ⟨10.1186/1471-2105-10-106⟩. ⟨inria-00426746⟩
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Alexandre Gattiker, Leandro Hermida, Robin Liechti, Ioannis Xenarios, Olivier Collin, et al.. MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.151. ⟨10.1186/1471-2105-10-151⟩. ⟨inserm-00516451⟩
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Vincent Poirriez, Nicola Yanev, Rumen Andonov. A Hybrid Algorithm for the Unbounded Knapsack Problem. Discrete Optimization, Elsevier, 2009, 6, pp.110-124. ⟨10.1016/j.disopt.2008.09.004⟩. ⟨inria-00335065⟩
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M.-M. Lee, M. Sicard, S. P. Stock. Steinernema boemarei n. sp. (Nematoda: Steinernematidae), a new entomopathogenic nematode from southern France. Systematic Parasitology, Springer Verlag (Germany), 2009, 72, pp.127-141. ⟨10.1007/s11230-008-9166-2⟩. ⟨hal-00349990⟩
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S. Pichon, D. Bouchon, R. Cordaux, L. Chen, R. A. Garrett, et al.. Conservation of the Type IV Secretion System throughout Wolbachia evolution. Biochemical and Biophysical Research Communications, Elsevier, 2009, 4, pp.557-562. ⟨hal-00402294⟩
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I. Wiwatanaratanabutr, P. Kittayapong, Y. Caubet, D. Bouchon. Molecular Phylogeny of Wolbachia Strains in Arthropod Hosts Based on groE-Homologous Gene Sequences. Zoological science, BioOne(Zoological Society of Japan), 2009, 26, pp.171-177. ⟨hal-00375190⟩
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Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, et al.. Canalization of gene expression and domain shifts in the Drosophila blastoderm by dynamical attractors. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2009, 5, pp.3. ⟨inria-00431228⟩
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Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, et al.. Canalization of gene expression in the Drosophila blastoderm by gap genes cross regulation. PLoS Biology, Public Library of Science, 2009, 7, pp.3. ⟨inria-00431229⟩
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Pierre Peterlongo, Gustavo Sacomoto, Alair Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot. Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance. Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2009, 4 (1), pp.3. ⟨10.1186/1748-7188-4-3⟩. ⟨hal-00784457⟩
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K. Rosenberg, J. Bertaux, K. Krome, A. Hartmann, S. Scheu, et al.. Soil amoebae rapidly change bacterial community composition in the rhizosphere of Arabidopsis thaliana. ISME Journal, Nature Publishing Group, 2009, 3 (6), pp.675-684. ⟨10.1038/ismej.2009.11⟩. ⟨hal-00445284⟩
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R. Cordaux, M.A. Batzer. The impact of retrotransposons on human genome evolution.. Nature Reviews Genetics, Nature Publishing Group, 2009, 10, pp.691-703. ⟨hal-00419189⟩
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Matthieu Barret, P. Frey-Klett, M. Boutin, A.-Y. Guillerm-Erckelboudt, Frédérique Martin, et al.. The plant pathogenic fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici improves bacterial growth and triggers early gene regulations in the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens Pf29Arp. New Phytologist, Wiley, 2009, 181 (2), pp.435-447. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02675.x⟩. ⟨inria-00359115⟩
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Communication dans un congrès

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Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, François Cousserans, Emmanuelle d'Alençon, Olivier Collin, et al.. From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.. 1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France. ⟨inria-00435823⟩
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Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev. Asymptotology of Chemical Reaction Networks. International Symposium on Mathematics in Chemical Kinetics and Engineering (MACKIE-2009), Nov 2009, Ghent, Belgium. ⟨inria-00599258⟩
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Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, et al.. High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor. Advanced Flow Cytometry Analysis 2009, Nov 2009, Marseille, France. ⟨inria-00435735⟩
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Laurence Meire. New experiment of Catalyse research-action method in Chapelle-lez-Herlaimont. 8th International Conference of Territorial Intelligence "Territorial intelligence and culture of development", Nov 2009, Salerno, Italy. ⟨halshs-00955746⟩
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Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Théret. Multiclock discrete models of biological systems. European Conference on Complex Systems 2009 (ECCS), Sep 2009, Warwick, United Kingdom. ⟨hal-00436059⟩
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Sophie Lemosquet, Jérémie Bourdon, Jocelyne Guinard-Flament, Anne Siegel, Jaap Van Milgen. A Generic Stochiometric Model to Analyse the Metabolic Flexibility of the Mammary Gland in Lactating Dairy Cows. 7th Workshop Modelling Nutrient Digestion and Utilization in Farm Animals, Sep 2009, Paris, France. pp.52. ⟨hal-00416396⟩
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Pierre Peterlongo, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Raoul Vorc'H, Joël Querellou. c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers. Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩. ⟨inria-00425373⟩
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Anne Siegel. From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles. Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom. ⟨inria-00429814⟩
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Fabrice Legeai, Emmanuelle d'Alençon, François Cousserans, Hideki Sezutsu, Emmanuelle Permal, et al.. Lepido-DB, a new bioinformatic resource for the annotation and cross-comparisons of lepidopteran genomes.. The Eighth International Workshop on MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS OF THE LEPIDOPTERA, Aug 2009, Kolimpari, Greece. ⟨inria-00435820⟩
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Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon. A statistical method for PWM clustering. Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60. ⟨hal-00415980⟩
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Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, et al.. High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor.. useR! 2009, Jul 2009, Rennes, France. ⟨hal-00435777⟩
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Francois Moreews. A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories. ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨inria-00435752⟩
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Frédéric Bourgeon, Jacques Nicolas, Nathalie Melaine, Charles Pineau. Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract.. 34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic. 〈hal-00667141〉
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Anne Siegel. Rational numbers with purely periodic beta-expansions. Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria. ⟨inria-00429815⟩
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Francois Moreews. QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure. ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden. ⟨inria-00435755⟩
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Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Theret. Multiclock discrete approach to model the influence of EGF and TGFß pathways on cell proliferation. JOBIM 2009 satellite meeting : Dynamical modelling and simulation of biological networks, Jun 2009, Nantes, France. 〈hal-00676747〉
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Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Multiclock discrete models of the eukaryotic cell cycle.. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques., Jun 2009, Nantes, France. ⟨hal-00435771⟩
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Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Protein Threading. 8th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2009, Paris, France. ⟨inria-00412642⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00412642/file/ctw09.pdf BibTex
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Guillaume Rizk, Dominique Lavenier. GPU accelerated Rna folding algorithm. 9th International Conference on Computational Science, May 2009, Baton Rouge, United States. pp.1031, ⟨10.1000.ISBN: 978-3-642-01969-2⟩. ⟨hal-00425543⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00425543/file/gpufold_ICCS.pdf BibTex
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Van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier. Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform. Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy. ⟨inria-00425237⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00425237/file/raw_2009.pdf BibTex
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Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, et al.. Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks. AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. pp.72-87. ⟨inria-00429801⟩
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Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Modeling the influence of EGF and TGF-b pathways in tumor progression of hepatocellular carcinoma.. Asian Pacific Association for Study of the Liver, Feb 2009, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. pp.64, FP107. ⟨hal-00435766⟩
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François Poulet, Thanh-Nghi Do, Van Hoa Nguyen. SVM incrémental et parallèle sur GPU. 9èmes Journées Francophones "Extraction et Gestion des Connaissances", Jan 2009, Strasbourg, France. pp.103-114. ⟨hal-00652786⟩
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Pascale Kuntz, Israël-César Lerman. Graph and hierarchical-based approaches for structuring association rule sets. Graph theoretical methods for clustering at International Federation of Classification Societies (IFCS), 2009, Dresde, Germany. ⟨hal-00481876⟩
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Chapitre d'ouvrage

