Publications HAL du labo/EPI symbiose;dyliss

2024

Article dans une revue

ref_biblio: Y. Pechaud, N. Derlon, Isabelle Queinnec, Y. Bessiere, E. Paul. Modelling biofilm development: the importance of considering the link between EPS distribution, detachment mechanisms and physical properties. Water Research, 2024, 250, pp.120985. ⟨10.1016/j.watres.2023.120985⟩. ⟨hal-04334703⟩
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ref_biblio: Marine Louarn, Guillaume Collet, Eve Barre, Thierry Fest, Olivier Dameron, et al.. Regulus infers signed regulatory relations from few samples' information using discretization and likelihood constraints. PLoS Computational Biology, 2024, 20 (1), pp.e1011816. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011816⟩. ⟨hal-04443527⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé. CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems. AAAI 2024 - The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8. ⟨hal-04420454⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Joris M Koene, Daniel J. Jackson, Yumi Nakadera, Nicolas Cerveau, Mohammed‐amin Madoui, et al.. The genome of the simultaneously hermaphroditic snail Lymnaea stagnalis reveals an evolutionary expansion of FMRFamide-like receptors. 2024. ⟨hal-04465013⟩
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2023

Article dans une revue

ref_biblio: Irene Gonzalez-Salgado, Mansour Bounouba, Simon Dubos, Evrard Mengelle, Christelle Guigui, et al.. Influence of feed salinity on ammonia recovery from high-strength effluents in transmembrane chemical absorption process. Journal of Membrane Science, 2023, 687, pp.122086. ⟨10.1016/j.memsci.2023.122086⟩. ⟨hal-04334668⟩
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ref_biblio: Nicolas Buton, François Coste, Yann Le Cunff. Predicting enzymatic function of protein sequences with attention. Bioinformatics, 2023, 39 (10), pp.1-10. ⟨10.1093/bioinformatics/btad620⟩. ⟨hal-04382475⟩
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ref_biblio: Maud Rimbault, Fabrice Legeai, Jean Peccoud, Lucie Mieuzet, Elsa Call, et al.. Contrasting Evolutionary Patterns Between Sexual and Asexual Lineages in a Genomic Region Linked to Reproductive Mode Variation in the pea aphid. Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (9), pp.1-18. ⟨10.1093/gbe/evad168⟩. ⟨hal-04232477⟩
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ref_biblio: Olivier Dennler, François Coste, Samuel Blanquart, Catherine Belleannée, Nathalie Théret. Phylogenetic inference of the emergence of sequence modules and protein-protein interactions in the ADAMTS-TSL family. PLoS Computational Biology, 2023, 19 (8), pp.e1011404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011404⟩. ⟨hal-04248728⟩
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ref_biblio: Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, et al.. Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85. mSystems, 2023, 8 (3), pp.1-23. ⟨10.1128/msystems.01027-22⟩. ⟨hal-04131368⟩
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ref_biblio: Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, et al.. Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe. Genome Research, 2023, 33, pp.972 - 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩. ⟨hal-04192851v3⟩
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ref_biblio: Sébastien Alfonso, Camille Houdelet, Eduardo Bessa, Benjamin Geffroy, Bastien Sadoul. Water temperature explains part of the variation in basal plasma cortisol level within and between fish species. Journal of Fish Biology, 2023, ⟨10.1111/jfb.15342⟩. ⟨hal-04016916⟩
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ref_biblio: Panukorn Boonsit, Itsanun Wiwatanaratanabutr, Perran Ross, Frederic Grandjean, Chris Austin, et al.. Distribution of Wolbachia infection in butterflies (Lepidoptera): First systematic report from Thailand. Oriental Insects, 2023, pp.1-15. ⟨10.1080/00305316.2023.2167883⟩. ⟨hal-04142142⟩
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ref_biblio: Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker. Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies. Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩. ⟨hal-04084869⟩
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ref_biblio: Anca Caranfil, Yann Le Cunff, Charles Kervrann. BayesTICS: Local temporal image correlation spectroscopy and Bayesian simulation technique for sparse estimation of diffusion in fluorescence imaging. Biological Imaging, 2023, Biological Imaging, 3, pp.1-12. ⟨10.1017/s2633903x23000041⟩. ⟨hal-04355179⟩
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ref_biblio: Axelle Gardin, Olga Otero, Elodie Réveillac, Alexandra Lafitte, Xavier Valentin, et al.. Seasonality and growth in tropical freshwater ectotherm vertebrates: Results from 1‐year experimentation in the African gray bichir, giraffe catfish, and the West African mud turtle. Ecology and Evolution, 2023, 13 (3), pp.e9936. ⟨10.1002/ece3.9936⟩. ⟨hal-04059572⟩
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ref_biblio: Ana-Cristina Torres, Baptiste Bedessem, Nicolas Deguines, Colin Fontaine. Online data sharing with virtual social interactions favor scientific and educational successes in a biodiversity citizen science project. Journal of Responsible Innovation, 2023, 10 (1), pp.2019970. ⟨10.1080/23299460.2021.2019970⟩. ⟨hal-03629175⟩
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ref_biblio: Thomas Baudry, Maud Laffitte, Charlotte Noizat, Carine Delaunay, Grégoire Ricou, et al.. Influence of distance from source population and seasonality in eDNA detection of white‐clawed crayfish, through qPCR and ddPCR assays. Environmental DNA, 2023, 5 (4), pp.733-749. ⟨10.1002/edn3.435⟩. ⟨hal-04186454⟩
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ref_biblio: Alexandre Chemin, Iryna Knysh, Denis Ari, Marie Cordier, Thierry Roisnel, et al.. Phospha-cyanines in Their Ideal Polymethine State: Synthesis and Structure–Property Relationships. Journal of Physical Chemistry A, 2023, 127 (49), pp.10457-10463. ⟨10.1021/acs.jpca.3c07039⟩. ⟨hal-04331049⟩
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ref_biblio: Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret. Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs. BMC Genomics, 2023, 23, pp.1-20. ⟨10.1186/s12864-023-09751-1⟩. ⟨hal-04304335⟩
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ref_biblio: Cybèle Prigot-Maurice, Baptiste Lheraud, Samuel Guéritault, Sophie Beltran-Bech, Richard Cordaux, et al.. Investigating Wolbachia symbiont-mediated host protection against a bacterial pathogen using a natural Wolbachia nuclear insert. Journal of Invertebrate Pathology, 2023, 197, pp.107893. ⟨10.1016/j.jip.2023.107893⟩. ⟨hal-04240965⟩
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ref_biblio: Maxime Pineaux, Stéphane Grateau, Tiffany Lirand, Pierrick Aupinel, Freddie-Jeanne Richard. Honeybee queen exposure to a widely used fungicide disrupts reproduction and colony dynamic. Environmental Pollution, 2023, 322, pp.121131. ⟨10.1016/j.envpol.2023.121131⟩. ⟨hal-04052613⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret. Combined transcriptomics and metabolomics in the whole blood to depict feed efficiency in pigs. 74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.516. ⟨hal-04103974⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Pablo Espana Gutierrez. Learning canonical Potts models. Computer Science [cs]. 2023. ⟨hal-04388795⟩
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ref_biblio: Alix Regnier. Identification systématique de modules dans une collection de requêtes SPARQL. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023. ⟨hal-04401773⟩
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Thèse

ref_biblio: Matthieu Bouguéon. Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose. Modélisation et simulation. Université de Rennes (2023-..), 2023. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04388949⟩
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ref_biblio: Camille Juigné. Integration and analysis of heterogeneous biological data through multilayer graph exploitation to gain deeper insights into feed efficiency variations in growing pigs. Bioinformatics [q-bio.QM]. Institut Agro - Rennes Angers, 2023. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04357864v2⟩
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ref_biblio: Nicolas Buton. Modèle Transformer pour l’interprétabilité et les prédictions multi-niveaux des fonctions des protéines à partir de leurs séquences. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS040⟩. ⟨tel-04347632⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret. Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs. 2023. ⟨hal-04112110⟩
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2022

Article dans une revue

ref_biblio: Itxaso Quintana, Edgar Cifuentes, Jeffrey Dunnink, María Ariza, Daniela Martínez-Medina, et al.. Severe conservation risks of roads on apex predators. Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.2902. ⟨10.1038/s41598-022-05294-9⟩. ⟨hal-03781079⟩
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ref_biblio: Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, et al.. Improving reusability along the data life cycle: a Regulatory Circuits Case Study. Journal of Biomedical Semantics, 2022, 13 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s13326-022-00266-4⟩. ⟨hal-03602177⟩
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ref_biblio: Sylvie Buffet-Bataillon, Guillaume Bouguen, François Fleury, Vincent Cattoir, Yann Le Cunff. Gut microbiota analysis for prediction of clinical relapse in Crohn’s disease. Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.19929. ⟨10.1038/s41598-022-23757-x⟩. ⟨hal-03868943⟩
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ref_biblio: Baptiste Bedessem, Ana-Cristina Torres, Colin Fontaine, Nicolas Deguines. Science learning in biodiversity citizen science: Inputs from the analysis of online social interactions within a contributory project for pollinators' monitoring. Biological Conservation, 2022, 276, pp.109807. ⟨10.1016/j.biocon.2022.109807⟩. ⟨hal-03874485⟩
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ref_biblio: Matej Vucić, Mišel Jelić, Göran Klobučar, Dušan Jelić, Han Ming Gan, et al.. A new set of microsatellite markers for Phoxinus lumaireul senso lato , Phoxinus marsilii and Phoxinus krkae for population and molecular taxonomic studies. Journal of Fish Biology, 2022, 101 (5), pp.1225-1234. ⟨10.1111/jfb.15194⟩. ⟨hal-04039306⟩
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ref_biblio: Bernardo Rocha, Paula Matos, Paolo Giordani, Lõhmus Piret, Cristina Branquinho, et al.. Modelling the response of urban lichens to broad-scale changes in air pollution and climate. Environmental Pollution, 2022, 315, pp.120330. ⟨10.1016/j.envpol.2022.120330⟩. ⟨hal-03826096⟩
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ref_biblio: Mišel Jelić, Damjan Franjević, Domagoj Đikić, Petra Korlević, Matej Vucić, et al.. Hybrid swarm as a result of hybridization between two alien and two native water frog species (genus Pelophylax) in Central Croatia: Crna Mlaka fishpond acting as a species melting pot?. Biological Invasions, 2022, 24 (10), pp.3291-3304. ⟨10.1007/s10530-022-02846-y⟩. ⟨hal-04063261⟩
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ref_biblio: Milka Popova, Ibrahim Fakih, Evelyne Forano, Anne Siegel, Rafael Muñoz-Tamayo, et al.. Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells). CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2022, 2022, ⟨10.1079/cabireviews202217025⟩. ⟨hal-03929845⟩
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ref_biblio: Anna Niarakis, Dagmar Waltemath, James Glazier, Falk Schreiber, Sarah Keating, et al.. Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23 (4), pp.1-11. ⟨10.1093/bib/bbac212⟩. ⟨hal-03690604⟩
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ref_biblio: Julia Clause, Donovan Leblanc, Nicolas Deguines. La biodiversité du sol au cœur d’un projet pédagogique sur le campus de l’Université de Poitiers, France : entre formation, gestion et conservation. Étude et Gestion des Sols, 2022, 29, pp.223-238. ⟨hal-03703889⟩
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ref_biblio: Fabrice G. Petit, Soazik P. Jamin, Pierre-Yves Kernanec, Emmanuelle Becker, Guillaume Halet, et al.. EXOSC10/Rrp6 is essential for the eight-cell embryo/morula transition. Developmental Biology, 2022, 483, pp.58-65. ⟨10.1016/j.ydbio.2021.12.010⟩. ⟨hal-03713237⟩
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ref_biblio: Thomas Dubreuil, Thomas Baudry, Quentin Mauvisseau, Alexandre Arqué, Clarisse Courty, et al.. The development of early monitoring tools to detect aquatic invasive species: eDNA assay development and the case of the armored catfish Hypostomus robinii. Environmental DNA, 2022, 4 (2), pp.349-362. ⟨10.1002/edn3.260⟩. ⟨hal-04142240⟩
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ref_biblio: Michel Breuil, David Schikorski, Barbara Vuillaume, Ulrike Krauss, Jennifer Daltry, et al.. Iguana insularis (Iguanidae) from the southern Lesser Antilles: An endemic lineage endangered by hybridization. Zookeys, 2022, 1086, pp.137 - 161. ⟨10.3897/zookeys.1086.76079⟩. ⟨hal-03608735⟩
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ref_biblio: Joan Casanelles‐abella, Stefanie Müller, Alexander Keller, Cristiana Aleixo, Marta Alós Orti, et al.. How wild bees find a way in European cities: Pollen metabarcoding unravels multiple feeding strategies and their effects on distribution patterns in four wild bee species. Journal of Applied Ecology, 2022, UN Decade on Ecosystem Restoration, 59 (2), pp.457-470. ⟨10.1111/1365-2664.14063⟩. ⟨hal-03385649v2⟩
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ref_biblio: Christopher Austin, Laurence Croft, Frédéric Grandjean, Han Ming Gan. The NGS Magic Pudding: A Nanopore-Led Long-Read Genome Assembly for the Commercial Australian Freshwater Crayfish, Cherax destructor. Frontiers in Genetics, 2022, 12, pp.695763. ⟨10.3389/fgene.2021.695763⟩. ⟨hal-04063262⟩
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ref_biblio: Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker. Towards a reproducible interactome: semantic-based detection of redundancies to unify protein-protein interaction databases. Bioinformatics, 2022, Proceedings, 38 (6), pp.1-7. ⟨10.1093/bioinformatics/btac013⟩. ⟨hal-03522989⟩
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ref_biblio: Jeremy Detrey, Valentin Cognard, Caroline Djian-Caporalino, Nathalie Marteu, Joan Doidy, et al.. Growth and root-knot nematode infection of tomato are influenced by mycorrhizal fungi and earthworms in an intercropping cultivation system with leeks. Applied Soil Ecology, 2022, 169, pp.104181. ⟨10.1016/j.apsoil.2021.104181⟩. ⟨hal-03343176⟩
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ref_biblio: Thomas Baudry, Eric Gismondi, Jean-Pierre Goût, Alexandre Arqué, Juliette Smith-Ravin, et al.. The invasive crayfish Cherax quadricarinatus facing chlordecone in Martinique: Bioaccumulation and depuration study. Chemosphere, 2022, 286, Part 3, pp.131926. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.131926⟩. ⟨hal-04063266⟩
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ref_biblio: Hortense Serret, Desiree Andersen, Nicolas Deguines, Céline Clauzel, Wan-Hyeok Park, et al.. Towards Ecological Management and Sustainable Urban Planning in Seoul, South Korea: Mapping Wild Pollinator Habitat Preferences and Corridors Using Citizen Science Data. Animals, 2022, 12 (11), pp.1469. ⟨10.3390/ani12111469⟩. ⟨hal-03689285v2⟩
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ref_biblio: Clémentine Préau, Romain Bertrand, Yann Sellier, Frédéric Grandjean, Francis Isselin‐nondedeu. Climate change would prevail over land use change in shaping the future distribution of Triturus marmoratus in France. Animal Conservation, 2022, 25 (2), pp.221-232. ⟨10.1111/acv.12733⟩. ⟨hal-03326616⟩
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ref_biblio: Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart. Identifying genes with conserved splicing structure and orthologous isoforms in human, mouse and dog. BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12864-022-08429-4⟩. ⟨hal-03616626⟩
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ref_biblio: Camille-Sophie Cozzarolo, Romain Pigeault, Julie Isaïa, Jérôme Wassef, Molly Baur, et al.. Experiment in semi-natural conditions did not confirm the influence of malaria infection on bird attractiveness to mosquitoes.. Parasites & Vectors, 2022, 15 (1), pp.187. ⟨10.1186/s13071-022-05292-w⟩. ⟨hal-03693380⟩
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ref_biblio: Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, et al.. Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation. Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩. ⟨hal-03868898⟩
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ref_biblio: Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnes Camuzat, et al.. Disease progression score estimation from multimodal imaging and microRNA data using supervised variational autoencoders. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, 26 (12), pp.1-12. ⟨10.1109/JBHI.2022.3208517⟩. ⟨hal-03789357⟩
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ref_biblio: Romain Pigeault, Mathieu Chevalier, Camille-Sophie Cozzarolo, Molly Baur, Mathilde Arlettaz, et al.. Determinants of haemosporidian single- and co-infection risks in western palearctic birds.. International Journal for Parasitology, 2022, 52 (9), pp.617-627. ⟨10.1016/j.ijpara.2022.05.002⟩. ⟨hal-03853911⟩
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ref_biblio: Marta Alós Ortí, Joan Casanelles-Abella, François Chiron, Nicolas Deguines, Tiit Hallikma, et al.. Negative relationship between woody species density and size of urban green spaces in seven European cities. Urban Forestry and Urban Greening, 2022, 74, pp.127650. ⟨10.1016/j.ufug.2022.127650⟩. ⟨hal-03711402⟩
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ref_biblio: Julie Jaquiéry, Jean-Christophe Simon, Stéphanie Robin, Gautier Richard, Jean Peccoud, et al.. Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads. Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩. ⟨hal-03999192⟩
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ref_biblio: Marie Giroudon, Cédric Roosz, Mehdi Bista, Matthieu Peyre Lavigne, Laurie Lacarrière, et al.. Interactions between hydrated cement pastes and aggressive ammonium: experimental batches characterization. MATEC Web of Conferences, 2022, 364, pp.05010. ⟨10.1051/matecconf/202236405010⟩. ⟨hal-03793844⟩
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ref_biblio: Virgilio Kmetzsch, Morwena Latouche, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, et al.. MicroRNA signatures in genetic frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis. Annals of Clinical and Translational Neurology, 2022, pp.1-14. ⟨10.1002/acn3.51674⟩. ⟨hal-03826747⟩
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ref_biblio: Pierre Vignet, Jean Coquet, Sébastien Aubert, Matéo Boudet, Anne Siegel, et al.. Discrete modeling for integration and analysis of large-scale signaling networks. PLoS Computational Biology, In press, ⟨10.1371/journal.pcbi.1010175⟩. ⟨hal-03693653⟩
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ref_biblio: Elie Morin, Pierre-Alexis Herrault, Yvonnick Guinard, Frédéric Grandjean, Nicolas Bech. The promising combination of a remote sensing approach and landscape connectivity modelling at a fine scale in urban planning. Ecological Indicators, 2022, 139, pp.108930. ⟨10.1016/j.ecolind.2022.108930⟩. ⟨hal-03781083⟩
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ref_biblio: Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, et al.. MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data. Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩. ⟨hal-03701755v2⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Camille Juigné, Olivier Dameron, Florence Gondret, Emmanuelle Becker. A method to identify target molecules and extract the corresponding graph of interactions in BioPAX. BBCC2022 - Bioinformatics and Computational Biology Conference, Dec 2022, Virtual, Italy. ⟨hal-03876091⟩
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ref_biblio: Olivier Dameron, Yael Tirlet, Matéo Boudet, Fabrice Legeai. Intégration de données de phénotypiques, environnementales et de biodiversité à l'aide des technologies du Web Sémantique. SYSINFO-INRAe 2022 - Journées INRAE systèmes d'information pour les données agro-environnementales, Nov 2022, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-03893738⟩
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ref_biblio: Oumarou Abdou Arbi, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Contributions des entrées sur les sorties pour les réseaux métaboliques sur génomes entiers: performances et utilisation pour des études en nutrition humaine. CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-12. ⟨hal-03689107v2⟩
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ref_biblio: Rossi F, Gilbers Romero, Alexis Pey, Patricia Ventura, Loques Françoise, et al.. THE TROPHIC ROLE OF THE NECROMASS OF POSIDONIA OCEANICA (L) DELILE IN THE SURF ZONE OF SANDY SHORES. 7th Mediterranean Symposium on Marine Vegetation, Sep 2022, Gene, Italy. ⟨hal-03879241⟩
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ref_biblio: Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker. Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25. ⟨hal-03752473⟩
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ref_biblio: Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, et al.. Highlight on Computing disease progression scores using multimodal variational autoencoders trained with neuroimaging and microRNA data. Jobim 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. ⟨hal-03877191⟩
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ref_biblio: Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker. Highlight on semantic web technologies are effective to remove redundancies from protein-protein interaction databases and define reproducible interactomes. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.146. ⟨hal-03877219⟩
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ref_biblio: Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, et al.. A multimodal variational autoencoder for estimating progression scores from imaging and microRNA data in rare neurodegenerative diseases. SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing, Feb 2022, San Diego, California, United States. pp.376-382, ⟨10.1117/12.2607250⟩. ⟨hal-03576117⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jérôme Feret, Octave Hazard, Nathalie Théret. The rule-based model approach. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1. Elisabetta De Maria. Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, pp.1-76, 2022, 978-1-119-71653-2. ⟨hal-03388100v2⟩
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ref_biblio: Olivier Dameron. Méthodes du Web sémantique pour l’intégration de données en sciences de la vie. Intégration de données biologiques, ISTE Group, pp.1-30, 2022, 9781789480306. ⟨hal-03720874⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Anne Siegel. Problèmes d'optimisation combinatoire pour l'étude du métabolisme. Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩. ⟨hal-03885249⟩
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HDR

ref_biblio: Emmanuelle Becker. Des données homogènes aux données hétérogènes en biologie des systèmes. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022. ⟨tel-03906598⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Thibaut Antoine, François Coste. Pondération d'automates obtenus par alignements partiels de séquences protéiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022. ⟨hal-03789182⟩
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ref_biblio: Cécile Beust. Search for exposomic causality of liver fibrosis using network analysis. Bioinformatics [q-bio.QM]. 2022. ⟨hal-03936209⟩
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ref_biblio: Moana Aulagner. Reconstructions de réseaux métaboliques à partir de données de métagénomique shotgun Nanopore.. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022. ⟨hal-03879996⟩
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ref_biblio: Pauline Hamon-Giraud. Analyse comparative de réseaux métaboliques à l’échelle du génome chez les algues brunes. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022. ⟨hal-03870140⟩
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ref_biblio: Yael Tirlet. Intégration de données agricoles et environnementales à l’aide des technologies du Web sémantique. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022. ⟨hal-03870109⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Camille Juigné. Integration and analysis of heterogeneous biological data modelled with multilayer graphs for a better understanding of feed efficiency. Séminaire DIGIT-BIO INRAE, Dec 2022, Ecully, France. ⟨hal-03880428⟩
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ref_biblio: Hugo Talibart, François Coste, Mathilde Carpentier. PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information. ISMB 2022 - 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2022, Madison, United States. pp.1-1. ⟨hal-03926272⟩
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ref_biblio: Nicolas Buton, Yann Le Cunff, François Coste. EnzBert: Deep attention network for enzyme class predictions. JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. pp.1-1. ⟨hal-03780557⟩
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ref_biblio: Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Théret. Functional Motif Prediction in ADAMTS-TSL proteins Based on Module(s) and Phenotype(s) Co-appearance. ALPHY/AIEM 2022 - Rencontres Génomique évolutive, Bioinformatique, Alignement et Phylogénie, Mar 2022, Rennes, France. ⟨hal-03870590⟩
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Rapport

ref_biblio: Georges de Sousa, Olivier Adam, Alain Aymard, Jean-Christophe Cahuzac, James Devillers, et al.. Avis de l'Anses relatif à l'interdiction de vente en libre-service de certaines catégories de produits biocides. Saisine n° 2020-SA-0008, Anses. 2022, 46 p. ⟨anses-04073377⟩
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Thèse

ref_biblio: Olivier Dennler. Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL, par approches de phylogénies. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-03927428v2⟩
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ref_biblio: Arnaud Belcour. Combining knowledge-based and sequence comparison approaches to elucidate metabolic functions, from pathways to communities. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S061⟩. ⟨tel-03924107v2⟩
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ref_biblio: Virgilio Kmetzsch. Multimodal analysis of neuroimaging and transcriptomic data in genetic frontotemporal dementia. Machine Learning [stat.ML]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS279⟩. ⟨tel-03892615v2⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, et al.. Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacteriumFibrobacter succinogenesS85. 2022. ⟨hal-03871397⟩
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ref_biblio: Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel. EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations. 2022. ⟨hal-03697249⟩
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2021

Article dans une revue

ref_biblio: Hugo Talibart, François Coste. PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information. BMC Bioinformatics, 2021, 22 (317), pp.1-22. ⟨10.1186/s12859-021-04222-4⟩. ⟨hal-03264248v2⟩
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ref_biblio: Matthijs van den Burg, Frédéric Grandjean, David Schikorski, Michel Breuil, Catherine Malone. A genus-wide analysis of genetic variation to guide population management, hybrid identification, and monitoring of invasions and illegal trade in Iguana (Reptilia: Iguanidae). Conservation Genetics Resources, 2021, 13 (4), pp.435-445. ⟨10.1007/s12686-021-01216-5⟩. ⟨hal-04138734⟩
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ref_biblio: Mmabaledi Buxton, Casper Nyamukondiwa, Ryan Wasserman, Victor Othenin-Girard, Romain Pigeault, et al.. Surveillance Studies Reveal Diverse and Potentially Pathogenic-Incriminated Vector Mosquito Species across Major Botswana Touristic Hotspots. Insects, 2021, 12 (10), pp.913. ⟨10.3390/insects12100913⟩. ⟨hal-04535719⟩
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ref_biblio: Mael Conan, Nathalie Theret, Sophie Langouet, Anne Siegel. Constructing xenobiotic maps of metabolism to predict enzymes catalyzing metabolites capable of binding to DNA. BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.1-26. ⟨10.1186/s12859-021-04363-6⟩. ⟨inserm-03355908⟩
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ref_biblio: Lucie Slawinski, Abir Israel, Caroline Paillot, Florence Thibault, Richard Cordaux, et al.. Early Response to Dehydration Six-Like Transporter Family: Early Origin in Streptophytes and Evolution in Land Plants. Frontiers in Plant Science, 2021, 12, ⟨10.3389/fpls.2021.681929⟩. ⟨hal-03376541⟩
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ref_biblio: Vincent Loiseau, Jean Peccoud, Clémence Bouzar, Sandra Guillier, Jiangbin Fan, et al.. Monitoring Insect Transposable Elements in Large Double-Stranded DNA Viruses Reveals Host-to-Virus and Virus-to-Virus Transposition. Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3512-3530. ⟨10.1093/molbev/msab198⟩. ⟨hal-03376529⟩
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ref_biblio: Richard Cordaux, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, David R.J. Pleydell, Jean Peccoud. Characterization of a Sex-Determining Region and Its Genomic Context via Statistical Estimates of Haplotype Frequencies in Daughters and Sons Sequenced in Pools. Genome Biology and Evolution, 2021, 13 (8), ⟨10.1093/gbe/evab121⟩. ⟨hal-03376524⟩
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ref_biblio: Joan Casanelles-Abella, David Frey, Stefanie Müller, Cristiana Aleixo, Marta Alós Ortí, et al.. A dataset of the flowering plants (Angiospermae) in urban green areas in five European cities. Data in Brief, 2021, ⟨10.1016/j.dib.2021.107243⟩. ⟨hal-03273704⟩
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ref_biblio: Qikun Xing, Guiqi Bi, Min Cao, Arnaud Belcour, Méziane Aite, et al.. Comparative Transcriptome Analysis Provides Insights into Response of Ulva compressa to Fluctuating Salinity Conditions. Journal of Phycology, 2021, 57 (4), pp.1295-1308. ⟨10.1111/jpy.13167⟩. ⟨hal-03334031⟩
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ref_biblio: Benjamin Herran, Camille Houdelet, Maryline Raimond, Carine Delaunay, Nicolas Cerveau, et al.. Feminising Wolbachia disrupt Armadillidium vulgare insulin‐like signalling pathway. Cellular Microbiology, 2021, ⟨10.1111/cmi.13381⟩. ⟨hal-03343182⟩
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ref_biblio: Mun Hua Tan, Han Ming Gan, Heather Bracken-Grissom, Tin-Yam Chan, Frédéric Grandjean, et al.. More from less: Genome skimming for nuclear markers for animal phylogenomics, a case study using decapod crustaceans. Journal of Crustacean Biology, 2021, 41 (2), ⟨10.1093/jcbiol/ruab009⟩. ⟨hal-04038586⟩
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ref_biblio: Pedro Pinho, Joan Casanelles-Abella, Ana Catarina Luz, Anna Maria Kubicka, Cristina Branquinho, et al.. Research agenda on biodiversity and ecosystem functions and services in European cities. Basic and Applied Ecology, 2021, 53, pp.124-133. ⟨10.1016/j.baae.2021.02.014⟩. ⟨hal-03322704⟩
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ref_biblio: Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, et al.. Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines. PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩. ⟨hal-03223662⟩
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ref_biblio: Romain Pigeault, Danaé Bataillard, Olivier Glaizot, Philippe Christe. Effect of Neonicotinoid Exposure on the Life History Traits and Susceptibility to Plasmodium Infection on the Major Avian Malaria Vector Culex pipiens (Diptera: Culicidae). Parasitologia, 2021, 1 (1), pp.20-33. ⟨10.3390/parasitologia1010003⟩. ⟨hal-04535721⟩
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ref_biblio: Lenny Haddad, Sophie Renou, Gérald Remaud, Toufic Rizk, Joseph Bejjani, et al.. A precise and rapid isotopomic analysis of small quantities of cholesterol at natural abundance by optimized 1H-13C 2D NMR. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, 413 (6), pp.1521-1532. ⟨10.1007/s00216-020-03135-0⟩. ⟨hal-03376112⟩
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ref_biblio: Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Laura Vila Xicota, Bruno Dubois, et al.. Converting disease maps into heavyweight ontologies: general methodology and application to Alzheimer’s disease. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, pp.1-33. ⟨10.1093/database/baab004⟩. ⟨hal-03144306⟩
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ref_biblio: Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, et al.. Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes. Nucleic Acids Research, 2021, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩. ⟨hal-02988562⟩
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ref_biblio: Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, et al.. Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties. Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3754-3774. ⟨10.1093/molbev/msab146⟩. ⟨hal-03231689⟩
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ref_biblio: Marie Giroudon, Cédric Perez, Matthieu Peyre Lavigne, Benjamin Erable, Christine Lors, et al.. Insights into the local interaction mechanisms between fermenting broken maize and various binder materials for anaerobic digester structures. Journal of Environmental Management, 2021, 300, ⟨10.1016/j.jenvman.2021.113735⟩. ⟨hal-03342050⟩
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ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin, Peter Arensburger, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, et al.. Two repeated motifs enriched within some enhancers and origins of replication are bound by SETMAR isoforms in human colon cells. Genomics, 2021, 113 (3), pp.1589-1604. ⟨10.1016/j.ygeno.2021.03.032⟩. ⟨hal-03385429⟩
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ref_biblio: L. Cavaillé, C. Kim, M. Bounouba, H. Zind, C. Claparols, et al.. Development and validation of QuEChERS-based extraction for quantification of nine micropollutants in wastewater treatment plant. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, 413, pp.0. ⟨10.1007/s00216-021-03489-z⟩. ⟨hal-03303678⟩
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ref_biblio: Marie Giroudon, Matthieu Peyre Lavigne, Cédric Patapy, Alexandra Bertron. Laboratory assessment of the contribution of aggressive to concrete chemical compounds to the degradation of Portland cement-based materials during anaerobic digestion. Materials and structures, 2021, 54 (6), ⟨10.1617/s11527-021-01810-x⟩. ⟨hal-03429099⟩
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ref_biblio: Frédéric Grandjean, Marc Collas, Magali Uriarte, Marion Rousset. First record of a marbled crayfish Procambarus virginalis (Lyko, 2017) population in France. BioInvasions Records, 2021, 10 (2), pp.341-347. ⟨10.3391/bir.2021.10.2.12⟩. ⟨hal-03214930⟩
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ref_biblio: François Moreews, Hugo Simon, Anne Siegel, Florence Gondret, Emmanuelle Becker. PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX. Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩. ⟨hal-03265223⟩
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ref_biblio: Jean Girard, Goulven Lanneau, Ludovic Delage, Cédric Leroux, Arnaud Belcour, et al.. Semi-Quantitative Targeted Gas Chromatography-Mass Spectrometry Profiling Supports a Late Side-Chain Reductase Cycloartenol-to-Cholesterol Biosynthesis Pathway in Brown Algae. Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-10. ⟨10.3389/fpls.2021.648426⟩. ⟨hal-03222505⟩
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ref_biblio: Nicolas Bech, Sophie Beltran-Bech, Cassandre Chupeau, Jean Peccoud, Magali Thierry, et al.. Experimental evidence of Wolbachia introgressive acquisition between terrestrial isopod subspecies. Current zoology, 2021, 67 (4), pp.455 - 464. ⟨10.1093/cz/zoaa078⟩. ⟨hal-03322986⟩
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ref_biblio: Marius Bredon, Elisabeth Depuydt, Lucas Brisson, Laurent Moulin, Ciriac Charles, et al.. Effects of Dysbiosis and Dietary Manipulation on the Digestive Microbiota of a Detritivorous Arthropod. Microorganisms, 2021, 9 (1), pp.148. ⟨10.3390/microorganisms9010148⟩. ⟨hal-03113119⟩
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ref_biblio: Thomas Baudry, Quentin Mauvisseau, Jean-Pierre Goût, Alexandre Arqué, Carine Delaunay, et al.. Mapping a super-invader in a biodiversity hotspot, an eDNA-based success story. Ecological Indicators, 2021, 126, pp.107637. ⟨10.1016/j.ecolind.2021.107637⟩. ⟨hal-04063291⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Fakih Ibrahim, Jeanne Got, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo. Genome-scale network reconstruction of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85. 2021 - 12th International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France. ⟨hal-03402155⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species. CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27. ⟨hal-03440212⟩
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ref_biblio: Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, et al.. Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study. CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩. ⟨hal-03207589v3⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species. MPA 2021 - 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27. ⟨hal-03440221⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species. JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. ⟨hal-03440232⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Thomas Guyet, Tristan Allard, Johanne Bakalara, Olivier Dameron. An open generator of synthetic administrative healthcare databases. IAS 2021 - Atelier Intelligence Artificielle et Santé, Jun 2021, Bordeaux (virtuel), France. pp.1-8. ⟨hal-03326618⟩
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ref_biblio: Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger. An extension of chronicles temporal model with taxonomies -Application to epidemiological studies. HEALTHINF 2021 - 14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10. ⟨hal-03096846⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Benjamin Blanc. Détection de recombinaisons génomiques et protéomiques homologues par alignement multiple local et partiel. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2021. ⟨hal-03524403⟩
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Autre publication scientifique

ref_biblio: Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret. Modelling hepatic stellate cells activation by TGFB1 using Kappa language. 2021, pp.1-23. ⟨hal-03545569⟩
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Ouvrages

ref_biblio: Ali Charara, Olivier Serre, Anne Siegel (Dir.). Les décodeuses du numérique. CNRS Editions, 2021, 2271139481. ⟨hal-03661197⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1. CompSysBio 2021 - Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Nov 2021, Aussois, France. pp.1-1. ⟨hal-03545135⟩
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ref_biblio: Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1. CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.1-6. ⟨hal-03545256⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret. Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family. WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Chicago (Online), United States. ⟨hal-03543214⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret. Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. ⟨hal-03543182v2⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species. IHMC 2021 - 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1. ⟨hal-03438983⟩
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Thèse

ref_biblio: Nicolas Guillaudeux. Comparer des structures de gènes pour la prédiction de transcrits alternatifs codants chez l'humain, la souris et le chien. Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1S079⟩. ⟨tel-03593091v2⟩
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ref_biblio: Maël Conan. Approche prédictive pour évaluer la génotoxicité des contaminants de l’environnement. Génétique. Université de Rennes, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1B010⟩. ⟨tel-03334212⟩
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ref_biblio: Hugo Talibart. Comparison of homologous protein sequences using direct coupling information by pairwise Potts model alignments. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S031⟩. ⟨tel-03376771⟩
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2020