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M. Pöckl, C. Souty-Grosset. Die europäischen Flusskrebsarten-characterisierung and generelles verbreitungsmuster. Flusskrebse : Biologie-Ökologie-Gefährdung, L. Fuereder, pp.14-22, 2009. ⟨hal-00376113⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of Rauzy fractals. Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF. ⟨inria-00539742⟩
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Rapport

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Israël-César Lerman, Sylvie Guillaume. Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fondés sur une échelle de probabilité.. [Rapport de recherche] PI 1942, 2009, pp.72. ⟨inria-00450129⟩
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Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Flexible Alignments for Protein Threading. [Research Report] RR-6808, INRIA. 2009. ⟨inria-00355546⟩
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Israël-César Lerman, Pascale Kuntz. Directed binary hierarchies and directed ultrametrics. [Research Report] PI 1922, 2009, pp.21. ⟨inria-00357532v2⟩
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Israël-César Lerman, Pascale Kuntz. Directed binary hierarchies and directed ultrametrics. [Research Report] RR-6815, INRIA. 2009, pp.27. ⟨inria-00361727v2⟩
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Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity. [Research Report] RR-6818, INRIA. 2009, pp.12. ⟨inria-00356816⟩
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Vincent Picard. Pondération d'automates modélisant des familles de protéines et significativité des scores. [Stage] 2009. ⟨inria-00431111⟩
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Fanny Colombel. Identification in silico d'un nouveau gène de la famille des TNF (tumor necrosis factor). [Stage] 2009. ⟨inria-00431114⟩
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Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Maximum Cliques in Protein Structure Comparison. [Research Report] RR-7053, INRIA. 2009, pp.19. ⟨inria-00422198⟩
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Michel Le Borgne. Solving loosely coupled constraints. [Research Report] RR-6958, INRIA. 2009, pp.19. ⟨inria-00397098⟩
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Tristan Bitard Feildel. Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.. [Stage] 2009. ⟨inria-00435113⟩
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Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Local Protein Threading by Mixed Integer Programming. [Research Report] RR-7122, INRIA. 2009, pp.17. ⟨inria-00436335⟩
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Thèse

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S. Pichon. Système de sécrétion de type IV et protéines à domaines ankyrines dans les interactions Wolbachia-arthropodes. Ecologie, Environnement. Université de Poitiers, 2009. Français. ⟨tel-00551985⟩
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Van Hoa Nguyen. Traitement parallèle des comparaisons intensives de séquences génomiques. Informatique [cs]. Université Rennes 1, 2009. Français. ⟨tel-00435792⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, et al.. Qualitative modelling and analysis of gene regulatory networks: application to the adaptation of Escherichia coli bacterium to carbon availability. 2009. ⟨hal-00359530⟩
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2008

Article dans une revue

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Chikhi Rayan, Steven Derrien, Noumsi Auguste, Patrice Quinton. Combining flash memory and FPGAs to efficiently implement a massively parallel algorithm for content-based image retrieval. International Journal of Electronics, Taylor & Francis, 2008, 95 (7), pp.621-635(15). ⟨inria-00453946⟩
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Y. Caubet, G. O'Farrell, F. Lefebvre. Geographical variability of aggregation in terrestrial isopods: What is the actual significance of such behaviour?. Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.137-148. ⟨hal-00347591⟩
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Dominique Lavenier. RDISK : une architecture reconfigurable pour l'exploration des banques génomiques. Techniques de l'Ingenieur, Techniques de l'ingénieur, 2008, November (IN89). ⟨inria-00347596⟩
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M. Lachat, Y. Caubet, D. Bouchon. Does Wolbachia influence survival in starved Armadillidium vulgare?. Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.125-130. ⟨hal-00347597⟩
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F. Vigneux, F. Bashey, M. Sicard, C.M. Lively. Low migration decreases interference competition among parasites and increases virulence. Journal of Evolutionary Biology, Wiley, 2008, 21 (5), pp.1245-1251. ⟨hal-00319888⟩
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S. Brusconi, S. Bertocchi, B. Renai, M. Scalici, C. Souty-Grosset, et al.. Conserving indigenous crayfish: stock assessment and habitat requirements in the threatened Austropotamobius italicus. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, Wiley, 2008, 18 (7), pp.1227-1239. ⟨10.1002/aqc.935⟩. ⟨hal-00376434⟩
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J. Dieguez-Uribeondo, F. Royo, C. Souty-Grosset, A. Ropiquet, F. Grandjean. Low genetic variability of the white-clawed crayfish in the Iberian Peninsula : its origin and management implications. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, Wiley, 2008, 18, pp.19-31. ⟨hal-00259811⟩
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Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu. Dynamic and static limitation in multiscale reaction networks, revisited. Chemical Engineering Science, Elsevier, 2008, Advances in Chemical Engineering, 34, pp.103-173. ⟨inria-00184976⟩
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R. Cordaux, S. Pichon, A. Ling, P. Perez, C. Delaunay, et al.. Intense transpositional activity of insertion sequences in an ancient obligate endosymbiont. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2008, 25 (9), pp.1889-1896. ⟨10.1093/molbev/msn134⟩. ⟨hal-00319882⟩
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Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. Monatshefte für Mathematik, Springer Verlag, 2008, 155 (3-4), pp.377-419. ⟨10.1007/s00605-008-0009-7⟩. ⟨inria-00330567⟩
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Ovidiu Radulescu, Alexander Gorban, Andrei Zinovyev, Alain Lilienbaum. Robust simplifications of multiscale biochemical networks. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2008, 2:86. ⟨inria-00331212⟩
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Marco Moroldo, Sophie Paillard, Raffaella Marconi, Fabrice Legeai, Aurélie Canaguier, et al.. A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance. BMC Plant Biology, BioMed Central, 2008, 8 (66), ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩. ⟨inria-00329169⟩
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C. Souty-Grosset, S. Corre, G. Freyssinel, V. Aubert, V. Donque, et al.. Diversity of terrestrial isopods and habitats in Poitou-Charentes (western France). Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology (ISTIB07), 2008, pp.21-37. ⟨hal-00348608⟩
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F. Grandjean, S. Verne, C. Cherbonnel, A. Richard. Fine-scale genetic structure of Atlantic salmon (Salmo salar) using microsatellite markers: effects of restocking and natural recolonization. Freshwater Biology, Wiley, 2008, 54, pp.417-433. ⟨10.1111/j.1365-2427.2008.02116.x⟩. ⟨hal-00375187⟩
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R. Cordaux. ISWpi1 from Wolbachia pipientis defines a novel group of insertion sequences within the IS5 family. Gene, Elsevier, 2008, 409, pp.20-27. ⟨hal-00207258⟩
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Agnès Robin, Gérard Vansuyt, Philippe Hinsinger, Jean Marie Meyer, Jean-François Briat, et al.. Iron Dynamics in the Rhizosphere : Consequences for Plant Health and Nutrition. Advances in Agronomy, Elsevier, 2008, 99, pp.183-225. ⟨10.1016/S0065-2113(08)00404-5⟩. ⟨hal-00332616⟩
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R. Cordaux, D. Bouchon. Reorganization and monophyly of the genus Rickettsiella: All in good time - Authors' reply. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2008, 74 (16), pp.5264. ⟨hal-00319893⟩
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Olivier Filangi, Yoann Beausse, Anthony Assi, Ludovic Legrand, Jean-Marc Larré, et al.. BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩. ⟨inria-00327502⟩
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V. Doublet, C. Souty-Grosset, D. Bouchon, R. Cordaux, I. Marcade. A Thirty Million Year-Old Inherited Heteroplasmy. PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (8), pp.e2938. ⟨hal-00319890⟩
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C. Braquart-Varnier, M. Lachat, J. Herbiniere, M. Johnson, Y. Caubet, et al.. Wolbachia Mediate Variation of Host Immunocompetence. PLoS ONE, Public Library of Science, 2008, 3 (9), pp.e3286. ⟨hal-00325528⟩
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Xavier Raynaud, Benoit Jaillard, Paul Leadley. Plants may alter competition by modifying nutrient bioavailability in rhizosphere: a modeling approach. The American Naturalist, The American Society of Naturalists, 2008, 171 (1), pp.44-58. ⟨bioemco-00167407⟩
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S. Bertocchi, S. Brusconi, F. Gherardi, F. Grandjean, C. Souty-Grosset. Genetic variability of the threatened crayfish Austropotamobius italicus in Tuscany (Italy): implications for its management. Fundamental and Applied Limnology, E Schweizerbart Science Publishers, 2008, 173, pp.153-164. ⟨hal-00376426⟩
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H. Ben Afia Hatira, F. Charfi-Cheikhrouha, D. Bouchon. Wolbachia in terrestrial isopods in Tunisia. Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.116-123. ⟨hal-00372793⟩
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Fabrice Legeai, E. Paux, Nicolas Guilhot, Anne-Françoise Adam-Blondon, Michaël Alaux, et al.. Physical mapping in large genomes: accelerating anchoring of BAC contigs to genetic maps through in silico analysis.. Funct Integr Genomics., SpringerLink, 2008, Funct Integr Genomics., 8 (1), pp.29-32. ⟨inria-00329085⟩
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B. Renai, M.C. Trouilhe, B. Bourdon, E. Bachelier, B. Parinet, et al.. Impact of heat wave on brooks harbouring the white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) in western France (Deux-Sèvres). Freshwater Crayfish, 2008, 16, pp.57-69. ⟨hal-00377013⟩
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Nolwenn Le Meur, Robert Gentleman. Modeling synthetic lethality. Genome Biology, BioMed Central, 2008, 9 (9), pp.R135. ⟨10.1186/gb-2008-9-9-r135⟩. ⟨inria-00337291⟩
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Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, et al.. Optimal neighborhood indexing for protein similarity search. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩. ⟨inria-00340510⟩
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Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2105-9-228⟩. ⟨inria-00330578⟩
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F.-J. Richard, A. Aubert, Cm Grozinger. Modulation of social interactions by immune stimulation in honey bee, Apis mellifera, workers. BMC Biology, BioMed Central, 2008, 6, pp.50. ⟨10.1186/1741-7007-6-50⟩. ⟨hal-00384087⟩
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Guillaume Launay, Thomas Simonson. Homology modelling of protein-protein complexes: a simple method and its possibilities and limitations. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9, pp.427. ⟨inria-00338202⟩
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S. Serbielle, S. Chowdhury, S. Pichon, S. Dupas, J. Lesobre, et al.. Viral cystatin evolution and three-dimensional structure modelling: a case of directional selection acting on a viral protein involved in a host-parasitoid interaction. BMC Biology, BioMed Central, 2008, 6 (1), pp.38. ⟨hal-00324548⟩
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O. Duron, D. Bouchon, S. Boutin, L. Bellamy, L. Zhou, et al.. The diversity of reproductive parasites among arthropods: Wolbachia do not walk alone. BMC Biology, BioMed Central, 2008, pp.6-27. ⟨10.1186/1741-7007-6-27⟩. ⟨hal-00293355⟩
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Dominique Lavenier, Xianyang Jiang, Stephen Yau. Coding Region Prediction Based on a Universal DNA Sequence Representation Method. Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (10), pp.1237-1256. ⟨10.1089/cmb.2008.0041⟩. ⟨inria-00347594⟩
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J. Herbiniere, P. Greve, J.-M. Strub, D. Thierse, Frelon Raimond M., et al.. Protein profiling of hemocytes from the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare. Developmental and Comparative Immunology, Elsevier, 2008, 32, pp.875-882. ⟨hal-00270694⟩
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M. Sicard, M. Raimond, O. Prats, A. Lafitte, C. Braquart-Varnier. Pathogenic effect of entomopathogenic nematode-bacterium complexes on terrestrial isopods. Journal of Invertebrate Pathology, Elsevier, 2008, 99, pp.20-27. ⟨hal-00324195⟩
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V. Emelianoff, N. Le Brun, S. Pages, P. Stock, P. Tailliez, et al.. Isolation and identification of entomopathogenic nematodes and their symbiotic bacteria from Hérault and Gard (Southern France). Journal of Invertebrate Pathology, Elsevier, 2008, pp.211-217. ⟨hal-00281951⟩
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Israël-César Lerman, Kaddour Bachar. Comparaison de deux critères en classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté, Application en imagerie numérique. Journal de la Société Française de Statistique & Revue de Statistique Appliquée, Société Française de Statistique, 2008, 149 (2), pp.45-74. ⟨inria-00322083⟩
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Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov. A dynamic programming based reduction procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem. European Journal of Operational Research, Elsevier, 2008, 186 (1), pp.63-76. ⟨10.1016/j.ejor.2006.02.058⟩. ⟨inria-00184771⟩
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Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov. A dynamic programming based procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem. European Journal of Operational Research, Elsevier, 2008, 186 (1), pp.63-76. ⟨hal-00445839⟩
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Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, et al.. From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems. Theoretical Biology Insights, Libertas Academica, 2008, 1, pp.13-22. ⟨inria-00331281⟩
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Anne Straczek, Geraldine Sarret, Alain Manceau, Philippe Hinsinger, Nicolas Geoffroy, et al.. Zinc distribution and speciation in roots of various genotypes of tobacco exposed to Zn. Environmental and Experimental Botany, Elsevier, 2008, 63, pp.80-90. ⟨hal-00311796⟩
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Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frédéric Boyer, Alair Pereira Do Lago, Marie-France Sagot. Lossless filter for multiple repetitions with Hamming distance. Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2008, 6 (3), pp.497-509. ⟨10.1016/j.jda.2007.03.003⟩. ⟨inria-00179731⟩
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R. Cordaux. The human genome in the LINE of fire. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2008, 105, pp.19033-19034. ⟨hal-00345406⟩
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M. E. Hanley, M. Franco, S. Pichon, B. Darvill, D. Goulson. Breeding system, pollinator choice and variation in pollen quality in British herbaceous plants. Functional Ecology, Wiley, 2008, 22, pp.592-598. ⟨10.1111/j.1365-2435.2008.01415.x⟩. ⟨hal-00300627⟩
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Pierre Peterlongo, Julien Allali, Marie-France Sagot. Indexing gapped-factors using a tree. International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2008, 19 (1), pp.71-87. ⟨10.1142/S0129054108005541⟩. ⟨inria-00179719⟩
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C. Felix, S. Pichon, C. Braquart-Varnier, H. Braig, L. Chen, et al.. Characterization and transcriptional analysis of two gene clusters for type IV secretion machinery in Wolbachia of Armadillidium vulgare. Research in Microbiology, Elsevier, 2008, 159 (6), pp.481-485. ⟨hal-00319920⟩
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Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev. Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology. Computers and Mathematics with Applications, Elsevier, 2008, 55 (Issue 5 (March 2008)), pp.1054-1067. ⟨10.1016/j.camwa.2006.12.103⟩. ⟨inria-00335126⟩
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Communication dans un congrès