Article dans une revue

ref_biblio: Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species. eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩. ⟨hal-02395024v2⟩
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ref_biblio: Marius Bredon, Benjamin Herran, Joanne Bertaux, Pierre Grève, Bouziane Moumen, et al.. Isopod holobionts as promising models for lignocellulose degradation. Biotechnology for Biofuels, 2020, 13 (1), ⟨10.1186/s13068-020-01683-2⟩. ⟨hal-03111042⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Jonathan A.C. Roques, Camille Houdelet, Freddie-Jeanne Richard. Stress response in terrestrial isopods: A comparative study on glycaemia. Applied Soil Ecology, 2020, 156, pp.103708. ⟨10.1016/j.apsoil.2020.103708⟩. ⟨hal-03121947⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, et al.. Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment. Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩. ⟨hal-02524471⟩
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ref_biblio: Virgilio Kmetzsch, Vincent Anquetil, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, et al.. Plasma microRNA signature in presymptomatic and symptomatic subjects with C9orf72-associated frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis. Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, 2020, 92 (5), pp.485-493. ⟨10.1136/jnnp-2020-324647⟩. ⟨hal-03046771⟩
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ref_biblio: Maria Balseiro-Romero, Arnaud Mazurier, Dmytro Monoshyn, Philippe C. Baveye, Julia Clause. Using X-ray microtomography to characterize the burrowing behaviour of earthworms in heterogeneously polluted soils. Pedobiologia, 2020, 83, pp.150671. ⟨10.1016/j.pedobi.2020.150671⟩. ⟨hal-03023932⟩
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ref_biblio: Vincent Loiseau, Richard Cordaux, Isabelle Giraud, Agnès Beby-Defaux, Nicolas Lévêque, et al.. Characterization of a new case of XMLV (Bxv1) contamination in the human cell line Hep2 (clone 2B). Scientific Reports, 2020, 10, ⟨10.1038/s41598-020-73169-y⟩. ⟨hal-03020101⟩
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ref_biblio: Camille-Sophie Cozzarolo, Olivier Glaizot, Philippe Christe, Romain Pigeault. Enhanced Attraction of Arthropod Vectors to Infected Vertebrates: A Review of Empirical Evidence. Frontiers in Ecology and Evolution, 2020, 8, ⟨10.3389/fevo.2020.568140⟩. ⟨hal-04535746⟩
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ref_biblio: Cássio Moraes Schambeck, Rejane Helena Ribeiro da Costa, Cássio Moraes Schambeck, Elisabeth Girbal-Neuhauser, Lukas Böni, et al.. Chemical and physical properties of alginate-like exopolymers of aerobic granules and flocs produced from different wastewaters. Bioresource Technology, 2020, 312, pp.123632. ⟨10.1016/j.biortech.2020.123632⟩. ⟨hal-02899565⟩
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ref_biblio: Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, et al.. Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes. Microbial Biotechnology, 2020, 13 (5), pp.1648-1672. ⟨10.1111/1751-7915.13634⟩. ⟨hal-02624824v2⟩
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ref_biblio: Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret. Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants. Environmental and Molecular Mutagenesis, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩. ⟨hal-02964170⟩
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ref_biblio: Fida Azar, Kevin Courtet, Bassil Dekky, Dominique Bonnier, Olivier Dameron, et al.. Integration of miRNA‐regulatory networks in hepatic stellate cells identifies TIMP3 as a key factor in chronic liver disease. Liver International, 2020, 40 (8), pp.2021-2033. ⟨10.1111/liv.14476⟩. ⟨hal-02549948⟩
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ref_biblio: Ulysse Guyet, Ngoc Thanh Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, et al.. Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803. Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩. ⟨hal-02929424⟩
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ref_biblio: Ghina Hajjar, Toufic Rizk, Joseph Bejjani, Serge Akoka. Metabisotopomics of triacylglycerols from animal origin: A simultaneous metabolomic and isotopic profiling using 13C INEPT. Food Chemistry, 2020, 315, pp.126325. ⟨10.1016/j.foodchem.2020.126325⟩. ⟨hal-03426218⟩
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ref_biblio: I. Gonzalez-Salgado, L. Cavaillé, S. Dubos, E. Mengelle, C. Kim, et al.. Combining thermophilic aerobic reactor (TAR) with mesophilic anaerobic digestion (MAD) improves the degradation of pharmaceutical compounds. Water Research, 2020, 182, ⟨10.1016/j.watres.2020.116033⟩. ⟨hal-02899576⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel. Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions. Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩. ⟨hal-02569935⟩
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ref_biblio: Natayme Rocha Tartaglia, Aurélie Nicolas, Vinicius de Rezende Rodovalho, Brenda Silva Rosa Da Luz, Valérie Briard-Bion, et al.. Extracellular vesicles produced by human and animal Staphylococcus aureus strains share a highly conserved core proteome. Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-64952-y⟩. ⟨hal-02638124⟩
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ref_biblio: Frederic Grandjean, Han Ming Gan, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Skander Hatira, et al.. Dataset for sequencing and de novo assembly of the European endangered white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) abdominal muscle transcriptome.. Data in Brief, 2020, 29, pp.105166. ⟨10.1016/j.dib.2020.105166⟩. ⟨hal-03021751⟩
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ref_biblio: Chedliya Ghemari, Raja Jelassi, Hajer Khemaissia, Christophe Waterlot, Maryline Raimond, et al.. Physiological and histopathological responses of Porcellio laevis (Isopoda, Crustacea) as indicators of metal trace element contamination. Microscopy Research and Technique, 2020, 83 (4), pp.402-409. ⟨10.1002/jemt.23428⟩. ⟨hal-03111003⟩
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ref_biblio: Mun Hua Tan, Han Ming Gan, Yin Peng Lee, Frederic Grandjean, Laurence Croft, et al.. A Giant Genome for a Giant Crayfish (Cherax quadricarinatus) With Insights Into cox1 Pseudogenes in Decapod Genomes. Frontiers in Genetics, 2020, 11, pp.201. ⟨10.3389/fgene.2020.00201⟩. ⟨hal-03111034⟩
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ref_biblio: Malika Affaf Dahmani, Antoine Desrut, Bouziane Moumen, Julien Verdon, Lamia Mermouri, et al.. Unearthing the Plant Growth-Promoting Traits of Bacillus megaterium RmBm31, an Endophytic Bacterium Isolated From Root Nodules of Retama monosperma. Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00124⟩. ⟨hal-03111026⟩
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ref_biblio: Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, et al.. Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions. Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩. ⟨hal-02866101v2⟩
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ref_biblio: Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, et al.. Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift. iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩. ⟨hal-01943880v2⟩
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ref_biblio: Ghina Hajjar, Noelle Merchak, Charbel Daniel, Toufic Rizk, Serge Akoka, et al.. Improved lipid mixtures profiling by 1H NMR using reference lineshape adjustment and deconvolution techniques. Talanta, 2020, 208, pp.120475. ⟨10.1016/j.talanta.2019.120475⟩. ⟨hal-03426236⟩
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ref_biblio: Clémentine Préau, Frédéric Grandjean, Yann Sellier, Miguel Gailledrat, Romain R. Bertrand, et al.. Habitat patches for newts in the face of climate change: local scale assessment combining niche modelling and graph theory. Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.3570. ⟨10.1038/s41598-020-60479-4⟩. ⟨hal-03111087⟩
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ref_biblio: Sylvine Durand, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech. Promiscuity and sex ratio in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare and consequences on genetic diversity. Behavioural Processes, 2020, 171, pp.104030. ⟨10.1016/j.beproc.2019.104030⟩. ⟨hal-03111010⟩
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ref_biblio: Andrea Desiderato, Marcos Barbeitos, Clément Gilbert, Jean-Luc da Lage. Horizontal transfer and gene loss shaped the evolution of alpha-amylases in bilaterians. G3, 2020, 10 (2), pp.709-719. ⟨10.1534/g3.119.400826⟩. ⟨hal-02401035⟩
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ref_biblio: Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Lokmane Chebouba, Carito Guziolowski, et al.. A pipeline to create predictive functional networks: application to the tumor progression of hepatocellular carcinoma. BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.18. ⟨10.1186/s12859-019-3316-1⟩. ⟨hal-02095930v4⟩
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ref_biblio: Clémentine Préau, Iris Nadeau, Yann Sellier, Francis Isselin‐nondedeu, Romain R. Bertrand, et al.. Niche modelling to guide conservation actions in France for the endangered crayfish Austropotamobius pallipes in relation to the invasive Pacifastacus leniusculus. Freshwater Biology, 2020, 65 (2), pp.304-315. ⟨10.1111/fwb.13422⟩. ⟨hal-02505394⟩
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ref_biblio: Julie Jimenez, Cyrille Charnier, Mokhles Kouas, Eric Latrille, Michel Torrijos, et al.. Modelling hydrolysis: Simultaneous versus sequential biodegradation of the hydrolysable fractions. Waste Management, 2020, 101, pp.150-160. ⟨10.1016/j.wasman.2019.10.004⟩. ⟨hal-02904361⟩
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ref_biblio: Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, et al.. The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga. Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩. ⟨hal-02866117⟩
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ref_biblio: Benjamin Herran, Sandrine Geniez, Carine Delaunay, Maryline Raimond, Jérôme Lesobre, et al.. The shutting down of the insulin pathway: a developmental window for Wolbachia load and feminization. Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.10551. ⟨10.1038/s41598-020-67428-1⟩. ⟨hal-03111058⟩
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ref_biblio: Guillaume Humbert, Mathieu Sebilo, Justine Fiat, Longqi Lang, Ahlem Filali, et al.. Isotopic evidence for alteration of nitrous oxide emissions and producing pathways' contribution under nitrifying conditions. Biogeosciences, 2020, 17 (4), pp.979-993. ⟨10.5194/bg-17-979-2020⟩. ⟨hal-02904375⟩
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ref_biblio: Véronique Marie-Jeanne, François Bonnot, Gaël Thébaud, Jean Peccoud, Gérard Labonne, et al.. Multi-scale spatial genetic structure of the vector-borne pathogen 'Candidatus phytoplasma prunorum' in orchards and in wild habitats. Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.5002. ⟨10.1038/s41598-020-61908-0⟩. ⟨hal-02548441⟩
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ref_biblio: Hua-Hao Zhang, Jean Peccoud, Min-Rui-Xuan Xu, Xiao-Gu Zhang, Clement Gilbert. Horizontal transfer and evolution of transposable elements in vertebrates. Nature Communications, 2020, 11, pp.1362. ⟨10.1038/s41467-020-15149-4⟩. ⟨hal-03020048⟩
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ref_biblio: Anne Mercier, Laure Mignerot, Nils Hennion, Kevin Gravouil, Benoît Porcheron, et al.. Growth of Arabidopsis thaliana in rhizobox culture system evaluated through the lens of root microbiome. Plant and Soil, 2020, 455, pp.467-487. ⟨10.1007/s11104-020-04650-w⟩. ⟨hal-02937480⟩
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ref_biblio: Michel Breuil, David Schikorski, Barbara Vuillaume, Ulrike Krauss, Matthew Morton, et al.. Painted black: Iguana melanoderma (Reptilia, Squamata, Iguanidae) a new melanistic endemic species from Saba and Montserrat islands (Lesser Antilles). Zookeys, 2020, 926, pp.95-131. ⟨10.3897/zookeys.926.48679⟩. ⟨hal-03111055⟩
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ref_biblio: Vincent Loiseau, Elisabeth A. Herniou, Yannis Moreau, Nicolas Lévêque, Carine Meignin, et al.. Wide spectrum and high frequency of genomic structural variation, including transposable elements, in large double-stranded DNA viruses. Virus Evolution, 2020, 6 (1), pp.vez060. ⟨10.1093/ve/vez060⟩. ⟨hal-02456571⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger. An extension of chronicles temporal model with taxonomies: Application to epidemiological studies. BDA 2020 - 36ème Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10. ⟨hal-03176657⟩
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ref_biblio: Hugo Talibart, François Coste. ComPotts: Optimal alignment of coevolutionary models for protein sequences. JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France. pp.1-8. ⟨hal-02862213⟩
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ref_biblio: Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli. Steps in the Representation of Concept Lattices and Median Graphs. CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Sadok Ben Yahia; Francisco José Valverde Albacete; Martin Trnecka, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.1-11. ⟨hal-02912312⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Nathalie Theret, Jérôme Feret, Arran Hodgkinson, Pierre Boutillier, Pierre Vignet, et al.. Integrative models for TGF-$\beta$ signaling and extracellular matrix. Sylvie Ricard-Blum. Extracellular Matrix Omics, 7, Springer, pp.17, 2020, Biology of Extracellular Matrix, 978-3-030-58329-3. ⟨10.1007/978-3-030-58330-9_10⟩. ⟨hal-02458073⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Nicolas Buton. Rapport de stage Master 2 : Apprentissage et étude de Transformer pour la classification en familles protéiques. Intelligence artificielle [cs.AI]. 2020. ⟨hal-03103334⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species. JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩. ⟨hal-03151934⟩
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Rapport

ref_biblio: Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, et al.. État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links). [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020. ⟨hal-02557351⟩
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ref_biblio: Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, et al.. Atelier MoDaL (Multi-Scale Data Links). [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020. ⟨inserm-02507799v4⟩
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Thèse

ref_biblio: Méline Wery. Identification de signature causale pathologie par intégration de données multi-omiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S071⟩. ⟨tel-03213016v2⟩
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ref_biblio: Marine Louarn. Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data : application to B cell differentiation and follicular lymphoma non coding mutations. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S088⟩. ⟨tel-03244465⟩
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ref_biblio: Marine Louarn. Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-03111759⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette J. Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, et al.. Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes. 2020. ⟨hal-02487262⟩
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2019

Article dans une revue

ref_biblio: Gabriel Gorsky, Guillaume Bourdin, Fabien Lombard, Maria Luiza Pedrotti, Samuel Audrain, et al.. Expanding Tara Oceans Protocols for Underway, Ecosystemic Sampling of the Ocean-Atmosphere Interface During Tara Pacific Expedition (2016–2018). Frontiers in Marine Science, 2019, 6, pp.650. ⟨10.3389/fmars.2019.00750⟩. ⟨hal-02407578⟩
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ref_biblio: Marius Bredon, Benjamin Herran, Baptiste Lheraud, Joanne Bertaux, Pierre Greve, et al.. Lignocellulose degradation in isopods: new insights into the adaptation to terrestrial life. BMC Genomics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-5825-8⟩. ⟨hal-02295460⟩
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ref_biblio: Margot Fortin, Joël Meunier, Tiffany Laverré, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard. Joint effects of group sex-ratio and Wolbachia infection on female reproductive success in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. BMC Evolutionary Biology, 2019, 19 (1), ⟨10.1186/s12862-019-1391-6⟩. ⟨hal-02117915⟩
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ref_biblio: Cybèle Prigot-Maurice, Alexandra Cerqueira de Araujo, Sylvine Durand, Tiffany Laverré, Romain Pigeault, et al.. Survival capacity of the common woodlouse Armadillidium vulgare is improved with a second infection of Salmonella enterica. Journal of Invertebrate Pathology, 2019, 168, pp.107278. ⟨10.1016/j.jip.2019.107278⟩. ⟨hal-02994662⟩
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ref_biblio: Sylvine Durand, Frederic Grandjean, Isabelle Giraud, Richard Cordaux, Sophie Beltran-Bech, et al.. Fine-scale population structure analysis in Armadillidium vulgare (Isopoda: Oniscidea) reveals strong female philopatry. Acta Oecologica, 2019, 101, pp.103478. ⟨10.1016/j.actao.2019.103478⟩. ⟨hal-02368025⟩
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ref_biblio: François Lefebvre, Freddie-Jeanne Richard, Jérôme Moreau, Thierry Rigaud, Yves Caubet. Mass drives mating success in Armadillidium vulgare (Crustacea, Oniscidea). Behavioural Processes, 2019, 168, pp.103944. ⟨10.1016/j.beproc.2019.103944⟩. ⟨hal-02295405⟩
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ref_biblio: David W Ray, Nicole Paulat, Wenfeng An, Stéphane Boissinot, Richard Cordaux, et al.. The 2019 FASEB Science Research Conference on The Mobile DNA Conference: 25 Years of Discussion and Research, June 23–28, Palm Springs, California, USA. FASEB Journal, 2019, 33 (11), pp.11625-11628. ⟨10.1096/fj.201902390⟩. ⟨hal-02368020⟩
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ref_biblio: Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, et al.. Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus. Antioxidants , 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩. ⟨hal-02395080⟩
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ref_biblio: Raja Jelassi, Hajer Khemaissia, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, et al.. The induced damage in the hepatopancreas of Orchestia species after exposure to a mixture of Cu/Zn—An ultrastructural study. Microscopy Research and Technique, 2019, 83 (2), pp.148-155. ⟨10.1002/jemt.23397⟩. ⟨hal-02505405⟩
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ref_biblio: Fabio Ercoli, François Lefebvre, Marjorie Delangle, Nil Godé, Michel Caillon, et al.. Differing trophic niches of three French stygobionts and their implications for conservation of endemic stygofauna. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2019, 29 (12), pp.2193-2203. ⟨10.1002/aqc.3227⟩. ⟨hal-02505403⟩
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ref_biblio: Thomas Becking, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, Bouziane Moumen, Tiffany Laverré, et al.. Sex chromosomes control vertical transmission of feminizing Wolbachia symbionts in an isopod. PLoS Biology, 2019, 17 (10), pp.e3000438. ⟨10.1371/journal.pbio.3000438⟩. ⟨hal-03020063⟩
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ref_biblio: Hajer Khemaissia, Raja Jelassi, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, et al.. Evaluation of trace element contamination using Armadillo officinalis Duméril, 1816 (Crustacea, Isopoda) as a tool: An ultrastructural study. Microscopy Research and Technique, 2019, ⟨10.1002/jemt.23371⟩. ⟨hal-02295263⟩
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ref_biblio: Hajer Khemaissia, Raja Jelassi, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty‐grosset, et al.. Effects of trace metal elements on ultrastructural features of hepatopancreas of Armadillidium granulatum Brandt, 1833 (Crustacea, Isopoda). Microscopy Research and Technique, 2019, 82 (10), pp.1819-1831. ⟨10.1002/jemt.23349⟩. ⟨hal-02295254⟩
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ref_biblio: Frédéric Grandjean, C. Gilbert, F. Razafimafondy, M. Vucić, C. Delaunay, et al.. A new bunya-like virus associated with mass mortality of white-clawed crayfish in the wild. Virology, 2019, 533, pp.115-124. ⟨10.1016/j.virol.2019.05.014⟩. ⟨hal-02149506⟩
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ref_biblio: Samuel Blanquart, Anne-Sophie Borowiec, Philippe Delcourt, Martin Figeac, Christopher A Emerling, et al.. Evolution of the human cold/menthol receptor, TRPM8. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 136, pp.104-118. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.011⟩. ⟨hal-02284919⟩
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ref_biblio: Aziz Belmiloudi, S. Corre. Mathematical modeling and analysis of dynamic effects of multiple time-varying delays on electrophysiological wave propagation in the heart. Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2019, 47, pp.18-44. ⟨10.1016/j.nonrwa.2018.09.025⟩. ⟨hal-02057888⟩
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ref_biblio: H. Sagar, Amani Mabano, Ramya Roopa, Mahmuda Sharmin, Freddie-Jeanne Richard, et al.. India in the Oil Palm Era: Describing India’s Dependence on Palm Oil, Recommendations for Sustainable Production, and Opportunities to Become an Influential Consumer. Tropical Conservation Science, 2019, 12, pp.194008291983891. ⟨10.1177/1940082919838918⟩. ⟨hal-02295448⟩
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ref_biblio: Michel Breuil, Barbara Vuillaume, David Schikorski, Ulrike Krauss, Matthew Morton, et al.. A story of nasal horns: two new subspecies of Iguana Laurenti, 1768 (Squamata, Iguanidae) in Saint Lucia, St Vincent & the Grenadines, and Grenada (southern Lesser Antilles). Zootaxa, 2019, 4608 (2), pp.201. ⟨10.11646/zootaxa.4608.2.1⟩. ⟨hal-02295471⟩
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ref_biblio: Mohamed Amine Chebbi, Thomas Becking, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Clément Gilbert, et al.. The Genome of Armadillidium vulgare (Crustacea, Isopoda) Provides Insights into Sex Chromosome Evolution in the Context of Cytoplasmic Sex Determination. Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (4), pp.727-741. ⟨10.1093/molbev/msz010⟩. ⟨hal-02341008⟩
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ref_biblio: Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart. Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints. PeerJ, 2019, 7, pp.1-35. ⟨10.7717/peerj.6559⟩. ⟨hal-02400871⟩
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ref_biblio: Kristina Straub, Mona Linde, Cosimo Kropp, Samuel Blanquart, Patrick Babinger, et al.. Sequence selection by FitSS4ASR alleviates ancestral sequence reconstruction as exemplified for geranylgeranylglyceryl phosphate synthase. Biological Chemistry, 2019, 400 (3), pp.367-381. ⟨10.1515/hsz-2018-0344⟩. ⟨hal-02284913⟩
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ref_biblio: Benjamin Herran, Nicolas Cerveau, Camille Houdelet, Clémentine Bernier, Catherine Debenest, et al.. IGFBP-rP1, a strongly conserved member of the androgenic hormone signalling pathway in Isopoda. General and Comparative Endocrinology, 2019, 272, pp.9-19. ⟨10.1016/j.ygcen.2018.11.006⟩. ⟨hal-02295492⟩
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ref_biblio: Raja Jelassi, Hajer Khemaissia, Chedliya Ghemari, Maryline Raimond, Catherine Souty-Grosset, et al.. Ecotoxicological effects of trace element contamination in talitrid amphipod Orchestia montagui Audouin, 1826. Environmental Science and Pollution Research, 2019, 26 (6), pp.5577-5587. ⟨10.1007/s11356-018-3974-y⟩. ⟨hal-03111019⟩
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ref_biblio: Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data. Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3203-3205. ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩. ⟨hal-01988699⟩
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ref_biblio: Chiara Manfrin, Catherine Souty-Grosset, Pedro Anastácio, Julian Reynolds, Piero Giulianini. Detection and Control of Invasive Freshwater Crayfish: From Traditional to Innovative Methods. Diversity, 2019, 11 (1), pp.5. ⟨10.3390/d11010005⟩. ⟨hal-02057080⟩
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ref_biblio: Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret. In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans. Toxicology Letters, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩. ⟨hal-01903264⟩
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ref_biblio: Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel. Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks. Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩. ⟨hal-02018724⟩
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ref_biblio: Daphné Reiss, Gladys Mialdea, Vincent Miele, Damien M. de Vienne, Jean Peccoud, et al.. Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot. PLoS Genetics, 2019, 15 (2), pp.e1007965. ⟨10.1371/journal.pgen.1007965⟩. ⟨hal-02140494⟩
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ref_biblio: Clémentine Préau, Francis Isselin-Nondedeu, Yann Sellier, Romain Bertrand, Frédéric Grandjean. Predicting suitable habitats of four range margin amphibians under climate and land-use changes in southwestern France. Regional Environmental Change, 2019, 19, pp.27-38. ⟨10.1007/s10113-018-1381-z⟩. ⟨hal-01891968⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Anne Siegel. Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint. SASB 2019 - 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal. ⟨hal-02412421⟩
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ref_biblio: Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, et al.. Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies. eScience 2019 - 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9. ⟨hal-02274982⟩
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ref_biblio: Anne Siegel. Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions. MPA 2019 - Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia. ⟨hal-02412419⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Yann Rivault, Olivier Dameron. Linking pharmacological and medical knowledge using semantic Web technologies. useR! 2019 - Conférence internationale des utilisateurs de R, Jul 2019, Toulouse, France. ⟨hal-02294364⟩
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ref_biblio: Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, et al.. Conciliation of process description and molecular interaction networks using logical properties of ontology. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. ⟨hal-02301702⟩
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ref_biblio: Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron. AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1. ⟨hal-02401750⟩
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ref_biblio: Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe. Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data. 2019 - Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-8. ⟨hal-02265743⟩
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ref_biblio: Lucas Bourneuf. Biseau: An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Graph Visualization applied to FCA. ICFCA 2019 - International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Frankfort, Germany. pp.1-6. ⟨hal-02399610⟩
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ref_biblio: Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas. Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression. ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩. ⟨hal-02399578⟩
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ref_biblio: Hugo Talibart, François Coste. Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models. CECAM 2019 - workshop on Co-evolutionary methods for the prediction and design of protein structure and interactions, CECAM-HQ-EPFL, Jun 2019, Lausanne, Switzerland. pp.1-2. ⟨hal-02402646⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Yannick Moret, Christine Coustau, Christine Braquart-Varnier, Benjamin Gourbal. Immune Priming and Trans-Generational Protection From Parasites. Encyclopedia of Animal Behavior, Elsevier, pp.764-774, 2019, ⟨10.1016/B978-0-12-809633-8.90726-X⟩. ⟨hal-01976408⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Kerian Thuillier. Linear programming for metabolic network completion. Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019. ⟨hal-02408003⟩
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ref_biblio: Fanny Casse Encadrée. Régulation par les miARNs des gènes régulant la fécondité et le développement embryonnaire précoce chez le poisson médaka. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019. ⟨hal-02192476⟩
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ref_biblio: Antoine Abel. Faster SPARQL Federated Queries. Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019. ⟨hal-02269417⟩
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ref_biblio: Pierre Beaudier. Evaluation of the public databases' relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms. Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019. ⟨hal-02191210⟩
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ref_biblio: Olivier Dennler. Caractérisation en modules fonctionnels de la famille de protéines ADAMTS / ADAMTSL. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019. ⟨hal-02403084⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré. Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩. ⟨hal-02267357⟩
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ref_biblio: Hugo Talibart, François Coste. Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1. ⟨hal-02402687⟩
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ref_biblio: Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, et al.. Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1. ⟨hal-02193860⟩
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Thèse

ref_biblio: Lucas Bourneuf. A search space of graph motifs for graph compression : from Powergraphs to triplet concepts. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S060⟩. ⟨tel-02509459⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, et al.. The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga. 2019. ⟨hal-02333021⟩
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ref_biblio: François Coste. Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?. 2019. ⟨hal-02235207⟩
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ref_biblio: Charlotte Depeux, Ascel Samba-Louaka, Thomas Becking, Christine Braquart-Varnier, Jérôme Moreau, et al.. The crustacean Armadillidium vulgare, a new promising model for the study of cellular senescence. 2019. ⟨hal-02390032⟩
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2018