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Xioachun Ye, Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier, Dongrui Fan. Efficient Parallelization of a Protein Sequence Comparison Algorithm on Manycore Architecture. Ninth International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies, Dec 2008, France. online proceedings: http://www.cs.otago.ac.nz/pdcat08/. ⟨hal-00322732⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00322732/file/PDCAT-final-correction.pdf BibTex
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Jérémy Gruel, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking. IPG 2008, Nov 2008, Lyon, France. ⟨inria-00337265⟩
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Laurence Meire, Carine de Noose, Jean-Marie Delvoye. Transfert d'une observation exploratoire à partir du guide européen : l'expérimentation de Chapelle-lez-Herlaimont. In International Conference of Territorial Intelligence, Besançon 2008., Oct 2008, Besançon, France. pp.10, ⟨10.1000⟩. ⟨halshs-00516495⟩
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00516495/file/INTI-2008-Besancon-Meire.pdf https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-00516495/file/INTI-2008-Besancon-Meire-diapo.pdf BibTex
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Thanh-Nghi Do, Van Hoa Nguyen, François Poulet. Speed up SVM Algorithms for Massive Classification Tasks. Advanced Data Mining and Applications - 4th International Conference, ADMA'08, Oct 2008, Chengdu, China. pp.147-157. ⟨hal-00652739⟩
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Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS. CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. pp.144-155. ⟨inria-00331385⟩
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Dominique Lavenier, Julien Jacques. Parallelizing the ACGT OncoSimulator. 3rd International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology, Sep 2008, Istanbul, Turkey. online proceedings: http://www.3rd-iarwiso.iccs.ntua.gr/. ⟨hal-00322703⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00322703/file/final.pdf BibTex
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Guillaume Rizk, Dominique Lavenier. GPU Accelerated RNA-RNA Interaction Algorithm. EMBnet, Sep 2008, Martina Franca, Italy. ⟨inria-00323566⟩
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Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin. An Efficient Lagrangian Relaxation for the Contact Map Overlap Problem. WABI 2008 (8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics), Universität Karlsruhe, Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.162-173, ⟨10.1007/978-3-540-87361-7_14⟩. ⟨inria-00327135⟩
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Thanh-Nghi Do, Van Hoa Nguyen, François Poulet. A Fast Parallel SVM Algorithm for Massive Classification Tasks. Modelling, Computation and Optimization, 2nd International Conference, MCO 2008, Sep 2008, Metz, France. pp.419-428. ⟨hal-00652758⟩
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Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste. In-place Update of Suffix Array while Recoding Words. Prague Stringology Conference 2008, Sep 2008, Prague, Czech Republic. pp.54--67. ⟨inria-00327582⟩
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Benoit Lasne, Ovidiu Radulescu, Sandra Lerouge. Timescales and instabilities of shear thinning solutions of wormlike micelles. International Congress on Rheology 2008, Aug 2008, Monterey, United States. ⟨inria-00331217⟩
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Francois Moreews. GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus. ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada. ⟨inria-00329898⟩
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Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, Denis Tagu. Apollo: a tool for the manual annotation of the pea aphid genome. Pea Aphid Genome Annotation Workshop, Jul 2008, Princeton, United States. ⟨inria-00329196⟩
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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Speeding up Subset Seed Algorithm for Intensive Protein Sequence Comparison. 6th IEEE International Conference on research, innovation & vision for the future, Jul 2008, Ho Chi Minh Ville, Vietnam. ⟨inria-00321457⟩
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Marc Wessner, Martin Senger, Franck Samson, Philippe Picouet, François Moreews, et al.. BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network. Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France. ⟨inria-00327528⟩
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal Martin, et al.. A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France. ⟨hal-00729742⟩
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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France. ⟨inria-00325020⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00325020/file/plast_simd.pdf BibTex
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Pascale Kuntz, Israël-César Lerman. Directed binary hierarchies and directed ultrametrics. First joint meeting of the French and Italian Classification Societies, Jun 2008, Caserte, Italy. pp.337-340. ⟨inria-00322110⟩
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Dominique Lavenier. Ordered Index Seed Algorithm for Intensive DNA Sequence Comparison. HiCOMB 2008 : Seventh IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, Apr 2008, Miami, United States. online proceeding : http://www.hicomb.org/HiCOMB2008/. ⟨hal-00322696⟩
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Israël-César Lerman. Analyse de la Vraisemblance des Liens Relationnels. 3èmes Journées Thématiques Apprentissage Artificiel et Fouille des Données, Younès Benani, Apr 2008, Paris, France. ⟨inria-00325174⟩
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Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Modèle de PLNE pour la recherche de cliques de poids maximal. ROADEF 2008, Institut Supérieur d'Informatique, de Modélisation et de leurs Applications, Feb 2008, Clermont-Ferrand, France. ⟨inria-00327118⟩
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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU. RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse. ⟨inria-00321456⟩
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C. Klopp, F. Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue. Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics. Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States. ⟨hal-00729110⟩
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Christophe Klopp, Francois Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue. Contribution To The Annotations Of The Chicken 20K Oligo Microarray Of ARK-Genomics. International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. ⟨inria-00329915⟩
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Colette Désert, Pierre Blavy, Francois Moreews, Michel Duclos, Pascale Leroy, et al.. Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray. International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. ⟨inria-00329926⟩
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Anne Siegel. Topological properties of central tiles and boundary graphs. Number Theory and Ergodic Theory, 2008, Kanazawa, Japan. ⟨inria-00330588⟩
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Chapitre d'ouvrage