Article dans une revue

ref_biblio: Margot Fortin, Camille Vitet, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard. How do familiarity and relatedness influence mate choice in Armadillidium vulgare?. PLoS ONE, 2018, 13 (12), pp.e0209893. ⟨10.1371/journal.pone.0209893⟩. ⟨hal-02295478⟩
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ref_biblio: Catherine Souty-Grosset, Ariel Faberi. Effect of agricultural practices on terrestrial isopods: a review. Zookeys, 2018, 801, pp.63-96. ⟨10.3897/zookeys.801.24680⟩. ⟨hal-01976401⟩
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ref_biblio: Elodie Gaulin, Michiel Pel, Laurent Camborde, Hélène San Clemente, Sarah Courbier, et al.. Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation. BMC Biology, 2018, 16 (1), ⟨10.1186/s12915-018-0508-5⟩. ⟨hal-01891875⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko. Hybrid Metabolic Network Completion. Theory and Practice of Logic Programming, 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩. ⟨hal-01936778⟩
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ref_biblio: Benjamin Herran, Joanne Bertaux, Pierre Greve. Divergent evolution and clade-specific duplications of the Insulin-like Receptor in malacostracan crustaceans. General and Comparative Endocrinology, 2018, 268, pp.34-39. ⟨10.1016/j.ygcen.2018.07.013⟩. ⟨hal-02057076⟩
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ref_biblio: Mun Hua Tan, Han Ming Gan, Yin Peng Lee, Stuart Linton, Frédéric Grandjean, et al.. ORDER within the chaos: Insights into phylogenetic relationships within the Anomura (Crustacea: Decapoda) from mitochondrial sequences and gene order rearrangements. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2018, 127, pp.320 - 331. ⟨10.1016/j.ympev.2018.05.015⟩. ⟨hal-01892011⟩
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ref_biblio: Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, et al.. MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis. PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩. ⟨hal-01871468⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel. Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia. Bioinformatics, 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩. ⟨hal-01871600⟩
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ref_biblio: Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, et al.. Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races. Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩. ⟨hal-01892027⟩
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ref_biblio: Gaia Collaboration, A. Brown, A. Vallenari, T. Prusti, J. de Bruijne, et al.. Gaia Data Release 2. Summary of the contents and survey properties. Astronomy and Astrophysics - A&A, 2018, 616, pp.id.A1. ⟨10.1051/0004-6361/201833051⟩. ⟨hal-01867401⟩
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ref_biblio: Raphaël Méheust, Andrew K Watson, Francois-Joseph Lapointe, R. Thane Papke, Philippe Lopez, et al.. Hundreds of novel composite genes and chimeric genes with bacterial origins contributed to haloarchaeal evolution. Genome Biology, 2018, 19, pp.75. ⟨10.1186/s13059-018-1454-9⟩. ⟨hal-01830047⟩
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ref_biblio: Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, et al.. Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants. Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩. ⟨hal-01891942⟩
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ref_biblio: Myriam Badawi, Bouziane Moumen, Isabelle Giraud, Pierre Greve, Richard Cordaux. Investigating the Molecular Genetic Basis of Cytoplasmic Sex Determination Caused by Wolbachia Endosymbionts in Terrestrial Isopods. Genes, 2018, 9 (6), ⟨10.3390/genes9060290⟩. ⟨hal-01891929⟩
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ref_biblio: Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, et al.. Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models. PLoS Computational Biology, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩. ⟨hal-01807842⟩
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ref_biblio: David Beaune, Yann Sellier, Gilles Luquet, Frédéric Grandjean. Freshwater acidification: an example of an endangered crayfish species sensitive to pH. Hydrobiologia, 2018, 813 (1), pp.41-50. ⟨10.1007/s10750-018-3504-4⟩. ⟨hal-01735317⟩
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ref_biblio: P. Ventura, G. Toullec, C. Fricano, L. Chapron, V. Meunier, et al.. Cnidarian Primary Cell Culture as a Tool to Investigate the Effect of Thermal Stress at Cellular Level. Marine Biotechnology, 2018, 20 (2), pp.144-154. ⟨10.1007/s10126-017-9791-3⟩. ⟨hal-02411344⟩
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ref_biblio: Jean-Christophe Simon, Jean Peccoud. Rapid evolution of aphid pests in agricultural environments. Current Opinion in Insect Science, 2018, 26, pp.17 - 24. ⟨10.1016/j.cois.2017.12.009⟩. ⟨hal-01699353⟩
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ref_biblio: Estelle Forey, Matthieu Chauvat, Sékou F.M. Coulibaly, Estelle Langlois, Sébastien Barot, et al.. Inoculation of an ecosystem engineer (Earthworm: Lumbricus terrestris ) during experimental grassland restoration: Consequences for above and belowground soil compartments. Applied Soil Ecology, 2018, 125, pp.148 - 155. ⟨10.1016/j.apsoil.2017.12.021⟩. ⟨hal-01892042⟩
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ref_biblio: Jean Peccoud, Sebastian Lequime, Isabelle Moltini-Conclois, Isabelle Giraud, Louis Lambrechts, et al.. A Survey of Virus Recombination Uncovers Canonical Features of Artificial Chimeras Generated During Deep Sequencing Library Preparation. G3, 2018, 8 (4), pp.1129-1138. ⟨10.1534/g3.117.300468⟩. ⟨hal-01778157⟩
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ref_biblio: Clément Gilbert, Cédric Feschotte. Horizontal acquisition of transposable elements and viral sequences: patterns and consequences. Current Opinion in Genetics and Development, 2018, 49, pp.15-24. ⟨10.1016/j.gde.2018.02.007⟩. ⟨hal-02341017⟩
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ref_biblio: Guillaume Baudouin, Nicolas Bech, Anne-Geneviève Bagnères, Franck Dedeine. Spatial and genetic distribution of a north American termite, Reticulitermes flavipes, across the landscape of Paris. Urban Ecosystems, 2018, ⟨10.1007/s11252-018-0747-9⟩. ⟨hal-01778166⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Margot Fortin, Catherine Debenest, Catherine Souty-Grosset, Freddie-Jeanne Richard. Males prefer virgin females, even if parasitized, in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. Ecology and Evolution, 2018, 8 (6), pp.3341 - 3353. ⟨10.1002/ece3.3858⟩. ⟨hal-01891928⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Mauricio Pereira Almerão, Carine Delaunay, Aurore Coignet, Douglas Fernando Peiró, François Pinet, et al.. Genetic diversity of the invasive crayfish Procambarus clarkii in France. Limnologica, 2018, 69, pp.135 - 141. ⟨10.1016/j.limno.2018.01.002⟩. ⟨hal-01778229⟩
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ref_biblio: Sylvine Durand, Vincent Loiseau, Cybèle Prigot, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech. Producing offspring in Armadillidium vulgare : Effects of genetic diversity and inbreeding. Evolution & Development, 2018, 20 (2), pp.65 - 77. ⟨10.1111/ede.12248⟩. ⟨hal-01722962⟩
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ref_biblio: Jean Peccoud, Richard Cordaux, Clément Gilbert. Analyzing Horizontal Transfer of Transposable Elements on a Large Scale: Challenges and Prospects. BioEssays, 2018, 40 (2), ⟨10.1002/bies.201700177⟩. ⟨hal-01696095⟩
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ref_biblio: Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, et al.. Disentangling the Causes for Faster-X Evolution in Aphids. Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (2), pp.507-520. ⟨10.1093/gbe/evy015⟩. ⟨hal-03276874⟩
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ref_biblio: Juliette Smith-Ravin, A. Silbande, J. Cornet, M. Cardinal, F. Chevalier, et al.. Characterization of the spoilage potential of pure and mixed cultures of bacterial species isolated from tropical yellowfin tuna ( Thunnus albacares ). Journal of Applied Microbiology, 2018, 124 (2), pp.559 - 571. ⟨10.1111/jam.13663⟩. ⟨hal-01699071⟩
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ref_biblio: Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, et al.. Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data. PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩. ⟨hal-01897020⟩
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ref_biblio: Alexandre Cormier, Rémi Wattier, Maria Teixeira, Thierry Rigaud, Richard Cordaux. The complete mitochondrial genome of Gammarus roeselii (Crustacea, Amphipoda): insights into mitogenome plasticity and evolution. Hydrobiologia, 2018, 825, pp.197-210. ⟨10.1007/s10750-018-3578-z⟩. ⟨hal-01737017⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Ivana Miranda, Kelly Gomes, Felipe Ribeiro, Paula Araujo, Catherine Souty-Grosset, et al.. Molecular systematics reveals multiple lineages and cryptic speciation in the freshwater crayfish Parastacus brasiliensis (von Martens, 1869) (Crustacea : Decapoda : Parastacidae). Invertebrate Systematics, 2018, ⟨10.1071/IS18012⟩. ⟨hal-01976392⟩
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ref_biblio: F. Holzmeier, R. Y. Bello, M. Hervé, A. Achner, T. M. Baumann, et al.. Control of H 2 Dissociative Ionization in the Nonlinear Regime Using Vacuum Ultraviolet Free-Electron Laser Pulses. Physical Review Letters, 2018, 121 (10), pp.103002. ⟨10.1103/PhysRevLett.121.103002⟩. ⟨hal-04462498⟩
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ref_biblio: Raja Jelassi, Ghemari Chedliya, Hajer Khemaissia, Maryline Raimond, Catherine Souty-Grosset, et al.. Heavy Metals Assessment and Their Effects on the Hepatopancreas in Orchestia montagui (Amphipoda, Talitridae). Lecture Notes in Computer Science, 2018, ⟨10.1007/978-3-319-70548-4_112⟩. ⟨hal-01704511⟩
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ref_biblio: Samuel Lewis, Kaycee A. Quarles, Yujing Yang, Mélanie Tanguy, Lise L. Frezal, et al.. Pan-arthropod analysis reveals somatic piRNAs as an ancestral defence against transposable elements. Nature Ecology & Evolution, 2018, 2, pp.174-181. ⟨10.1038/s41559-017-0403-4⟩. ⟨hal-01657238⟩
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ref_biblio: Ambre Ribardière, Julia Centanni, Arnaud Dano, Jérôme Coudret, Claire Daguin-Thiébaut, et al.. Female-biased sex ratios unrelated to Wolbachia infection in European species of the Jaera albifrons complex (marine isopods). Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2018, 509, pp.91-98. ⟨10.1016/j.jembe.2018.09.002⟩. ⟨hal-02006763⟩
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ref_biblio: Jessica Dittmer, Didier Bouchon. Feminizing Wolbachia influence microbiota composition in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.6998. ⟨10.1038/s41598-018-25450-4⟩. ⟨hal-01891893⟩
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ref_biblio: Marius Bredon, Jessica Dittmer, Cyril Noel, Bouziane Moumen, Didier Bouchon. Lignocellulose degradation at the holobiont level: teamwork in a keystone soil invertebrate. Microbiome, 2018, 6 (1), pp.162. ⟨10.1186/s40168-018-0536-y⟩. ⟨hal-02057071⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, et al.. Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data. DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9. ⟨hal-01917742⟩
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ref_biblio: Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, et al.. Conciliation of medicine systems disease maps and other molecular interaction networks using logical properties of ontology. Data Integration in the Life Sciences 5DILS 2018), Nov 2018, Hannover, Germany. ⟨hal-02301626⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie. JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6. ⟨hal-01912046⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Yann Pecrix, S Evan Staton, Erika Sallet, Christine Lelandais Briere, Sandra Moreau, et al.. Long ncRNAs and epigenetic regulations are attractive candidate elements for the orchestration of symbiotic gene expression in M. truncatula.. International plant epigenetics symposium, ERC (European Research Council) and the RFI Objectif Végétal regional programme, Oct 2018, Angers, France. ⟨hal-03355269⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Adrienne Ressayre, Natalia Conde E Silva, Catherine Damerval, Fabien Chardon, Yves Deveaux, et al.. Recovering the complexity in scientific knowledge: towards automatically reconstructing the maize floral transition gene regulatory network. International Conférence on Ecological Science, Oct 2018, Paris, France. ⟨hal-04420441⟩
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ref_biblio: Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, et al.. KaSa: A Static Analyzer for Kappa. CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩. ⟨hal-01888951⟩
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ref_biblio: Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel. Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia. ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943. ⟨hal-01946860⟩
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ref_biblio: François Coste, Jacques Nicolas. Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction. ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168. ⟨hal-01872266⟩
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ref_biblio: Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka. How to measure the topological quality of protein parse trees?. ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138. ⟨hal-01938608⟩
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ref_biblio: Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue. Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics. 28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩. ⟨hal-01826564⟩
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ref_biblio: Lucas Bourneuf. An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA. FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12. ⟨hal-01945938⟩
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ref_biblio: Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart. Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids. ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States. ⟨hal-01939021⟩
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ref_biblio: Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie. Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2. ⟨hal-01834137⟩
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ref_biblio: Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, et al.. Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease. DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-01873474⟩
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ref_biblio: Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed'Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, et al.. Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé. Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France. ⟨hal-01768063⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, et al.. Inductive Learning from State Transitions over Continuous Domains. 27th International Conference on Inductive Logic Programming, LNCS, volume 10759, Springer, Cham, pp.124-139, 2018, Inductive Logic Programming, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩. ⟨hal-01655644v3⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Nicolas Guillaudeux. Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018. ⟨hal-01948461⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets. RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-04360334⟩
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ref_biblio: Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, et al.. CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets. RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2. ⟨hal-01929963⟩
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Thèse

ref_biblio: Clémence Frioux. Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩. ⟨tel-01945853v2⟩
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2017

Article dans une revue

ref_biblio: Maria-Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, et al.. Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing. Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩. ⟨hal-01661270⟩
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ref_biblio: Adam Petrusek, Lenka Filipová, Eva Kozubíková-Balcarová, Frederic Grandjean. High genetic variation of invasive signal crayfish in Europe reflects multiple introductions and secondary translocations. Freshwater Science, 2017, 36 (4), pp.838 - 850. ⟨10.1086/694866⟩. ⟨hal-01651868⟩
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ref_biblio: Guillaume Baudouin, Franck Dedeine, Nicolas Bech, Stéphanie Bankhead-Dronnet, Simon Dupont, et al.. An American termite in Paris: temporal colony dynamics. Genetica, 2017, 145 (6), pp.491 - 502. ⟨10.1007/s10709-017-9991-9⟩. ⟨hal-01651877⟩
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ref_biblio: Nicolas Bech, Charlotte Depeux, Sylvine Durand, Catherine Debenest, Alexandra Lafitte, et al.. When GIS zooms in: spatio-genetic maps of multipaternity in Armadillidium vulgare. Genetica, 2017, 145 (6), pp.503 - 512. ⟨10.1007/s10709-017-9992-8⟩. ⟨hal-01651886⟩
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ref_biblio: David Beaune, Yann Sellier, Elisabeth Lambert, Frederic Grandjean. The use of Chara spp. (Charales: Characeae) as a bioindicator of physico-chemical habitat suitability for an endangered crayfish Austropotamobius pallipes in lentic waters. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2017, ⟨10.1002/aqc.2847⟩. ⟨hal-01651921⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Hajer Khemaissia, Raja Jelassi, Catherine Souty-Grosset, Karima Nasri-Ammar. Amphipoda and Isopoda diversity around Tunisian wetlands (North Africa) in relation to environmental conditions. African Journal of Ecology, 2017, ⟨10.1111/aje.12466⟩. ⟨hal-01654678⟩
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ref_biblio: Luce Mengue, Freddie-Jeanne Richard, Yves Caubet, Steven Rolland, Yann Héchard, et al.. Legionella pneumophila decreases velocity of Acanthamoeba castellanii. Experimental Parasitology, 2017, ⟨10.1016/j.exppara.2017.07.013⟩. ⟨hal-01651847⟩
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ref_biblio: Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks. Journal of Computational Biology, 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩. ⟨hal-01552190⟩
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ref_biblio: Winka Le Clec'H, Jessica Dittmer, Maryline Raimond, Didier Bouchon, Mathieu Sicard. Phenotypic shift in Wolbachia virulence towards its native host across serial horizontal passages.. Biology Letters, 2017, 284 (1859), ⟨10.1098/rspb.2017.1076⟩. ⟨hal-01586941⟩
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ref_biblio: Jean Peccoud, Mohamed Amine Chebbi, Alexandre Cormier, Bouziane Moumen, Clément Gilbert, et al.. Untangling Heteroplasmy, Structure, and Evolution of an Atypical Mitochondrial Genome by PacBio Sequencing.. Genetics, 2017, 207 (1), pp.269-280. ⟨10.1534/genetics.117.203380⟩. ⟨hal-01586985⟩
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ref_biblio: Sylvine Durand, Aurélie Cohas, Christine Braquart-Varnier, Sophie Beltran-Bech. Paternity success depends on male genetic characteristics in the terrestrial isopod Armadillidium vulgare. Behavioral Ecology and Sociobiology, 2017, 71 (6), ⟨10.1007/s00265-017-2317-1⟩. ⟨hal-01695688⟩
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ref_biblio: Thomas Becking, Isabelle Giraud, Maryline Raimond, Bouziane Moumen, Christopher Chandler, et al.. Diversity and evolution of sex determination systems in terrestrial isopods.. Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.1084. ⟨10.1038/s41598-017-01195-4⟩. ⟨hal-01533436⟩
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ref_biblio: Jean Peccoud, Vincent Loiseau, Richard Cordaux, Clément Gilbert. Massive horizontal transfer of transposable elements in insects.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, ⟨10.1073/pnas.1621178114⟩. ⟨hal-01513704⟩
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ref_biblio: Anne Dupuy, Solenne Baillet, Richard Dumont, Isabelle Giraud, Stéphanie Badiou, et al.. Point of Care Cardiac Troponin Assay Analytical Performances for their Use in Clinical Routine.. Clinical Laboratory, 2017, pp.851-854. ⟨10.7754/Clin.Lab.2016.161008⟩. ⟨hal-01830183⟩
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ref_biblio: Anne Mercier, Kevin Gravouil, Willy Aucher, Sandra Brosset-Vincent, Linette Kadri, et al.. Fate of Eight Different Polymers under Uncontrolled Composting Conditions: Relationships Between Deterioration, Biofilm Formation, and the Material Surface Properties.. Environmental Science and Technology, 2017, 51 (4), pp.1988-1997. ⟨10.1021/acs.est.6b03530⟩. ⟨hal-01494437⟩
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ref_biblio: Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, et al.. Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks. PLoS Computational Biology, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩. ⟨hal-01449100⟩
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ref_biblio: Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, Maria-Paz Cortés, et al.. Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks. PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩. ⟨hal-01635688⟩
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ref_biblio: Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel. A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes. PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩. ⟨hal-01575579⟩
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ref_biblio: Frédéric Grandjean, Jonathan Roques, Carine Delaunay, Adam Petrusek, Thomas Becking, et al.. Status of Pacifastacus leniusculus and its role in recent crayfish plague outbreaks in France: improving distribution and crayfish plague infection patterns. Aquatic Invasions, 2017, 12 (4), pp.541-549. ⟨10.3391/ai.2017.12.4.10⟩. ⟨hal-04064695⟩
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ref_biblio: Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs. BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩. ⟨hal-01494107⟩
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ref_biblio: Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel. caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families. Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩. ⟨hal-01426880⟩
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ref_biblio: Vincent Delafont, Ascel Samba-Louaka, Emmanuelle Cambau, Didier Bouchon, Laurent Moulin, et al.. Mycobacterium llatzerense, a waterborne Mycobacterium, that resists phagocytosis by Acanthamoeba castellanii. Scientific Reports, 2017, 7, ⟨10.1038/srep46270⟩. ⟨hal-01504796⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Jean Coquet, Nathalie Théret, Vincent Legagneux, Olivier Dameron. Identifying Functional Families of Trajectories in Biological Pathways by Soft Clustering: Application to TGF-β Signaling. CMSB 2017 - 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, France. pp.17. ⟨hal-01559249⟩
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ref_biblio: Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, et al.. Toward a better understanding of the plant microbiota. 4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France. ⟨hal-01576743⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, et al.. Toward the study of metabolic functions in algal holobionts. 4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France. ⟨hal-01576484⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko. Hybrid Metabolic Network Completion. 14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321. ⟨hal-01557347⟩
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ref_biblio: Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, et al.. AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies. JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1. ⟨hal-01577425⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau. Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics. Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France. ⟨hal-01576870⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron. A Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets. AIME 2017 - Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Annette ten Teije; Christian Popow; John H. Holmes; Lucia Sacchi, Jun 2017, Vienna, Austria. pp.278-282, ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_32⟩. ⟨hal-01558123⟩
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ref_biblio: Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas. FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression. International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩. ⟨hal-01558302⟩
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ref_biblio: Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, et al.. Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid. 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States. ⟨hal-01566438⟩
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ref_biblio: Philippe Finet, Bernard Gibaud, Olivier Dameron, Régine Le Bouquin Jeannes. Interoperable infrastructure and implementation of a health data model for remote monitoring of chronic diseases with comorbidities. Journées d'Etude sur la TéléSANté, 6ème edition, Pôle Capteurs, Université d'Orléans, May 2017, Bourges, France. ⟨hal-01565009⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse. L'écologie des systèmes. Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8. ⟨hal-01575603⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Manon Ruffini. Better scoring schemes for the recognition of functional proteins by protomata. Quantitative Methods [q-bio.QM]. 2017. ⟨hal-01557941⟩
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ref_biblio: Nicolas Guillaudeux. Vérifications du réseau métabolique entier de Tisochrysis lutea. Informatique [cs]. 2017. ⟨hal-02382948⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron. Mesures de similarité entre trajectoires de soins issues de bases de données médico-administratives. 8 èmes rencontres scientifiques du réseau doctoral en santé publique, Mar 2017, Rennes, France. pp.1. ⟨hal-01915618⟩
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Thèse

ref_biblio: Jean Coquet. Étude exhaustive de voies de signalisation de grande taille par clustering des trajectoires et caractérisation par analyse sémantique. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩. ⟨tel-01670730v2⟩
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ref_biblio: Cédric Mallien. Étude de la diversité neutre et adaptative chez l'anémone de mer symbiotique Anemonia viridis : apport de techniques de type Next-Generation Sequencing dans les questions de délimitation d’espèces et d’adaptation locale. Ecologie, Environnement. COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), 2017. Français. ⟨NNT : 2017AZUR4111⟩. ⟨tel-01852571⟩
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ref_biblio: Victorien Delannée. Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques : application aux xénobiotiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S058⟩. ⟨tel-01659375v2⟩
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ref_biblio: Julie Laniau. Structure de réseaux biologiques : rôle des nœuds internes vis-à-vis de la production de composés. Recherche opérationnelle [math.OC]. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, 2017. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-01656474⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée. Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results. 2017. ⟨hal-01564093⟩
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ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, et al.. First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines. 2017. ⟨hal-01558001⟩
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2016

Article dans une revue

ref_biblio: Marguerite Benony, Marianne Cardon, Arnaud Ferré, Jean Coquet, Nathan Foulquier, et al.. The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation. Human Computation - A Transdisciplinary Journal, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩. ⟨hal-01672595⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Emilie Portier, Joanne Bertaux, Jérôme Labanowski, Yann Hechard. Iron Availability Modulates the Persistence of Legionella pneumophila in Complex Biofilms.. Microbes and environments / JSME, 2016, 31 (4), pp.387-394. ⟨10.1264/jsme2.ME16010⟩. ⟨hal-01427906⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location. BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩. ⟨hal-01286555⟩
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ref_biblio: S. Roberty, P. Furla, J. -C. Plumier. Differential antioxidant response between two Symbiodinium species from contrasting environments. Plant, Cell and Environment, 2016, 39 (12), pp.2713-2724. ⟨10.1111/pce.12825⟩. ⟨hal-01546161⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: V. Valette, S. Durand, N. Bech, F. Grandjean, S. Beltran-Bech. Multiple paternity in a wild population of Armadillidium vulgare : influence of infection with Wolbachia ?. Journal of Evolutionary Biology, 2016, 30 (2), pp.235 - 243. ⟨10.1111/jeb.13009⟩. ⟨hal-01695703⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Patricia Ventura, Michael D. Jarrold, Pierre-Laurent Merle, Stephanie Barnay-Verdier, Thamilla Zamoum, et al.. Resilience to ocean acidification: decreased carbonic anhydrase activity in sea anemones under high pCO(2) conditions. Marine Ecology Progress Series, 2016, 559, pp.257-263. ⟨10.3354/meps11916⟩. ⟨hal-01546163⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Ludmila Sromek, Didier Forcioli, Rafal Lasota, Paola Furla, Katarzyna Tarnowska-Marini, et al.. Strong genetic structuring of the cockle Cerastoderma glaucum across Europe: new insights from an intronic marker and multivariate analysis. Journal of Molluscan Studies, 2016, 82 (4), pp.515--524. ⟨10.1093/mollus/eyw019⟩. ⟨hal-01444646⟩
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ref_biblio: Didier Bouchon, Martin Zimmer, Jessica Dittmer. The Terrestrial Isopod Microbiome: An All-in-One Toolbox for Animal–Microbe Interactions of Ecological Relevance. Frontiers in Microbiology, 2016, 7 (1472), 20 p. ⟨10.3389/fmicb.2016.01472⟩. ⟨hal-03872167⟩
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ref_biblio: Julien Verdon, Pierre Coutos-Thévenot, Marie-Helene Rodier, Celine Landon, Segolene Depayras, et al.. Armadillidin H, a Glycine-Rich Peptide from the Terrestrial Crustacean Armadillidium vulgare, Displays an Unexpected Wide Antimicrobial Spectrum with Membranolytic Activity.. Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1484. ⟨10.3389/fmicb.2016.01484⟩. ⟨hal-01427916⟩
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ref_biblio: Laurent Moulin, Vincent Delafont, Didier Bouchon, Yann Héchard. Environmental factors shaping cultured free-living amoebae and their associated bacterial community within drinking water network. Water Research, 2016, 100, pp.382 - 392. ⟨10.1016/j.watres.2016.05.044⟩. ⟨hal-01845234⟩
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ref_biblio: Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, et al.. Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors. BioSystems, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩. ⟨hal-01379033⟩
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ref_biblio: Catherine Souty-Grosset, Pedro Manuel Anastácio, Laura Aquiloni, Filipe Banha, Justine Choquer, et al.. The red swamp crayfish Procambarus clarkii in Europe: Impacts on aquatic ecosystems and human well-being. Limnologica - Ecology and Management of Inland Waters, 2016, 58, pp.78-93. ⟨10.1016/j.limno.2016.03.003⟩. ⟨hal-01324035⟩
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ref_biblio: Jessica Dittmer, Jérôme Lesobre, Bouziane Moumen, Didier Bouchon. Host origin and tissue microhabitat shaping the microbiota of the terrestrial isopod Armadillidium vulgare.. FEMS Microbiology Ecology, 2016, 92 (5), pp.1-15. ⟨10.1093/femsec/fiw063⟩. ⟨hal-01323989⟩
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ref_biblio: Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, et al.. TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment. Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩. ⟨hal-01282442⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Caroline Michaud, Cassandre Chupeau, Nicolas Bech, Magali Thierry, Mathieu Sicard, et al.. Isolation, characterization and PCR multiplexing of microsatellite loci for two sub-species of terrestrial isopod Porcellio dilatatus (Crustacea, Oniscidea).. Genetica, 2016, 144 (2), pp.223-228. ⟨10.1007/s10709-016-9892-3⟩. ⟨hal-01324011⟩
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ref_biblio: Damien Costa, Marion Girardot, Joanne Bertaux, Julien Verdon, Christine Imbert. Efficacy of dental unit waterlines disinfectants on a polymicrobial biofilm.. Water Research, 2016, 91, pp.38-44. ⟨10.1016/j.watres.2015.12.053⟩. ⟨hal-01427787⟩
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ref_biblio: Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes. Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context. Healthcare Technology Letters, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩. ⟨hal-01301007⟩
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ref_biblio: Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, et al.. Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation. EP-Europace, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩. ⟨hal-01331019⟩
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ref_biblio: I Maguire, M Jelić, G Klobučar, M Delpy, C Delaunay, et al.. Prevalence of the pathogen Aphanomyces astaci in freshwater crayfish populations in Croatia. Diseases of Aquatic Organisms, 2016, 118 (1), pp.45-53. ⟨10.3354/dao02955⟩. ⟨hal-01273507⟩
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ref_biblio: Anas Ayari, Maryline Raimond, Catherine Souty-Grosset, Karima Nasri-Ammar. Hierarchical organization of the cuticle of the subsocial desert isopod, Hemilepistus reaumurii.. Journal of Structural Biology, 2016, 193 (2), pp.115-123. ⟨10.1016/j.jsb.2015.12.005⟩. ⟨hal-01266740⟩
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ref_biblio: Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, et al.. Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes. BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨10.1186/s12859-016-0885-0⟩. ⟨hal-01260866⟩
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ref_biblio: Johana Revel, Lionel Massi, Mohamed Mehiri, Marc Boutoute, Patrick Mayzaud, et al.. Differential distribution of lipids in epidermis, gastrodermis and hosted Symbiodinium in the sea anemone Anemonia viridis. Comparative Biochemistry and Physiology - Part A: Molecular and Integrative Physiology, 2016, 191, pp.140-151. ⟨10.1016/j.cbpa.2015.10.017⟩. ⟨hal-01546160⟩
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ref_biblio: Nicolas Bech, Thomas Foucart, Thomas Fauvel, Francois Brischoux, D. Bouchon, et al.. Phenotypic variation contrasts with genetic homogeneity across scattered sea snake colonies. Journal of Biogeography, 2016, 43, pp.1576-1582. ⟨10.1111/jbi.12735⟩. ⟨hal-01303469⟩
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ref_biblio: Matthieu Régnacq, Pierre Voisin, Yann Héchard, Thierry Bergès, Christine Braquart-Varnier, et al.. Identification of Atg8 from Acanthamoeba castellanii by genetic complementation in Saccharomyces cerevisiae.. Molecular and Biochemical Parasitology, 2016, 210 (1-2), pp.55-57. ⟨10.1016/j.molbiopara.2016.08.006⟩. ⟨hal-01427910⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Julien Thézé, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, Bouziane Moumen, et al.. Birth of a W sex chromosome by horizontal transfer of Wolbachia bacterial symbiont genome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (52), pp.15036-15041. ⟨10.1073/pnas.1608979113⟩. ⟨hal-01415929⟩
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ref_biblio: Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, et al.. Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization. Molecular Reproduction and Development, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩. ⟨hal-01390047⟩
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ref_biblio: Dominik Forster, Micah Dunthorn, Fréderic Mahé, John R. Dolan, Stéphane Audic, et al.. Benthic protists: the under-charted majority. FEMS Microbiology Ecology, 2016, 92 (8), pp.fiw120. ⟨10.1093/femsec/fiw120⟩. ⟨hal-01383722⟩
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ref_biblio: Clément Gilbert, Jean Peccoud, Aurélien Chateigner, Bouziane Moumen, Richard Cordaux, et al.. Continuous Influx of Genetic Material from Host to Virus Populations.. PLoS Genetics, 2016, 12 (2), pp.e1005838. ⟨10.1371/journal.pgen.1005838⟩. ⟨hal-01266766⟩
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ref_biblio: Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, et al.. Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal. INRA Productions Animales, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨10.20870/productions-animales.2016.29.3.2960⟩. ⟨hal-01391135⟩
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ref_biblio: Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Luc Abate, Sandrine E. Nsango, Albert N. Bayibeki, et al.. Dynamics of Bacterial Community Composition in the Malaria Mosquito's Epithelia. Frontiers in Microbiology, 2016, 6, pp.1500. ⟨10.3389/fmicb.2015.01500⟩. ⟨hal-01546162⟩
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ref_biblio: Philippe Bordron, Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, et al.. Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach. MicrobiologyOpen, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩. ⟨hal-01246173⟩
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ref_biblio: Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski. Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming. BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩. ⟨hal-01354075⟩
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ref_biblio: Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. A combinatorial approach to products of Pisot substitutions. Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩. ⟨hal-01196326⟩
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ref_biblio: Vincent Dani, Fabrice Priouzeau, Sophie Pagnotta, Diane Carette, Jean-Pierre Laugier, et al.. Thermal and menthol stress induce different cellular events during sea anemone bleaching. Symbiosis, 2016, 69 (3), pp.175 - 192. ⟨10.1007/s13199-016-0406-y⟩. ⟨hal-01546908⟩
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ref_biblio: Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, et al.. Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts. Studies in Health Technology and Informatics, 2016, 221, pp.59--63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩. ⟨hal-01319949⟩
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ref_biblio: Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi. VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences. Bioinformatics, 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩. ⟨hal-01242251⟩
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ref_biblio: M. Collas, T. Becking, M. Delpy, M. Pflieger, P. Bohn, et al.. Monitoring of white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) population during a crayfish plague outbreak followed by rescue. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2016, 417, pp.1. ⟨10.1051/kmae/2015037⟩. ⟨hal-01266738⟩
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ref_biblio: Alexis Pey, Thamilla Zamoum, Richard Christen, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla. Characterization of glutathione peroxidase diversity in the symbiotic sea anemone Anemonia viridis. Biochimie, 2016, 132, pp.94 - 101. ⟨10.1016/j.biochi.2016.10.016⟩. ⟨hal-01404424⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, et al.. PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases. International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France. ⟨hal-01380939⟩
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ref_biblio: Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek. How to measure the topological quality of protein grammars?. ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands. ⟨hal-01406331⟩
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ref_biblio: François Coste, Mikail Demirdelen. A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data. ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands. ⟨hal-01406337⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, et al.. BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction. XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States. ⟨hal-01391080⟩
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ref_biblio: Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron. Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI). Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France. ⟨hal-01389688⟩
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ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée. Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results. RCAM'16 "Recent Computational Advances in Metagenomics", Sep 2016, The Hague, Netherlands. ⟨hal-01576304⟩
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ref_biblio: François Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin. An application suite based on the IFB Container as a Service platform. ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands. ⟨hal-01394295⟩
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ref_biblio: Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou. Packing graphs with ASP for landscape simulation. IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8. ⟨hal-01327368⟩
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ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée. Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France. ⟨hal-01343121⟩
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ref_biblio: Marie Chevallier, Méziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, et al.. Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox. Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-01377844⟩
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ref_biblio: Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, et al.. The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer. International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics - IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary. ⟨hal-01286497⟩
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ref_biblio: Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique. Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩. ⟨hal-01297389⟩
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ref_biblio: Anne Siegel. A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks. . European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France. ⟨hal-01399456⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Pilar Casado-Amezúa, Alejandro Terrón-Sigler, Jorge H. Pinzón, Paola Furla, Didier Forcioli, et al.. General Ecological Aspects of Anthozoan-Symbiodinium Interactions in the Mediterranean Sea. The Cnidaria, Past, Present and Future, Part V, Springer, pp.375-386, 2016, 978-3-319-31303-0. ⟨10.1007/978-3-319-31305-4_24⟩. ⟨hal-01546929⟩
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ref_biblio: François Coste. Learning the Language of Biological Sequences. Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩. ⟨hal-01244770v4⟩
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HDR

ref_biblio: Olivier Dameron. Ontology-based methods for analyzing life science data. Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016. ⟨tel-01403371⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Sun Rémy. Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques. Apprentissage [cs.LG]. 2016. ⟨hal-01406368⟩
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ref_biblio: Mikaïl Demirdelen. Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages. Machine Learning [cs.LG]. 2016. ⟨hal-01406352⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, et al.. Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family. Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia. . ⟨hal-01391707⟩
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ref_biblio: Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, et al.. The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer. 4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria, Sep 2016, Cork, Ireland. , 2016. ⟨hal-01372131⟩
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ref_biblio: Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, et al.. Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-01391087⟩
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Thèse

ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin. De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩. ⟨tel-01416734v2⟩
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2015

Article dans une revue

ref_biblio: Francesco Comandatore, Richard Cordaux, Claudio Bandi, Mark Blaxter, Alistair Darby, et al.. Supergroup C Wolbachia, mutualist symbionts of filarial nematodes, have a distinct genome structure.. Open Biology, 2015, 5 (12), ⟨10.1098/rsob.150099⟩. ⟨hal-01266742⟩
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ref_biblio: Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, et al.. Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP. Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩. ⟨hal-01058610⟩
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ref_biblio: Thomas Becking, Agata Mrugała, Carine Delaunay, Jiří Svoboda, Maryline Raimond, et al.. Effect of experimental exposure to differently virulent Aphanomyces astaci strains on the immune response of the noble crayfish Astacus astacus.. Journal of Invertebrate Pathology, 2015, 132, pp.115-224. ⟨10.1016/j.jip.2015.08.007⟩. ⟨hal-01207520⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Vincent Doublet, Elodie Ubrig, Abdelmalek Alioua, Didier Bouchon, Isabelle Marcadé, et al.. Large gene overlaps and tRNA processing in the compact mitochondrial genome of the crustacean Armadillidium vulgare.. RNA Biology, 2015, pp.1-10. ⟨10.1080/15476286.2015.1090078⟩. ⟨hal-01207138⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, et al.. Designing experiments to discriminate families of logic models. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩. ⟨hal-01196178⟩
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ref_biblio: Roser Busca, Richard Christen, Matthew Lovern, Alexander M. Clifford, Jia-Xing Yue, et al.. ERK1 and ERK2 present functional redundancy in tetrapods despite higher evolution rate of ERK1. BMC Evolutionary Biology, 2015, 15, pp.179. ⟨10.1186/s12862-015-0450-x⟩. ⟨hal-01546165⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Clovis Galiez, François Coste. Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments. BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩. ⟨hal-01214482⟩
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ref_biblio: Rémi Eliautout, Marie-Pierre Dubrana, Carole Vincent-Monégat, Agnès Vallier, Christine Braquart-Varnier, et al.. Immune response and survival of Circulifer haematoceps to Spiroplasma citri infection requires expression of the gene hexamerin.. Developmental and Comparative Immunology, 2015, 54 (1), pp.7-19. ⟨10.1016/j.dci.2015.08.007⟩. ⟨hal-01204859⟩
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ref_biblio: Christopher H Chandler, Myriam Badawi, Bouziane Moumen, Pierre Grève, Richard Cordaux. Multiple Conserved Heteroplasmic Sites in tRNA Genes in the Mitochondrial Genomes of Terrestrial Isopods (Oniscidea).. G3, 2015, 5 (7), pp.1317-1322. ⟨10.1534/g3.115.018283⟩. ⟨hal-01204862⟩
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ref_biblio: Elena Iulia Iorgu, Ionuţ Ştefan Iorgu, Oana Paula Popa, Alexandra Florina Levărdă, Ana-Maria Krapal, et al.. Characterisation of 14 polymorphic microsatellite markers for the Transylvanian bush-cricket Pholidoptera transsylvanica (Orthoptera: Tettigoniidae). Conservation Genetics Resources, 2015, 7 (2), pp.377-380. ⟨10.1007/s12686-014-0373-7⟩. ⟨hal-04137720⟩
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ref_biblio: Marco A. Villanueva, Stephanie Barnay-Verdier, Fabrice Priouzeau, Paola Furla. Chloroplast and oxygen evolution changes in Symbiodinium sp as a response to latrunculin and butanedione monoxime treatments under various light conditions. Photosynthesis Research, 2015, 124 (3), pp.305-313. ⟨10.1007/s11120-015-0142-9⟩. ⟨hal-01546164⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Bianca L Zimmermann, Didier Bouchon, Maurício P Almerão, Paula B Araujo. Wolbachia in Neotropical terrestrial isopods.. FEMS Microbiology Ecology, 2015, 91 (4), pp.1-10. ⟨10.1093/femsec/fiv025⟩. ⟨hal-01153199⟩
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ref_biblio: Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, et al.. Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies. BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩. ⟨hal-01225228⟩
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ref_biblio: Clémence Loiseau, Margot Schlusselhuber, Renaud Bigot, Joanne Bertaux, Jean-Marc Berjeaud, et al.. Surfactin from Bacillus subtilis displays an unexpected anti-Legionella activity.. Applied Microbiology and Biotechnology, 2015, 99 (12), pp.5083-93. ⟨10.1007/s00253-014-6317-z⟩. ⟨hal-01427421⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: N. Richman,, M. Bohm, S. Adams,, F. Alvarez,, E. Bergey,, et al.. Multiple drivers of decline in the global status of freshwater crayfish (Decapoda: Astacidea). Archives belges de dermatologie et de syphiligraphie, 2015, 370 (1662), pp.20140060. ⟨10.1098/rstb.2014.0060⟩. ⟨hal-01122635⟩
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ref_biblio: J. Amouret,, S. Bertocchi, S. Brusconi, M. Fondi, F. Gherardi, et al.. The first record of translocated white-clawed crayfish from the Austropotamobius pallipes complex in Sardinia (Italy). Journal of Limnology, 2015, 74 (3), pp.491-500. ⟨10.4081/jlimnol.2015.1143⟩. ⟨hal-01204818⟩
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ref_biblio: Sylvine Durand, Fanny Beauché, Freddie-Jeanne Richard, S. Beltran-Bech. How Do Females’ Genetic Characteristics Influence Male Mate Preference in the Terrestrial Isopod Armadillidium vulgare?. Ethology - International Journal of Behavioural Biology, 2015, 121 (11), pp.1122-1130. ⟨10.1111/eth.12429⟩. ⟨hal-01218119⟩
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ref_biblio: Frederic Grandjean, Mun Hua Tan, Huan You Gan, Han Ming Gan, Christopher M Austin. The complete mitogenome of the endangered white-clawed freshwater crayfish Austropotamobius pallipes (Lereboullet, 1858) (Crustacea: Decapoda: Astacidae).. Mitochondrial DNA Part A, 2015, pp.1-2. ⟨10.3109/19401736.2015.1018207⟩. ⟨hal-01133730⟩
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ref_biblio: Jean Peccoud, Frédérique Maheo, Manon de La Huerta, Cindy Laurence, Jean-Christophe Simon. Genetic characterisation of new host-specialised biotypes and novel associations with bacterial symbionts in the pea aphid complex. Insect Conservation and Diversity, 2015, 8 (5), pp.484-492. ⟨10.1111/icad.12131⟩. ⟨hal-01252653⟩
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ref_biblio: Nicolas Cerveau, Clément Gilbert, Chao Liu, Roger A Garrett, Pierre Grève, et al.. Genomic context drives transcription of insertion sequences in the bacterial endosymbiont Wolbachia wVulC.. Gene, 2015, 564, pp.81-86. ⟨10.1016/j.gene.2015.03.044⟩. ⟨hal-01144055⟩
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ref_biblio: Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron. Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI: application to the comparison of gene sets and metabolic pathways using GO and ChEBI. PLoS ONE, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩. ⟨hal-01184934⟩
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ref_biblio: Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩. ⟨hal-01196533⟩
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ref_biblio: C. Kopp, M. Wisztorski, J. Revel, M. Mehiri, V. Dani, et al.. MALDI-MS and NanoSIMS imaging techniques to study cnidarian?dinoflagellate symbioses. Zoology, 2015, 118 (2), pp.125 - 131. ⟨10.1016/j.zool.2014.06.006⟩. ⟨hal-01546914⟩
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ref_biblio: T. Loureiro,, P. Anastacio,, S. Bueno,, P.B. Araujo, C. Souty-Grosset, et al.. Distribution, introduction pathway, and invasion risk analysis of the North American crayfish (Decapoda: Cambaridae) in southeast Brazil. Journal of Crustacean Biology, 2015, 35 (1), pp.88-96. ⟨10.1163/1937240X-00002307⟩. ⟨hal-01122631⟩
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ref_biblio: Vincent Delafont, Ascel Samba-Louaka, Didier Bouchon, Laurent Moulin, Yann Héchard. Shedding light on microbial dark matter: a TM6 bacterium as natural endosymbiont of a free-living amoeba.. Environmental Microbiology Reports, 2015, 7 (6), pp.970-8. ⟨10.1111/1758-2229.12343⟩. ⟨hal-01427409⟩
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ref_biblio: Christine Braquart-Varnier, Mine Altinli, Romain Pigeault, Frédéric D. Chevalier, Pierre Grève, et al.. The Mutualistic Side of Wolbachia–Isopod Interactions: Wolbachia Mediated Protection Against Pathogenic Intracellular Bacteria. Frontiers in Microbiology, 2015, 6, ⟨10.3389/fmicb.2015.01388⟩. ⟨hal-01266760⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Laurent Miclet, Jacques Nicolas. From formal concepts to analogical complexes. CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12. ⟨hal-01198943⟩
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ref_biblio: Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski. Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data. CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩. ⟨hal-01164751⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Clovis Galiez, François Coste. Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments. 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France. ⟨hal-01214506⟩
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ref_biblio: Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée. Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR. JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-01197050⟩
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ref_biblio: Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai. AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique. IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7. ⟨hal-01184903⟩
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ref_biblio: Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur. Une infrastructure générique basée sur les apports du Web Sémantique pour l’analyse des bases médico-administratives. Plate-forme Intelligence Artificielle 2015, conférence Ingénierie des Connaissances, Jun 2015, Rennes, France. ⟨hal-01678828⟩
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ref_biblio: Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel. Data integration: How unraveling the various data obtained in different tissues and possibly in different experiments on RFI lines in a comprehensive manner ?. Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives. ⟨hal-01210940⟩
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ref_biblio: Timo Jolivet, Anne Siegel. Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution. MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩. ⟨hal-01196152⟩
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ref_biblio: Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks. IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina. ⟨hal-01196598⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel. Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes. David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩. ⟨hal-01228488⟩
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ref_biblio: Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor. Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming. S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization. ⟨hal-01196714⟩
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ref_biblio: S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-y Lee, A Siegel. On the Pisot Substitution Conjecture. Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩. ⟨hal-01196318⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Maud Jusot. Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales : Etude de l’ARN-polymérase ARN-dépendante et des protéines de capside. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015. ⟨hal-01246372⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret. Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways. JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015. ⟨hal-01242893⟩
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ref_biblio: Mélanie Pétéra, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay-Franco, et al.. Workﬂow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩. ⟨hal-01214152⟩
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ref_biblio: Thomas Alain Darde, François Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Frédéric Chalmel. Yet another Galaxy Genome viewer. GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom. ⟨hal-02445072⟩
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ref_biblio: Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, et al.. Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility. ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. Journal of Animal Science, 93 (Suppl. 2), 2015, Abstract book of the ASAS/ADSA midwest meeting. ⟨hal-01210925⟩
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Thèse

ref_biblio: Vincent Picard. Réseaux de réactions : de l’analyse probabiliste à la réfutation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩. ⟨tel-01246180v2⟩
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ref_biblio: Clovis Galiez. Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩. ⟨tel-01328182⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard. Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network. 2015. ⟨hal-01244179⟩
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2014

Article dans une revue

ref_biblio: Geoffrey Gimonneau, Majoline T. Tchioffo, Luc Abate, Anne Boissiere, Parfait H. Awono-Ambene, et al.. Composition of Anopheles coluzzii and Anopheles gambiae microbiota from larval to adult stages. Infection, Genetics and Evolution, 2014, 28, pp.715-724. ⟨10.1016/j.meegid.2014.09.029⟩. ⟨hal-01546167⟩
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ref_biblio: Noémie Templé, Freddie-Jeanne Richard. Intra-cellular bacterial infections affect learning and memory capacities of an invertebrate.. Frontiers in Zoology, 2014, 12, pp.36. ⟨10.1186/s12983-015-0129-6⟩. ⟨hal-01329659⟩
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ref_biblio: Myriam Badawi, Pierre Grève, Richard Cordaux. Feminization of the Isopod Cylisticus convexus after Transinfection of the wVulC Wolbachia Strain of Armadillidium vulgare.. PLoS ONE, 2014, 10 (6), pp.e0128660. ⟨10.1371/journal.pone.0128660⟩. ⟨hal-01170169⟩
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ref_biblio: Douglas R Hoen, Glenn Hickey, Guillaume Bourque, Josep Casacuberta, Richard Cordaux, et al.. A call for benchmarking transposable element annotation methods.. Mobile DNA, 2014, 6, pp.13. ⟨10.1186/s13100-015-0044-6⟩. ⟨hal-01204840⟩
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ref_biblio: Gabriel Metegnier, Thomas Becking, Mohamed Amine Chebbi, Isabelle Giraud, Bouziane Moumen, et al.. Comparative paleovirological analysis of crustaceans identifies multiple widespread viral groups.. Mobile DNA, 2014, 6 (179), pp.16. ⟨10.1186/s13100-015-0047-3⟩. ⟨hal-01204832⟩
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ref_biblio: Yves Caubet, Freddie-Jeanne Richard. NEIGHBOUR-IN: Image processing software for spatial analysis of animal grouping.. Zookeys, 2014, 515, pp.173-189. ⟨10.3897/zookeys.515.9390⟩. ⟨hal-01204825⟩
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ref_biblio: Jérôme Laparre, Coline Balzergue, Soizic Rochange, Pascal Ludwiczak, Fabien Letisse, et al.. Metabolite profiling of pea roots in response to phosphate availability. Plant Signaling and Behavior, 2014, 6 (6), pp.837-839. ⟨10.4161/psb.6.6.15168⟩. ⟨hal-02182163⟩
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ref_biblio: Chayma Ouhibi, Houneida Attia, Fedia Rebah, Najoua Msilini, Mohamed Chebbi, et al.. Salt stress mitigation by seed priming with UV-C in lettuce plants: Growth, antioxidant activity and phenolic compounds. Plant Physiology and Biochemistry, 2014, ⟨10.1016/j.plaphy.2014.07.019⟩. ⟨hal-01332408⟩
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ref_biblio: Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis de Corny, et al.. The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.. Plant Journal, 2014, 80 (2), pp.367-381. ⟨10.1111/tpj.12627⟩. ⟨hal-01057153⟩
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ref_biblio: C Gilbert, J M Meik, D Dashevsky, D C Card, T A Castoe, et al.. Endogenous hepadnaviruses, bornaviruses and circoviruses in snakes.. Proceedings - Royal society. Biological sciences, 2014, 281 (1791), pp.20141122. ⟨10.1098/rspb.2014.1122⟩. ⟨hal-01078492⟩
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ref_biblio: Vincent Dani, Philippe Ganot, Fabrice Priouzeau, Paola Furla, Cecile Sabourault. Are Niemann-Pick type C proteins key players in cnidarian-dinoflagellate endosymbioses?. Molecular Ecology, 2014, 23 (18), pp.4527-4540. ⟨10.1111/mec.12876⟩. ⟨hal-01546166⟩
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ref_biblio: J. Jandry, M. Brulin, B. Parinet, F. Grandjean. Ephemeroptera communities as bioindicators of the suitability of headwater streams for restocking with white-clawed crayfish, Austropotamobius pallipes. Ecological Indicators, 2014, 46, pp.560-565. ⟨10.1016/j.ecolind.2014.07.005⟩. ⟨hal-01078467⟩
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ref_biblio: Romain Pigeault, Christine Braquart-Varnier, Isabelle Marcadé, Gaëtan Mappa, Elmina Mottin, et al.. Modulation of host immunity and reproduction by horizontally acquired Wolbachia.. Journal of Insect Physiology, 2014, 70, 10.1016/j.jinsphys.2014.07.005. ⟨10.1016/j.jinsphys.2014.07.005⟩. ⟨hal-01078485⟩
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ref_biblio: A Joannes, C Lagrue, R Poulin, S. Beltran-Bech. Effects of genetic similarity on the life-history strategy of co-infecting trematodes: are parasites capable of intrahost kin recognition?. International Journal of Evolutionary Biology, 2014, 27 (8), pp.1623-1630. ⟨10.5061/dryad.50tp1⟩. ⟨hal-01078487⟩
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ref_biblio: Olivier Dameron, Gregory Farrant. La bioinformatique avec Biopython. GNU/Linux Magazine, 2014, pp.13. ⟨hal-01095475⟩
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ref_biblio: Nicolas Bech, Stéphanie Manel, Elisabeth Bro, Claude Novoa, Benjamin-Marc Bijaoui-Georget, et al.. Genetic connectivity of the grey partridge in central northern France in a highly man dominated landscape. Conservation Genetics, 2014, 15 (5), pp.1001-1011. ⟨10.1007/s10592-014-0594-z⟩. ⟨halsde-01007696⟩
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ref_biblio: Clément Gilbert, Aurélien Chateigner, Lise Ernenwein, Valérie Barbe, Annie Bézier, et al.. Population genomics supports baculoviruses as vectors of horizontal transfer of insect transposons.. Nature Communications, 2014, 5, pp.3348. ⟨10.1038/ncomms4348⟩. ⟨hal-00955963⟩
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ref_biblio: Mathieu Sicard, Maryline Raimond, Sophie Gaudriault, Anne Lanois, Sylvie Pages, et al.. Putative toxins from the entomopathogenic bacterium Photorhabdus luminescens kill Armadillidium vulgare (Terrestrial isopod). Biological Control, 2014, 69, pp.40-44. ⟨10.1016/j.biocontrol.2013.10.011⟩. ⟨hal-00956300⟩
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ref_biblio: Myriam Badawi, Isabelle Giraud, Fabrice Vavre, Pierre Grève, Richard Cordaux. Signs of Neutralization in a Redundant Gene Involved in Homologous Recombination in Wolbachia Endosymbionts. Genome Biology and Evolution, 2014, 10 (6), pp.2654-2664. ⟨10.1093/gbe/evu207⟩. ⟨hal-01091858⟩
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ref_biblio: M. Dupeyron, Sébastien Leclercq, Didier Bouchon, Nicolas Cerveau, Clément Gilbert. Horizontal transfer of transposons between and within crustaceans and insects. Mobile DNA, 2014, 5 (1), pp.4. ⟨10.1186/1759-8753-5-4⟩. ⟨hal-00955962⟩
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ref_biblio: Trude Vrålstad, David A Strand, Frédéric Grandjean, Agnar Kvellestad, Tore Håstein, et al.. Molecular detection and genotyping of Aphanomyces astaci directly from preserved crayfish samples uncovers the Norwegian crayfish plague disease history.. Veterinary Microbiology, 2014, 173 (1-2), pp.66-75. ⟨10.1016/j.vetmic.2014.07.008⟩. ⟨hal-01078499⟩
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ref_biblio: Frederic Herault, Annie Vincent, Olivier Dameron, Pascale Le Roy, Pierre Cherel, et al.. The longissimus and semimembranosus muscles display marked differences in their gene expression profiles in pig.. PLoS ONE, 2014, 9 (5), pp.e96491. ⟨10.1371/journal.pone.0096491⟩. ⟨hal-00989635⟩
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ref_biblio: Frédéric Grandjean, Trude Vrålstad, Javier Diéguez-Uribeondo, Mišel Jelić, Joa Mangombi, et al.. Microsatellite markers for direct genotyping of the crayfish plague pathogen Aphanomyces astaci (Oomycetes) from infected host tissues.. Veterinary Microbiology, 2014, 3-4, pp.317-324. ⟨10.1016/j.vetmic.2014.02.020⟩. ⟨hal-01078477⟩
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ref_biblio: M. Almerão, E. Rudolph, C. Souty-Grosset, K. Crandall,, L. Buckup,, et al.. The native South American crayfishes (Crustacea, Parastacidae): state of knowledge and conservation status. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2014, pp.n/a-n/a. ⟨10.1002/aqc.2488⟩. ⟨hal-01078471⟩
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ref_biblio: Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron. Semantic particularity measure for functional characterization of gene sets using gene ontology. PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e86525. ⟨10.1371/journal.pone.0086525⟩. ⟨hal-00941850⟩
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ref_biblio: Séverine Masson, Cédric Faivre, Isabelle Giraud, Catherine Souty-Grosset, Richard Cordaux, et al.. Development of a microsatellite primer set to investigate the genetic population structure of Armadillidium nasatum (Crustacea, Oniscidea).. Journal of Genetics, 2014, 93 (2), pp.545-549. ⟨10.1007/s12041-014-0400-1⟩. ⟨hal-01078495⟩
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ref_biblio: Lise Genty, Didier Bouchon, Maryline Raimond, Joanne Bertaux. Wolbachia infect ovaries in the course of their maturation: last minute passengers and priority travellers?. PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e94577. ⟨10.1371/journal.pone.0094577⟩. ⟨hal-01208509⟩
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ref_biblio: Julien Thézé, Sébastien Leclercq, Bouziane Moumen, Richard Cordaux, Clément Gilbert. Remarkable diversity of endogenous viruses in a crustacean genome.. Genome Biology and Evolution, 2014, 6 (6), pp.2129-2140. ⟨10.1093/gbe/evu163⟩. ⟨hal-01078498⟩
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ref_biblio: Mathieu Sicard, Jessica Dittmer, Pierre Grève, Didier Bouchon, Christine Braquart-Varnier. A host as an ecosystem: Wolbachia coping with environmental constraints.. Applied and Environmental Microbiology, 2014, pp.10.1111/1462-2920.12573. ⟨10.1111/1462-2920.12573⟩. ⟨hal-01078483⟩
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ref_biblio: Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, et al.. Genome and metabolic network of "Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi" Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae. Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.241. ⟨10.3389/fgene.2014.00241⟩. ⟨hal-01079739⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel. Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism. BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.32. ⟨10.1186/1752-0509-8-32⟩. ⟨hal-00980499⟩
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ref_biblio: Marie Vagner, Jose-Luis Zambonino-Infante, David Mazurais, Nathalie Imbert‑auvray, Natascha Ouillon, et al.. Reduced n‑3 highly unsaturated fatty acids dietary content expected with global change reduces the metabolic capacity of the golden grey mullet. Marine Biology, 2014, 161 (11), pp.2547-2562. ⟨10.1007/s00227-014-2526-3⟩. ⟨hal-01079830⟩
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ref_biblio: Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, et al.. Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive. Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩. ⟨hal-01079758⟩
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ref_biblio: Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, et al.. Genetic control of contagious asexuality in the pea aphid. PLoS Genetics, 2014, 10 (12), pp.e1004838. ⟨10.1371/journal.pgen.1004838⟩. ⟨hal-01701165⟩
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ref_biblio: Jessica Dittmer, S. Beltran-Bech, J Lesobre, M Raimond, M Johnson, et al.. Host tissues as microhabitats for Wolbachia and quantitative insights into the bacterial community in terrestrial isopods. Molecular Ecology Notes, 2014, 23 (10), pp.2619-2635. ⟨10.1111/mec.12760⟩. ⟨hal-01078500⟩
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ref_biblio: Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs. BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩. ⟨hal-00947219⟩
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ref_biblio: Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. An integrative modeling framework reveals plasticity of TGF-β signaling.. BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.30. ⟨10.1186/1752-0509-8-30⟩. ⟨inserm-00978313⟩
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ref_biblio: Jiří Svoboda, David A. Strand, Trude Vrålstad, F. Grandjean, Lennart Edsman, et al.. The crayfish plague pathogen can infect freshwater-inhabiting crabs. Freshwater Biology, 2014, pp.12315. ⟨10.1111/fwb.12315⟩. ⟨hal-00955978⟩
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ref_biblio: Jacques Nicolas, Catherine Belleannée, François Coste. Le langage des molécules du vivant. Bibliothèque Tangente, 2014, 52, pp.8. ⟨hal-01100051⟩
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ref_biblio: Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), 2014, 48 (3), pp.249-266. ⟨10.1051/ita/2014008⟩. ⟨hal-01079727⟩
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ref_biblio: Mathieu Sicard, Didier Bouchon, Laura Ceyrac, Roland Raimond, Magali Thierry, et al.. Bidirectional cytoplasmic incompatibility caused by Wolbachia in the terrestrial isopod Porcellio dilatatus.. Journal of Invertebrate Pathology, 2014, 121, pp.28-36. ⟨10.1016/j.jip.2014.06.007⟩. ⟨hal-01078481⟩
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ref_biblio: Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Wiktoria Golik, et al.. Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL. INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩. ⟨hal-01129862⟩
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ref_biblio: Sophie Beltran-Bech, Freddie-Jeanne Richard. Impact of infection on mate choice. Animal Behaviour, 2014, 90, pp.159-170. ⟨10.1016/j.anbehav.2014.01.026⟩. ⟨hal-00956254⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo. COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets. IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom. ⟨hal-01080050⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas. A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples. ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49--63. ⟨hal-01080249⟩
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ref_biblio: Hugo Bazille, Jacques Nicolas. Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem. 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France. ⟨hal-01063030⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Marc Delcroix, François Colas, Jean-Luc Dauvergne, Jean Lecacheux, Frédéric Vachier, et al.. Amateur observations with one meter professional telescope at Pic du Midi. European Planetary Science Congress 2014, Sep 2014, Cascais, Portugal. ⟨hal-03743654⟩
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ref_biblio: Martine Boccara, Mathilde Carpentier, Jacques Chomilier, François Coste, Clovis Galiez, et al.. Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information. ECCB'14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France. ⟨hal-01090987⟩
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ref_biblio: Marc Delcroix, François Colas, P. Gorczynski. 2013 bright spot on Neptune. European Planetary Science Congress 2014, Sep 2014, Cascais, Portugal. ⟨hal-03804156⟩
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ref_biblio: Anne Siegel, Carito Guziolowski, Santiago Videla, Torsten Schaub. Improving robustness in the study of logical model of signalling networks with answer set programming. ECCB 2014 - Workshop on Logical Modelling and Analysis of Cellular Networks, Sep 2014, Strasbourg, France. ⟨hal-01095607⟩
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ref_biblio: Laurent Miclet, Nelly Barbot, Henri Prade. From analogical proportions in lattices to proportional analogies in formal concepts. ECAI - 21th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2014, Prague, Czech Republic. ⟨hal-01000314⟩
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ref_biblio: Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling. PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩. ⟨hal-01059506⟩
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ref_biblio: François Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin. Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment. Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States. ⟨hal-01093058⟩
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ref_biblio: Anne Siegel. Using ASP to integrate large-scale heterogeneous information about the response of a biological system. 5th Workshop on Logic and Systems Biology (associated with CSL/LICS 2014), Jul 2014, VIenna, Austria. ⟨hal-01095609⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, et al.. Long non-‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos. Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States. ⟨hal-01091304⟩
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ref_biblio: François Coste, Gaëlle Garet, Agnès Groisillier, Jacques Nicolas, Thierry Tonon. Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis. ICFCA - 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania. ⟨hal-01063727⟩
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ref_biblio: Valentin Wucher, Jacques Nicolas, Fabrice F. Legeai, Hervé Seitz, Denis Tagu. Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid. . 7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-01566284⟩
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ref_biblio: Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel. Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach. 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩. ⟨hal-00926477⟩
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ref_biblio: Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications. SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany. ⟨hal-01079768⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: François Coste, Claire Nédellec, Thomas Schiex, Jean-Philippe Vert. Bioinformatique. Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 374 p., 2014, 9782364930438. ⟨hal-00857379⟩
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ref_biblio: Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy. Analogical Proportions in a Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subwords in a Finite Language. Prade, Henri and Richard, Gilles. Computational Approaches to Analogical Reasoning: Current Trends, Studies in Computational Intelligence, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp.245-260, 2014, 978-3-642-54515-3. ⟨10.1007/978-3-642-54516-0_10⟩. ⟨hal-00974656⟩
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ref_biblio: Dominique Barbolosi, Assia Benabdallah, Sébastien Benzekry, Joseph Ciccolini, Christian Faivre, et al.. A Mathematical Model for Growing Metastases on Oncologists’s Service. Computational Surgery and Dual Training, Springer, pp.331 - 338, 2014, ⟨10.1007/978-1-4614-8648-0_21⟩. ⟨hal-01087708⟩
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ref_biblio: Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla. Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, ⟨10.1002/9781119005223.ch2⟩. ⟨hal-01079762⟩
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ref_biblio: Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas. Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network. Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, 978-3-662-44982-0. ⟨10.1007/978-3-662-44983-7_31⟩. ⟨hal-01093337⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Léa Fléchon, Stéphanie Mottier, Aymeric Antoine-Lorquin, Catherine Belleannée. Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques. Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014. ⟨hal-01150890⟩
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ref_biblio: Hugo Bazille. Protein design: a NP-hard problem in bioinformatics. Computer Science [cs]. 2014. ⟨dumas-01088787⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino. Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry. Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014. ⟨hal-01093072⟩
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ref_biblio: Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, et al.. e-Science in France, a Life science Western story. Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States. ⟨hal-01102432⟩
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Thèse

ref_biblio: Gaëlle Garet. Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S082⟩. ⟨tel-01096916v2⟩
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ref_biblio: Sylvain Prigent. Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S077⟩. ⟨tel-01093287⟩
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ref_biblio: Valentin Wucher. Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois. Interactions entre organismes. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S076⟩. ⟨tel-01135870⟩
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ref_biblio: Santiago Videla. Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes; Universität Postdam (Allemagne), 2014. English. ⟨NNT : 2014REN1S035⟩. ⟨tel-01070436⟩
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2013