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R. Cordaux, M.A. Batzer. Evolutionary emergence of genes through retrotransposition. Encyclopedia of Life Sciences: Handbook of Human Molecular Evolution, D.N. Cooper & H. Kehrer-Sawatzki Eds., pp.1-8, 2008, ⟨10.1002/9780470015902.a0020783⟩. ⟨hal-00272417⟩
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D. Bouchon, R. Cordaux, P. Greve. Feminizing / Wolbachia/ and the evolution of sex determination in isopods. K. Bourtzis and T. Miller. Insect Symbiosis, Taylor and Francis Group LLC, pp.273-294, 2008. ⟨hal-00345410⟩
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

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Didier Caucal, Anne Siegel. Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006). Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, pp.240, 2008. ⟨inria-00330569⟩
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HDR

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Anne Siegel. Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire. Mathématiques [math]. Université Rennes 1, 2008. ⟨tel-00358996⟩
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Jacques Nicolas. Syntaxe, raisonnement et génomes. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008. ⟨tel-00355156⟩
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Autre publication

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Mehdi Darouich, Stephane Guyetant, Dominique Lavenier. Architecture flexible pour la stéréovision embarquée. 2008. ⟨inria-00329460⟩
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Ouvrage (y compris édition critique et traduction)

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François Coste, Laurent Miclet, Alexander Clark. Grammatical Inference: Algorithms and Applications 9th International Colloquium, ICGI 2008 Saint-Malo, France, September 22-24, 2008 Proceedings. Alexander Clark and François Coste and Laurent Miclet. Springer, 5278, pp.305, 2008, Lecture Notes in Artificial Intelligence, R. Goebel and J. Siekmann and W. Wahlster, 978-3-540-88008-0. ⟨10.1007/978-3-540-88009-7⟩. ⟨inria-00338208⟩
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Rapport

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Fabrice Legeai. bioperl : Bibliothèque perl pour la modélisation et le traitement de données issues de la biologie. [Technical Report] 2008. ⟨inria-00331279⟩
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Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, et al.. Modeling local repeats on genomic sequences. [Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43. ⟨inria-00353690⟩
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Alexandre Cornu, Francois Dussaugey, Dominique Lavenier. Parallel Reconfigurable Operator for Genomic Sequence Comparison: Architecture and Performance Analyses. [Research Report] RR-6776, INRIA. 2008. ⟨inria-00348482⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00348482/file/RR-6776.pdf BibTex
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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences. [Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40. ⟨inria-00275250v2⟩
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Olivier Baldellon. Alignements multiples locaux et partiels de séquences protéiques à partir de paires de fragments alignables. [Stage] 2008, pp.17. ⟨inria-00327591⟩
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Thèse

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Goulven Kerbellec. Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques. Interface homme-machine [cs.HC]. Université Rennes 1, 2008. Français. ⟨tel-00327938⟩
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2007