Article dans une revue

ref_biblio: Majoline T. Tchioffo, Anne Boissiere, Thomas S. Churcher, Luc Abate, Geoffrey Gimonneau, et al.. Modulation of Malaria Infection in Anopheles gambiae Mosquitoes Exposed to Natural Midgut Bacteria. PLoS ONE, 2013, 8 (12), pp.e81663. ⟨10.1371/journal.pone.0081663⟩. ⟨hal-01546172⟩
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ref_biblio: Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard. Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms. Molecular Ecology Resources, 2013, 14 (2), pp.393-400. ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩. ⟨hal-00880072⟩
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ref_biblio: Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, et al.. Establishment of primary cell culture from the temperate symbiotic cnidarian, Anemonia viridis. Cytotechnology, 2013, 65 (5), pp.697-704. ⟨10.1007/s10616-013-9566-2⟩. ⟨hal-01546173⟩
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ref_biblio: Stephanie Barnay-Verdier, Diane Dall'Osso, Nathalie Joli, Juliette Olivre, Fabrice Priouzeau, et al.. Anemonia viridis primary cell culture: a new tool for cnidarian studies. Cytotechnology, 2013, 65 (5), pp.686. ⟨hal-01546171⟩
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ref_biblio: Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla. Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP. Theory and Practice of Logic Programming, 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. ⟨10.1017/S1471068413000422⟩. ⟨hal-00853747⟩
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ref_biblio: Nicolas Theodorakopoulos, Dipankar Bachar, Richard Christen, Karine Alain, Virginie Chapon. Exploration of Deinococcus-Thermus molecular diversity by novel group-specific PCR primers. MicrobiologyOpen, 2013, 2 (5), pp.862-872. ⟨10.1002/mbo3.119⟩. ⟨hal-01560945⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, et al.. Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming. Bioinformatics, 2013, 29 (18), pp.2320-2326. ⟨10.1093/bioinformatics/btt393⟩. ⟨hal-00853704⟩
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ref_biblio: Lenka Filipová, Adam Petrusek, Klára Matasová, Carine Delaunay, Frédéric Grandjean. Prevalence of the Crayfish Plague Pathogen Aphanomyces astaci in Populations of the Signal Crayfish Pacifastacus leniusculus in France: Evaluating the Threat to Native Crayfish. PLoS ONE, 2013, 8 (7), pp.e70157. ⟨10.1371/journal.pone.0070157⟩. ⟨hal-04063226⟩
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ref_biblio: Alexis Pey, Jerome Cataneo, Didier Forcioli, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla. Thermal threshold and sensitivity of the only symbiotic Mediterranean gorgonian Eunicella singularis by morphometric and genotypic analyses. Comptes Rendus Biologies, 2013, 336 (7), pp.331-341. ⟨10.1016/j.crvi.2013.06.008⟩. ⟨hal-01546168⟩
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ref_biblio: Leila Ezzat, Pierre-Laurent Merle, Paola Furla, Alexandre Buttler, Christine Ferrier-Pages. The Response of the Mediterranean Gorgonian Eunicella singularis to Thermal Stress Is Independent of Its Nutritional Regime. PLoS ONE, 2013, 8 (5), pp.e64370. ⟨10.1371/journal.pone.0064370⟩. ⟨hal-01546169⟩
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ref_biblio: Melanie Messmer, Christophe Klein, Rachel Boniface, Nina F. Gnaedig, Maxime Lecerf, et al.. DsRed-mediated oligomerization stabilizes HMGB1 on chromatin in vivo and on DNA in vitro. Biochimie, 2013, 95 (4), pp.962-966. ⟨10.1016/j.biochi.2012.11.001⟩. ⟨hal-01546170⟩
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ref_biblio: R Ruiz Daniels, S. Beltran, R. Poulin, C. Lagrue. Do parasites adopt different strategies in different intermediate hosts? Host size, not host species, influences Coitocaecum parvum (Trematoda) life history strategy, size and egg production.. Parasitology, 2013, pp.275-283. ⟨10.1017/S0031182012001564⟩. ⟨hal-00777394⟩
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ref_biblio: Clément Gilbert, Richard Cordaux. Horizontal transfer and evolution of prokaryote transposable elements in eukaryotes.. Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (5), pp.822-832. ⟨10.1093/gbe/evt057⟩. ⟨hal-00821107⟩
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ref_biblio: Tomoo Sawabe, Yoshitoshi Ogura, Yuta Matsumura, Gao Feng, Akm Rohul Amin, et al.. Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov.. Frontiers in Microbiology, 2013, 4, pp.414. ⟨10.3389/fmicb.2013.00414⟩. ⟨hal-01546980⟩
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ref_biblio: Isabelle Giraud, Victorien Valette, Nicolas Bech, Frédéric Grandjean, Richard Cordaux. Isolation and Characterization of Microsatellite Loci for the Isopod Crustacean Armadillidium vulgare and Transferability in Terrestrial Isopods.. PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e76639. ⟨10.1371/journal.pone.0076639⟩. ⟨hal-00872658⟩
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ref_biblio: Olivier Dameron, Charles Bettembourg, Nolwenn Le Meur. Measuring the evolution of ontology complexity: the gene ontology case study. PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e75993. ⟨10.1371/journal.pone.0075993⟩. ⟨hal-00877378⟩
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ref_biblio: Julie Ferreira de Carvalho, Julie Poulain, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Sophie Michon-Coudouel, et al.. Transcriptome de novo assembly from next-generation sequencing and comparative analyses in the hexaploid salt marsh species Spartina maritima and Spartina alterniflora (Poaceae). Heredity, 2013, 110 (2), pp.181-193. ⟨10.1038/hdy.2012.76⟩. ⟨hal-00797941⟩
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ref_biblio: Annie Bézier, Faustine Louis, Séverine Jancek, Georges Périquet, Julien Thézé, et al.. Functional endogenous viral elements in the genome of the parasitoid wasp Cotesia congregata: insights into the evolutionary dynamics of bracoviruses. Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990), 2013, 368 (1626), pp.20130047. ⟨10.1098/rstb.2013.0047⟩. ⟨hal-00862670⟩
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ref_biblio: J. Reynolds, Catherine Souty-Grosset, A. Richardson. Ecological Roles of Crayfish in Freshwater and Terrestrial Habitats. Freshwater Crayfish, 2013, 9 (2), pp.197-218. ⟨hal-00955983⟩
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ref_biblio: F. Gherardi, A. Coignet, C. Souty-Grosset, D. Spigoli, L. Aquiloni. Climate warming and the agonistic behaviour of invasive crayfishes in Europe. Freshwater Biology, 2013, 58 (9), pp.1958-1967. ⟨10.1111/fwb.12183⟩. ⟨hal-00872688⟩
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ref_biblio: Han Ming Gan, Huan You Gan, Yin Peng Lee, Frederic Grandjean, Christopher Austin. The complete mitogenome of the invasive spiny-cheek crayfish Orconectes limosus (Rafinesque, 1817) (Crustacea: Decapoda: Cambaridae). Mitochondrial DNA Part A, 2013, 24 (1), pp.6-7. ⟨10.3109/19401736.2015.1007326⟩. ⟨hal-02646254⟩
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ref_biblio: Adnane Bargaz, Mustapha Faghire, Mohamed Farissi, Jean-Jacques Drevon, Cherki Ghoulam. Oxidative stress in the root nodules of Phaseolus vulgaris is induced under conditions of phosphorus deficiency. Acta Physiologiae Plantarum, 2013, 35 (5), pp.1633 - 1644. ⟨10.1007/s11738-012-1206-5⟩. ⟨hal-01268115⟩
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ref_biblio: Laure Mondani, Laurie Piette, Richard Christen, Dipankar Bachar, C. Berthomieu, et al.. Microbacterium lemovicicum sp. nov., a bacterium isolated from a natural uranium-rich soil.. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63, pp.2600-2606. ⟨10.1099/ijs.0.048454-0⟩. ⟨hal-01561095⟩
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ref_biblio: Keith Bradnam, Joseph Fass, Anton Alexandrov, Paul Baranay, Michael Bechner, et al.. Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species. GigaScience, 2013, 2 (1), pp.10. ⟨10.1186/2047-217X-2-10⟩. ⟨hal-00868822⟩
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ref_biblio: Winka Le Clec'H, Frédéric Chevalier, Lise Genty, Joanne Bertaux, Didier Bouchon, et al.. Cannibalism and Predation as Paths for Horizontal Passage of Wolbachia between Terrestrial Isopods. PLoS ONE, 2013, 8 (4), pp.e60232. ⟨10.1371/journal.pone.0060232⟩. ⟨hal-00814268⟩
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ref_biblio: D. Costa, Didier Bouchon, Nico M van Straalen, José Paulo Sousa, Rui Ribeiro. Copper tolerance and genetic diversity of Porcellionides sexfasciatus (ISOPODA) in a highly contaminated mine habitat. Environmental toxicology and chemistry / SETAC, 2013, 32 (4), pp.884-888. ⟨10.1002/etc.2120⟩. ⟨hal-00804721⟩
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ref_biblio: Fanny Beauche, Freddie-Jeanne Richard. The Best Timing of Mate Search in Armadillidium vulgare (Isopoda, Oniscidea). PLoS ONE, 2013, pp.e57737. ⟨10.1371/journal.pone.0057737⟩. ⟨hal-00797152⟩
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ref_biblio: Pierre-François Pluchon, Thomas Fouqueau, Christophe Crezé, Sébastien Laurent, Julien Briffotaux, et al.. An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs. PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩. ⟨hal-00911795⟩
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ref_biblio: Mustapha Faghire, Farissi Mohamed, Khadijattou Taoufiq, Rachid Fghire, Adnane Bargaz, et al.. Genotypic variation of nodules' enzymatic activities in symbiotic nitrogen fixation among common bean (Phaseolus vulgaris L.) genotypes grown under salinity constraint. Symbiosis, 2013, 60 (3), pp.115 - 122. ⟨10.1007/s13199-013-0247-x⟩. ⟨hal-01268068⟩
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ref_biblio: Adnane Bargaz, Mohamed Lazali, Laurie Amenc, Josiane Abadie, Cherki Ghoulam, et al.. Differential expression of trehalose 6-P phosphatase and ascorbate peroxidase transcripts in nodule cortex of Phaseolus vulgaris and regulation of nodule O-2 permeability. Planta, 2013, 238 (1), pp.107 - 119. ⟨10.1007/s00425-013-1877-1⟩. ⟨hal-01268070⟩
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ref_biblio: V. Valette, L. Filipova, B. Vuillaume, C. Cherbonnel, Ange Marie Risterucci, et al.. Isolation and characterization of microsatellite loci from Iguana delicatissima (Reptilia: Iguanidae), new perspectives for investigation of hybridization events with Iguana iguana. Conservation Genetics Resources, 2013, 5 (1), pp.173-175. ⟨10.1007/s12686-012-9761-z⟩. ⟨hal-00803166⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade. Analogical proportions and the factorization of information in distributive lattices. 10th International Conference on Concept Lattices and Their Applications (CLA), Oct 2013, La Rochelle, France. ⟨hal-00908005⟩
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ref_biblio: Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé. AphidAtlas : avancées récentes. BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France. ⟨hal-00913155⟩
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ref_biblio: Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, et al.. Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. ⟨hal-00853752⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele. An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. ⟨hal-00853762⟩
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ref_biblio: Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. Generating discrete planes with substitutions. WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland. ⟨hal-00853758⟩
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ref_biblio: Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl. Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks. 25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩. ⟨hal-00769447v3⟩
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ref_biblio: Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas. Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network. ECDA - European Conference on Data Analysis - 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg. ⟨hal-00924413⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, et al.. Towards a Life Sciences Virtual Research Environment. JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. ⟨hal-01102438⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade. Proportions analogiques et factorisation de l'information dans les treillis distributifs. Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF), Jun 2013, Aix en Provence, France. ⟨hal-00908020⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Anne Siegel. Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework. PRIB - Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics - 2013, Jun 2013, Nice, France. ⟨hal-00853839⟩
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ref_biblio: Alexandre Rollet, Gautier Defossez, Olivier Dameron, Poitou-Charentes Corim, Poitou-Charentes Crisap, et al.. Développement et évaluation d'un algorithme de représentation des parcours de soins de patientes atteintes d'un cancer du sein à partir des données d'un système d'information régional. Proceedings of the conference Évaluation Management Organisation Information Santé (EMOIS2013, Nancy, France), 2013, Nancy, France. ⟨hal-00913172⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: J. Roy, D. Bouchon, D. Corenblit, Thierry Dutoit, F. Lallier, et al.. Interactions et rétroactions : rôle de leur écologie et de leur évolution dans le fonctionnement des écosystèmes.. Prospectives de l’Institut Ecologie et Environnement du CNRS, 2013. ⟨hal-01327465⟩
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Autre publication scientifique

ref_biblio: Christine Braquart-Varnier, Maryline Raimond, Mathieu Sicard. LC3B Labeling on Terrestrial Isopod Adipocytes. 2013. ⟨hal-00836507⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Sophie Lemosquet, O. Abdou Arbi, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, J. Bourdon. Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis. Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. , Canadian Journal of Animal Science, 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science. ⟨hal-01210552⟩
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Document associé à des manifestations scientifiques

ref_biblio: Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier. MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer. JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013. ⟨hal-00842027⟩
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Thèse

ref_biblio: Charles Bettembourg. Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00926498⟩
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ref_biblio: Andrés Octavio Aravena Duarte. Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data. Other [cs.OH]. Université de Rennes; Universidad de Chile, 2013. English. ⟨NNT : 2013REN1S151⟩. ⟨tel-00988255⟩
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ref_biblio: Oumarou Abdou Arbi. Étude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition. Autre [cs.OH]. Université de Rennes, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S119⟩. ⟨tel-01128059⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Geoffroy Andrieux. Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00926487⟩
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2012

Article dans une revue

ref_biblio: Martin Hartmann, Charles G. Howes, David Vaninsberghe, Hang Yu, Dipankar Bachar, et al.. Significant and persistent impact of timber harvesting on soil microbial communities in Northern coniferous forests. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2012, 6 (12), pp.2199-2218. ⟨10.1038/ismej.2012.84⟩. ⟨hal-01546179⟩
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ref_biblio: Sandrine Geniez, Jeremy M Foster, Sanjay Kumar, Bouziane Moumen, Emily Leproust, et al.. Targeted genome enrichment for efficient purification of endosymbiont DNA from host DNA.. Symbiosis, 2012, 58 (1-3), pp.201-207. ⟨10.1007/s13199-012-0215-x⟩. ⟨hal-00803538⟩
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ref_biblio: Anthony Bretaudeau, François Coste, Florian Humily, Laurence Garczarek, Gildas Le Corguillé, et al.. CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions. Nucleic Acids Research, 2012, pp.6. ⟨10.1093/nar/gks1091⟩. ⟨hal-01094087⟩
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ref_biblio: A. Moya, P. Ganot, P. Furla, C. Sabourault. The transcriptomic response to thermal stress is immediate, transient and potentiated by ultraviolet radiation in the sea anemone Anemonia viridis. Molecular Ecology, 2012, 21 (5), pp.1158-1174. ⟨10.1111/j.1365-294X.2012.05458.x⟩. ⟨hal-01546174⟩
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ref_biblio: Vincent Doublet, Roland Raimond, Frédéric Grandjean, Alexandra Lafitte, Catherine Souty-Grosset, et al.. Widespread atypical mitochondrial DNA structure in isopods (Crustacea, Peracarida) related to a constitutive heteroplasmy in terrestrial species.. Genome, 2012, 55 (3), pp.234-44. ⟨10.1139/g2012-008⟩. ⟨hal-00708667⟩
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ref_biblio: Nicholas J Bouskill, Damien Eveillard, Diana Chien, Amal Jayakumar, Bess B Ward. Environmental factors determining ammonia-oxidizing organism distribution and diversity in marine environments.. Environmental Microbiology, 2012, 14 (3), pp.714-729. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02623.x⟩. ⟨hal-00661746⟩
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ref_biblio: Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez. Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA. Journal of Discrete Algorithms, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. ⟨10.1016/j.jda.2011.04.006⟩. ⟨inria-00536633⟩
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ref_biblio: S. Verne, M. Johnson, D. Bouchon, F. Grandjean. Effects of parasitic sex-ratio distorters on host genetic structure in the Armadillidium vulgare-Wolbachia association. Journal of Evolutionary Biology, 2012, 25 (2), pp.264-76. ⟨10.1111/j.1420-9101.2011.02413.x⟩. ⟨hal-00708676⟩
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ref_biblio: Frédéric Chevalier, Juline Herbinière-Gaboreau, Delphine Charif, Guillaume Mitta, Frédérick F. Gavory, et al.. Feminizing Wolbachia: a transcriptomics approach with insights on the immune response genes in Armadillidium vulgare. BMC Microbiology, 2012, 12 (suppl), pp.S1. ⟨10.1186/1471-2180-12-S1-S1⟩. ⟨halsde-00661197⟩
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ref_biblio: M.C. Trouilhe, G. Freyssinel, J. Jandry, M. Brulin, B. Parinet, et al.. The relationship between Ephemeroptera and presence of the white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes). Case study in the Poitou-Charentes region (France). Fundamental and Applied Limnology, 2012, 179 (4), pp.293-303. ⟨10.1127/1863-9135/2012/0028⟩. ⟨hal-00836158⟩
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ref_biblio: Sebastien Terrat, Richard Christen, Samuel S. Dequiedt, Mélanie M. Lelievre, Virginie Nowak, et al.. Molecular biomass and MetaTaxogenomic assessment of soil microbial communities as influenced by soil DNA extraction procedure. Microbial Biotechnology, 2012, 5 (1), pp.135-141. ⟨10.1111/j.1751-7915.2011.00307.x⟩. ⟨hal-01546177⟩
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ref_biblio: C. Feschotte, C. Gilbert. Endogenous viruses: insights into viral evolution and impact on host biology. Nature Reviews Genetics, 2012, 13 (4), pp.283-296. ⟨10.1038/nrg3199⟩. ⟨hal-00679842⟩
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ref_biblio: Richard Cordaux, Samuel Pichon, Houda Ben Afia Hatira, Vincent Doublet, Pierre Grève, et al.. Widespread Wolbachia infection in terrestrial isopods and other crustaceans.. Zookeys, 2012, 176, pp.123-31. ⟨10.3897/zookeys.176.2284⟩. ⟨hal-00708671⟩
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ref_biblio: A. Coignet, F. Pinet, Catherine Souty-Grosset. Estimating population size of the red swamp crayfish (Procambarus clarkii) in fish-ponds (Brenne, Central France). Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2012, 406, pp.2-2. ⟨10.1051/kmae/2012019⟩. ⟨hal-00771174⟩
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ref_biblio: Stéphane Mahé, Marie Duhamel, Thomas Le Calvez, Laëtitia Guillot, Ludmila Sarbu, et al.. PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution. PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩. ⟨hal-00756250⟩
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ref_biblio: Jeremy Lasbleiz, John Morelli, Nicolas Schnel, Anita Burgun, Régis Duvauferrier, et al.. MRI image artifact ontology: A Proposed Method for Improved Recognition.. Studies in Health Technology and Informatics, 2012, 180, pp.103-7. ⟨10.3233/978-1-61499-101-4-103⟩. ⟨inserm-00748002⟩
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ref_biblio: Freddie-Jeanne Richard, Holly Holt, Christina M Grozinger. Effects of immunostimulation on social behavior, chemical communication and genome-wide gene expression in honey bee workers (Apis mellifera). BMC Genomics, 2012, 13 (1), pp.558. ⟨10.1186/1471-2164-13-558⟩. ⟨hal-00872884⟩
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ref_biblio: B.L. Zimmermann, M.P. Almerao, D. Bouchon, P.B. Araujo. DETECTION OF WOLBACHIA (ALPHAPROTEOBACTERIA: RICKETTSIALES) IN THREE SPECIES OF TERRESTRIAL ISOPODS (CRUSTACEA: ISOPODA: ONISCIDEA) IN BRAZIL. Brazilian Journal of Microbiology, 2012, 43 (2), pp.711-715. ⟨10.1590/S1517-83822012000200036⟩. ⟨hal-00743667⟩
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ref_biblio: A.C. Darby, S.D. Amstrong, G.S. Bah, G. Kaur, M.A. Hughes, et al.. Analysis of gene expression from the Wolbachia genome of a filarial nematode supports both metabolic and defensive roles within the symbiosis. Genome Research, 2012, 22 (12), pp.2467-2477. ⟨10.1101/gr.138420.112⟩. ⟨hal-00771127⟩
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ref_biblio: J.P. Godet, S. Demuynck, C. Waterlot, S. Lemiere, Catherine Souty-Grosset, et al.. Fluctuating asymmetry analysis on Porcellio scaber (Crustacea, Isopoda) populations living under metals-contaminated woody habitats. Ecological Indicators, 2012, 23, pp.130-139. ⟨10.1016/j.ecolind.2012.03.018⟩. ⟨hal-00743685⟩
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ref_biblio: Adnane Bargaz, Cherki Ghoulam, Laurie Amenc, Mohamed Lazali, M. Faghire, et al.. A phosphoenol pyruvate phosphatase transcript is induced in the root nodule cortex of Phaseolus vulgaris under conditions of phosphorus deficiency. Journal of Experimental Botany, 2012, 63 (13), pp.4723 - 4730. ⟨10.1093/jxb/ers151⟩. ⟨hal-01268309⟩
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ref_biblio: Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Claude Rispe, Lucie Mieuzet, Fabrice Legeai, et al.. Accelerated evolution of sex chromosomes in aphids, an X0 system.. Molecular Biology and Evolution, 2012, 29 (2), epub ahead of print. ⟨10.1093/molbev/msr252⟩. ⟨hal-00639983⟩
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ref_biblio: Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum. Uniform Distribution Theory, 2012, 7 (1), pp.173-197. ⟨hal-00750209⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Clément Gilbert, Richard Cordaux. Cargo capacity of phages and plasmids and other factors influencing horizontal transfers of prokaryote transposable elements. Mobile Genetic Elements, 2012, 2 (2), pp.115-118. ⟨10.4161/mge.20352⟩. ⟨hal-00743674⟩
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ref_biblio: Geoffroy Andrieux, Laurent Fattet, Michel Le Borgne, Ruth Rimokh, Nathalie Théret. Dynamic regulation of Tgf-B signaling by Tif1γ: a computational approach.. PLoS ONE, 2012, 7 (3), pp.e33761. ⟨10.1371/journal.pone.0033761⟩. ⟨hal-00851483⟩
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ref_biblio: H. Khemaissia, M. Touihri, R. Jelassi, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar. A preliminary study of terrestrial is opod diversit y in coastal wetlands of Tunisia. Vie et Milieu / Life & Environment, 2012, 62 (4), pp.203-211. ⟨hal-00814602⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Richard Cordaux. Selection-Driven Extinction Dynamics for Group II Introns in Enterobacteriales. PLoS ONE, 2012, 7 (12), pp.e52268. ⟨hal-00771117⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, et al.. Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming. CMSB - 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, D. Gilbert and M. Heiner, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.342-361, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_20⟩. ⟨hal-00737112v2⟩
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ref_biblio: Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin. Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis. journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France. ⟨hal-00766066⟩
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ref_biblio: François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas. Local Substitutability for Sequence Generalization. ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111. ⟨hal-00730553⟩
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ref_biblio: Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy. A Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subword in a Finite Language. International Conference on Grammatical Inference, Sep 2012, United States. pp.164-176. ⟨hal-00726166⟩
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ref_biblio: Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy. Analogical proportions in a lattice of sets of alignments built on the common subwords in a finite language. 1st International Workshop on Similarity and Analogy-based methods in AI (SAMAI), Aug 2012, Montpellier, France. pp.25-31. ⟨hal-00760722⟩
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ref_biblio: Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret. Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition. ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States. ⟨hal-00760189⟩
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ref_biblio: Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass. Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network. Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171. ⟨hal-00740722⟩
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ref_biblio: Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas. Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1. JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14. ⟨hal-00726791⟩
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ref_biblio: Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret. Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France. ⟨hal-00760183⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel. Exploitation à large échelle de bases de données de connaissance sur les réactions et régulations pour trouver des régulateurs clés de groupe de gènes. Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170. ⟨hal-01210385⟩
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ref_biblio: Yves Moné, F. Chevalier, M.C. Carpentier, N. Kremer, Patrick Mavingui, et al.. Evolution and control of host-microbe symbiosis in arthropods: an RNAseq-based transcriptomic analysis. 7. International Wolbachia conference, Jun 2012, St Pierre d'Oléron, France. ⟨hal-02747908⟩
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ref_biblio: Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, et al.. Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology. Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France. ⟨hal-00760640⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel. Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes. JOBIM 2012, Inria, 2012, Rennes, France. pp.123-132. ⟨hal-00750512⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Jean-Jacques Girardot, Laurence Meire, Eric Bernard. Chapelle-lez-Herlaimont: inteligencia territorial, cohesión social y bien¬estar (Bélgica). Intelligentia Territorial : teoría, métodos e iniciativas en Europa y América Latina, 250-259p, 2012, 978-987-595-158-7. ⟨halshs-01146774⟩
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ref_biblio: Jacques Nicolas. To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin. Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩. ⟨hal-00730207⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Julien Gardes, Richard Christen. Design of PCR primers for the detection of waterborne bacteria. DETECTION OF PATHOGENS IN WATER USING MICRO AND NANO-TECHNOLOGY, IWA PUBLISHING, pp.237-254, 2012, 978-1-78040-108-9. ⟨hal-01546175⟩
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Ouvrages

ref_biblio: François Coste, Denis Tagu (Dir.). Jobim 2012, 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 3-6 Juillet 2012, Rennes. François Coste and Denis Tagu. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, pp.558, 2012, 13 978-2-7261-1301-1. ⟨hal-00740287⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Anthony Bretaudeau, Olivier Collin. Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery. JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. ⟨hal-01102439⟩
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Rapport

ref_biblio: Antoine Rocheteau, Catherine Belleannée. Recherche d'éléments structurés dans les génomes par modèles logiques. [Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30. ⟨hal-00684388v2⟩
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Thèse

ref_biblio: Coline Balzergue. Régulation de la symbiose endomycorhizienne par le phosphate. Biologie végétale. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2012. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00796089⟩
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2011

Article dans une revue

ref_biblio: Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, et al.. Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.. OMICS, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩. ⟨hal-00661751⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Richard Cordaux. Do phages efficiently shuttle transposable elements among prokaryotes?. Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2011, 65 (11), pp.3327-3331. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01395.x⟩. ⟨hal-00637838⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez. The Smallest Grammar Problem as Constituents Choice and Minimal Grammar Parsing. Algorithms, 2011, 4, pp.262-284. ⟨10.3390/a4040262⟩. ⟨inria-00638445⟩
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ref_biblio: Jonathan M. Guberman, J. Ai, O. Arnaiz, Baran Joachim, Andrew Blake, et al.. BioMart Central Portal: an open database network for the biological community. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩. ⟨inria-00638749⟩
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ref_biblio: Dent A. Earl, Keith Bradnam, John St. John, Aaron Darling, Dawei Lin, et al.. Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods. Genome Research, 2011, ⟨10.1101/gr.126599.111⟩. ⟨inria-00637571⟩
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ref_biblio: Freddie-Jeanne Richard, Coby Schal, David R Tarpy, Christina M Grozinger. Effects of instrumental insemination and insemination quantity on Dufour's gland chemical profiles and vitellogenin expression in honey bee queens (Apis mellifera).. Journal of Chemical Ecology, 2011, 37 (9), pp.1027-36. ⟨10.1007/s10886-011-9999-z⟩. ⟨hal-00679813⟩
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ref_biblio: Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel. Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.. PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002157. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002157⟩. ⟨hal-00626708⟩
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ref_biblio: Christophe Blanchet, Olivier Collin. Un déluge de données. Biofutur, 2011. ⟨hal-00639962⟩
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ref_biblio: Richard Cordaux, Didier Bouchon, Pierre Grève. The impact of endosymbionts on the evolution of host sex-determination mechanisms.. Trends in Genetics, 2011, 27 (8), pp.332-341. ⟨10.1016/j.tig.2011.05.002⟩. ⟨hal-00626381⟩
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ref_biblio: Mehdi Darouich, Stéphane Guyetant, Dominique Lavenier. Etude quantitative dálgorithmes de stéréovision pour les systèmes embarqués d'aide à la conduite. Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2011, 30 (5), pp.539-569. ⟨hal-00637835⟩
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ref_biblio: Terry Terry.Brissac@upmc.Fr Brissac, F. Rodrigues Clara, Olivier Gros, Sébastien Duperron. Characterization of bacterial symbioses in Myrtea sp. (Bivalvia: Lucinidae) and Thyasira sp. (Bivalvia Thyasiridae) from a cold seep in the Eastern Mediterranean.. Marine Ecology, 2011, 32 (2), pp.198-210. ⟨10.1111/j.1439-0485.2010.00413.x⟩. ⟨hal-00743765⟩
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ref_biblio: Frédéric Lecerc, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, et al.. AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region. Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Suppl 2), open access. ⟨10.1093/nar/gkr361⟩. ⟨hal-00597398⟩
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ref_biblio: Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau. Algorithm engineering for optimal alignment of protein structure distance matrices. Optimization Letters, 2011, ⟨10.1007/s11590-011-0313-3⟩. ⟨inria-00586067⟩
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ref_biblio: Kiran Singh, Antoine Maignan, Charles Simon, Vincent Hardy, Elise Pachoud, et al.. The spin glass delafossite CuFe 0.5 V 0.5 O 2 : a dipolar glass?. Journal of Physics: Condensed Matter, 2011, 23 (12), pp.126005. ⟨10.1088/0953-8984/23/12/126005⟩. ⟨hal-02264063⟩
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ref_biblio: Jessica Dittmer, Anson V Koehler, Freddie-Jeanne Richard, Robert Poulin, Mathieu Sicard. Variation of parasite load and immune parameters in two species of New Zealand shore crabs. Parasitology Research, 2011, 109 (3), pp.759 - 767. ⟨10.1007/s00436-011-2319-2⟩. ⟨hal-03856800⟩
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ref_biblio: S. Beltran, Benjamin Gourbal, Jérôme Boissier, David Duval, S. Kieffer-Jaquinod, et al.. Vertebrate host protective immunity drives genetic diversity and antigenic polymorphism in Schistosoma mansoni.. Journal of Evolutionary Biology, 2011, 24 (3), pp.554-72. ⟨10.1111/j.1420-9101.2010.02190.x⟩. ⟨halsde-00580773⟩
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ref_biblio: Paula Menna Barreto Dias, Sophie Brunel-Muguet, Caroline Dürr, Thierry Huguet, Didier Demilly, et al.. QTL analysis of seed germination and pre-emergence growth at extreme temperatures in Medicago truncatula.. TAG Theoretical and Applied Genetics, 2011, 122 (2), pp.429-44. ⟨10.1007/s00122-010-1458-7⟩. ⟨hal-00729328⟩
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ref_biblio: Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner. Fractal tiles associated with shift radix systems. Advances in Mathematics, 2011, 226 (1), pp.139-175. ⟨10.1016/j.aim.2010.06.010⟩. ⟨hal-00407999v2⟩
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ref_biblio: Rumen Andonov, Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev. Maximum Contact Map Overlap Revisited. Journal of Computational Biology, 2011, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1089/cmb.2009.0196⟩. ⟨inria-00536624⟩
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ref_biblio: François Moreews, Gaelle Rauffet, Patrice Dehais, Christophe C. Klopp. SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.. Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩. ⟨inria-00638684⟩
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ref_biblio: F. Grandjean, J. Jandry, E. Bardon, A. Coignet, M.-C. Trouilhé, et al.. Use of Ephemeroptera as bioindicators of the occurrence of white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes). Hydrobiologia, 2011, 671, pp.253-258. ⟨10.1007/s10750-011-0717-1⟩. ⟨hal-00636467⟩
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ref_biblio: Jean-Philippe Godet, Sylvain Demuynck, Christophe Waterlot, Sébastien Lemière, Catherine Souty-Grosset, et al.. Growth and metal accumulation in Porcellio scaber exposed to poplar litter from Cd-, Pb-, and Zn-contaminated sites.. Ecotoxicology and Environmental Safety, 2011, 74 (3), pp.451-458. ⟨10.1016/j.ecoenv.2010.09.007⟩. ⟨hal-00626392⟩
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ref_biblio: F. Chevalier, J. Herbiniere-Gaboreau, J. Bertaux, M. Raimond, F. Morel, et al.. The Immune Cellular Effectors of Terrestrial Isopod Armadillidium vulgare: Meeting with Their Invaders, Wolbachia. PLoS ONE, 2011, 6 (4), pp.e18531. ⟨10.1371/journal.pone.0018531⟩. ⟨hal-00591758⟩
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ref_biblio: Mounawer M. Badri, Fabien F. Chardon, Thierry T. Huguet, Mohamed Elarbi M. E. Aouani. Quantitative trait loci associated with drought tolerance in the model legume Medicago truncatula. Euphytica, 2011, 181 (3), pp.415 - 428. ⟨10.1007/s10681-011-0473-3⟩. ⟨hal-01000981⟩
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ref_biblio: Claire Lemaitre, Aurélien Barré, Christine Citti, Florence Tardy, François Thiaucourt, et al.. A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships. BMC Bioinformatics, 2011, 12 (1), pp.457. ⟨10.1186/1471-2105-12-457⟩. ⟨hal-00784414⟩
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ref_biblio: Soumaya S. Arraouadi, Fabien F. Chardon, Thierry T. Huguet, Mohamed Elarbi M. E. Aouani, Mounawer M. Badri. QTLs mapping of morphological traits related to salt tolerance in Medicago truncatula. Acta Physiologiae Plantarum, 2011, 33 (3), pp.917-926. ⟨10.1007/s11738-010-0621-8⟩. ⟨hal-01000538⟩
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ref_biblio: Israël-César C. Lerman, Pascale Kuntz. Directed Binary Hierarchies and Directed Ultrametrics. Journal of Classification, 2011, 28 (3), pp.272-296. ⟨10.1007/s00357-011-9091-y⟩. ⟨hal-00643982⟩
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ref_biblio: Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot. Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny. BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp.303. ⟨10.1186/1471-2164-12-303⟩. ⟨hal-00784423⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, et al.. Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. ⟨10.1109/TCBB.2010.71⟩. ⟨inria-00538134⟩
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ref_biblio: L. Filipova, F. Grandjean, C. Chucholl, D.M. Soes, A. Petrusek. Identification of exotic North American crayfish in Europe by DNA barcoding. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2011, 401, 11p14. ⟨10.1051/kmae/2011025⟩. ⟨hal-00595201⟩
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ref_biblio: Guillaume Collet, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat, Nicola Yanev. Local protein threading by Mixed Integer Programming. Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (16), pp.1707-1716. ⟨10.1016/j.dam.2010.05.024⟩. ⟨inria-00536537⟩
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ref_biblio: N. Gouin, C. Souty-Grosset, J. Borquez, A. Bertin, F. Grandjean. Disentangling the impact of demographic factors on population differentiation of an endangered freshwater crayfish (Austropotamobius pallipes) using population density and microsatellite data. Freshwater Biology, 2011, 56, pp.2105-2118. ⟨10.1111/j.1365-2427.2011.02629.x⟩. ⟨hal-00636477⟩
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ref_biblio: Nicolas Cerveau, Sébastien Leclercq, Didier Bouchon, Richard Cordaux. Short- and long-term evolutionary dynamics of bacterial insertion sequences: insights from Wolbachia endosymbionts. Genome Biology and Evolution, 2011, 3, pp.1175-1186. ⟨10.1093/gbe/evr096⟩. ⟨hal-02644762⟩
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ref_biblio: Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Le Meur, Nathalie Théret. Simple Shared Motifs (SSM) in conserved region of promoters: a new approach to identify co-regulation patterns.. BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.365. ⟨10.1186/1471-2105-12-365⟩. ⟨hal-00682075⟩
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ref_biblio: Charles Perrier, Frederic Grandjean, Jérôme Le Gentil, Corinne Cherbonnel, Guillaume Evanno. A species-specific microsatellite marker to discriminate European Atlantic salmon, brown trout, and their hybrids. Conservation Genetics Resources, 2011, 3 (1), pp.131-133. ⟨10.1007/s12686-010-9307-1⟩. ⟨hal-01453825⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Isabelle Giraud, Richard Cordaux. Remarkable abundance and evolution of mobile group II introns in Wolbachia bacterial endosymbionts.. Molecular Biology and Evolution, 2011, 28 (1), pp.685-697. ⟨10.1093/molbev/msq238⟩. ⟨hal-00626379⟩
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ref_biblio: D. Caruso, D. Bouchon. Armadillidium virgo n. sp. from caves in southeastern Sicily:Is it a parthenogenetic species? (Crustacea, Isopoda, Oniscidea). Italian Journal of Zoology, 2011, 78 (1), pp.96-100. ⟨hal-00578180⟩
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ref_biblio: Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue. Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities. Transactions on Computational Systems Biology, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, 6575 (Lecture Notes in Computer Science 6575), pp.110-130. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_6⟩. ⟨inria-00538136⟩
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ref_biblio: P. Kozak, L. Füreder, J. Reynolds, C. Souty-Grosset, A. Kouba. Current conservation strategies for European crayfish. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems, 2011, 401, pp.1-8. ⟨10.1051/kmae/2011018⟩. ⟨hal-00595537⟩
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ref_biblio: L. Filipova, D. A. Lieb, F. Grandjean, A. Petrusek. Haplotype variation in the spiny-cheek crayfish Orconectes limosus: colonization of Europe and genetic diversity of native stocks. Journal of the North American Benthological Society, 2011, 30 (4), pp.871-881. ⟨hal-00636514⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Sébastien Malpel, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, François Cousserans, et al.. An Expressed Sequence Tag collection from the male antennae of the Noctuid moth Spodoptera littoralis: a resource for olfactory and pheromone detection research.. BMC Genomics, 2011, 12 (86), pp.86. ⟨10.1186/1471-2164-12-86⟩. ⟨hal-00723049⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti. A symmetry-driven BP algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Nov 2011, Atlanta, United States. ⟨inria-00637771⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy, Florence Gondret, Sven Thiele, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, et al.. A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data. 4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland. ⟨hal-02748096⟩
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ref_biblio: Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurélien Roult, et al.. Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS (New Generation Sequencing). Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France. ⟨hal-00653023⟩
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ref_biblio: Laurence Meire. Importance de l'impulsion de pouvoirs locaux dans la dynamique partenariale transversale. Le Plan de Cohésion Sociale et la méthode ouverte de coordination. International Conference "Sustainable economics within the new culture of development". ENTI. September 12th-14th 2011, Sep 2011, Liège, Belgique. ⟨halshs-00803690⟩
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ref_biblio: Rayan Chikhi, Guillaume Chapuis, Dominique Lavenier. Parallel and memory-efficient reads indexing for genome assembly. Parallel Bio-Computing 2011, Sep 2011, torun, Poland. ⟨inria-00637536⟩
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ref_biblio: Rayan Chikhi, Dominique Lavenier. Localized genome assembly from reads to scaffolds: practical traversal of the paired string graph. WABI 2011, Sep 2011, Sarrebruck, Germany. ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_4⟩. ⟨inria-00637535⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Mathilde Le Boudic-Jamin, Pritish Kamath, Rumen Andonov. Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem. 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Max-Planck-Institute für Informatics, Sep 2011, Saarbrücken, Germany. pp.201-212, ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_18⟩. ⟨inria-00609432⟩
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ref_biblio: Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot. Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance. The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic. ⟨inria-00608208⟩
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ref_biblio: Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, et al.. biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics. JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France. ⟨hal-00637847⟩
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ref_biblio: François Moreews, Jonathan Piat, Olivier Sallou. OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment. BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria. ⟨inria-00638715⟩
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ref_biblio: Jonathan Piat, François Moreews, Olivier Collin, Dominique Lavenier, Alexandre Cornu. SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation. SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States. ⟨inria-00638694⟩
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ref_biblio: Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurelien Roult, et al.. Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS. JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France. ⟨inria-00614489⟩
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ref_biblio: Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Christophe C. Caron, Olivier Collin, Stephane Delmotte, et al.. RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique. JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France. ⟨hal-00640007⟩
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ref_biblio: Antonio Mucherino, Inken Wohlers, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov. Sparsifying Distance Matrices for Protein-Protein Structure Alignments. CTW2011, Jun 2011, Rome, Italy. ⟨hal-00642794⟩
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ref_biblio: Tiphaine Martin, Christophe C. Caron, Olivier Collin. Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO. Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, Christophe Blanchet and Christophe Caron and Olivier Collin and Stéphane Delmotte and Clément Gauthey and Tiphaine Martin and Franck Samson and Bruno Spataro, May 2011, Lyon, France. ⟨inria-00614475⟩
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ref_biblio: Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Anne Blum, et al.. AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region. 15th QTLMAS, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Animale (0598)., May 2011, Rennes, France. ⟨hal-02746678⟩
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ref_biblio: Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Pascale Le Roy, Jean-Michel Elsen, Dominique Lavenier. GPU Accelerted QTLMap. The 15th QTL-MAS workshop, May 2011, -, France. ⟨hal-00637840⟩
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ref_biblio: Frédéric Guilloud, Ulrich Legait, Afef Kedous-Lebouc, Vincent Hardy. Development of a new magnetocaloric material used in a magnetic refrigeration device. First Euro Mediterranean Meeting on Functionalized Materials EMM-FM, Mar 2011, Sousse, Tunisia. ⟨hal-00790543⟩
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ref_biblio: Vincent Hardy, B. Chevalier, Daniel Fruchart, Afef Kedous-Lebouc, Cyrille Train. Froid magnétique. Colloque PIE CNRS, Mar 2011, Montpellier, France. ⟨hal-00796547⟩
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ref_biblio: Matthew L. Ferguson, Dominique Le Coq, Matthieu Jules, Bryan Chun, Stephane Aymerich, et al.. Two types of transcriptional repression in living cells of [i]Bacillus subtilis[/i] characterized by number and brightness analysis. 55. Annual Meeting of the Biophysical-Society, Mar 2011, Baltimore, Maryland, United States. ⟨10.1016/j.bpj.2010.12.1179⟩. ⟨hal-01190611⟩
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ref_biblio: Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov. Identification rapide de familles protéiques par dominance. 12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne, Mar 2011, Saint-Étienne, France. pp.791-792. ⟨inria-00611457⟩
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ref_biblio: Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier. HLS Tools for FPGA : faster development with better performances. Proceeding of the 7th International Symposium on Applied Reconfigurable Computing, Feb 2011, Belfast, United Kingdom. pp.67-78. ⟨hal-00637830⟩
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ref_biblio: Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, et al.. Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics. Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria. ⟨inria-00623390⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Sanjay Rajopadhye. GPU accelerated RNA folding algorithm. Wen-mei W. Hwu. GPU Computing Gems, ELSEVIER, pp.560, 2011, ⟨10.1016/B978-0-12-384988-5.00014-0⟩. ⟨hal-00637827⟩
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ref_biblio: Jérémie Bourdon, Damien Eveillard. Probabilistic Approaches for Investigating Biological Networks. Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp.1066, 2011. ⟨hal-00531568⟩
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ref_biblio: N. Cerveau, S. Leclercq, D. Bouchon, R. Cordaux. Evolutionary Dynamics and Genomic Impact of Prokaryote Transposable Elements. Pierre Pontarotti. Evolutionary Biology: Concepts, Biodiversity, Macroevolution and Genome Evolution, Springer Verlag, pp.291-312, 2011, 978-3-642-20762-4. ⟨10.1007/978-3-642-20763-1_17⟩. ⟨hal-00626389⟩
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Mémoire d'étudiant

ref_biblio: Gaelle Garet. Apprentissage de grammaires algébriques par alignement multiple de séquences protéiques. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2011. ⟨hal-00639334⟩
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Autre publication scientifique

ref_biblio: Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier. How to accelerate genomic sequence alignment 4X using half an FPGA. 2011. ⟨hal-00637833⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, et al.. AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region. 12. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011, JOBIM 2011. ⟨hal-02746728⟩
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Rapport

ref_biblio: Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, et al.. kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq. [Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12. ⟨hal-00654249v2⟩
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ref_biblio: Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes. [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24. ⟨hal-00643408⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi. Mapsembler, targeted assembly of larges genomes on a desktop computer. [Research Report] RR-7565, INRIA. 2011, pp.17. ⟨inria-00577218⟩
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Thèse

ref_biblio: Nicolas Cerveau. Dynamique évolutive des éléments transposables de type séquence d'insertion dans les génomes des bactéries endosymbiotiques Wolbachia. Biodiversité et Ecologie. Université de Poitiers, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00966872⟩
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ref_biblio: Frédéric Chevalier. La symbiose à Wolbachia ( -protéobactérie) : impacts sur le système immunitaire et l'immunocompétence de son hôte Armadillidium vulgare (crustacé isopode). Biodiversité et Ecologie. Université de Poitiers, 2011. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00669717⟩
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ref_biblio: Matthias Gallé. Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem. Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00595494⟩
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ref_biblio: Guillaume Rizk. Parallelization on graphic hardware : contributions to RNA folding and sequence alignment. Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : 2011REN1S021⟩. ⟨tel-00634901⟩
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2010

Article dans une revue

ref_biblio: Aurélie Lardenois, Alexandre Gattiker, Olivier Collin, Frédéric Chalmel, Michael Primig. GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle. Database -Weston-, 2010, pp.baq030. ⟨10.1093/database/baq030⟩. ⟨hal-00639961⟩
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ref_biblio: Jérémie Bourdon, Irena Rusu. Statistical Properties of Factor Oracles. Journal of Discrete Algorithms, 2010, LNCS, 9 (2011), pp.59-66. ⟨10.1007/978-3-642-02441-2⟩. ⟨hal-00415952⟩
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ref_biblio: Guillaume Rizk, Dominique Lavenier. GASSST: Global Alignment Short Sequence Search Tool. Bioinformatics, 2010, 26 (20), pp 2534-2540. ⟨hal-00531499⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, et al.. Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.. Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩. ⟨hal-00681095⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Thomas Walsh, Owain Edwards, Karl Gordon, et al.. Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum.. BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.281. ⟨10.1186/1471-2164-11-281⟩. ⟨inserm-00482283⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Anne-Nathalie Volkoff, Véronique Jouan, Serge Urbach, Sylvie Samain, Max Bergoin, et al.. Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome.. PLoS Pathogens, 2010, 6 (5), pp.e1000923. ⟨10.1371/journal.ppat.1000923⟩. ⟨inria-00537901⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: E. d'Alençon, H. Sezutsu, Fabrice Legeai, E. Permal, S. Bernard-Samain, et al.. Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements.. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010, 107 (17), pp.7680-5. ⟨10.1073/pnas.0910413107⟩. ⟨inria-00537908⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon. A parallel scheme for comparing transcription factor binding sites matrices. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 8 (3), pp.18. ⟨hal-00461973⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Jacques Nicolas. Décoder le vivant. Interstices, 2010. ⟨hal-01350190⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Morgane Ollivier, Fabrice Legeai, Claude Rispe. Comparative analysis of the Acyrthosiphon pisum genome and expressed sequence tag-based gene sets from other aphid species.. Insect Molecular Biology, 2010, 19 Suppl 2 (s2), pp.33-45. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00976.x⟩. ⟨inria-00537902⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier. Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.. Molecular Reproduction and Development, 2010, 77 (3), pp.257-64. ⟨10.1002/mrd.21142⟩. ⟨hal-00486418⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Eric Rivals, Philippe Jarne. DNA Slippage Occurs at Microsatellite Loci without Minimal Threshold Length in Humans: A Comparative Genomic Approach. Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.325-335. ⟨10.1093/gbe/evq023⟩. ⟨hal-00493962⟩
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ref_biblio: Y.L. Fan, F.-J. Richard, N. Rouf, C. M. Grozinger. Effects of queen mandibular pheromone on nestmate recognition in worker honeybees, Apis mellifera. Animal Behaviour, 2010, 79 (3), pp.649-656. ⟨10.1016/j.anbehav.2009.12.013⟩. ⟨hal-00551754⟩
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ref_biblio: C. Souty-Grosset, V Hardy, R. Raimond, L. Ollivier. Land-use in headwaters and distribution of the native white-clawed crayfish Austropotamobius pallipes (Lereboullet) in a stream from the Poitou-Charentes region. Freshwater Crayfish, 2010, 17, pp.129-134. ⟨hal-00565305⟩
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ref_biblio: M. Fraj, F.C. Cheikhrouha, C. Souty-Grosset. Terrestrial Isopods Diversity Related to Irrigation and Agricultural Practices in Norht-East of Tunisia. Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-3), pp.217-223. ⟨hal-00636483⟩
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ref_biblio: Fabrice Lefebvre, Y. Caubet. Female-extended control over their reproductive investment: the role of early mating interactions on oocyte maturation in the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare (Latreille, 1804). Invertebrate Reproduction and Development, 2010, 54 (4), pp.177-186. ⟨hal-00563349⟩
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ref_biblio: Monique Berger, Alicia Ayerdi-Gotor, Ahmad Sarrafi, Pierre Maury, Jean Daydé, et al.. Que sait-on du déterminisme de la qualité des huiles du tournesol face aux nouvelles attentes ?. Oléagineux, Corps Gras, Lipides, 2010, 17 (3), pp.171-184. ⟨hal-02658278⟩
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ref_biblio: R. Cataudella, M. Paolucci, C. Delaunay, A. Ropiquet, A. Hassanin, et al.. Genetic variability of Austropotamobius italicus in the Marches region: implications for conservation. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2010, 20 (3), pp.261-268. ⟨10.1002/aqc.1099⟩. ⟨hal-00550060⟩
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ref_biblio: Richard Cordaux, Shurjo K Sen, Miriam K Konkel, Mark A Batzer. Computational methods for the analysis of primate mobile elements.. Methods in Molecular Biology, 2010, 628, pp.137-151. ⟨10.1007/978-1-60327-367-1_8⟩. ⟨hal-00492281⟩
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ref_biblio: H. Khemaissia, C. Souty-Grosset, K. Nasri-Ammar. Impact of Soil Quality On The Distribution of Terrestrial Isopods in some Tunisian Wetlands. Anadolu Tarim Bilim, 2010, 25(S-2), pp.131-136. ⟨hal-00636490⟩
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ref_biblio: M. Sicard, F. Chevalier, M. de Vlechouver, D. Bouchon, P. Greve, et al.. Variations of immune parameters in terrestrial isopods: a matter of gender, aging and Wolbachia. Die Naturwissenschaften, 2010, 97 (9), pp.819-826. ⟨hal-00550064⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Shuji Shigenobu, Jean-Pierre Gauthier, John Colbourne, Claude Rispe, et al.. AphidBase: a centralized bioinformatic resource for annotation of the pea aphid genome.. Insect Molecular Biology, 2010, 19 (s2), pp.5-12. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00930.x⟩. ⟨hal-02658827⟩
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ref_biblio: Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, et al.. Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.. BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.146. ⟨10.1186/1752-0509-4-146⟩. ⟨inserm-00984711⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity. Serdica Journal of Computing, 2010, 4 (1), pp.93--100. ⟨hal-00849979⟩
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ref_biblio: A. Ling, R. Cordaux. Insertion Sequence Inversions Mediated by Ectopic Recombination between Terminal Inverted Repeats. PLoS ONE, 2010, 5 (12), pp.e15654. ⟨10.1371/journal.pone.0015654⟩. ⟨hal-00551569⟩
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ref_biblio: Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev. Asymptotology of Chemical Reaction Networks. Chemical Engineering Science, 2010, 65 (7), pp.2310-2324. ⟨10.1016/j.ces.2009.09.005⟩. ⟨inria-00431225⟩
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ref_biblio: L. Negri, M. Pellecchia, P. Greve, Daniele Daffonchio, C. Bandi, et al.. Sex and stripping: The key to the intimate relationship between Wolbachia and host?. Communicative and Integrative Biology, 2010, 3 (2), pp.110-115. ⟨hal-00551730⟩
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ref_biblio: Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner. Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion. Bulletin of the London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. ⟨10.1112/blms/bdq019⟩. ⟨hal-00400799v2⟩
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ref_biblio: L. Filipova, D. Holdich, J. Lesobre, F. Grandjean, A. Petrusek. Cryptic diversity within the invasive virile crayfish Orconectes virilis (Hagen, 1870) species complex: new lineages recorded in both native and introduced ranges. Biological Invasions, 2010, 12, pp.983-989. ⟨10.1007/s10530-009-9526-0⟩. ⟨hal-00486161⟩
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ref_biblio: Sebastien Tempel, Christine Rousseau, Fariza Tahi, Jacques Nicolas. ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements.. BMC Bioinformatics, 2010, 11, pp.474. ⟨10.1186/1471-2105-11-474⟩. ⟨inria-00536742⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Laurence Meire, Eric Bernard. Observa, an observatory for social innovation in Chapelle-lez-Herlaimont.. 9th International Conference of Territorial Intelligence of ENTI "Ecological and Social Innovation", Nov 2010, Strasbourg, France. ⟨halshs-00947960⟩
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ref_biblio: Cathy Charlier, Jérôme Montfort, Olivier Chabrol, François Moreews, M. Salhab, et al.. Oscile. VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France. ⟨inria-00540830⟩
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ref_biblio: Paolo Besana, Marc Cuggia, Oussama Zekri, Annabel Bourdé, Anita Burgun. Using Semantic Web Technologies for Clinical Trial Recruitment. 9th International Semantic Web Conference, ISWC 2010, Nov 2010, Shangai, China. pp.34-49, ⟨10.1007/978-3-642-17749-1_3⟩. ⟨hal-00748985⟩
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ref_biblio: Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix. Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads. String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. pp.147-158, ⟨10.1007/978-3-642-16321-0_14⟩. ⟨inria-00514887⟩
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ref_biblio: Sébastien Leclercq, Richard Cordaux. Remarkable abundance and evolution of mobile group II introns in Wolbachia bacterial endosymbionts: evolutionary dynamics and genomic impact. 14. Evolutionary Biology Meeting at Marseilles, Association pour l'Etude de l'Evolution Biologique., Sep 2010, Marseilles, France. ⟨hal-02755771⟩
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ref_biblio: François Coste. Modelling Biological Sequences by Grammatical Inference. ICGI 2010 Tutorial Day, José M. Sempere and Pedro Garcias, Sep 2010, Valencia, Spain. ⟨inria-00531552⟩
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ref_biblio: Philippe Picouet, Z. Doughi, Loraine Brillet, Erwan Corre, Christophe Caron, et al.. BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques. JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France. ⟨inria-00540815⟩
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ref_biblio: Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Olivier Collin, Tiphaine Martin, Nouredine Melab, et al.. ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique. JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France. ⟨inria-00540940⟩
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ref_biblio: Théo Merle, Jérémie Bourdon. Complex update strategies for Probabilistic Boolean Networks. 7th Workshop on Computational Systems Biology, Jun 2010, Luxembourg, France. pp.4. ⟨hal-00480366⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, T. Walsh, Owain Edwards, Jacques Nicolas, et al.. Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome. Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States. ⟨inria-00537927⟩
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ref_biblio: Matthias Gallé. A New Tree Distance Metric for Structural Comparison of Sequences. Dagstuhl Seminar: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Jun 2010, Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany. ⟨inria-00559265⟩
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ref_biblio: Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, G. Infante-Lopez. Choosing Word Occurrences for the Smallest Grammar Problem. LATA, May 2010, Trier, Germany. ⟨inria-00476840⟩
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ref_biblio: Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti. An optimized filter for finding multiple repeats in DNA sequences. 2010 ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications, May 2010, HAMMAMET, Tunisia. ⟨inria-00480001⟩
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ref_biblio: Lazaros Mavridis, Vishwesh Venkatraman, David Ritchie, Naoto Morikawa, Rumen Andonov, et al.. SHREC'10 Track: Protein Models. Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden. ⟨inria-00536680⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Maximum Cliques in Protein Structure Comparison. SEA 2010 9th International Symposium on Experimental Algorithms, May 2010, Naples, Italy. pp.106-117, ⟨10.1007/978-3-642-13193-6_10⟩. ⟨inria-00536700⟩
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ref_biblio: Aurélien Barré, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Antoine de Daruvar, Alain Blanchard, et al.. MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes. Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy. ⟨hal-00649151⟩
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ref_biblio: Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, et al.. Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming. Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada. ⟨inria-00538137⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen. Seed-Based Parallel Protein SequenceComparison Combining Multithreading, GPU, and FPGA technologies. Bioinformatics: High Performance Parallel Computer Architectures, Taylor & Francis Group / CRC Press, pp.181-202, 2010. ⟨hal-00531507⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier. Parallel Genomic Sequence Comparison. Parallel and Distributed Computing, INTECH, pp.273-290, 2010. ⟨hal-00531505⟩
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ref_biblio: F. Gherardi, C. Souty-Grosset, G. Vogt, J. Dieguez-Uribeondo, K. A. Crandall. Infraorder astacidea Latreille, 1802 P.O. : The freshwater crayfish. The Crustacea Part A+B, Decapoda, BRILL, pp.269-423, 2010. ⟨hal-00565332⟩
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ref_biblio: Nadia Pisanti, Mathieu Giraud, Pierre Peterlongo. Filters and seeds approaches for fast homology searches in large datasets. Algorithms in computational molecular biology, 2010, ⟨10.1002/9780470892107.ch15⟩. ⟨inria-00425370⟩
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ref_biblio: Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Substitutions, Rauzy fractals and tilings. Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979. ⟨inria-00538135⟩
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ref_biblio: Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap J. van Milgen, et al.. A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows. D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9. ⟨inria-00538138⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, et al.. A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources. 10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010. ⟨hal-01231276⟩
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Rapport

ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev, Rumen Andonov. Comparing Protein 3D Structures Using A_purva. [Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9. ⟨inria-00539939⟩
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ref_biblio: Perrin Matthieu. Compression de séquences d'A.D.N. à base de grammaires minimales. [Stage] 2010, pp.14. ⟨inria-00536655⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Geoffroy Andrieux, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation. [Stage] 2010. ⟨inria-00544414⟩
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ref_biblio: Sevellec Maelle. Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries. [Stage] 2010, pp.71. ⟨inria-00536643⟩
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ref_biblio: Israël-César C. Lerman, Sylvie Guillaume. Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fond´es sur une échelle de probabilité. [Rapport de recherche] RR-7187, INRIA. 2010, pp.88. ⟨inria-00451952⟩
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Thèse

ref_biblio: Guillaume Collet. Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers. Modélisation et simulation. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00512725⟩
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ref_biblio: V. Doublet. Structure et Evolution du Génome Mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda). Ecologie, Environnement. Université de Poitiers, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00586370⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy. Identiﬁcation des éléments clefs du métabolisme des lipides et de leurs régulateurs. Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00541207v2⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin. Protein Structure Comparison: From Contact Map Overlap Maximisation to Distance-based Alignment Search Tool. Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00509142⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski. Analysis of Large-Scale Biological Networks with Constraint-Based Approaches over Static Models. Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00541903⟩
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2009

Article dans une revue

ref_biblio: Jacques Nicolas. Décoder le vivant. DocSciences, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, 8, pp.26-33. ⟨inria-00438517⟩
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ref_biblio: Rayan Chikhi, Dominique Lavenier. Paired-end read length lower bounds for genome re-sequencing. BMC Bioinformatics, 2009, ⟨10.1186/1471-2105-10-S13-O2⟩. ⟨inria-00426856⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. PLAST: parallel local alignment search tool for database comparison. BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.24. ⟨inria-00425301⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, P.G.P. Martin, et al.. A minimal model for hepatic fatty acid balance during fasting: Application to PPAR alpha-deficient mice. Journal of Theoretical Biology, 2009, 261 (2), pp.266. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.07.025⟩. ⟨hal-00559147⟩
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ref_biblio: Elodie Fleury, Arnaud Huvet, Christophe Lelong, Julien de Lorgeril, Viviane Boulo, et al.. Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase. BMC Genomics, 2009, 10 (341), pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩. ⟨inria-00435769⟩
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ref_biblio: Casel Pierrot, François Moreews, Christophe C. Klopp. sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.. BMC Proceedings, 2009, 3 (4), pp.1-5. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S3⟩. ⟨inria-00435746⟩
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ref_biblio: Thanh Nghi Do, Van-Hoa Nguyen, François Poulet. GPU-based Parallel SVM Algorithm. Journal of Frontiers of Computer Science and Technology, 2009, 3 (4), pp.368-377. ⟨hal-00652463⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, et al.. Temporal constraints of a gene regulatory network: refining a qualitative simulation. BioSystems, 2009, pp.10.1016/j.biosystems.2009.05.002. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩. ⟨hal-00423353⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste. In-place update of suffix array while recoding words. International Journal of Foundations of Computer Science, 2009, 20 (6), pp.1025-1045. ⟨10.1142/S0129054109007029⟩. ⟨inria-00471599⟩
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ref_biblio: F. Grandjean, S. Verne, C. Cherbonnel, A. Richard. Fine-scale genetic structure of Atlantic salmon (Salmo salar) using microsatellite markers: effects of restocking and natural recolonization. Freshwater Biology, 2009, 54, pp.417-433. ⟨10.1111/j.1365-2427.2008.02116.x⟩. ⟨hal-00375187⟩
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ref_biblio: Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret. In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking.. BMC Research Notes, 2009, 2 (1), pp.193. ⟨10.1186/1756-0500-2-193⟩. ⟨inserm-00663589⟩
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ref_biblio: Yves Bigot, Sylvaine Renault, Jacques Nicolas, Corinne Moundras, Marie-Véronique Demattei, et al.. Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses. PLoS ONE, 2009, 4 (7), pp.e6397. ⟨10.1371/journal.pone.0006397⟩. ⟨inria-00448730⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Naceur Djebali, Alain Jauneau, Carine Ameline, Fabien Chardon, Valérie Jaulneau, et al.. Partial Resistance of Medicago truncatula to Aphanomyces euteiches Is Associated with Protection of the Root Stele and Is Controlled by a Major QTL Rich in Proteasome-Related Genes. Molecular Plant-Microbe Interactions, 2009, 22 (9), pp.1043-1055. ⟨10.1094/MPMI-22-9-1043⟩. ⟨hal-01203847⟩
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ref_biblio: Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner. Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009). Actes des rencontres du CIRM, 2009, 1 (1), pp.1-2. ⟨inria-00429811⟩
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ref_biblio: A. Ferreira Quadros, Y. Caubet, P. B. Araujo. Life history comparison of two terrestrial isopods in relation to habitat specialization. Acta Oecologica, 2009, 35 (2), pp.243-249. ⟨10.1016/j.actao.2008.10.007⟩. ⟨hal-00383223⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, François Moreews, Anne Siegel. BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks. BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩. ⟨inria-00429804⟩
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ref_biblio: S. Pichon, D. Bouchon, R. Cordaux, Lin Chen, R. A. Garrett, et al.. Conservation of the Type IV Secretion System throughout Wolbachia evolution. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, 4, pp.557-562. ⟨10.1016/j.bbrc.2009.05.118⟩. ⟨hal-00402294⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman. Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie implicative ; niveaux et noeuds significatifs. Mathématiques et Sciences Humaines, 2009. ⟨inria-00323840⟩
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ref_biblio: Mark Harrison, Vincent Hardy, Antoine Maignan, M. Grazia Francesconi. Increase in magnetoresistivity in Ba2CoS3via Zn2+/Co2+ substitution. Chemical Communications, 2009, 16, pp.2214. ⟨10.1039/b817363j⟩. ⟨hal-02264234⟩
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ref_biblio: Vincent Poirriez, Nicola Yanev, Rumen Andonov. A Hybrid Algorithm for the Unbounded Knapsack Problem. Discrete Optimization, 2009, 6, pp.110-124. ⟨10.1016/j.disopt.2008.09.004⟩. ⟨inria-00335065⟩
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ref_biblio: S.A. Vakulenko, Manu Manu, John Reinitz, Ovidiu Radulescu. Size Regulation in the Segmentation of Drosophila: Interacting Interfaces between Localized Domains of Gene Expression Ensure Robust Spatial Patterning. Physical Review Letters, 2009, 103, pp.168102. ⟨inria-00431224⟩
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ref_biblio: Florian Hahne, Nolwenn Le Meur, Ryan R Brinkman, Byron Ellis, Perry Haaland, et al.. flowCore: a Bioconductor package for high throughput flow cytometry.. BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.106. ⟨10.1186/1471-2105-10-106⟩. ⟨inria-00426746⟩
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ref_biblio: S.D. Kocher, F.J. Richard, D.R. Tarpy, C.M. Grozinger. Queen reproductive state modulates pheromone production and queen-worker interactions in honeybees. Behavioral Ecology and Sociobiology, 2009, pp.1-8. ⟨10.1093/beheco/arp090⟩. ⟨hal-00402322⟩
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ref_biblio: Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas. CRISPI: a CRISPR Interactive database. Bioinformatics, 2009, 25 (24), pp.3317-3318. ⟨10.1093/bioinformatics/btp586⟩. ⟨inria-00438512⟩
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ref_biblio: Armand Bankhead, Iliana Sach, Chester Ni, Nolwenn Lemeur, Mark Kruger, et al.. Knowledge based identification of essential signaling from genome-scale siRNA experiments.. BMC Systems Biology, 2009, 3 (1), pp.80. ⟨10.1186/1752-0509-3-80⟩. ⟨inserm-00663618⟩
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ref_biblio: Pierre Peterlongo, Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Alair Pereira Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot. Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance. Algorithms for Molecular Biology, 2009, 4 (1), pp.3. ⟨10.1186/1748-7188-4-3⟩. ⟨hal-00784457⟩
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ref_biblio: Matthieu Barret, P. Frey-Klett, M. Boutin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Frédérique Martin, et al.. The plant pathogenic fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici improves bacterial growth and triggers early gene regulations in the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens Pf29Arp. New Phytologist, 2009, 181 (2), pp.435-447. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02675.x⟩. ⟨inria-00359115⟩
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ref_biblio: R. Cordaux, M.A. Batzer. The impact of retrotransposons on human genome evolution.. Nature Reviews Genetics, 2009, 10, pp.691-703. ⟨hal-00419189⟩
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ref_biblio: R. Cordaux. Gene conversion maintains nonfunctional transposable elements in an obligate mutualistic endosymbiont. Molecular Biology and Evolution, 2009, 26 (8), pp.1679-1682. ⟨10.1093/molbev/msp093⟩. ⟨hal-00406481⟩
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ref_biblio: I. Wiwatanaratanabutr, P. Kittayapong, Y. Caubet, D. Bouchon. Molecular Phylogeny of Wolbachia Strains in Arthropod Hosts Based on groE-Homologous Gene Sequences. Zoological science, 2009, 26, pp.171-177. ⟨hal-00375190⟩
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ref_biblio: K. Rosenberg, J. Bertaux, K. Krome, A. Hartmann, S. Scheu, et al.. Soil amoebae rapidly change bacterial community composition in the rhizosphere of Arabidopsis thaliana. The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2009, 3 (6), pp.675-684. ⟨10.1038/ismej.2009.11⟩. ⟨hal-00445284⟩
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ref_biblio: E. Chapuis, V. Emelianoff, V. Paulmier, N. Le Brun, Sylvie Pages, et al.. Manifold aspects of specificity in a nematode-bacterium mutualism. Journal of Evolutionary Biology, 2009, 22 (10), pp.1-14. ⟨10.1111/j.1420-9101.2009.01829.x⟩. ⟨hal-00444250⟩
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ref_biblio: Alina Crudu, Arnaud Debussche, Ovidiu Radulescu. Hybrid stochastic simplifications for multiscale gene networks. BMC Systems Biology, 2009, 3 (1), pp.89. ⟨10.1186/1752-0509-3-89⟩. ⟨hal-00784449⟩
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ref_biblio: Gaël Le Trionnaire, F. Francis, S. Jaubert-Possamai, J. Bonhomme, E. de Pauw, et al.. Transcriptomic and proteomic analyses of seasonal photoperiodism in the pea aphid.. BMC Genomics, 2009, 10, pp.456. ⟨10.1186/1471-2164-10-456⟩. ⟨inria-00435791⟩
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ref_biblio: F.-J. Richard, C. Errard. Hybienic behavior, liquid-foraging, and trophallaxis in the leafcutting ants, Acromyrmex subterraneus and Acromyrmex. Journal of Insect Science, 2009, 9 (63), pp.1-9. ⟨10.1673/031.009.6301⟩. ⟨hal-00442950⟩
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ref_biblio: Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, et al.. Canalization of gene expression and domain shifts in the Drosophila blastoderm by dynamical attractors. PLoS Computational Biology, 2009, 5, pp.3. ⟨inria-00431228⟩
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ref_biblio: Alexandre Gattiker, Leandro Hermida, Robin Liechti, Ioannis Xenarios, Olivier Collin, et al.. MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.. BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.151. ⟨10.1186/1471-2105-10-151⟩. ⟨inserm-00516451⟩
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ref_biblio: Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, et al.. Canalization of gene expression in the Drosophila blastoderm by gap genes cross regulation. PLoS Biology, 2009, 7, pp.3. ⟨inria-00431229⟩
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ref_biblio: M.-M. Lee, M. Sicard, S. P. Stock. Steinernema boemarei n. sp. (Nematoda: Steinernematidae), a new entomopathogenic nematode from southern France. Systematic Parasitology, 2009, 72, pp.127-141. ⟨10.1007/s11230-008-9166-2⟩. ⟨hal-00349990⟩
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ref_biblio: F. Ekelund, S. Saj, M. Vestergard, J. Bertaux, J. Mikola. The "soil microbial loop" is not always needed to explain protozoan stimulation of plants. Soil Biology and Biochemistry, 2009, 41 (11), pp.2336-2342. ⟨10.1016/j.soilbio.2009.08.019⟩. ⟨hal-00445265⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, François Cousserans, Emmanuelle d'Alençon, Olivier Collin, et al.. From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.. 1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France. ⟨inria-00435823⟩
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ref_biblio: Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev. Asymptotology of Chemical Reaction Networks. International Symposium on Mathematics in Chemical Kinetics and Engineering (MACKIE-2009), Nov 2009, Ghent, Belgium. ⟨inria-00599258⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, et al.. High throughput ﬂow cytometry analysis with Bioconductor. Advanced Flow Cytometry Analysis 2009, Nov 2009, Marseille, France. ⟨inria-00435735⟩
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ref_biblio: Laurence Meire. New experiment of Catalyse research-action method in Chapelle-lez-Herlaimont. 8th International Conference of Territorial Intelligence "Territorial intelligence and culture of development", Nov 2009, Salerno, Italy. ⟨halshs-00955746⟩
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ref_biblio: Oumarou Abdou-Arbi, Jérémie Bourdon, Anne Siegel, Jaap J. van Milgen, Sophie Lemosquet. "La calculette métabolique": une approche de modélisation biochimique pour explorer les contraintes au sein du métabolisme des mammifères. 3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France. ⟨hal-02758027⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Théret. Multiclock discrete models of biological systems. European Conference on Complex Systems 2009 (ECCS), Sep 2009, Warwick, United Kingdom. ⟨hal-00436059⟩
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ref_biblio: Pierre Peterlongo, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Raoul Vorc'H, Joël Querellou. c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers. Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩. ⟨inria-00425373⟩
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ref_biblio: Anne Siegel. From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles. Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom. ⟨inria-00429814⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Emmanuelle d'Alençon, François Cousserans, Hideki Sezutsu, Emmanuelle Permal, et al.. Lepido-DB, a new bioinformatic resource for the annotation and cross-comparisons of lepidopteran genomes.. The Eighth International Workshop on MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS OF THE LEPIDOPTERA, Aug 2009, Kolimpari, Greece. ⟨inria-00435820⟩
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ref_biblio: Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon. A statistical method for PWM clustering. Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60. ⟨hal-00415980⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, et al.. High throughput ﬂow cytometry analysis with Bioconductor.. useR! 2009, Jul 2009, Rennes, France. ⟨hal-00435777⟩
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ref_biblio: François Moreews. A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories. ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩. ⟨inria-00435752⟩
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ref_biblio: Frédéric Bourgeon, Jacques Nicolas, Nathalie Melaine, Charles Pineau. Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract.. 34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic. ⟨hal-00667141⟩
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ref_biblio: Anne Siegel. Rational numbers with purely periodic beta-expansions. Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria. ⟨inria-00429815⟩
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ref_biblio: François Moreews. QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure. ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden. ⟨inria-00435755⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Theret. Multiclock discrete approach to model the influence of EGF and TGFß pathways on cell proliferation. JOBIM 2009 satellite meeting : Dynamical modelling and simulation of biological networks, Jun 2009, Nantes, France. ⟨hal-00676747⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Multiclock discrete models of the eukaryotic cell cycle.. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques., Jun 2009, Nantes, France. ⟨hal-00435771⟩
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ref_biblio: Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Protein Threading. 8th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2009, Paris, France. ⟨inria-00412642⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier. Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform. Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy. ⟨inria-00425237⟩
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ref_biblio: Guillaume Rizk, Dominique Lavenier. GPU accelerated Rna folding algorithm. 9th International Conference on Computational Science, May 2009, Baton Rouge, United States. pp.1031. ⟨hal-00425543⟩
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ref_biblio: Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, et al.. Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks. AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. pp.72-87. ⟨inria-00429801⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. Modeling the influence of EGF and TGF-b pathways in tumor progression of hepatocellular carcinoma.. Asian Pacific Association for Study of the Liver, Feb 2009, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. pp.64, FP107. ⟨hal-00435766⟩
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ref_biblio: François Poulet, Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen. SVM incrémental et parallèle sur GPU. 9èmes Journées Francophones "Extraction et Gestion des Connaissances", Jan 2009, Strasbourg, France. pp.103-114. ⟨hal-00652786⟩
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ref_biblio: Jeremie Vidal-Dupiol, Guillaume Mitta, Emmanuel Roger, Denis Allemand, Christine Ferrier-Pagès, et al.. Potential implication of host/symbiont recognition mechanisms during coral bleaching. Advancing the Science of Limnology and Oceanography ASLO Meeting, Jan 2009, Nice, France. pp.278. ⟨hal-03966045⟩
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ref_biblio: Pascale Kuntz, Israël-César C. Lerman. Graph and hierarchical-based approaches for structuring association rule sets. Graph theoretical methods for clustering at International Federation of Classification Societies (IFCS), 2009, Dresde, Germany. ⟨hal-00481876⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: M. Pöckl, C. Souty-Grosset. Die europäischen Flusskrebsarten-characterisierung and generelles verbreitungsmuster. Flusskrebse : Biologie-Ökologie-Gefährdung, L. Fuereder, pp.14-22, 2009. ⟨hal-00376113⟩
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Ouvrages