Article dans une revue

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Claire Corratgé, Sabine Zimmermann, Raphaël Lambilliotte, Claude Plassard, Roland Marmeisse, et al.. Molecular and Functional Characterization of a Na+-K+ Transporter from the Trk Family in the Ectomycorrhizal Fungus Hebeloma cylindrosporum.. Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2007, 282 (36), pp.26057-26066. ⟨10.1074/jbc.M611613200⟩. ⟨hal-00171070⟩
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Fabienne Vailleau, Elodie Sartorel, Marie-Françoise Jardinaud, Fabien Chardon, Stéphane Genin, et al.. Characterization of the Interaction Between the Bacterial Wilt Pathogen Ralstonia solanacearum and the Model Legume Plant Medicago truncatula. Molecular Plant-Microbe Interactions, American Phytopathological Society, 2007, vol. 20 n° 2., pp.159-167. ⟨hal-00467114⟩
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Julie Bailly, Jean-Claude Debaud, Marie-Christine Verner, Claude Plassard, Michel Chalot, et al.. How does a symbiotic fungus modulate expression of its host-plant nitrite reductase?. New Phytologist, Wiley, 2007, 175, pp.155-165. ⟨10.1111/j.1469-8137.2007.02066.x⟩. ⟨halsde-00164654⟩
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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?. Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2007, 275, pp.27-31. ⟨inria-00178791⟩
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J. Bertaux, J. Garbaye Klett, P. Frey. Intracellular bacteria in mushrooms, the hidden face of mycology. Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2007, 283, pp.35-38. ⟨hal-00260571⟩
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Claude Rispe, Mayako Kutsukabe, Vincent Doublet, Sylvie Hudaverdian, Fabrice Legeai, et al.. Large Gene Family Expansion and Variable Selective Pressures for Cathepsin B in Aphids. Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2007, ⟨10.1093/molbev/msm222⟩. ⟨inria-00180087⟩
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Sébastien Tempel, Jacques Nicolas, Abdelhak El Amrani, Ivan Couée. Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana. Gene, Elsevier, 2007, 403 (1-2), ⟨10.1016/j.gene.2007.06.030⟩. ⟨inria-00180376⟩
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Jérôme Jaffrain, F. Gérard, Michel Meyer, J. Ranger. Assessing the quality of dissolved organic matter in forest soils using ultraviolet absorption spectrophotometry. Soil Science Society of America Journal, Soil Science Society of America, 2007, 71 (6), pp.1851-1858. ⟨10.2136/sssaj2006.0202⟩. ⟨hal-00460819⟩
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Jean-Marie Renard, Annabel Bourdé, Marc Cuggia, Nicolas Garcelon, Nathalie Souf, et al.. An Internet supported workflow for the publication process in UMVF (French Virtual Medical University). International Journal of Medical Informatics, Elsevier, 2007, 76 (5), pp.363-368. ⟨hal-00499517⟩
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Marc Cuggia, Stéfan Darmoni, Nicolas Garcelon, Lina Soualmia, Annabel Bourdé. Doc'UMVF: Two search tools to provide quality-controlled teaching resources in French to students and teachers. International Journal of Medical Informatics, Elsevier, 2007, 6 (5), pp.357-362. ⟨10.1016/j.ijmedinf.2007.01.001⟩. ⟨hal-00499257⟩
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Alexander Gorban, Ovidiu Radulescu. Dynamical robustness of biological networks with hierarchical distribution of time scales. IET Systems Biology, Institution of Engineering and Technology, 2007. ⟨inria-00181450⟩
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Dominique Lavenier, Gilles Georges, Xinchun Liu. A Reconfigurable Index FLASH Memory tailored to Seed-Based Genomic Sequence Comparison Algorithms. The Journal of VLSI Signal, Springer Verlag, 2007, 48 (3), pp.255-269. ⟨10.1007/s11265-007-0073-6⟩. ⟨inria-00178314⟩
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P. Beatrice, V. Regis, D. Philippe, P. Remy, P. Francoise, et al.. An automatic calibration approach for left ventricular volume assessment. Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc, 2007, 2007, pp.4460--4463. ⟨hal-02078945⟩
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Ovidiu Radulescu, Aurélie Muller, Alina Crudu. Théorèmes limites pour des processus de Markov à sauts. Synthèse des résultats et applications en biologie moleculaire. Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, Lavoisier, 2007, 26 (3-4), pp.443-469. ⟨10.3166/tsi.26.443-469⟩. ⟨inria-00181451⟩
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic Beta-Expansions in the Non-Unit Case. Journal of Number Theory, Elsevier, 2007, 127, pp.153-172. ⟨lirmm-00212296⟩
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. Journal of Number Theory, Elsevier, 2007, 127 (2), pp.153-172. ⟨inria-00181997⟩
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Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier. Path-equivalent developments in acyclic weighted automata. International Journal of Foundations of Computer Science, World Scientific Publishing, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩. ⟨inria-00271646⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00271646/file/gvl-ijfcs-07-preprint.pdf BibTex
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Gilles Didier, Carito Guziolowski. Mapping sequences by parts. Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩. ⟨inria-00180004⟩
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Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. Journal of Biological Physics and Chemistry, Basel, Switzerland : Collegium Basilea (Institute of Advanced Study) ; Tbilisi : Association of Modern Scientific Investigation (AMSI), 2007, 7, pp.37-43. ⟨inria-00178914⟩
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Communication dans un congrès

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Dennis Wegener, Thierry Sengstag, Stelios Sfakianakis, Stefan Rüping, Anthony Assi. GridR: An R-based grid-enabled tool for data analysis in ACGT clinico-genomics trials. 3rd IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, Dec 2007, Bangalore, India. ⟨inria-00179078⟩
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Thibaut Henin. Représentation par jeux du chaos de séquences d'ADN. Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France. ⟨hal-00181675⟩
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Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, et al.. Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware. Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. ⟨inria-00178325⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00178325/file/Lav07cb.pdf BibTex
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Israël-César Lerman. Sur les différentes expressions formelles d'une hiérarchie binaire symétrique ou implicative. XIV Rencontres de la Société Francophone de Classification, École Nationale des Télécommunications de Paris, Sep 2007, Paris, France. pp.139-142. ⟨inria-00180133⟩
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François Coste, Pierre Peterlongo, Matthias Gallé. Mise à jour incrémentale de tableau des suffxes en cours de recodage. Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France. ⟨inria-00186352⟩
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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models. 6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland. ⟨inria-00178854⟩
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Kaddour Bachar, Israël-César Lerman. Comparaison de deux critères de la CAH sous contrainte de contiguïté spatiale. 39-èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2007, Angers, France. ⟨inria-00180155⟩
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Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of central tiles for substitutions. Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria. ⟨inria-00180246⟩
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Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas. Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale. FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France. ⟨hal-00186471⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00186471/file/veber4.pdf BibTex
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François Coste, Goulven Kerbellec. Problème d'optimisation de recherche de cliques pour caractériser des familles de protéines. ROADEF 2007, Universités de Grenoble, Feb 2007, Grenoble, France. pp.157--158. ⟨inria-00180494⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00180494/file/coste_kerbellec_roadef07.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

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Israël-César Lerman, Philippe Peter. Representation of Concept Description by Multivalued Taxonomic Preordonance Variables. Brito, P. and Bertrand, P. and Cucumel, G. and de Carvalho, F. Selected Contributions in Data Analysis and Classification, Springer, pp.271-284, 2007, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge organization. ⟨inria-00180101⟩
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Israël-César Lerman, Jérôme Azé. A New Probabilistic Measure of Interestingness for Association Rules, Based on the Likelihood of the Link. Guillet, F. and Hamilton, H. Quality Measures in Data Mining. Studies in Computational Intelligence, Springer, pp.207-236, 2007. ⟨inria-00180117⟩
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Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, et al.. Recent advances in solving the protein threading problem. Talbi, El-Ghazali and Zomaya, Albert Y. Grid Computing for Bioinformatics and Computational Biology, Wiley, pp.325-356, 2007, 978-0-471-78409-8. ⟨inria-00180695⟩
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Autre publication