ref_biblio: Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of Rauzy fractals. Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF. ⟨inria-00539742⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Sébastien Leclercq, Richard Cordaux. Evolutionary dynamics of a group II mobile intron in the endosymbiotic bacteria Wolbachia. 16. Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2009), Jul 2009, Le Mans, France. 2009. ⟨hal-02755772⟩
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Rapport

ref_biblio: Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Flexible Alignments for Protein Threading. [Research Report] RR-6808, INRIA. 2009. ⟨inria-00355546⟩
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ref_biblio: Israël-César C. Lerman, Sylvie Guillaume. Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fondés sur une échelle de probabilité.. [Rapport de recherche] PI 1942, 2009, pp.72. ⟨inria-00450129⟩
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ref_biblio: Tristan Bitard Feildel. Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.. [Stage] 2009. ⟨inria-00435113⟩
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ref_biblio: Vincent Picard. Pondération d'automates modélisant des familles de protéines et significativité des scores. [Stage] 2009. ⟨inria-00431111⟩
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ref_biblio: Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Local Protein Threading by Mixed Integer Programming. [Research Report] RR-7122, INRIA. 2009, pp.17. ⟨inria-00436335⟩
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ref_biblio: Michel Le Borgne. Solving loosely coupled constraints. [Research Report] RR-6958, INRIA. 2009, pp.19. ⟨inria-00397098⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman, Pascale Kuntz. Directed binary hierarchies and directed ultrametrics. [Research Report] PI 1922, 2009, pp.21. ⟨inria-00357532v2⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman, Pascale Kuntz. Directed binary hierarchies and directed ultrametrics. [Research Report] RR-6815, INRIA. 2009, pp.27. ⟨inria-00361727v2⟩
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ref_biblio: Fanny Colombel. Identification in silico d'un nouveau gène de la famille des TNF (tumor necrosis factor). [Stage] 2009. ⟨inria-00431114⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity. [Research Report] RR-6818, INRIA. 2009, pp.12. ⟨inria-00356816⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev. Maximum Cliques in Protein Structure Comparison. [Research Report] RR-7053, INRIA. 2009, pp.19. ⟨inria-00422198⟩
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Thèse

ref_biblio: S. Pichon. Système de sécrétion de type IV et protéines à domaines ankyrines dans les interactions Wolbachia-arthropodes. Ecologie, Environnement. Université de Poitiers, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00551985⟩
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ref_biblio: Montserrat Ramirez-Suero. Etude de l'interaction de Medicago truncatula avec Fusarium oxysporum et du rôle de l'acide salicylique dans les interactions de la plante avec différents agents pathogènes et symbiotiques. Biologie végétale. Institut National Polytechnique de Toulouse - INPT, 2009. Français. ⟨NNT : 2009INPT015A⟩. ⟨tel-04401072⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen. Traitement parallèle des comparaisons intensives de séquences génomiques. Informatique [cs]. Université Rennes 1, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00435792⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, et al.. Qualitative modelling and analysis of gene regulatory networks: application to the adaptation of Escherichia coli bacterium to carbon availability. 2009. ⟨hal-00359530⟩
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2008

Article dans une revue

ref_biblio: Chikhi Rayan, Steven Derrien, Noumsi Auguste, Patrice Quinton. Combining flash memory and FPGAs to efficiently implement a massively parallel algorithm for content-based image retrieval. International Journal of Electronics, 2008, 95 (7), pp.621-635(15). ⟨inria-00453946⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier. RDISK : une architecture reconfigurable pour l'exploration des banques génomiques. Techniques de l'Ingénieur, 2008, November (IN89). ⟨inria-00347596⟩
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ref_biblio: C. Souty-Grosset, S. Corre, G. Freyssinel, V. Aubert, V. Donque, et al.. Diversity of terrestrial isopods and habitats in Poitou-Charentes (western France). Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology (ISTIB07), 2008, pp.21-37. ⟨hal-00348608⟩
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ref_biblio: R. Cordaux, D. Bouchon. Reorganization and monophyly of the genus Rickettsiella: All in good time - Authors' reply. Applied and Environmental Microbiology, 2008, 74 (16), pp.5264. ⟨hal-00319893⟩
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ref_biblio: O. Duron, D. Bouchon, S. Boutin, L. Bellamy, L. Zhou, et al.. The diversity of reproductive parasites among arthropods: Wolbachia do not walk alone. BMC Biology, 2008, pp.6-27. ⟨10.1186/1741-7007-6-27⟩. ⟨hal-00293355⟩
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ref_biblio: J. Herbiniere, P. Greve, J.-M. Strub, D. Thierse, Frelon Raimond M., et al.. Protein proﬁling of hemocytes from the terrestrial crustacean Armadillidium vulgare. Developmental and Comparative Immunology, 2008, 32, pp.875-882. ⟨10.1016/j.dci.2008.01.007⟩. ⟨hal-00270694⟩
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ref_biblio: M. Lachat, Y. Caubet, D. Bouchon. Does Wolbachia influence survival in starved Armadillidium vulgare?. Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.125-130. ⟨hal-00347597⟩
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ref_biblio: S. Serbielle, S. Chowdhury, S. Pichon, S. Dupas, J. Lesobre, et al.. Viral cystatin evolution and three-dimensional structure modelling: a case of directional selection acting on a viral protein involved in a host-parasitoid interaction. BMC Biology, 2008, 6 (1), pp.38. ⟨hal-00324548⟩
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ref_biblio: C. Braquart-Varnier, M. Lachat, J. Herbiniere, M. Johnson, Y. Caubet, et al.. Wolbachia Mediate Variation of Host Immunocompetence. PLoS ONE, 2008, 3 (9), pp.e3286. ⟨hal-00325528⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman, Kaddour Bachar. Comparaison de deux critères en classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté, Application en imagerie numérique. Journal de la Société Française de Statistique, 2008, 149 (2), pp.45-74. ⟨inria-00322083⟩
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ref_biblio: Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, et al.. Optimal neighborhood indexing for protein similarity search. BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩. ⟨inria-00340510⟩
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ref_biblio: Olivier Filangi, Yoann Beausse, Anthony Assi, Ludovic Legrand, Jean-Marc Larré, et al.. BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing. Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩. ⟨inria-00327502⟩
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ref_biblio: V. Doublet, C. Souty-Grosset, D. Bouchon, R. Cordaux, I. Marcade. A Thirty Million Year-Old Inherited Heteroplasmy. PLoS ONE, 2008, 3 (8), pp.e2938. ⟨hal-00319890⟩
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ref_biblio: R. Cordaux. The human genome in the LINE of fire. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2008, 105, pp.19033-19034. ⟨hal-00345406⟩
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ref_biblio: S. Bertocchi, S. Brusconi, F. Gherardi, F. Grandjean, C. Souty-Grosset. Genetic variability of the threatened crayfish Austropotamobius italicus in Tuscany (Italy): implications for its management. Fundamental and Applied Limnology, 2008, 173, pp.153-164. ⟨hal-00376426⟩
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ref_biblio: Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, et al.. From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems. Theoretical Biology Insights, 2008, 1, pp.13-22. ⟨inria-00331281⟩
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ref_biblio: B. Renai, M.C. Trouilhe, B. Bourdon, E. Bachelier, B. Parinet, et al.. Impact of heat wave on brooks harbouring the white-clawed crayfish (Austropotamobius pallipes) in western France (Deux-Sèvres). Freshwater Crayfish, 2008, 16, pp.57-69. ⟨hal-00377013⟩
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ref_biblio: H. Ben Afia Hatira, F. Charfi-Cheikhrouha, D. Bouchon. Wolbachia in terrestrial isopods in Tunisia. Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.116-123. ⟨hal-00372793⟩
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ref_biblio: Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov. A dynamic programming based reduction procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem. European Journal of Operational Research, 2008, 186 (1), pp.63-76. ⟨10.1016/j.ejor.2006.02.058⟩. ⟨inria-00184771⟩
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ref_biblio: Xavier Raynaud, Benoit Jaillard, Paul W. Leadley. Plants may alter competition by modifying nutrient bioavailability in rhizosphere: a modeling approach. The American Naturalist, 2008, 171 (1), pp.44-58. ⟨10.1086/523951⟩. ⟨bioemco-00167407⟩
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ref_biblio: Marco Moroldo, Sophie Paillard, Raffaella Marconi, Fabrice Legeai, Aurélie Canaguier, et al.. A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance. BMC Plant Biology, 2008, 8 (66), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩. ⟨inria-00329169⟩
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ref_biblio: M. E. Hanley, M. Franco, S. Pichon, B. Darvill, D. Goulson. Breeding system, pollinator choice and variation in pollen quality in British herbaceous plants. Functional Ecology, 2008, 22, pp.592-598. ⟨10.1111/j.1365-2435.2008.01415.x⟩. ⟨hal-00300627⟩
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ref_biblio: V. Emelianoff, N. Le Brun, Sylvie Pages, P. Stock, P. Tailliez, et al.. Isolation and identiﬁcation of entomopathogenic nematodes and their symbiotic bacteria from Hérault and Gard (Southern France). Journal of Invertebrate Pathology, 2008, 98 (2), pp.211-217. ⟨10.1016/j.jip.2008.01.006⟩. ⟨hal-00281951⟩
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ref_biblio: M. Sicard, M. Raimond, O. Prats, A. Lafitte, C. Braquart-Varnier. Pathogenic effect of entomopathogenic nematode-bacterium complexes on terrestrial isopods. Journal of Invertebrate Pathology, 2008, 99, pp.20-27. ⟨10.1016/j.jip.2008.02.001⟩. ⟨hal-00324195⟩
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ref_biblio: Anne Straczek, Geraldine Sarret, Alain Manceau, Philippe Hinsinger, Nicolas Geoffroy, et al.. Zinc distribution and speciation in roots of various genotypes of tobacco exposed to Zn. Environmental and Experimental Botany, 2008, 63, pp.80-90. ⟨hal-00311796⟩
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ref_biblio: Ovidiu Radulescu, Alexander N. Gorban, Andrei Zinovyev, Alain Lilienbaum. Robust simplifications of multiscale biochemical networks. BMC Systems Biology, 2008, 2:86. ⟨inria-00331212⟩
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ref_biblio: Nolwenn Le Meur, Robert Gentleman. Modeling synthetic lethality. Genome Biology, 2008, 9 (9), pp.R135. ⟨10.1186/gb-2008-9-9-r135⟩. ⟨inria-00337291⟩
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ref_biblio: F.-J. Richard, A. Aubert, Cm Grozinger. Modulation of social interactions by immune stimulation in honey bee, Apis mellifera, workers. BMC Biology, 2008, 6, pp.50. ⟨10.1186/1741-7007-6-50⟩. ⟨hal-00384087⟩
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ref_biblio: F. Vigneux, F. Bashey, M. Sicard, C.M. Lively. Low migration decreases interference competition among parasites and increases virulence. Journal of Evolutionary Biology, 2008, 21 (5), pp.1245-1251. ⟨10.1111/j.1420-9101.2008.01576.x⟩. ⟨hal-00319888⟩
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ref_biblio: Y. Caubet, G. O'Farrell, Fabrice Lefebvre. Geographical variability of aggregation in terrestrial isopods: What is the actual significance of such behaviour?. Proceedings of the International Symposium of Terrestrial Isopod Biology, 2008, pp.137-148. ⟨hal-00347591⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier, Xianyang Jiang, Stephen Yau. Coding Region Prediction Based on a Universal DNA Sequence Representation Method. Journal of Computational Biology, 2008, 15 (10), pp.1237-1256. ⟨10.1089/cmb.2008.0041⟩. ⟨inria-00347594⟩
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ref_biblio: Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev. Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology. Computers & Mathematics with Applications, 2008, 55 (Issue 5 (March 2008)), pp.1054-1067. ⟨10.1016/j.camwa.2006.12.103⟩. ⟨inria-00335126⟩
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ref_biblio: Guillaume Launay, Thomas Simonson. Homology modelling of protein-protein complexes: a simple method and its possibilities and limitations. BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.427. ⟨inria-00338202⟩
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ref_biblio: Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. Monatshefte für Mathematik, 2008, 155 (3-4), pp.377-419. ⟨10.1007/s00605-008-0009-7⟩. ⟨inria-00330567⟩
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ref_biblio: J. Dieguez-Uribeondo, F. Royo, C. Souty-Grosset, A. Ropiquet, F. Grandjean. Low genetic variability of the white-clawed crayfish in the Iberian Peninsula : its origin and management implications. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2008, 18, pp.19-31. ⟨10.1002/aqc.811⟩. ⟨hal-00259811⟩
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ref_biblio: C. Felix, S. Pichon, C. Braquart-Varnier, H. Braig, Lin Chen, et al.. Characterization and transcriptional analysis of two gene clusters for type IV secretion machinery in Wolbachia of Armadillidium vulgare. Research in Microbiology, 2008, 159 (6), pp.481-485. ⟨10.1016/j.resmic.2008.05.007⟩. ⟨hal-00319920⟩
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ref_biblio: R. Cordaux. ISWpi1 from Wolbachia pipientis defines a novel group of insertion sequences within the IS5 family. Gene, 2008, 409, pp.20-27. ⟨10.1016/j.gene.2007.10.035⟩. ⟨hal-00207258⟩
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ref_biblio: Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu. Dynamic and static limitation in multiscale reaction networks, revisited. Chemical Engineering Science, 2008, Advances in Chemical Engineering, 34, pp.103-173. ⟨inria-00184976⟩
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ref_biblio: Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. BMC Bioinformatics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2105-9-228⟩. ⟨inria-00330578⟩
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ref_biblio: R. Cordaux, S. Pichon, A. Ling, P. Perez, C. Delaunay, et al.. Intense transpositional activity of insertion sequences in an ancient obligate endosymbiont. Molecular Biology and Evolution, 2008, 25 (9), pp.1889-1896. ⟨10.1093/molbev/msn134⟩. ⟨hal-00319882⟩
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ref_biblio: Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frédéric Boyer, Alair Pereira Do Lago, Marie-France Sagot. Lossless filter for multiple repetitions with Hamming distance. Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (3), pp.497-509. ⟨10.1016/j.jda.2007.03.003⟩. ⟨inria-00179731⟩
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ref_biblio: Pierre Peterlongo, Julien Allali, Marie-France Sagot. Indexing gapped-factors using a tree. International Journal of Foundations of Computer Science, 2008, 19 (1), pp.71-87. ⟨10.1142/S0129054108005541⟩. ⟨inria-00179719⟩
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ref_biblio: S. Brusconi, S. Bertocchi, B. Renai, M. Scalici, C. Souty-Grosset, et al.. Conserving indigenous crayfish: stock assessment and habitat requirements in the threatened Austropotamobius italicus. Aquatic Conservation: Marine and Freshwater Ecosystems, 2008, 18 (7), pp.1227-1239. ⟨10.1002/aqc.935⟩. ⟨hal-00376434⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Xioachun Ye, van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier, Dongrui Fan. Efficient Parallelization of a Protein Sequence Comparison Algorithm on Manycore Architecture. Ninth International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies, Dec 2008, France. online proceedings: http://www.cs.otago.ac.nz/pdcat08/. ⟨hal-00322732⟩
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ref_biblio: Jérémy Gruel, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret. In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking. IPG 2008, Nov 2008, Lyon, France. ⟨inria-00337265⟩
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ref_biblio: Laurence Meire, Carine de Noose, Jean-Marie Delvoye. Transfert d'une observation exploratoire à partir du guide européen : l'expérimentation de Chapelle-lez-Herlaimont. In International Conference of Territorial Intelligence, Besançon 2008., Oct 2008, Besançon, France. pp.10. ⟨halshs-00516495⟩
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ref_biblio: Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen, François Poulet. Speed up SVM Algorithms for Massive Classification Tasks. Advanced Data Mining and Applications - 4th International Conference, ADMA'08, Oct 2008, Chengdu, China. pp.147-157. ⟨hal-00652739⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS. CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. pp.144-155. ⟨inria-00331385⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier, Julien Jacques. Parallelizing the ACGT OncoSimulator. 3rd International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology, Sep 2008, Istanbul, Turkey. online proceedings: http://www.3rd-iarwiso.iccs.ntua.gr/. ⟨hal-00322703⟩
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ref_biblio: Guillaume Rizk, Dominique Lavenier. GPU Accelerated RNA-RNA Interaction Algorithm. EMBnet, Sep 2008, Martina Franca, Italy. ⟨inria-00323566⟩
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ref_biblio: Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin. An Efficient Lagrangian Relaxation for the Contact Map Overlap Problem. WABI 2008 (8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics), Universität Karlsruhe, Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.162-173, ⟨10.1007/978-3-540-87361-7_14⟩. ⟨inria-00327135⟩
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ref_biblio: Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen, François Poulet. A Fast Parallel SVM Algorithm for Massive Classification Tasks. Modelling, Computation and Optimization, 2nd International Conference, MCO 2008, Sep 2008, Metz, France. pp.419-428. ⟨hal-00652758⟩
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ref_biblio: Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste. In-place Update of Suffix Array while Recoding Words. Prague Stringology Conference 2008, Sep 2008, Prague, Czech Republic. pp.54--67. ⟨inria-00327582⟩
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ref_biblio: Ovidiu Radulescu, Sandra Lerouge, Benoit Lasne. Timescales and instabilities of shear thinning solutions of wormlike micelles. 15th International Congress on Rheology 2008, Aug 2008, Monterey, United States. pp.CF36. ⟨inria-00331217⟩
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ref_biblio: François Moreews. GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus. ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada. ⟨inria-00329898⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Speeding up Subset Seed Algorithm for Intensive Protein Sequence Comparison. 6th IEEE International Conference on research, innovation & vision for the future, Jul 2008, Ho Chi Minh Ville, Vietnam. ⟨inria-00321457⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, Denis Tagu. Apollo: a tool for the manual annotation of the pea aphid genome. Pea Aphid Genome Annotation Workshop, Jul 2008, Princeton, United States. ⟨inria-00329196⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France. ⟨inria-00325020⟩
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ref_biblio: Marc Wessner, Martin Senger, Franck Samson, Philippe Picouet, François Moreews, et al.. BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network. Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France. ⟨inria-00327528⟩
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ref_biblio: Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal G.P. Martin, et al.. A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France. ⟨hal-00729742⟩
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ref_biblio: Pascale Kuntz, Israël-César Lerman. Directed binary hierarchies and directed ultrametrics. First joint meeting of the French and Italian Classification Societies, Jun 2008, Caserte, Italy. pp.337-340. ⟨inria-00322110⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier. Ordered Index Seed Algorithm for Intensive DNA Sequence Comparison. HiCOMB 2008 : Seventh IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, Apr 2008, Miami, United States. online proceeding : http://www.hicomb.org/HiCOMB2008/. ⟨hal-00322696⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman. Analyse de la Vraisemblance des Liens Relationnels. 3èmes Journées Thématiques Apprentissage Artificiel et Fouille des Données, Younès Benani, Apr 2008, Paris, France. ⟨inria-00325174⟩
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ref_biblio: Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat. Modèle de PLNE pour la recherche de cliques de poids maximal. ROADEF 2008, Institut Supérieur d'Informatique, de Modélisation et de leurs Applications, Feb 2008, Clermont-Ferrand, France. ⟨inria-00327118⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU. RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse. ⟨inria-00321456⟩
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ref_biblio: C. Klopp, François Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue. Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics. Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States. ⟨hal-00729110⟩
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ref_biblio: Christophe C. Klopp, François Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue. Contribution To The Annotations Of The Chicken 20K Oligo Microarray Of ARK-Genomics. International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. ⟨inria-00329915⟩
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ref_biblio: Colette Désert, Pierre Blavy, François Moreews, Michel Jacques M.J. Duclos, Pascale Le Roy, et al.. Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray. International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States. ⟨inria-00329926⟩
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ref_biblio: Anne Siegel. Topological properties of central tiles and boundary graphs. Number Theory and Ergodic Theory, 2008, Kanazawa, Japan. ⟨inria-00330588⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: D. Bouchon, R. Cordaux, P. Greve. Feminizing / Wolbachia/ and the evolution of sex determination in isopods. K. Bourtzis and T. Miller. Insect Symbiosis, Taylor and Francis Group LLC, pp.273-294, 2008. ⟨hal-00345410⟩
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ref_biblio: R. Cordaux, M.A. Batzer. Evolutionary emergence of genes through retrotransposition. Encyclopedia of Life Sciences: Handbook of Human Molecular Evolution, D.N. Cooper & H. Kehrer-Sawatzki Eds., pp.1-8, 2008, ⟨10.1002/9780470015902.a0020783⟩. ⟨hal-00272417⟩
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HDR

ref_biblio: Anne Siegel. Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire. Mathématiques [math]. Université Rennes 1, 2008. ⟨tel-00358996⟩
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ref_biblio: Jacques Nicolas. Syntaxe, raisonnement et génomes. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008. ⟨tel-00355156⟩
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Autre publication scientifique

ref_biblio: Mehdi Darouich, Stephane Guyetant, Dominique Lavenier. Architecture flexible pour la stéréovision embarquée. 2008. ⟨inria-00329460⟩
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Ouvrages

ref_biblio: François Coste, Laurent Miclet, Alexander Clark. Grammatical Inference: Algorithms and Applications 9th International Colloquium, ICGI 2008 Saint-Malo, France, September 22-24, 2008 Proceedings. Alexander Clark and François Coste and Laurent Miclet. Springer, 5278, pp.305, 2008, Lecture Notes in Artificial Intelligence, R. Goebel and J. Siekmann and W. Wahlster, 978-3-540-88008-0. ⟨10.1007/978-3-540-88009-7⟩. ⟨inria-00338208⟩
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ref_biblio: Didier Caucal, Anne Siegel (Dir.). Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006). Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), pp.240, 2008. ⟨inria-00330569⟩
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Rapport

ref_biblio: van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences. [Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40. ⟨inria-00275250v2⟩
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ref_biblio: Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, et al.. Modeling local repeats on genomic sequences. [Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43. ⟨inria-00353690⟩
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ref_biblio: Alexandre Cornu, Francois Dussaugey, Dominique Lavenier. Parallel Reconfigurable Operator for Genomic Sequence Comparison: Architecture and Performance Analyses. [Research Report] RR-6776, INRIA. 2008. ⟨inria-00348482⟩
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ref_biblio: Olivier Baldellon. Alignements multiples locaux et partiels de séquences protéiques à partir de paires de fragments alignables. [Stage] 2008, pp.17. ⟨inria-00327591⟩
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ref_biblio: Fabrice Legeai. bioperl : Bibliothèque perl pour la modélisation et le traitement de données issues de la biologie. [Technical Report] 2008. ⟨inria-00331279⟩
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Thèse

ref_biblio: Goulven Kerbellec. Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques. Interface homme-machine [cs.HC]. Université Rennes 1, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00327938⟩
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2007

Article dans une revue

ref_biblio: Claire Corratgé, Sabine Zimmermann, Raphaël Lambilliotte, Claude Plassard, Roland Marmeisse, et al.. Molecular and Functional Characterization of a Na+-K+ Transporter from the Trk Family in the Ectomycorrhizal Fungus Hebeloma cylindrosporum.. Journal of Biological Chemistry, 2007, 282 (36), pp.26057-26066. ⟨10.1074/jbc.M611613200⟩. ⟨hal-00171070⟩
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ref_biblio: Fabienne Vailleau, Elodie Sartorel, Marie-Françoise Jardinaud, Fabien Chardon, Stéphane Genin, et al.. Characterization of the Interaction Between the Bacterial Wilt Pathogen Ralstonia solanacearum and the Model Legume Plant Medicago truncatula. Molecular Plant-Microbe Interactions, 2007, vol. 20 n° 2., pp.159-167. ⟨hal-00467114⟩
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ref_biblio: Marc Cuggia, Stéfan Darmoni, Nicolas Garcelon, Lina Soualmia, Annabel Bourdé. Doc'UMVF: Two search tools to provide quality-controlled teaching resources in French to students and teachers. International Journal of Medical Informatics, 2007, 6 (5), pp.357-362. ⟨10.1016/j.ijmedinf.2007.01.001⟩. ⟨hal-00499257⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: J. Bertaux, J. Garbaye Klett, P. Frey. Intracellular bacteria in mushrooms, the hidden face of mycology. Biofutur, 2007, 283, pp.35-38. ⟨hal-00260571⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. Journal of Number Theory, 2007, 127 (2), pp.153-172. ⟨10.1016/j.jnt.2007.07.005⟩. ⟨inria-00181997⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Jérôme Jaffrain, F. Gérard, Michel Meyer, J. Ranger. Assessing the quality of dissolved organic matter in forest soils using ultraviolet absorption spectrophotometry. Soil Science Society of America Journal, 2007, 71 (6), pp.1851-1858. ⟨10.2136/sssaj2006.0202⟩. ⟨hal-00460819⟩
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ref_biblio: Claude Rispe, Mayako Kutsukabe, Vincent Doublet, Sylvie Hudaverdian, Fabrice Legeai, et al.. Large Gene Family Expansion and Variable Selective Pressures for Cathepsin B in Aphids. Molecular Biology and Evolution, 2007, 25 (Oct 13), pp.5-17. ⟨10.1093/molbev/msm222⟩. ⟨inria-00180087⟩
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ref_biblio: Ovidiu Radulescu, Aurélie Muller, Alina Crudu. Théorèmes limites pour des processus de Markov à sauts. Synthèse des résultats et applications en biologie moleculaire. Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2007, 26 (3-4), pp.443-469. ⟨10.3166/tsi.26.443-469⟩. ⟨inria-00181451⟩
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ref_biblio: Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier. Path-equivalent developments in acyclic weighted automata. International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩. ⟨inria-00271646⟩
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ref_biblio: Gilles Didier, Carito Guziolowski. Mapping sequences by parts. Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩. ⟨inria-00180004⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. Journal of Biological Physics and Chemistry, 2007, 7, pp.37-43. ⟨inria-00178914⟩
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ref_biblio: Jean-Marie Renard, Annabel Bourdé, Marc Cuggia, Nicolas Garcelon, Nathalie Souf, et al.. An Internet supported workflow for the publication process in UMVF (French Virtual Medical University). International Journal of Medical Informatics, 2007, 76 (5), pp.363-368. ⟨hal-00499517⟩
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ref_biblio: Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?. Biofutur, 2007, 275, pp.27-31. ⟨inria-00178791⟩
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ref_biblio: Julie Bailly, Jean-Claude Debaud, Marie-Christine Verner, Claude Plassard, Michel Chalot, et al.. How does a symbiotic fungus modulate expression of its host-plant nitrite reductase?. New Phytologist, 2007, 175 (1), pp.155-165. ⟨10.1111/j.1469-8137.2007.02066.x⟩. ⟨halsde-00164654⟩
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ref_biblio: Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu. Dynamical robustness of biological networks with hierarchical distribution of time scales. IET Systems Biology, 2007. ⟨inria-00181450⟩
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ref_biblio: Sébastien Tempel, Jacques Nicolas, Abdelhak El Amrani, Ivan Couée. Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana. Gene, 2007, 403 (1-2), ⟨10.1016/j.gene.2007.06.030⟩. ⟨inria-00180376⟩
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ref_biblio: P. Beatrice, V. Regis, D. Philippe, P. Remy, P. Francoise, et al.. An automatic calibration approach for left ventricular volume assessment. Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc, 2007, 2007, pp.4460--4463. ⟨hal-02078945⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier, Gilles Georges, Xinchun Liu. A Reconfigurable Index FLASH Memory tailored to Seed-Based Genomic Sequence Comparison Algorithms. The Journal of VLSI Signal, 2007, 48 (3), pp.255-269. ⟨10.1007/s11265-007-0073-6⟩. ⟨inria-00178314⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Dennis Wegener, Thierry Sengstag, Stelios Sfakianakis, Stefan Rüping, Anthony Assi. GridR: An R-based grid-enabled tool for data analysis in ACGT clinico-genomics trials. 3rd IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, Dec 2007, Bangalore, India. ⟨inria-00179078⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Thibaut Henin. Représentation par jeux du chaos de séquences d'ADN. Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France. ⟨hal-00181675⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, et al.. Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware. Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. ⟨inria-00178325⟩
Accès au texte intégral et bibtex

ref_biblio: Israël-César Lerman. Sur les différentes expressions formelles d'une hiérarchie binaire symétrique ou implicative. XIV Rencontres de la Société Francophone de Classification, École Nationale des Télécommunications de Paris, Sep 2007, Paris, France. pp.139-142. ⟨inria-00180133⟩
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ref_biblio: François Coste, Pierre Peterlongo, Matthias Gallé. Mise à jour incrémentale de tableau des suffxes en cours de recodage. Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France. ⟨inria-00186352⟩
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ref_biblio: Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models. 6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland. ⟨inria-00178854⟩
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ref_biblio: Kaddour Bachar, Israël-César Lerman. Comparaison de deux critères de la CAH sous contrainte de contiguïté spatiale. 39-èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2007, Angers, France. ⟨inria-00180155⟩
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ref_biblio: Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of central tiles for substitutions. Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria. ⟨inria-00180246⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas. Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale. FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France. ⟨hal-00186471⟩
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ref_biblio: François Coste, Goulven Kerbellec. Problème d'optimisation de recherche de cliques pour caractériser des familles de protéines. ROADEF 2007, Universités de Grenoble, Feb 2007, Grenoble, France. pp.157--158. ⟨inria-00180494⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, et al.. Recent advances in solving the protein threading problem. Talbi, El-Ghazali and Zomaya, Albert Y. Grid Computing for Bioinformatics and Computational Biology, Wiley, pp.325-356, 2007, 978-0-471-78409-8. ⟨inria-00180695⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Israël-César Lerman, Jérôme Azé. A New Probabilistic Measure of Interestingness for Association Rules, Based on the Likelihood of the Link. Guillet, F. and Hamilton, H. Quality Measures in Data Mining. Studies in Computational Intelligence, Springer, pp.207-236, 2007. ⟨inria-00180117⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman, Philippe Peter. Representation of Concept Description by Multivalued Taxonomic Preordonance Variables. Brito, P. and Bertrand, P. and Cucumel, G. and de Carvalho, F. Selected Contributions in Data Analysis and Classification, Springer, pp.271-284, 2007, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge organization. ⟨inria-00180101⟩
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Autre publication scientifique

ref_biblio: David Allouche, Anthony Assi, Yoann Beausse, Christophe Caron, Olivier Filangi, et al.. BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management. 2007. ⟨inria-00176506⟩
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ref_biblio: Etienne Giraudet, Eric Docet, Jérémie Bourdon. POGG: Integrating qualitative and quantitative data of macromolecular networks. A probabilistic toolbox. 2007. ⟨hal-00445610⟩
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Rapport

ref_biblio: Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. [Research Report] 2007. ⟨inria-00180239⟩
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ref_biblio: Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, et al.. Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem. [Research Report] RR-6253, INRIA. 2007, pp.41. ⟨inria-00165274v2⟩
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ref_biblio: Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin. Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap. [Research Report] PI 1872, 2007, pp.22. ⟨inria-00192316⟩
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ref_biblio: Nicola Yanev, Rumen Andonov. A Novel Algorithm for Finding Maximum Common Ordered Subgraph. [Research Report] RR-6287, INRIA. 2007, pp.18. ⟨inria-00171780v2⟩
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ref_biblio: Michel Le Borgne, Philippe Veber. Decision Diagrams for Qualitative Biological Models. [Research Report] RR-6182, INRIA. 2007, pp.17. ⟨inria-00144597v2⟩
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ref_biblio: Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. [Research Report] RR-6190, INRIA. 2007, pp.14. ⟨inria-00145537v2⟩
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ref_biblio: Matthias Gallé. In-place updating suffix arrays for grammatical inference. [Internship report] 2007. ⟨inria-00186356⟩
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ref_biblio: Laurent Chamoin. Recherche de modules dans le réseau MAPK. [Internship report] 2007. ⟨inria-00185032⟩
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ref_biblio: Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, et al.. Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem. [Research Report] PI 1856, 2007, pp.38. ⟨inria-00170619⟩
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ref_biblio: Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. [Research Report] 2007. ⟨inria-00185038⟩
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ref_biblio: Catherine Belleannée, Jacques Nicolas. Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language. [Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19. ⟨inria-00186568v3⟩
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ref_biblio: Jessie Mahé. Parsing avec erreurs par un protomate. [Stage] 2007, pp.45. ⟨inria-00185428⟩
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ref_biblio: Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin. Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap. [Research Report] RR-6370, INRIA. 2007, pp.20. ⟨inria-00192206v2⟩
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Thèse

ref_biblio: Philippe Veber. Modélisation grande échelle de réseaux biologiques :
vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données. Génie logiciel [cs.SE]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00185895v3⟩
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ref_biblio: Sébastien Tempel. Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables. Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00185256⟩
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2006

Article dans une revue

ref_biblio: Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas. Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis.. BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.477. ⟨10.1186/1471-2105-7-477⟩. ⟨hal-00129773⟩
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ref_biblio: Nicolas Deroche, Mathieu Giraud. Symbiologik : jouez avec les gènes. Interstices, 2006. ⟨hal-01352610⟩
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ref_biblio: Stephanie A. Fischinger, Jean-Jacques Drevon, Norbert Claassen, Joachim Schulze. Nitrogen from senescing lower leaves of common bean is re-translocated to nodules and might be involved in a N-feedback regulation of nitrogen fixation. Journal of Plant Physiology, 2006, 163 (10), pp.987-995. ⟨10.1016/j.jplph.2006.03.017⟩. ⟨hal-02661843⟩
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ref_biblio: Bernd Nowack, K. U. Mayer, S. E. Oswald, W. van Beinum, C. A. J. Appelo, et al.. Verification and intercomparison of reactive transport codes to describe root-uptake. Plant and Soil, 2006, 285 (1-2), pp.305-321. ⟨10.1007/s11104-006-9017-3⟩. ⟨hal-02659177⟩
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ref_biblio: M. Jebara, S. Harzalli-Jebara, M-Helene Payré, M.E. Aouani, Jean-Jacques Drevon. Influence of salinity and abscisic acid on the O-2 uptake by N-2-fixing nodules of common bean. Biologia Plantarum, 2006, 50 (4), pp.717-721. ⟨10.1007/s10535-006-0114-1⟩. ⟨hal-02662380⟩
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ref_biblio: Rui-Qing Huang, Shu-Fang Gao, Wei-Ling Wang, Siobhan Staunton, Guo Wang. Soil arsenic availability and the transfer of soil arsenic to crops in suburban areas in Fujian Province, southeast China. Science of the Total Environment, 2006, 368 (2-3), pp.531-541. ⟨10.1016/j.scitotenv.2006.03.013⟩. ⟨hal-02662321⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman. Coefficient numérique général de discrimination de classes d'objets par des variables de types quelconques. Application à des données génotypiques. Revue de Statistique Appliquée, 2006, Revue de Statistique Appliquée, 54 (2), pp.33-63. ⟨inria-00180080⟩
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ref_biblio: Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne. Topology and static response of interaction networks in molecular biology. Journal of the Royal Society Interface, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. ⟨10.1098/rsif.2005.0092⟩. ⟨inria-00178842⟩
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ref_biblio: Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, et al.. Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks. BioSystems, 2006, 84, pp.153-174. ⟨inria-00178809⟩
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ref_biblio: Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Yves Vandenbrouck, et al.. GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins. BMC Bioinformatics, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩. ⟨hal-00784481⟩
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ref_biblio: Abdelmajid Krouma, Jean-Jacques Drevon, Chedly Abdelly. Genotypic variation of N-2-fixing common bean (Phaseolus vulgaris L.) in response to iron deficiency. Journal of Plant Physiology, 2006, 163 (11), pp.1094-1100. ⟨10.1016/j.jplph.2005.08.013⟩. ⟨hal-02667658⟩
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ref_biblio: Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César C. Lerman, Anne-Sophie Valin, et al.. Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.. Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954. ⟨hal-00090517⟩
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ref_biblio: Peggy Rigou, Human Rezaei, Jeanne Grosclaude, Siobhan Staunton, Herve Quiquampoix. Fate of prions in soil: Adsorption and extraction by electroelution of recombinant ovine prion protein from montmorillonite and natural soils. Environmental Science and Technology, 2006, 40 (5), pp.1497-1503. ⟨10.1021/es0516965⟩. ⟨hal-02666529⟩
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ref_biblio: Sandrine Pawlicki, Anne-Sophie Valin, Mathieu Giraud, Gilles Georges, Christian Delamarche, et al.. Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.. Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12. ⟨hal-00456604⟩
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ref_biblio: Philippe Hinsinger, Petra Marschner. Rhizosphere - perspectives and challenges - a tribute to Lorenz Hiltner 12-17 September 2004 - Munich, Germany. Plant and Soil, 2006, 283 (1-2), pp.VII-VIII. ⟨10.1007/s11104-006-0057-5⟩. ⟨hal-02666727⟩
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ref_biblio: Guo Wang, Siobhan Staunton. Evolution of water-extractable copper in soil with time as a function of organic matter amendments and aeration. European Journal of Soil Science, 2006, 57 (3), pp.372-380. ⟨10.1111/j.1365-2389.2005.00748.x⟩. ⟨hal-02668108⟩
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ref_biblio: Mariano Latorre, Herman Silva, Juan Saba, Carito Guziolowski, Paula Vizoso, et al.. JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow. BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.513. ⟨10.1186/1471-2105-7-513⟩. ⟨inria-00180207⟩
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ref_biblio: Zsofia Kote-Jarai, Lucy Matthews, Ana Osorio, Susan Shanley, Ian Giddings, et al.. Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.. Clinical Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901. ⟨inria-00180301⟩
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ref_biblio: Philippe Hinsinger, Claude Plassard, Benoît Jaillard. Rhizosphere: A new frontier for soil biogeochemistry. Journal of Geochemical Exploration, 2006, 88 (1-3), pp.210-213. ⟨10.1016/j.gexplo.2005.08.041⟩. ⟨hal-02663482⟩
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ref_biblio: Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel. Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group. Annales de l'Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212. ⟨10.5802/aif.2237⟩. ⟨inria-00178799⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Dominique Lavenier, Liu Xinchun, Gilles Georges. Seed-based Genomic Sequence Comparison using a FPGA/FLASH Accelerator. International IEEE Conference on Field Programmable Technology, Dec 2006, Thailand. http://fpt.selfip.org/fpt06/program.php. ⟨hal-00179994⟩
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ref_biblio: Eric Blanchart, Martial Bernoux, Dominique D. Arrouays, Sébastien Lehmann, Yves-Marie Cabidoche. Déterminants des stocks de carbone des sols des petites Antilles. Alternatives de séquestration du carbone et spatialisation des stocks actuels et simulés. Séminaire GESSOL, Nov 2006, Paris, France. ⟨hal-02820967⟩
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ref_biblio: Peggy Rigou, Sylvie Noinville, Yann Quenet, Human Rezaei, Siobhan Staunton, et al.. Soil clay concentrates prion protein and prion infectivity. Prion 2006, Oct 2006, Turin, Italy. ⟨hal-02752829⟩
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ref_biblio: Gilles Georges, Steven Derrien, Stéphane Rubini, Frédéric Raimbault, Laurent Amsaleg, et al.. Remix : une architecture pour la recherche dans les masses de données indexées. Symposium en archichecture de machines (Sympa) 2006, Oct 2006, Perpignan, France. pp.142-153. ⟨hal-00505589⟩
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ref_biblio: Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel. Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings. Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France. ⟨inria-00180242⟩
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ref_biblio: Guillaume Collet, Nicola Yanev, Antoine Marin, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat. A flexible model for protein fold recognition. Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France. ⟨inria-00185460⟩
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ref_biblio: François Coste, Goulven Kerbellec. Learning Automata on Protein Sequences. JOBIM, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.199--210. ⟨inria-00180429⟩
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ref_biblio: van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier. Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle. RVIF, Feb 2006, HCM, Vietnam. ⟨inria-00180372⟩
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ref_biblio: Guillaume Collet, Antoine Marin, Nicola Yanev, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat. Implémentation d'un algorithme d'alignement semi-global utilisant des paramètres non locaux pour la reconnaissance de repliement. ROADEF, Feb 2006, Lilles, France. ⟨inria-00177926⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier. Fine-Grained Parallelism for Genomic Computation. Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, Feb 2006, United States. ⟨hal-00179996⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud. Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions. 2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩. ⟨hal-00107094⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Rumen Andonov, Stefan Balev, Nicola Yanev. High-performance alignment methods for protein threading. Albert Zomaya. Parallel computing for bioinformatics and computational biology, Wiley, pp.427-457, 2006. ⟨hal-00445827⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Claude Plassard, Céline Meredieu, Mark Ronald M. R. Bakker, Frederic F. Danjon, Pierre Trichet, et al.. Fine root density, branching pattern and mycorrhizal diversity across Pinus pinaster stands in south west France: methodology and first results. COST 38 Meeting, Roots, mycorrhizas and their external mycelia in carbon dynamics in forest soil, Sep 2006, Rovaniemi, Finland. n.p., 2006. ⟨hal-02814725⟩
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Rapport

ref_biblio: Thibaut Henin. Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN. [Stage] 2006. ⟨inria-00177858⟩
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ref_biblio: Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev. Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology. [Research Report] RR-5973, INRIA. 2006. ⟨inria-00090635v2⟩
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ref_biblio: Israël-César Lerman. Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie binaire implicative ; niveaux et noeuds significatifs. [Research Report] PI 1827, 2006, pp.45. ⟨inria-00115826v2⟩
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ref_biblio: Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev. Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology. [Research Report] PI 1814, 2006, pp.18. ⟨inria-00091944⟩
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2005

Article dans une revue

ref_biblio: Starkie Bradford, François Coste, Menno van Zaanen. Progressing the state-of-the-art in grammatical inference by competition. AI Communications, 2005, 18 (2), pp.93-115. ⟨inria-00412610⟩
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ref_biblio: Guo Wang, Siobhan Staunton. Evolution of Sr distribution coefficient as a function of time, incubation conditions and measurement technique. Journal of Environmental Radioactivity, 2005, 81 (2-3), pp.173-185. ⟨10.1016/j.jenvrad.2004.01.034⟩. ⟨hal-02683382⟩
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ref_biblio: Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, et al.. The dog and rat olfactory receptor repertoires. Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩. ⟨hal-00107100⟩
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ref_biblio: J. W. Wiechers, A. V. Rawlings, C. Garcia, C. Chesné, P. Balaguer, et al.. A new mechanism of action for skin whitening agents: binding to the peroxisome proliferator-activated receptor. International Journal of Cosmetic Science, 2005, 27 (2), pp.123--132. ⟨10.1111/j.1467-2494.2004.00256.x⟩. ⟨hal-01068390⟩
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ref_biblio: Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu. Complex Qualitative Models in Biology: a new approach. Complexus, 2005, 2, pp.140-151. ⟨inria-00178819⟩
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ref_biblio: Joachim Schulze, Jean-Jacques Drevon. P-deficiency increases the O-2 uptake per N-2 reduced in alfalfa. Journal of Experimental Botany, 2005, 56 (417), pp.1779-1784. ⟨10.1093/jxb/eri166⟩. ⟨hal-02681945⟩
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ref_biblio: Philippe Hinsinger, George R. Gobran, Peter J. Gregory, Walter W. Wenzel. Rhizosphere geometry and heterogeneity arising from root-mediated physical and chemical processes. New Phytologist, 2005, 168 (2), pp.293-303. ⟨10.1111/j.1469-8137.2005.01512.x⟩. ⟨hal-02683063⟩
Accès au bibtex

ref_biblio: Valerie Berthe, Anne Siegel. Tilings Associated with Beta-numeration and Substitutions. Integers : Electronic Journal of Combinatorial Number Theory, 2005, Proceedings of the 2004 Number Theoretic Algorithms and Related Topics Workshop, 5 (3), pp.A2. ⟨lirmm-00105299⟩
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ref_biblio: M. Revault, Herve Quiquampoix, M.H. Baron, S. Noinville. Fate of prions in soil: Trapped conformation of full-length ovine prion protein induced by adsorption on clays. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, 2005, 1724 (3), pp.367-374. ⟨10.1016/j.bbagen.2005.05.005⟩. ⟨hal-02683236⟩
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ref_biblio: A. Paula Rodiño, Marta Santalla, Antonio M. de Ron, Jean-Jacques Drevon. Variability in symbiotic nitrogen fixation among white landraces of common bean from the Iberian peninsula. Symbiosis, 2005, 40 (2), pp.69-78. ⟨hal-02676980⟩
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ref_biblio: Elena N. Vasina, Philippe Dejardin, Human Rezaei, Jeanne Grosclaude, Herve Quiquampoix. Fate of prions in soil: Adsorption kinetics of recombinant unglycosylated ovine prion protein onto mica in laminar flow conditions and subsequent desorption. Biomacromolecules, 2005, 6 (6), pp.3425-3432. ⟨10.1021/bm050492d⟩. ⟨hal-02682438⟩
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ref_biblio: Moez Jebara, Mohamed Elarbi Aouani, M-Helene Payré, Jean-Jacques Drevon. Nodule conductance varied among common bean (Phaseolus vulgaris) genotypes under phosphorus deficiency. Journal of Plant Physiology, 2005, 162 (3), pp.309-315. ⟨10.1016/j.jplph.2004.06.015⟩. ⟨hal-02682593⟩
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ref_biblio: Yu-Hsuan Cheng, J.G. Howieson, G.W. O'Hara, E.L.J. Watkin, Gerard Souche, et al.. Proton release by roots of Medicago murex and Medicago sativa growing in acidic conditions, and implications for rhizosphere pH changes and nodulation at low pH. Soil Biology and Biochemistry, 2005, 36 (8), pp.1357-1365. ⟨10.1016/j.soilbio.2004.04.017⟩. ⟨hal-02683126⟩
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ref_biblio: Jacques Nicolas, Patrick Durand, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin. Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes. Bioinformatics, 2005, 21(24), pp.4408-4410. ⟨hal-00015234⟩
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ref_biblio: Christophe Robin, K. Sultan-Tubeileh, M. Obaton, Armand Guckert. Nitrogen fixation and growth of annual Medicago-Sinorhizobium associations at low temperature. European Journal of Agronomy, 2005, 22, pp.267-275. ⟨hal-02671243⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier. Accélérer l'exploration et l'analyse des textes des génomes. Interstices, 2005. ⟨inria-00000526⟩
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ref_biblio: Khalid El Karkouri, Francis Martin, J.P. Emmanuel Douzery, Daniel Mousain. Diversity of ectomycorrhizal fungi naturally established on containerised Pinus seedlings in nursery conditions. Microbiological Research, 2005, 160 (1), pp.47-52. ⟨10.1016/j.micres.2004.09.008⟩. ⟨hal-02683079⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Yves Dudal, Ghislain Sevenier, Emilie Guillon, L. Dupont, J.L. Boudenne, et al.. Typologie fonctionnelle des matières organiques solubles dans les sols. 1. Colloque de restitution scientifique, Dec 2005, Toulouse, France. ⟨hal-02764325⟩
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ref_biblio: Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier. Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37. ⟨inria-00001036⟩
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ref_biblio: Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César C. Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, et al.. Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana. XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France. ⟨hal-00015261⟩
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ref_biblio: François Coste, Goulven Kerbellec. A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins. Machine Learning: ECML 2005, 16th European Conference on Machine Learning, 2005, Porto, Portugal. pp.522-529, ⟨10.1007/11564096_50⟩. ⟨hal-03405434⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Herve Quiquampoix, Daniel Mousain. Enzymatic hydrolysis of organic phosphorus. Organic Phosphorus in the Environment, CAB International, 2005, 0-85199-822-4. ⟨hal-02829632⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier, Mathieu Giraud. Bioinformatics Applications. Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2. ⟨inria-00000501⟩
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ref_biblio: Philippe Hinsinger, Andre Schneider, J.E. Dufey. Le sol : ressource en nutriments et biodisponibilité. Sols et environnement, Dunod, 2005, 978-2-1000-5520-3. ⟨hal-02834143⟩
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Autre publication scientifique

ref_biblio: Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas. Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes.. 2005. ⟨hal-00129758⟩
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Proceedings/Recueil des communications

ref_biblio: Philippe Hinsinger. Plant Nutrition for Food Security, Human Health and Environmental Protection. 15. International Plant Nutrition Colloquium, Sep 2005, Pekin, China. Tsinghua University Press, 1207 p., 2005. ⟨hal-02833876⟩
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Rapport

ref_biblio: Maximilian Häussler, Jacques Nicolas. Motif Discovery on Promotor Sequences. [Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136. ⟨inria-00070303⟩
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ref_biblio: François Coste, Goulven Kerbellec. A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins. [Research Report] RR-5672, INRIA. 2005, pp.17. ⟨inria-00070340⟩
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ref_biblio: François Coste, Goulven Kerbellec. A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins. [Research Report] PI 1735, 2005. ⟨inria-00000179⟩
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Thèse

ref_biblio: Ingrid Jacquemin. Découverte de motifs relationnels en bioinformatique: application à la prédiction de ponts disulfures. Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00185499⟩
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ref_biblio: Aurélien Leroux. Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : application à la découverte de motifs dans des familles de protéines. Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00185489⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: F. S. E. Lefebvre. Inventaire des crustacés de la Réserve Naturelle de Chérine (PNR Brenne, Indre). 2005. ⟨hal-00355807⟩
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2004

Article dans une revue

ref_biblio: Joseph Sei, A. Abba Toure, J. Olivier-Fourcade, Herve Quiquampoix, Siobhan Staunton, et al.. Characterisation of kaolinitic clays from the Ivory Coast (West Africa). Applied Clay Science, 2004, 27 (3-4), pp.235-239. ⟨10.1016/j.clay.2004.06.004⟩. ⟨hal-02681191⟩
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ref_biblio: N. Loosemore, Anne Straczek, Philippe Hinsinger, Benoît Jaillard. Zinc mobilisation from a contamined soil by three genotypes of tobacco as affected by soil and rhizosphere pH. Plant and Soil, 2004, 260 (1), pp.19-32. ⟨hal-02674619⟩
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ref_biblio: S. Noinville, M. Revault, Herve Quiquampoix, M. H. Baron. Structural effects of drying and rehydration for enzymes in soils: a kinetics-FTIR analysis of alpha-chymotrypsin adsorbed on montmorillonite. Journal of Colloid and Interface Science, 2004, 273 (2), pp.414-425. ⟨10.1016/j.jcis.2004.01.067⟩. ⟨hal-02680687⟩
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ref_biblio: K. El Karkouri, F. Martin, Daniel Mousain. Diversity of ectomycorrhizal symbionts in a disturbed Pinus halepensis plantation in the Mediterranean region. Annals of Forest Science, 2004, 61, pp.705-710. ⟨hal-02672245⟩
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ref_biblio: Joseph Sei, A. Abba Toure, J. Olivier-Fourcade, Herve Quiquampoix, Siobhan Staunton, et al.. Characterisation of kaolinitic clays from the Ivory Coast: identification of structural Fe. Hyperfine Interactions, 2004, 155 (1-4), pp.51-64. ⟨hal-02673861⟩
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ref_biblio: Margarita Torres Aquino, Claude Plassard. Dynamics of ectomycorrhizal mycelial growth and P transfer to the host plant in response to low and high soil P availability. FEMS Microbiology Ecology, 2004, 48 (2), pp.149-156. ⟨10.1016/j.femsec.2004.01.008⟩. ⟨hal-02683025⟩
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ref_biblio: Valter Casarin, Claude Plassard, Philippe Hinsinger, Jean Claude Arvieu. Quantification of ectomycorrhizal fungal effects on the bioavailability and mobilization of soil P in the rhizosphere of Pinus pinaster. New Phytologist, 2004, 163 (1), pp.177-185. ⟨10.1111/j.1469-8137.2004.01093.x⟩. ⟨hal-02681222⟩
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ref_biblio: Siobhan Staunton. Sensitivity analysis of the distribution coefficient, Kd, of nickel with changing soil chemical properties. Geoderma, 2004, 122 (2-4), pp.281-290. ⟨10.1016/j.geoderma.2004.01.014⟩. ⟨hal-02678943⟩
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ref_biblio: Christian Ducrot, Jacques Cabaret, Suzanne Touzeau, David Abrial, Christine Jacob, et al.. Épidémiologie de la tremblante et de l'Encéphalopathie Spongiforme Bovine en France. Productions Animales, 2004, 17, pp.67-76. ⟨hal-02669922⟩
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ref_biblio: R.S. Terry, J.E. Smith, R.G. Sharpe, T. Rigaud, D.T.J. Littlewood, et al.. Widespread vertical transmission and associated host sex-ratio distortion within the eukaryotic phylum Microspora. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2004, 271, pp.1783-1789. ⟨hal-00260764⟩
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ref_biblio: R. Lambilliote, R. Cooke, Dylan Samson, Cécile Fizames, Frédéric Gaymard, et al.. Large-scale identification of genes in the fungus Hebeloma cylindrosporum paves the way to molecular analyses of ectomycorrhizal symbiosis. New Phytologist, 2004, 164 (3), pp.505-513. ⟨10.1111/j.1469-8137.2004.01185.x⟩. ⟨hal-02673408⟩
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ref_biblio: Sandra Domenek, P. Feuilloley, J. Gratraud, M.H. Morel, Stéphane Guilbert. Biodegradability of wheat gluten based bioplastics. Chemosphere, 2004, 54 (4), pp.551-559. ⟨10.1016/S0045-6535(03)00760-4⟩. ⟨hal-02582937⟩
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ref_biblio: Nouri Ben Zakour, Michel Gautier, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Marie-Françoise Cochet, et al.. GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.. Nucleic Acids Research, 2004, 32 (1), pp.17-24. ⟨10.1093/nar/gkg928⟩. ⟨hal-01454461⟩
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ref_biblio: H. Calba, - Firdaus, P. Cazevieilles, C. The, Roland Poss, et al.. The dynamics of protons, aluminium, and calcium in the rhizosphere of maize cultivated in tropicals acid soils: experimental study and modelling. Plant and Soil, 2004, 260 (1), pp.33-46. ⟨hal-02671455⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: Philippe Deleporte, Jean-Paul Laclau, Jacques J. Ranger, J-D. Nzila, Julien Guy Kazotti, et al.. Changes in drainage of nutrients after afforestation with eucalypts in a Congolese savanna. International IUFRO Conference of the WP2.08.03 on Silviculture and Improvement of Eucalypts. Eucalyptus in a changing world, Oct 2004, Aveiro, Portugal. ⟨hal-02833262⟩
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ref_biblio: François Coste, John Abela, Sandro Spina. Mutually Compatible and Incompatible Merges for the Search of the Smallest Consistent DFA. ICGI 2004: Grammatical Inference: Algorithms and Applications, 2004, Athens, Greece. pp.28-39, ⟨10.1007/978-3-540-30195-0_4⟩. ⟨hal-03405523⟩
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ref_biblio: François Coste, Daniel Fredouille, Christopher Kermorvant, Colin de La Higuera. Introducing Domain and Typing Bias in Automata Inference. ICGI 2004: Grammatical Inference: Algorithms and Applications, 2004, Athens, Greece. pp.115-126, ⟨10.1007/978-3-540-30195-0_11⟩. ⟨hal-03405504⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Julien Guy Kazotti, Philippe Deleporte, Jacques J. Ranger, Jean-Paul Laclau. Dynamics of slash decomposition from a Eucalyptus clone in Congolese sandy soils. International IUFRO Conference of the WP2.08.03 on Silviculture and Improvement of Eucalypts. Eucalyptus in a changing world, Oct 2004, Aveiro, Portugal. 2004. ⟨hal-02832554⟩
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ref_biblio: Jacques J. Ranger, J-D. Nzila, Bernhard Zeller, Jean-Paul Laclau, Jean-Pierre Bouillet, et al.. Control of the nitrogen mineralising activity of micro-organisms by vegetation is a key-parameter to be taken into account by managers whatever the ecosystem function considered. 146. International symposium : Forests soils under global and local changes : from research to practice, Sep 2004, 2004. ⟨hal-02829814⟩
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ref_biblio: B. Nowack, D. Jacques, S. Oswald, T. Roose, A. Schnepf, et al.. Validation of coupled speciation-transport models to describe root-uptake. Rhizosphère 1, Sep 2004, Munich, Allemagne. 2004. ⟨hal-02832555⟩
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Rapport

ref_biblio: François Coste, Goulven Kerbellec, Boris Idmont, Daniel Fredouille, Christian Delamarche. Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP. [Rapport de recherche] RR-5176, INRIA. 2004. ⟨inria-00071412⟩
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Pré-publication, Document de travail

ref_biblio: Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case. 2004. ⟨hal-00002208⟩
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2003

Article dans une revue

ref_biblio: Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, et al.. Integration of data and methods for genome analysis.. Current Opinion in Drug Discovery and Development, 2003, 6 (3), pp.346-52. ⟨hal-02072584⟩
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ref_biblio: Siobhan Staunton, Philippe Hinsinger, Anne Guivarch, F. Brechignac. Root uptake and translocation of radiocaesium from agricultural soils by various plant species. Plant and Soil, 2003, 254, pp.443-455. ⟨10.1023/A:1025584016465⟩. ⟨hal-02674118⟩
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ref_biblio: Philippe Hinsinger, Claude Plassard, C. Tang, Benoît Jaillard. Origins of root-mediated pH changes in the rhizosphere and their responses to environmental constraints: a review. Plant and Soil, 2003, 248, pp.43-59. ⟨hal-02679614⟩
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ref_biblio: Armand Guckert, K. Sultan-Tubeileh, G. Gintzburger, M. Obaton, Christophe Robin. Production et fixation d'azote chez des luzernes annuelles en région méditerranéenne lors de la période froide. Fourrages, 2003, 173, pp.37-47. ⟨hal-02677034⟩
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ref_biblio: F. Pinel, E. Leclerc-Cessac, Siobhan Staunton. Relative contributions of soil chemistry, plant physiology and rhizosphere induced changes in speciation on Ni accumulation in plant shoots. Plant and Soil, 2003, 255, pp.619-629. ⟨hal-02674117⟩
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ref_biblio: V. Chaignon, I. Sanchez-Neira, Patrick Herrmann, Benoît Jaillard, Philippe Hinsinger. Copper bioavailability and extractability as related to chemical properties of contaminated soils from a vine-growing area. Environmental Pollution, 2003, 123, pp.229-238. ⟨hal-02682290⟩
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Communication dans un congrès

ref_biblio: François Coste, Daniel Fredouille. Unambiguous Automata Inference by Means of State-Merging Methods. Machine Learning: ECML 2003, 14th European Conference on Machine Learning, 2003, Cavtat-Dubrovnik, Croatia. pp.60-71, ⟨10.1007/978-3-540-39857-8_8⟩. ⟨hal-03405541⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: E. Mounier, J. Abadie, I. Gruet, Fabrice Martin-Laurent, Gerard Souche, et al.. Influence du mucilage de maïs sur la structure et les activités de communautés microbiennes fonctionnelles telluriques d’intérêt agronomique. 5èmes journées d'Ecologie Fonctionnelle, Mar 2003, Nancy, France. 2003. ⟨hal-04522165⟩
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Rapport

ref_biblio: Rumen Andonov, Nicola Yanev, Dominique Lavenier, Philippe Veber. Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes. [Research Report] RR-4853, INRIA. 2003. ⟨inria-00071730⟩
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ref_biblio: François Coste, Daniel Fredouille. What is the Search Space for the Inference of Non Deterministic, Unambiguous and Deterministic Automata ?. [Research Report] RR-4907, INRIA. 2003. ⟨inria-00071673⟩
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2002

Communication dans un congrès

ref_biblio: Kholoud Sultan, Gustave Gintzburger, Michel Obaton, Christophe Robin, Hayat Touchane, et al.. Nitrogen fixation of annual Medicago-Rhizobium associations during cool season in Mediterranean dry areas. 19th General Meeting of the European Grassland Federation. "Grassland Science in Europe. Multi-function grasslands", May 2002, La Rochelle, France. pp.736-737. ⟨hal-04469259⟩
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ref_biblio: Jocelyne Erhel, Philippe Ackerer, Jean-Raynald de Dreuzy, Michel Kern, Hugues Leroy, et al.. Couplage par composants logiciels de codes d'hydrogéologie. École GRID 2002, 2002, Aussois, France. ⟨hal-01316192⟩
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ref_biblio: Dominique Lavenier, Hugues Leroy, Michel Hurfin, Rumen Andonov, L. Mouchard, et al.. Le projet GénoGRID : une grille expérimentale pour la génomique. Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques, 2002, Saint Malo, France. pp.27-32. ⟨hal-00465092⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Benoît Jaillard, Claude Plassard, Philippe Hinsinger. Measurements of H+ fluxes and concentrations in the rhizosphere. Handbook of Soil Acidity, CBL, 2002, 0-824470-8903. ⟨hal-02829287⟩
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Rapport

ref_biblio: Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. [Research Report] RR-4619, INRIA. 2002. ⟨inria-00071966⟩
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ref_biblio: Nicola Yanev, Rumen Andonov. The Protein Threading Problem is in P?. [Research Report] RR-4577, INRIA. 2002. ⟨inria-00072011⟩
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ref_biblio: Frédéric Raimbault, Dominique Lavenier. ROOM : reconfigurable object-oriented machines for specific applications. [Research Report] RR-4588, INRIA. 2002. ⟨inria-00071997⟩
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2000

Article dans une revue

ref_biblio: Jean Claude Cleyet Marel, Philippe Hinsinger. Le sol vivant, un territoire qui reste à découvrir. Oléagineux, Corps Gras, Lipides, 2000, 7 (6), pp.490-493. ⟨hal-02689755⟩
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ref_biblio: H. Shinjo, H. Fujita, G. Gintzburger, T. Kosaki. Impact of grazing and tillage on water erosion in North-eastern Syria. Soil Science and Plant Nutrition, 2000, 46 (1), pp.151-162. ⟨hal-02683993⟩
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Chapitre d'ouvrage

ref_biblio: Benoît Jaillard, A. Schneider, Alain Mollier, Sylvain Pellerin. Modélisation du prélèvement minéral par les plantes fondée sur le fonctionnement bio-physico-chimique de la rhizosphère. Fonctionnement des peuplements végétaux sous contraintes environnementales, INRA Editions, 2000, 2-7380-0911-5. ⟨hal-02835522⟩
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Poster de conférence

ref_biblio: Kholoud Sultan-Tubeileh, Christophe Robin, Michel Obaton, Gustave Gintzburger, Hayat Touchane, et al.. Responses of annual medics to low temperature in Syria : growth and N2 fixation. Christen O., Ordon F. (Eds). Third International Crop Science Congress, Aug 2000, Hambourg, Germany. Book of Abstracts, pp.40. ⟨hal-04480409⟩
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1999

Article dans une revue

ref_biblio: Catherine Belleannee, Pascal Brisset, Olivier Ridoux. A pragmatic reconstruction of Lambda-Prolog. Journal of Logic Programming, 1999, 41 (1), pp 67-102. ⟨10.1016/S0743-1066(98)10038-9⟩. ⟨hal-00934033⟩
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1997

Article dans une revue

ref_biblio: Philippe Vismara. Union of all the Minimum Cycle Bases of a Graph. The Electronic Journal of Combinatorics, 1997, 4 (1), ⟨10.37236/1294⟩. ⟨hal-04478606⟩
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1989

Communication dans un congrès

ref_biblio: Benoît Jaillard, M. Meslem, Claude Plassard, H. Calba. Libération de H+ par les plantes et acidification des sols. Fixation symbiotique de l'azoteet developpement durable dans le Bassin Méditeranéen, Oct 1989, Carthage, Tunisie. ⟨hal-02761861⟩
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