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David Allouche, Anthony Assi, Yoann Beausse, Christophe Caron, Olivier Filangi, et al.. BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management. 2007. ⟨inria-00176506⟩
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Etienne Giraudet, Eric Docet, Jérémie Bourdon. POGG: Integrating qualitative and quantitative data of macromolecular networks. A probabilistic toolbox. 2007. ⟨hal-00445610⟩
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Rapport

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Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. [Research Report] RR-6190, INRIA. 2007, pp.14. ⟨inria-00145537v2⟩
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Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, et al.. Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem. [Research Report] RR-6253, INRIA. 2007, pp.41. ⟨inria-00165274v2⟩
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Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. [Research Report] 2007. ⟨inria-00185038⟩
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Laurent Chamoin. Recherche de modules dans le réseau MAPK. [Intership report] 2007. ⟨inria-00185032⟩
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Jessie Mahé. Parsing avec erreurs par un protomate. [Stage] 2007, pp.45. ⟨inria-00185428⟩
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Michel Le Borgne, Philippe Veber. Decision Diagrams for Qualitative Biological Models. [Research Report] RR-6182, INRIA. 2007, pp.17. ⟨inria-00144597v2⟩
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Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. [Research Report] 2007. ⟨inria-00180239⟩
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Matthias Gallé. In-place updating suffix arrays for grammatical inference. [Intership report] 2007. ⟨inria-00186356⟩
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Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, et al.. Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem. [Research Report] PI 1856, 2007, pp.38. ⟨inria-00170619⟩
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Nicola Yanev, Rumen Andonov. A Novel Algorithm for Finding Maximum Common Ordered Subgraph. [Research Report] RR-6287, INRIA. 2007, pp.18. ⟨inria-00171780v2⟩
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Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language. [Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19. ⟨inria-00186568v3⟩
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Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin. Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap. [Research Report] RR-6370, INRIA. 2007, pp.20. ⟨inria-00192206v2⟩
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Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin. Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap. [Research Report] PI 1872, 2007, pp.22. ⟨inria-00192316⟩
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Thèse

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Philippe Veber. Modélisation grande échelle de réseaux biologiques :
vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données. Génie logiciel [cs.SE]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨tel-00185895v3⟩
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Sébastien Tempel. Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables. Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨tel-00185256⟩
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2006

Article dans une revue

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Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Alain Viari, et al.. GenoLink: A graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩. ⟨hal-02072519⟩
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Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas. Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis.. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7, pp.477. ⟨10.1186/1471-2105-7-477⟩. ⟨hal-00129773⟩
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Nicolas Deroche, Mathieu Giraud. Symbiologik : jouez avec les gènes. Interstices, INRIA, 2006, ⟨https://interstices.info/jcms/c_15964/symbiologik-jouez-avec-les-genes⟩. ⟨hal-01352610⟩
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Israël-César Lerman. Coefficient numérique général de discrimination de classes d'objets par des variables de types quelconques. Application à des données génotypiques. Revue de Statisque Appliquée, CERESTA, 2006, Revue de Statistique Appliquée, LIV (2), pp.33-63. ⟨inria-00180080⟩
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Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César Lerman, Anne-Sophie Valin, et al.. Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.. Bioinformatics (Oxford, England), 2006, 22(16), pp.1948-1954. ⟨hal-00090517⟩
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Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, et al.. Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks. BioSystems, Elsevier, 2006, 84, pp.153-174. ⟨inria-00178809⟩
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Sandrine Pawlicki, Anne-Sophie Valin, Mathieu Giraud, Gilles Georges, Christian Delamarche, et al.. Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.. Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12. ⟨hal-00456604⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00456604/file/pawlicki-et-al-2006-1.pdf BibTex
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Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel. Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group. Annales de l'Institut Fourier, Association des Annales de l'Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212. ⟨inria-00178799⟩
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Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne. Topology and static response of interaction networks in molecular biology. Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. ⟨10.1098/rsif.2005.0092⟩. ⟨inria-00178842⟩
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Mariano Latorre, Herman Silva, Juan Saba, Carito Guziolowski, Paula Vizoso, et al.. JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7, pp.513. ⟨10.1186/1471-2105-7-513⟩. ⟨inria-00180207⟩
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Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Yves Vandenbrouck, et al.. GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩. ⟨hal-00784481⟩
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Zsofia Kote-Jarai, Lucy Matthews, Ana Osorio, Susan Shanley, Ian Giddings, et al.. Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.. Clinical Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901. ⟨inria-00180301⟩
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Communication dans un congrès

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Dominique Lavenier, Liu Xinchun, Gilles Georges. Seed-based Genomic Sequence Comparison using a FPGA/FLASH Accelerator. International IEEE Conference on Field Programmable Technology, Dec 2006, Thailand. http://fpt.selfip.org/fpt06/program.php. ⟨hal-00179994⟩
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Gilles Georges, Steven Derrien, Stéphane Rubini, Frédéric Raimbault, Laurent Amsaleg, et al.. Remix : une architecture pour la recherche dans les masses de données indexées. Symposium en archichecture de machines (Sympa) 2006, Oct 2006, Perpignan, France. pp.142-153. ⟨hal-00505589⟩
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Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel. Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings. Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France. ⟨inria-00180242⟩
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Guillaume Collet, Nicola Yanev, Antoine Marin, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat. A flexible model for protein fold recognition. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France. ⟨inria-00185460⟩
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François Coste, Goulven Kerbellec. Learning Automata on Protein Sequences. JOBIM, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.199--210. ⟨inria-00180429⟩
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Van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle. RVIF, Feb 2006, HCM, Vietnam. ⟨inria-00180372⟩
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Guillaume Collet, Antoine Marin, Nicola Yanev, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat. Implémentation d'un algorithme d'alignement semi-global utilisant des paramètres non locaux pour la reconnaissance de repliement. ROADEF, Feb 2006, Lilles, France. ⟨inria-00177926⟩
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Dominique Lavenier. Fine-Grained Parallelism for Genomic Computation. Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, Feb 2006, United States. ⟨hal-00179996⟩
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Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud. Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions. 2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩. ⟨hal-00107094⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Rumen Andonov, Stefan Balev, Nicola Yanev. High-performance alignment methods for protein threading. Albert Zomaya. Parallel computing for bioinformatics and computational biology, Wiley, pp.427-457, 2006. ⟨hal-00445827⟩
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Rapport

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Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev. Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology. [Research Report] PI 1814, 2006, pp.18. ⟨inria-00091944⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00091944/file/PI-1814.pdf BibTex
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Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev. Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology. [Research Report] RR-5973, INRIA. 2006. ⟨inria-00090635v2⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00090635/file/RR-5973.pdf BibTex
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Israël-César Lerman. Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie binaire implicative ; niveaux et noeuds significatifs. [Research Report] PI 1827, 2006, pp.45. ⟨inria-00115826v2⟩
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Thibaut Henin. Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN. [Stage] 2006. ⟨inria-00177858⟩
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2005

Article dans une revue

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Starkie Bradford, François Coste, Menno Van Zaanen. Progressing the state-of-the-art in grammatical inference by competition. AI Communications, IOS Press, 2005, 18 (2), pp.93-115. ⟨http://iospress.metapress.com/content/2laxdtw2pu7au613⟩. ⟨inria-00412610⟩
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Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu. Complex Qualitative Models in Biology: a new approach. Complexus, Karger, 2005, 2, pp.140-151. ⟨inria-00178819⟩
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Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, et al.. The dog and rat olfactory receptor repertoires. Genome Biology, BioMed Central, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩. ⟨hal-00107100⟩
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Dominique Lavenier. Accélérer l'exploration et l'analyse des textes des génomes. Interstices, INRIA, 2005. ⟨inria-00000526⟩
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Tilings Associated with Beta-numeration and Substitutions. Integers : Electronic Journal of Combinatorial Number Theory, State University of West Georgia, Charles University, and DIMATIA, 2005, Proceedings of the 2004 Number Theoretic Algorithms and Related Topics Workshop, 5 (3), pp.A2. ⟨lirmm-00105299⟩
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Jacques Nicolas, Patrick Durand, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin. Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes. Bioinformatics (Oxford, England), 2005, 21(24), pp.4408-4410. ⟨hal-00015234⟩
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J. W. Wiechers, A. V. Rawlings, C. Garcia, C. Chesné, P. Balaguer, et al.. A new mechanism of action for skin whitening agents: binding to the peroxisome proliferator-activated receptor. International Journal of Cosmetic Science, Wiley, 2005, 27 (2), pp.123--132. ⟨10.1111/j.1467-2494.2004.00256.x⟩. ⟨hal-01068390⟩
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Communication dans un congrès

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Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier. Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37. ⟨inria-00001036⟩
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Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, et al.. Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana. XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France. ⟨hal-00015261⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Dominique Lavenier, Mathieu Giraud. Bioinformatics Applications. Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2. ⟨inria-00000501⟩
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Autre publication

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Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas. Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes.. 2005. ⟨hal-00129758⟩
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Rapport

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Maximilian Häußler, Jacques Nicolas. Motif Discovery on Promotor Sequences. [Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136. ⟨inria-00070303⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00070303/file/RR-5714.pdf BibTex
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François Coste, Goulven Kerbellec. A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins. [Research Report] RR-5672, INRIA. 2005, pp.17. ⟨inria-00070340⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00070340/file/RR-5672.pdf BibTex
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François Coste, Goulven Kerbellec. A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins. [Research Report] PI 1735, 2005. ⟨inria-00000179⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00000179/file/PI-1735.pdf BibTex

Thèse

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Ingrid Jacquemin. Découverte de motifs relationnels en bioinformatique: application à la prédiction de ponts disulfures. Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨tel-00185499⟩
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Aurélien Leroux. Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : application à la découverte de motifs dans des familles de protéines. Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨tel-00185489⟩
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Pré-publication, Document de travail

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F. Lefebvre. Inventaire des crustacés de la Réserve Naturelle de Chérine (PNR Brenne, Indre). 2005. ⟨hal-00355807⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00355807/file/Rapport_Inventaire_Crustaces_RN_Cherine.pdf BibTex

2004

Article dans une revue

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R.S. Terry, J.E. Smith, R.G. Sharpe, T. Rigaud, D.T.J. Littlewood, et al.. Widespread vertical transmission and associated host sex-ratio distortion within the eukaryotic phylum Microspora. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Royal Society, The, 2004, 271, pp.1783-1789. ⟨hal-00260764⟩
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Nouri Ben Zakour, Michel Gautier, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Marie-Françoise Cochet, et al.. GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2004, 32 (1), pp.17-24. ⟨10.1093/nar/gkg928⟩. ⟨hal-01454461⟩
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Rapport

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François Coste, Goulven Kerbellec, Boris Idmont, Daniel Fredouille, Christian Delamarche. Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP. [Rapport de recherche] RR-5176, INRIA. 2004. ⟨inria-00071412⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00071412/file/RR-5176.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case. 2004. ⟨hal-00002208⟩
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2003

Article dans une revue

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Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, et al.. Integration of data and methods for genome analysis.. Current Opinion in Drug Discovery and Development, Thomson Reuters (Professional), 2003, 6 (3), pp.346-52. ⟨hal-02072584⟩
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Rapport

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François Coste, Daniel Fredouille. What is the Search Space for the Inference of Non Deterministic, Unambiguous and Deterministic Automata ?. [Research Report] RR-4907, INRIA. 2003. ⟨inria-00071673⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00071673/file/RR-4907.pdf BibTex
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Rumen Andonov, Nicola Yanev, Dominique Lavenier, Philippe Veber. Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes. [Research Report] RR-4853, INRIA. 2003. ⟨inria-00071730⟩
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2002

Communication dans un congrès

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Dominique Lavenier, Hugues Leroy, Michel Hurfin, Rumen Andonov, L. Mouchard, et al.. Le projet GénoGRID : une grille expérimentale pour la génomique. Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques, 2002, Saint Malo, France. pp.27-32. ⟨hal-00465092⟩
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Jocelyne Erhel, Philippe Ackerer, Jean-Raynald de Dreuzy, Michel Kern, Hugues Leroy, et al.. Couplage par composants logiciels de codes d'hydrogéologie. École GRID 2002, 2002, Aussois, France. ⟨hal-01316192⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01316192/file/ErhelAckerer_Aussois_2002.pdf BibTex

Rapport

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Nicola Yanev, Rumen Andonov. The Protein Threading Problem is in P?. [Research Report] RR-4577, INRIA. 2002. ⟨inria-00072011⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00072011/file/RR-4577.pdf BibTex
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. [Research Report] RR-4619, INRIA. 2002. ⟨inria-00071966⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00071966/file/RR-4619.pdf BibTex
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Frédéric Raimbault, Dominique Lavenier. ROOM : reconfigurable object-oriented machines for specific applications. [Research Report] RR-4588, INRIA. 2002. ⟨inria-00071997⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00071997/file/RR-4588.pdf BibTex

1999

Article dans une revue

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Catherine Belleannee, Pascal Brisset, Olivier Ridoux. A pragmatic reconstruction of Lambda-Prolog. Journal of Logic Programming, Elsevier, 1999, 41 (1), pp 67-102. ⟨10.1016/S0743-1066(98)10038-9⟩. ⟨hal-00934033⟩
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